反观儒家，其内部也有不同学派，可它们能够相异相和。最典型的是南宋时的朱陆之辩。朱熹与陆九龄、陆九渊兄弟都是当时学界泰斗，各自建立了自己的学术门派，学术上各持己见，见解相左。在治学方法上，朱熹侧重“道问学”，强调“穷理之要，必在于读书”；陆九渊则侧重“尊德性”，不强调读书，不赞成“苦思力索”，他认为一切伦理道德的知识及是非标准，俱在“本心”之中，只要发明本心，即使“不识一字，亦还我堂堂地做个人”。南宋淳熙二年(1175年)朱熹与陆氏兄弟在史学家吕祖谦的邀请下，赶到江西铅山的鹅湖寺会晤，“相与讲其所闻”。会上双方唇枪舌剑，雄辩滔滔，先后辩论十日。尽管双方没有统一分歧，谁也没有说服谁，但朱熹在一首诗中抒发了自己对这次辩论的感受：“地势无南北，水流有西东。欲识分时异，应知合处同。”（《晦庵先生朱文公集·分水铺壁间读赵仲缜留题二十字戏续其后》，《四部丛刊·初编·集部》，光盘版，北京，书同文数字化技术有限公司，1998。）意思是不在乎彼此接受多少，只要相互有所启发，能求同存异就可以了。由于双方遵循的原则是“和而不同”，所以这场争辩没有影响他们的友谊。与弟弟一起参与聚会的陆九龄也是一位哲学家，四年后又与朱熹在铅山相会，心平气和地检讨和切磋了双方的分歧。六年后，朱熹邀陆九渊在自己主持的书院中做了一场讲座，也曾为陆的理论而动容。后来陆九龄去世，朱熹曾动情地说：“我与兄少不并游，盖一生而再见，遂倾倒以绸缪。”（《晦庵先生朱文公集·祭陆子寿教授文》，同上书。）王阳明继承陆九渊的心学，反对朱熹理学，然不但不把朱熹学说当做异端加以排斥，还摭拾其优点，与陆九渊相会同。“仆尝以为晦庵之与象山，虽其所为学者若有不同，而要皆不失为圣人之徒。今晦庵之学，天下之人童而习之，既已入人之深，有不容于论辩者。而独惟象山之学，则以其尝兴晦庵之有言，而遂藩篱之。使若由、赐之殊科焉，则可矣，而遂摈放废斥，若砆(亦称“武夫”，似玉的美石)之与美玉，则岂不过甚矣乎？夫晦庵折衷群儒之说，以发明《六经》、《语》、《孟》之旨于天下，其嘉惠后学之心，真有不可得而议者。而象山辩义利之分，立大本，求放心，以示后学笃实为己之道，其功亦宁可得而尽诬之！”（《王阳明全集》卷二十一，《外集三·答徐成之·壬午》，809页。）
儒家与传进中国的各种宗教也没有发生过剧烈冲突。佛教东汉后期开始进入中华，魏晋南北朝时期大规模输入，隋唐时期完成了与中华文化的融合过程，产生了中国式的佛教。除个别统治者为了达到某些政治目的搞了一点短命的“灭佛”活动，中华对佛教是敞开胸怀接纳的。说儒家与佛教没有矛盾那是假话。特别是在人伦问题上，儒家鼓吹好男儿在家娶妻生子尽人伦义务，在外忠君爱国建功立业。而佛教则赞颂解脱世俗，六根清净，离弃君臣父子夫妇人伦，削发为僧，一心事佛。所以，许多儒家学者与佛教僧人发生过言辞激烈的辩论，甚至提出过排斥异端。但那都是停留在口头上，双方没有出现过武力冲突，儒家从没有依凭其文化主流地位对佛教发动灭绝性的“圣战”。总体上讲，以儒家为主导意识的中国统治者对佛教是包容的。佛教初传入时，为方便来华胡商的宗教活动，由官方出面建造了中国最早的佛寺——白马寺。史载汉明帝于公元65年派蔡音、秦景等十余人去西域(印度)取经，途中遇天竺僧迦叶摩腾和竺法兰携经东来，乃用白马驮经回洛城，次年建寺，遂以白马命名，前后共历时四年。作为世俗社会的统治者，梁武帝又承认“朕思阐治纲，每敦儒术”（《梁书》卷二，《梁武帝纪中》，北京，中华书局标点本，1973。）。就在他舍道归佛的第二年又下诏置五经博士，倡导儒术以治国。梁武帝还写下了不少融合三教思想的文字，这对佛教与儒、道的进一步融合发生了一定的影响。“三教虽殊，劝善义一，涂迹诚异，理会则同。”（释道安：《二教论》，见《广弘明集》卷八，《四部丛刊·初编·集部》，光盘版，北京，书同文数字化技术有限公司，1998。）南宋孝宗皇帝赵昚说过：“以佛治心，以道治身，以儒治世。”（静斋学士刘谧撰：《三教平心论》，卷上。《CBETA电子佛典(大正藏)》，中华电子佛典协会。）一些儒家学者也主张融合佛教。晋宋之际的隐士宗炳提出，“孔、老、如来，虽三训殊路，而习善共辙也。”（《明佛论》，见《弘明集》卷二，《四部丛刊·初编·集部》，光盘版，北京，书同文数字化技术有限公司，1998。）隋代王通站在儒家的立场上提出了“三教归一”的主张，希望以儒家学说来调和佛、道二教。唐代著名的文学家和哲学家柳宗元也认为，“浮屠诚有不可斥者，往往与《易》、《论语》合……不与孔子异道。”（《柳宗元哲学著作注译·送僧浩初序》，范阳等注译，268页，南宁，广西人民出版社，1985。）而韩愈与李翱则在排佛的旗号下援佛入儒，对佛教宗派的法统观念与心性学说加以改造利用，提出了他们的道统说与复性论，开了宋明理学扛着儒家的大旗出入于佛道的先声。以后的宋明理学家们都是循着这个路数对待佛教。王阳明甚至一边批判佛教，一边成为“狂禅”。
伊斯兰教唐代开始传入，元代以后开始为官方重视。以儒家为主导意识的中国统治者对伊斯兰教也是包容的。统治者允许清真寺的大规模建设。以北京为例，牛街清真寺是迄今北京保留的最古老、规模最大、最著名的伊斯兰教寺院。据传辽统和十四年(公元996年)由阿拉伯筛海那速鲁丁创建。明正统七年(1442年)曾进行了大规模扩建；明成化十年(1474年)奉敕赐名“礼拜寺”；清康熙三十五年(1696年)又按明朝风格对该寺进行了修葺和扩建，形成了今日规模。东四清真寺，初名“礼拜寺”，又名“法明寺”。据记载明正统十二年(1447年)，由当时任后军都督府同知的穆斯林陈友独资创建。明景泰元年(1450年)，代宗皇帝朱祁钰敕题“清真寺”匾额，故有“官寺”之称。
皇帝本人及大臣信奉或赞扬伊斯兰教的也有。朱元璋推翻元朝政权，跟随他一起打天下的主要将领都是回族，元末蒙古统治者把大量的回回人、色目人从大都、中都贬到豫南、淮西等地区。朱元璋当时就在这些地区，发展联合了许多色目人、回回人组成起义军。在这些回回人中，涌现出后来的明朝开国功臣名将，著名的有常遇春、胡大海、冯国勇、冯胜、丁德兴、蓝玉、沐英、华云、李文忠等。因此中国民间流传着“十回保一朱”和“十大回回保明朝”的说法。
在1946年出版的白寿彝教授《中国伊斯兰史纲要》一书中，有条脚注提到过“父老相传，明太祖原是回回；建文帝的出走，系赴天方朝觐。又颇有人相信，武宗也信教(指伊斯兰教)”（自寿彝：《民族宗教论集》，412页，石家庄，河北教育出版社，2001。）。传说朱元璋的夫人马皇后就是回民。朱元璋登基后敕建清真寺于南京、西安及滇、闽、粤等地区。南京清真寺赐名“净觉寺”，落成后朱元璋数次临幸，并御制至圣《百字赞》赐清真寺，其文如下：“乾坤初始，天籍注名。传教大圣，降生西域。受授天经，三十部册，普化众生。亿兆君师，万圣领袖，协助天运，保庇国民，五时祈佑，默祝太平。存心真主，加志穷民，拯救患难，洞彻幽冥，超拔灵魂，脱离罪业。仁覆天下，道冠古今，降邪归一。教名清真，穆罕默德，至贵圣人。”（刘智：《至圣天方实录》卷二十，北京，中国伊斯兰教协会印，1984。）从《百字赞》中不难看出，朱元璋高度赞颂了真主和穆圣，褒扬了伊斯兰教。如果他对伊斯兰教没有包容意识，是写不出如此赞文的。波斯旅行家赛义德·阿里·阿克巴尔·哈塔伊于1500年游历中国，于1516年(武宗正德十一年)在当时奥斯曼帝国首都君士坦丁堡，用波斯语写成《中国纪行》一书，作为礼物奉献给土耳其苏丹赛利姆一世。该书全面介绍了当时中国社会各方面的状况。作者出于穆斯林的宗教感情，以较多的篇幅着重介绍了明朝王室与伊斯兰教的关系，说：“宫廷内有皇帝专用的清真寺，有宣礼员，主麻日(星期五)皇帝到城外的清真寺做聚礼，以及穆斯林文臣武将对明朝开国的贡献、皇帝对他们的重用等。”说：“从皇帝的某些行为看，他已信奉伊斯兰教了，然而由于害怕丧失权力，他不能对此公开宣布。这是因为他的国家风俗和法规所规定的……”（《一位信奉伊斯兰教的明朝皇帝：明武宗朱厚照》，载中国经济网，2006-08-29）该书作者在华旅行碰上了正德年间(1506—1521)，所以阿里·阿克巴尔的描述是他亲眼所见，与中国民间明武宗朱厚照崇信伊斯兰教的传说相吻合。传说正德皇帝曾对当时中国社会的各个宗教进行过评述：“儒者之学虽可以开物成务，而不足以穷神知化。佛老之学，似类穷神知化而不能复命归真。盖诸教之道各执一偏，唯清真认主之教，深源于正理，此所以乘万世与天壤久也。”可见其对伊斯兰教的推崇。他还亲自写了许多赞美伊斯兰教的诗，后来被编辑成了《御制尊真主事诗》。其中一诗曰：“一教玄玄诸教迷，其中奥妙少人知，佛是人修人是佛，不尊真主却尊谁？”正德皇帝甚至还有一个阿拉伯文的名字，叫做妙吉敖兰(mejid-Allah)，意思为安拉的荣耀。（《一位信奉伊斯兰教的明朝皇帝：明武宗朱厚照》，载中国经济网，2006-08-29）以上有关明朝皇帝与伊斯兰教的关系虽然多系传闻，不能作为信史，但这些传闻多是在中华回族兄弟中流传，从一个侧面可以反映出在中华大地，儒家文化与伊斯兰教文化之间的关系不是对抗，而是和合。
当然，统治者也对回族进行过打压，但那是出于政治原因，不是出于宗教原因。对穆斯林正常的宗教活动并不干预。老北京回族有一传说，康熙皇帝亲自考察牛街穆斯林的宗教活动后，严厉斥责和警告了下面官员将宗教活动视作“聚众谋反”的诬奏，并向鼓励人们向善的牛街清真寺赐匾旌表。“康熙三十六年六月，圣谕：朕评汉回古今之大典，自始之宏道也。七十二门修仙成佛，诱真归邪，不法之异端种种生焉。已往不咎，再违犯者斩。汉诸臣官分职，时享君禄，按日朝参；而回，逐日五时朝主拜圣，并无食朕奉，亦知报本，而汉不及回也。通晓各省：如官民因小不忿借端虚报回教谋反者，职司官先斩后奏。天下回民各守清真，不可违命，勿负朕恩有爱道之意也。钦此钦遵。”（佟洵编著：《伊斯兰教与北京清真寺文化》，228页，北京，中央民族大学出版社，2003。）
以儒家为主导意识的中国统治者对基督教也是包容的。唐代传入中国的基督教聂斯脱利派当时称为景教。聂斯脱利为东罗马君士坦丁堡主教，主张基督有神、人“二性二位”，在东罗马被视为异端，受到迫害。唐贞观九年景教僧侣阿罗本将此教传入中国。“据景教碑文所记，贞观十二年秋七月诏曰：‘大秦国大德阿罗本，愿将经像来献上京，详其教旨，玄妙无为，观其元宗，生成立要，词无繁说，理有忘筌，济物利人，宜行天下，所司即于京义宁坊造大秦寺一所，度僧二十一人。’这是在长安奉旨敕建的第一所景教寺。又高宗时‘于诸州各置景寺……法流十道，国富无休，寺满百城，家殷景福’。唐时中国三百余州分为十道，曰关内、河南、河东、河北、山南、陇右、淮南、江南、剑南、岭天，言十道即指景教流行遍中国而言。又玄宗时，令其兄弟宁国第五王，亲临教堂，重建坛场，装饰一新。天宝初令大将军高力士送先朝五帝画像，安置于教堂之内。且亲题堂中楹联，亲书堂中匾额，悬于高空。又肃宗时，‘于灵武等五郡重立景寺’，又时郭子仪‘每岁集四寺僧徒，虔事精供，备诸五旬’。五旬节今称圣灵降临节，乃耶稣复活后五十日之纪念祭。”（朱谦之：《中国景教》，68~69页，北京，人民出版社，1993。）唐代统治者不但不排斥景教，甚至允许景教徒入仕为官。至于唐武宗会昌灭佛，景教连同被禁止，那是出于政治原因，不是出于宗教上排斥异端。
蒙古人利用强大的军事力量，建立了一个横跨欧亚大陆的帝国，征服了许多民族，使得许多信仰景教的民族迁移到中国内地。与此同时，来自欧洲的罗马天主教也开始传入中国，其中最主要的是方济各会修士。1294年，罗马天主教方济各会修士孟高维诺来到元帝国的首都“汗八里”，也就是今天的北京，开设教堂。元朝也里可温教既包括景教，也包括天主教。据历史记载，元朝时中国的基督教徒，人数达到了3万。以至于朝廷专门设立了一个叫崇福寺的机构来管理也里可温教，这个机构就是一个宗教事务管理部门。不过元朝的也里可温教徒大部分是来自中国西北部的一些非汉民族。元朝推翻后，这些教徒被迫逃到边远地区或者回国。（参见佟洵：《也里可温在蒙元帝国的传播及消亡原因初探》，载《中央民族大学学报》(哲学社会科学版)，2000(3)。）
明末天主教开始进入中国。自1552年至1800年，在华外国耶稣会士约780多名，中国耶稣会士约130多名。来华耶稣会士中，葡萄牙籍最多，其次是法国、意大利、比利时、德国、西班牙、奥地利、波兰、瑞士籍的。耶稣会在中国发展很快，崇祯十年(1637年)有教徒4万人，康熙三十九年(1700年)达30万。康熙六年有教堂159座，遍布于今浙江、福建、河南、湖北、江苏、广西、广东、山西、陕西、山东、四川、云南、河北等省及北京。入教的百姓之众毋论，光与之结交的士大夫就不少。如沈一贯、叶向高、徐光启、邹元标、焦竑、沈德符、李贽、李之藻、章潢、方以智、何乔远、袁宏道、袁中道、杨廷筠等均是万历、天启、崇祯朝的重要人物与知名之士。其中徐光启、李之藻、杨廷筠受洗入教，成为明末天主教三大柱石。此外，还有一些宦官、宫女受洗入教。（参见阮炜：《十七世纪的士大夫基督教徒》，载《广东社会科学》，1993(2)；林坚：《明末天主教儒者杨廷筠》，载《中国天主教》，1990(1)。）
世界上有一个民族及宗教是最难以与其他民族融和的，这就是犹太民族及犹太教。犹太人究竟何时进入中华，没有确切的说法。但北宋时，当时政治中心开封居住着犹太人社团这是无疑的。流浪到世界各地的犹太人在哪都遭到猜忌、排挤、迫害、乃至屠杀。唯有在中华得以与各民族人民兄弟相处，安居乐业。在世界其他地区，犹太人越受到迫害越不屈服，越要保持自己的独立性。几千年了，犹太人就是不与当地民族融合。只有在中华例外。以色列驻华大使海逸达博士接受《北京科技报》记者采访时就开封犹太人融入中华说：“这是唯一一个犹太人社团融入当地社会的例子。”（《寻找开封犹太人后裔续：采访以色列驻华大使》，载《北京科技
报》，2006-02-23）