从上面的论述中可以看出，宋翔凤的《论语说义》带有明显的汉学风格。但是，他并不反对宋学，他以性与天道为孔子微言，从《易经》来言性与天道，而性与天道其实就是儒家的性理之学，也就是宋学最喜讲求的内容。他的特别推重《中庸》、《大学》、《孟子》，一生重视《论语》的研究，与宋学重视四书亦暗自相合。所以，在《论语说义》中我们没有看到宋翔凤关于批评宋学的只言片语。此外，正如陈鹏鸣的《宋翔凤经学思想研究》所指出，宋翔凤对宋学的代表人物二程、朱熹十分尊崇，以程朱等人所讲的性命义理之学有益于实用，“最为学问入门要路”，后来的学者只要掌握此论，便可“不流于释氏”；朱熹所阐发的《大学》之道，“合之于《中庸》、《孟子》之义，无不合……朱子之学，自足继往开来，非他儒所能及”。（《过庭录》，中华书局，1986年，第212页。）充分肯定程朱理学对于儒学的巨大贡献。这些都说明宋翔凤的经学既有明显的汉学风格，但对宋学同样兼蓄并收。
同时，宋翔凤的《论语说义》虽然就主要倾向来说是以发挥微言为主，多据《公羊》等今文典籍为说，而否定古文经学；但是，宋翔凤的否定古文经学，却不是完全否定，他时也采用古文经学之说。除前面所引《左传》的除旧布新之说，在《论语说义二》等书中也有数次引《左传》为说的记载。在《论语》的齐、鲁、古三家中，宋翔凤不仅采用《古论语》，有时还在今、古文之间从古不从今，如《论语·颜渊》载：子曰：“片言可以折狱，其由也。”古文家训折为哲，《鲁论语》读为“折”，训为制，宋翔凤以为当“从古也”（宋翔凤：《论语说义六》，《皇清经解续编》卷三九四，第8页。）。《毛诗》也是古文家说，宋翔凤亦时采以为说，如于《论语·泰伯》孔子曰：“有妇人焉，九人而已”，宋翔凤就取《毛诗》说为解。在关于武王的年龄问题上，克殷之岁《文王世子》今文说为九十七岁，《周书》古文说武王六十余岁，如按今文说，武王作《大誓》时已有95岁，其母当有百余岁。“《周书》属古文，《史记》多古文说，故与今文家不同，揆之于事理，古文说是。马郑说《论语》亦古文……贾生书称成王二十即天子位，亦于今文说不同，当同是古文说”（宋翔凤：《论语说义四》，《皇清经解续编》卷三九二，第10页。）。有时他甚至认为古文经学与今文经学都是七十子之学，同出孔子，他在论《诗经·关雎》时就说：“是说《关雎》者有二义，乐而不淫，毛学之所传也；哀而不伤，鲁学之所传也，两家皆出七十子之遗学，同出孔子。”（宋翔凤：《论语说义二》，《皇清经解续编》卷三九〇，第17页。）
宋翔凤的兼采古今、汉宋，并不是无古今、汉宋之分，更不是古今、汉宋并重。在汉宋、古今中，宋翔凤在观念上是以今文经学为主，在治学方法上是以汉学为本，对宋学、古文经学的兼采只是次要的方面。宋翔凤所以兼采汉宋、古今，与他“揆之于事理”的治学观念有直接关系。他认为古代典籍各家异说，同一问题有数家之说，遇到这样的情况，不应该仅据古今、汉宋以断是非，而应据“事理”为断。他说：“古今文家说者各异，在读书者折其衷矣。”（宋翔凤：《孟子赵注补正三》，《皇清经解续编》卷四〇一，第21页。）周秦百家之言，多托之于孔子，互相矛盾之处更多，“后之学者，亦但求其当于理而已”（宋翔凤：《大学古义说一》，《皇清经解续编》卷三八七，第10页。）。因此，宋翔凤的著作中常见“以情事推之，昭然可见”（宋翔凤：《孟子赵注补正四》，《皇清经解续编》卷四〇二，第10页。），“理是而文恐非”（同上。）等语。正是有了这样的治学观念，所以，宋翔凤在武王的年龄等问题上，能够经过“揆之于事理”，而断定“古文说是”，并采古文经学以为说。如果将此观念贯彻到底，则无论古今、汉宋，都必须以“揆之于事理”为判定标准，何有古今、汉宋之分？宋翔凤的这一观念是清代汉学实事求是观念的具体化，对于打破学术中的门户之见有积极的意义。但是，宋翔凤没有能够将此观念贯彻到底，尤其是在《论语说义》中，他不仅是以今文经学的观念为主，还时常以今古文经学的不同来评判是非得失，就与他自己说的“揆之于事理”背道而驰了。此外，今文经学与宋学有较多相通之处，而清代的汉学与古文经学之间存在着紧密的联系，这也是宋翔凤所以能够兼采古今、汉宋的一个原因。
三孔老同源说的援道入儒
自战国以后，儒家与道家之间就一直存在着纷争。儒家尊孔子，道家崇老子，各有宗主，其学术旨趣也不同。宋翔凤治《论语》，《论语》为儒家典籍，当尊孔子而贬老子，但是，宋翔凤却孔子、老子并尊，提出孔老同源说。宋翔凤此说是将道家之说引入儒家经学，为庄存与、刘逢禄的经学所无，是宋翔凤经学的又一个特色。
宋翔凤的孔老同源说，将黄帝追溯为老学、孔学共同之源。他在《论语说义》中有一大段论说，以彭祖为殷之守藏史，在周为柱下史，老子继彭祖为周之守藏史；而殷《易》名《归藏》，《归藏》本为黄帝《易》，由此而得出“《易》、《老子》之学出于黄帝”（宋翔凤：《论语说义四》，《皇清经解续编》卷三九二，第1页。此说亦见《说义七》，第2页。）的结论。为证老学本于黄帝，宋翔凤说：
老子为黄帝之学何证？考黄帝号曰自然……故老子自然之说皆黄帝之说也。（宋翔凤：《论语说义四》，《皇清经解续编》卷三九二，第2页。）
黄帝始造文字，始一终亥，皆本《归藏》……知《老子》所述，皆黄帝之说，《归藏》之说也。（宋翔凤：《论语说义四》，《皇清经解续编》卷三九二，第3页。）
他认为黄帝号自然，老子学说以自然为宗；黄帝造文字，从一终亥，《老子》一书亦据以发挥，所以，老子的学说都出自黄帝。所谓黄帝号自然之说，其说并不见于先秦典籍，而是出于《白虎通·号谥章》“有熊”之伪。清人梁玉绳早在乾隆五十一年成书的《汉书·人表考》卷一中已经指出：“《白虎通·号谥章》曰黄自然，余姚卢学士文弨校本以自然为有熊之伪，甚确。”（梁玉绳等：《史记汉书诸表订补十种》下册，中华书局，1982年，第497页。）故此说实难以为据。孔子在春秋时已有文献缺失，夏礼、殷礼不足征之叹，二千五百年后的宋翔凤又从何而得知远比夏代、殷代更古老的黄帝之说，而且就认定《老子》之学即本于黄帝呢？这既难验之于事，也难证之于理，而与他的“揆之事理”的治学理念相违背。
在论说《老子》之学归本黄帝、《归藏》之后，宋翔凤紧接着又提出孔子之《易》与《春秋》多取《归藏》之说：
又观《十翼》之文，则孔子赞《易》，亦多取于《归藏》。《易》、《春秋》为微言所存，故从“窃取”之者也。《春秋》去文从质，般礼也，宋不足征，求于柱下，得之老彭，问礼老聃，《春秋》之礼皆般礼也，《小戴》所录七十子之记皆为殷礼，合乎《春秋》，盖问乎老聃而折其中，不徒《曾子问》之所记也，故《春秋》为礼义之大宗。（宋翔凤：《论语说义四》，《皇清经解续编》卷三九二，第3页。）
宋翔凤以为，孔子之学多取《归藏》，是通过孔子学于老子这一环节来实现的。所谓其义“窃取”之说，即指《春秋》与《易》的经学微言。《春秋》改文从质，出于孔子问礼于老子，并由此推断《春秋》、《小戴礼》所言之礼皆为殷礼，得出《春秋》为礼义之大宗的结论。以《春秋》为礼义之大宗出自汉代司马迁，而司马迁之说本于董仲舒，所以，这是《公羊》学的说法。但是，《公羊》学此说是从《春秋》重礼义名分、诛讨乱臣贼子、强调君君臣臣父父子子来说的，而根本与老子无关。宋翔凤则从孔子学于老子立论，与《公羊》学之说完全相反。所以，宋翔凤的《春秋》为礼义之大宗，与《公羊》学之说，其说虽同，其义却异。
而孔子是否学于老子，儒道两家一直以后就有异说。一般的正统儒学家、经学家都否定孔子学于老子，宋翔凤本以儒家经学为宗，却持道家的孔子学于老子之说。不仅如此，宋翔凤还竭力加以证明：
《论语》不曰彭老，而曰老彭者，以老子有亲炙之义，且尊周史也。至《三朝记》称商老彭，不言周者，以老子虽生于周代，而所传之学，则《归藏》之学，故归之于商，尤信而好古之明证也。（同上。）
史记彭祖在先，老子在后，而《论语》不称彭老称老彭，在宋翔凤看来就是孔子亲炙老子的明证。经过类似的论说，孔子学于老子似乎成为无可怀疑的铁案。而老子之学出于黄帝，孔子又出于老子，老子所传为《归藏》之学，所以，无论是孔子之学还是老子之学都与《归藏》之义相通。
《易》学史上有一种说法，《易》有《连山》、《归藏》、《周易》，其中《归藏》为殷人之《易》。所以，宋翔凤以为孔子、老子之学都与殷代之学有密切联系，《归藏》与《老子》、《易》、《论语》都是可以相互发明的。他说：
许慎云：惟初大极，道立于一，造分天地，化成万物，故造文字始一终亥。乾之初爻为一，此象盈甲而藏于亥，坤辟亥，坤下有伏乾，故坤含光大凝乾之元，此坤乾之义，《归藏》之法也。大衍之数五十，其用四十有九，其一为乾元，所谓《易》有大极，是生两仪者也，于天为北辰之中，至虚之地，盛者不可指，故著之以北极之星，其一明者，大一常居也。大衍之数虚一不用，有不用者而用之以通。故《老子》曰：“三十辐共一毂。当其无，有车之用；埏埴以为器，当其无，有器之用；凿户牖以为室，当其无，有室之用；故有之以为利，无之以为用。”此明虚一之义也。又曰：“昔之得一者，天得一以清，地得一以宁，神得一以灵，穀得一以盈，万物得一以生，王侯得一以为天下贞。”又曰：“道生一，一生二，二生三，三生万物”者，三者乾之三爻，《易》二篇之策当万物之数，《老子》之说通乎《易》与《论语》，一以贯之说意相发也。《老子》又曰：“道盅而用之，又不盈盅为虚，大衍之数五十，其用四十有九为不盈。”又曰：“致虚极守静笃。”致虚者一也，守静者不用也，万物并作，吾以观其复，言一以贯之也。（宋翔凤：《论语说义二》，《皇清经解续编》卷三九〇，第32页。）