问曰：「若诸佛法身离于色相者，云何能现色相？」答曰：「即此法身是色体故，能现于色。所谓从本已来，色心不二，以色性即智故，色体无形，说名智身。以智性即色故，说名法身遍一切处。所现之色无有分齐，随心能示十方世界、无量菩萨、无量报身、无量庄严，各各差别，皆无分齐而不相妨。此非心识分别能知，以真如自在用义故。」〔注释：同上书，579页下。〕
这里的回答是说，法身是形色的本体，能显现色相。色是法身的显现，「色心不二」，没有差别。形色的自性就是智慧，形色自体没有形状，说之为「智身」。因为智慧的自性即是形色，所以说之为「法身遍一切处」。所显现的色相没有时空的限制，各种色相共同存在而不互相妨碍。这种情境不是一般心识所能分别了知的，它是真如自发的功用。《大乘起信论》提出「色心不二」、「色性即智」、「智性即色」的命题，把色和心、色和智视为互不相离的关系，为后来中国佛教的泛神论、唯灵论思潮提供了理论根据。
从以上一心二门说的基本内容来看，《大乘起信论》是要确立一种唯心的本体论，从一心出发，展开为二门即本体与作用两个方面，把一心分为真如与无明、本觉与不觉、本质与存在、普遍与个体、超越与现象、绝对与相对、静止与运动、永恒与短暂、无限一有限、神圣与凡俗两个层次，也即分为形上与形下两个层次，以说明一心本体与众生、佛乃至于一切存有的关系，确定一心是众生、佛乃至一切存有的本原的地位。在一心二门的理论结构中，最值得注意者有二：一是真理与主体心的结合，心理合一，真理成为精神主体，或精神主体真理化。这也就是确立了一种具有神圣性、普遍性、绝对性、永恒性的精神主体，作为阐明世间和出世间的形成，以及众生修持成佛的理论基点。二是以真如心与生灭心，来说明世间或出世间形成的原因和过程，以及众生沉沦或解脱成佛的原因和过程。这里是探讨人类怎样超越有限的存在问题，其理路是不脱离现象界的层面，也就是在现实的生存中实现绝对的超越，不离自我而又超越自我，也就是在现实的生存中实现绝对的超越，不离自我而又超越自我。心包括了真如与生灭两个方面，这等于说真如心并不脱离生灭心而存在，从这层意义上看，它们的差别只是认识论意义而不是本体论意义。同时真如心又是唯一的实存，生灭凡则属于虚妄，而且生灭心是依真如心而有，从这层意义上看，一心二门说是哲学一元论的，而且是属于本体论的。此外，一心二门说既有存有论的意义，又有实践的意义，应当肯定，它主要是为了阐明佛教修持实践的，但它的精神实体生起万法的存有论思想也是鲜明地存在着的。
《大乘起信论》是吸取中国固有哲学的「性善」、「反求诸已」的思想和体用观念，继承印度佛教如来藏学说和阿赖耶识学说加工整合而成的创作。此论作者为了从理论上圆满阐述如来藏与藏识、清净与污染、真实与虚妄、世间与出世间等关系，采用了调和的方法加以贯通说明。但是，为什么说人心本来是清净觉悟的？真心本觉是先在的、独立的？真心是绝对的理性，又是众生具体的心体，这两者是怎样结合在一起的？真心作为宇宙万物的本原，它与众生成佛的根据是如何统一的？究竟如何从不生不灭的本觉心生出世间现象？绝对的真如本体能否受熏？如何受熏？无明与真如不相分离，又与真如相对立，那么无明又从何而起？又如何熏习真如？等等。这些理论上的深刻难题、内在紧张，也导致了不同宗派间甚至同一宗派内部长期的争论，如华严宗赞成真如受熏说，而唯识宗则坚决反对。又如天台宗内部后来形成了分别从真如门或生灭入手以契入真心觉性的不同派别对立等。
四、地论师与摄论师关于心识本原之论辩
在中国，印度佛教唯识思想的流传演为三系：南北朝的地论师学派、摄论师学派和唐代的法相唯识宗。由于地论师南北两道的分歧及与摄论师在第八识的性质判断上存在着差异，以致对以什么识为本原的问题产生了不同看法，出现了关于心识本原问题的争论。法相唯识宗批判了地论师的摄论师的思想，把阿赖耶识定位为本原识。
在第十一章「南北朝朝代佛教三大心性论思潮」中，我们曾就地论师和摄论师关于第八阿赖耶识的真妄之辩作了论述，此处则论述双方关于什么是本原识的分歧。地论师南道派创始人慧光再传弟子慧远在所撰《大乘义章》卷3末《八识义》界定第八识说：
阿梨耶（即阿赖耶）者，此方正翻名为无没，虽在生死，不失没故。随义傍翻，名别有八：一名藏识，如来之藏为此识故，是以经言，如来之藏名为藏识，以此识中涵含法界恒沙佛法，故名为藏。又为空义所覆藏故，亦名为藏。二名圣识，出生大圣之所用故。三名第一义识，以殊胜故，故《楞伽经》说之以为第一义心。四名净识，亦名无垢识，体不染故，故经说为自性净心。五名真识，体非妄故。六名真如识，论自释言，心之体性地所破故，名之为真，无所立故，说以为如。七名家识，亦名宅识，是虚妄法所依处故。八名本识，与虚妄心为根本故。〔注释：《大正藏》第44卷，524页下-525页上。〕
这是说，阿赖耶识即是如来藏自性清净心，亦即法性、法界、真如，该识含藏佛法，是众生成佛，进入涅盘境界的根据，也是「虚妄法所依处」，是虚妄心乃至虚妄现象的本原，总之，是一切法即世间法和出世间法缘起的总根源。
在地论学派流传过程中，南道保持了纯粹的传统，而北道因受到《摄论》的影响，思想发生了变化。北道派把阿赖耶识分为真、妄两部分：「真中分二：一、阿摩罗识，此云无垢，亦日本净，就真论真，真本常净，故曰无垢，此犹是前心真如门；二、阿梨耶识，此曰无没。即前真心，随妄流转，体无失坏，故曰无没。」〔注释：《大正藏》第44卷，530页中。〕阿摩罗识为真，阿赖耶识为妄，两者和合一体为第八识。阿摩罗识也即摄论师正式提出的第九识。南北两地道论师在缘起法本原问题上的分歧是，南地道论师以阿赖耶识本性即是真如、佛性，是一切法的依持，生一切法。北地道论师既以阿赖耶识为一切法的依持，生一切法，又认为阿赖耶识虽和如来藏无别，但并不具足一切功德，佛性是成佛后取得的。这表现了两派在本体论思想上的差异。
对于摄论师在第八识之外另立第九阿摩罗识，圆测《解深密经疏》卷3就此说：
真谛三藏依《决定藏论》立九识义，如《九识品》说。言九识者，眼等六识，大同识论。第七阿陀那，此云执持，执持第八为我，我所，唯烦恼障，而无法执，定不成佛。第八阿梨耶识，自有三种：一、解性梨耶，有成佛义。二、果报梨耶，缘十八界。故《中边分别偈》云：根尘我及识，本识生似彼。依彼论等说，第八识缘十八界。三、染污阿梨耶，缘真如境，起四种谤，即是法执，而非人执。依安慧宗，作如是说。第九阿摩罗识，此云无垢识，真如为体，于一真如，有其二义：一、所缘境，名为真如及实际等；二、能缘义，名地垢识、亦名本觉。具如《九识章》引《决定藏论？九识品》中说。〔注释：《续藏经》第1辑第34套第4册，360页。〕
这里是叙述摄论师创始人真谛的「九识」说。前六识即眼识、耳识等，依眼、耳等六根，分别缘取色、声等六尘，此六识，六根、六尘合为十八界。第七阿陀那识，以第八识为「我」。第八识有三种，一种有成佛因素，一种是缘取十八界，再一种是染污性的。后者把万法区分为有、无、亦有亦无。非有非无四类，为法所缚。这是真谛依照唯识师安慧的说法。在心识作用方面，安慧只承认自证分为实有，见、相二分都非实有。与安慧同时代的护法则立相、见、自证和证自证四分说。真谛认为第九阿摩罗识是清净识，无垢识，是以真如为本体的。真如包括客观的所缘境和主观的能缘心，即实际和本觉两方面。所缘境和能缘心如此结合，在八识外建立第九识，作为一切法的本原，这是真谛学说的生要特点之一。
总起来说，在缘起理论方面，地论学派中的南道派是以真如为依持，北道派则以阿赖耶识为依持，摄论师也以阿赖耶识为依持，同时又以第九阿摩罗识为一切法的本原。第九识实是从第八识中的解脱性、清净性部分派生而出的，更侧重于从成佛的「本觉」根据上立说。后来，北道派与摄论学派同化相合，融成一派，至法相唯识宗的兴起而趋于衰微。南道派则因其思想为华严宗所吸取也终结了它的传承。
五、天台宗的心本说
如上所述，天台宗智者大师（智顗并不赞成地论师的心具一切法和摄论师的阿赖耶识具一切法的观点，他提出了「理具一切法」的命题。在智顗看来，包括心或阿赖耶识在内的一切法都无自性。心如幻如化，不是实有的。从这层意义上说，心或阿赖耶识都不可说是具一切法。但是智顗又认为，心虽非实有，却也并不是一无所有，而且心的功能、作用极大，众生生死流转世界的生成，和众生觉悟成道进入涅盘境界，都系于心。从这层意义上看，则又可说心具一切法。且为了随顺因缘，教化众生也需要说心具一切法。如真理就含于心中，心中「理本」。「理具一切法」也即「心具一切法」。也就是说，心是「法本」心是一切存在的根本。地论师和论师是各有所偏，前者偏于心（心的法性）具一切法，后者则偏于阿赖耶识具一切法。智顗不然，他通过确立心的两重性格和无住品格，来说明一念妄心和一念净心都具足一切法，阐发了颇具特色的心本论。
在《法华玄义》卷8上，智顗明确提出了心本说，文云：
心是法本者，《释论》云：一切世间中，无不从心造。无心无思觉，无思觉无言语。当知心即语本。心是行本者，《大集》云：心行在行遍行。心是思数，思数属行阴。诸行由思心而立，故心为行本。心是理本者，若无心，理与谁含？以初心研理，恍恍将悟，稍入相似，则证真实，是为理本。〔注释：《大正藏》第33卷，778页中。〕
「法」，存在，现象界。「本」，根本、根基、原原。这是说，因众生一念心动而生起种种存在，故心是「法本」。由心而有思维，有思维而有语言，故心是「语本」。「行」，念虑。种种念虑都由心生起，故心是「行本」。「理」，即真理。心能包括真理，也能体证真理，故心是「理本」。智顗认为，心是存在、语言、念虑和真理的根本，也就是说，心是物质存在与精神存在的根本，是众生生死轮回流转和悟入真理成道解脱的根本。
如本章第一节所引，智顗非常强调心的两重性格，认为完整地说。「一念心」应当是「一念无明法性心」。「心」既有无明的一面，又有法性即明的一面。〔注释：《四念处》卷4，详见《大正藏》第46卷，578页。〕无明和法性是同一心全，一念心即具足一切因缘所生法，不论是一念无明染心还是一念法性净心，都具足一切法。也就是说，一切法是净是秽，端在一念心是无明或明（法性）。无明与明是同一事物显示出的两种不同意义，当一念心面对诸法时，若心无明则诸法都秽，若心明则诸法都净。
对于一念无明与法性的相即关系，智顗说：「凡心一念，即皆具十法界。一一界悉有烦恼性相、恶业性相、苦道性相。若有无明烦恼性相，即是智慧观照性相。何者？以迷明，故起无明。若解无明，即是于明。《大经》云：无明转，即变为明。《净名》云：无明即是明。当知，不离无明而有于明。如冰是水，如水是冰。」〔注释：《法华玄义》卷5下，《大正藏》第33卷，743页下。〕无明与法性是同一心体的两种「性相」，即两种不同的形相、状态，犹如同是水而表现为冰一样，是同一事物不同状态表现间的相即，所以无明即法性，法性即无明，地明与法生并非是两件截然分离的事物的相即。智顗还进一步直截了当地说：「心是诸法之本，心即总也。别说有三种心：烦恼心是三支，苦果心是七支，业心是二支。苦心即法身，是心体；烦恼心即般若，是心宗；业心即解脱，是心用。」〔注释：《法华玄义》卷1上，《大正藏》第33卷，685页下-686页上。〕意思是说，一念无明心可分为烦恼心、苦果心和业心三种，每一种又可分为二支乃至七支，心管如此，这三种心也分别即是法身、般若、解脱。也就是说，无明即明明即法性，烦恼即般若即菩提，生死即解脱即涅盘。无明与法性是心的负面与正面的对立的表示方式，两者的性质是相反的对立的，两者的存在则是相即不相分离的。显然这是一种诡谲的相即关系，是一种二律背反。
智顗认为，心有无明心即妄心和法性心即净心之分，而心作为「法本」，无论是一念无明心，还是一念法性心都是具足一切法的。从智顗的著作来看，他比较重视无明心具足一切法的阐述。一念无明心具足一切法的典型表述，就是智顗在《摩诃止观》卷5上提出的「一念三千」说，文云：
夫一心具十法界，一法界又具十法界、百法界。一界具三十种世间，百法界即具三千种世间。此三千在一念心，若无心而已，介尔有心，即具三千。亦不言一心在前，一切法在后，亦不言一切法在前，一心在后。……若从一切心生一切法者，此则是纵；若心一时含一切法者，此即是横。纵亦不可，横亦不可。祗心是一切法，一切法是心故。非纵非横，非一非异，玄妙深绝，非识所识，非言所言，所以称为不可思议境。〔注释：《大正藏》第46卷，54页上。又，文中「十法界」为地狱、饿鬼、畜生、阿修罗、人、天、声闻、缘觉、菩萨和佛。十法界互具为「百法界」。世间通常指五阴世间、众生世间和国土世间，为三种世间。此三种世间与「十如是」（表示诸法的普遍性相的十个形式概念，为如是相、如是性、如是体、如是力、如是作、如是因、如是缘、如是果、如是报、如是本末究竟等）互具，为「三十种世间」〕
这里，「一心」、「一念心」均指妄心而言。「三千」是通过十法界、三世间和十如是等交互相乘来表示宇宙整体。意思是说，众生只要猝然生起一念心，就可显现出「三千」境地、流连于「三千」境地。「一念三千」的境地是不可思议的，因为所显示的众生主体与宇宙客体不是生与被生、含与被含的关系，而是「非前非后」、「非纵非横」，同时顿显，同时俱起，同时沉降，同时寂静，是非一非异，两不相离的关系。这种关系难言难识，玄妙莫测，不可思议。这种一念与三千关系的实质，是心色关系，是色心不二的关系。天台宗九祖湛然也说：「总在一念，别分色心。……一切诸法无非心性。一性无性，三千宛然。当知心之色心，即心名变。变名为造，造谓体用。是则非色非心，而色而心。唯色唯心，良由于此。故知但识一念，遍见已他生佛。他生他佛尚与心同，况已心生佛，宁乖一念？故彼彼境法，差差而不差。」〔注释：《十不二门？色心不二门》，《大正藏》第46卷，703页上。〕这是说，色心「总在一念」，色心是「心之色心」。心的变造是体用关系，由此而论定心色是不二的关系。作为境界说的一念三千命题，蕴含着重要的哲学内容，它是一种世界观，也是一种本体论。