禅宗史上论及祖师禅的重要史料，除上面提到的仰山慧寂对香严智闲禅师的评论，后来还有香严禅师与仰山慧寂的又一段时话：「复有颂曰：『我有一机，瞬目视伊。若人不会，别唤沙弥。』仰山报沩山，曰：『且喜闲师弟会祖师禅也。』」〔注释：《香严智闲禅师》，《五灯会元》卷9，中册，537页。〕「机」是禅修时心灵产生的一种能力。「伊」指佛法。香严颂文的意思是说，我的心灵，眨眼间就能直觉到佛法。这种直觉是应缘接物，一如无心道人，是不存在知见又不废视听的。若不会这种禅法，就是如同未受具足戒的沙弥。香严禅师的颂文，这次得到了仰山慧寂的肯定，认为他是得到祖师禅的真传了。根据颂文「我有一机，瞬目视伊」就是祖师禅的立义，显然，仰山慧寂是以不作分别、当下顿悟为祖师禅的本质规定的。
石霜楚圆禅师发挥仰山慧寂的祖师禅说，进一步阐发祖师禅的长处，他说：「且道祖师禅有什长处？若向言中取，则误赚后人，直饶棒下承当，辜负先圣。万法本闲，唯人自闹。」〔注释：《石霜楚圆禅师》，《五灯会元》卷12，中册，703页。〕「赚」，骗。认为如来禅「向言中取」，是误导甚至是欺骗后人，有负先圣。认为万法本来无事，只是庸人自扰。这就是说，祖师禅的长处是离开言语文字的，是靠自心体悟，当下即是。这里说的「万法本闲，唯人自闹」，即一切现成的思想，实是祖师禅的理论基础。
后来，修祖师禅的禅师还进一步提出过祖师关的说法，强调修禅者必须要参透祖师禅机的关门，领悟祖师禅法的关口。《无门关》云：「参禅须透祖师关，妙悟要穷心路绝。祖关不透，心路不绝，尽是依草附木精灵。且道，如何是祖师关？只者一个无字，乃宗门一关也。」〔注释：《大正藏》第48卷，292页下。〕这里说祖师关的核心问题就在一个「无」字上，这个「无」字的内涵是什么呢？就是无一切相对相状，无一切相对差别，无一切相对格局。过祖师关，就是过「无」字关，就是离却言语知解，断绝思维活动，也就是「心穷路绝」，超越相对分别。只有这样，才能当下体证悟得，才算是进入了祖师禅的境界。
为了突出祖师禅的渊源有自，历史久远，禅门还提出「拈花微笑」的公案、「西天二十八祖」的说法和「祖师西来意」的机语。「拈花微笑」公案是说，「世尊昔在灵山会上，拈花示众。是时众皆默然，惟迦叶尊者破颜微笑。世尊云：『吾有正法眼藏，涅盘妙心，实相无相，微妙法门，不立文字，教外别传，付嘱摩诃迦叶』」〔注释：《无门关》，《大正藏》第48卷，293页下。〕这是一则在宋代以后才流传的故事。意思是说，有一次释迦牟尼在灵鹫山的说法会上手举一花，在场众人对释迦牟尼的动作茫然不知何意，独有摩诃迦叶发出会心微笑，表明他领悟了佛祖和奥意，与佛祖心心相通。释迦牟尼非常高兴，当即表示把正法传授给迦叶。这里的「正法眼藏」，是指体会正法的智慧宝藏。所说的「正法眼藏，涅盘妙心」是指佛的内证法门，也即不能以言说表达，只能以心传心的的甚深微妙法门。「拈花微笑」被祖师禅奉为「以心传心」的典型方式，是传授佛法真理的典范。中国禅师把创立佛教的教主释迦牟尼说成是不立文字、教外别传的创立者。实际上，不立文字、教外别传这种说法只是中国祖师禅法的要旨，是与释迦牟尼的法门迥异其趣的。
与拈花微笑的公案相应，中国禅师还提出「西天二十八祖」说。「西天二十八祖」是指印度依次传承禅法的有二十八位祖师，灵山法会上释迦牟尼心印的迦叶被推为一祖，阿难是二祖，直至菩提达摩为二十八祖。〔注释：详见契嵩：《传法正宗记》，《大正藏》第51卷，716-744页。〕菩提达摩是西天第二十八祖，同时又是东土初祖。菩提达摩后，依次相传为慧可、僧璨、道信、弘忍、慧能，总称为「东土六祖」。以上三十三位祖师连同佛祖释迦牟尼，统统被列为祖师禅的祖师。宋代以来，禅宗通过编排历代祖师的传授关系，以表示祖师禅自佛祖释迦以来，代代相承，法脉不绝，为祖师禅的源远流长制造了历史根据。同时，它的编排的虚拟性又为祖师禅的形成演变增添了历史迷雾。
菩提达摩既是从西方印度来中土传播禅法的初祖，他从西方印度传来了禅的密意，即是禅的真消息、真精神。「祖师西来意」究竟是什么呢？这个问话，成为了祖师禅开悟的机语，重要的公案。祖师禅认为，禅的真髓是强调人人具有成佛的心，而自心及其觉悟成佛，是要个人亲证，而不能以言诠来表示的。所以，禅师们对于「如何是祖师西来意」的提问，通常是给以似乎是不着边际的回答，以示不能把这一问题当作客观对象来考察，「西来意」只能意会，不能诠释，从而启发提问者转向自我内心的体悟。
在仰山慧寂以祖师禅与如来禅对举以前，马祖道一的门下庐山归宗寺智常禅师已将一味禅与五味禅相对扬，一味禅正是通向祖师禅的重要一环。史载：「师（智常）因小师大愚辞，师问：『什处去？』云：『诸方学五味禅去。』师云：『诸方有五味禅，我这里有一味禅，为什不学？』云：『如何是和尚一味禅？』师劈口便打，愚当下大悟，乃云：『嘎！我会也，我会也。』师争索云：『道！道！』愚拟开口，师又打，实时趁出。」〔注释：《庐山归宗智常禅师》，《联灯会要》卷4，《续藏经》第1辑第2编乙第9套第3册，250页。〕这里所说的「五味禅」是指前述宗密禅师在《禅源诸诠集都序》卷1中所归纳列举的五种禅。智常禅师贬斥五味禅为五味驳杂不纯不净的禅，高扬一味禅是纯正无杂的最上乘的禅。智常禅师不让小师大愚开口，开口便打，就是在暗示禅是不可开口，不能言说的，这就是祖师禅的本质所在。智常的一味禅说，一直受到后来禅师的肯定和称道。「僧（大愚）后到黄檗，举前话。檗上堂曰：『马大师出八十四人善知识，问着个个屙漉漉地，只有归宗较些子。』」〔注释：《庐山归宗智常禅师》，《五灯全书》卷5，《续藏经》第1辑第2编乙第13套第2册，125页。〕「较些子」，较好一些。黄檗希运认为马祖道一的八十四位弟子中，唯有智常较好些，好在他能超越语言表述，而其它的人几乎是只会语言文字表诠，这些言诠简直就像湿漉漉的一滩语言污秽。一褒一贬何其鲜明！宋代长灵守卓禅师评论说：「私酝香醇价又轻，至今官路少人行。归宗一味如连苦，蹉过丛林几后生。」〔注释：《颂古联珠通集》卷11，《续藏经》第1辑第2套第1册，66页。〕「连」，此指黄连。认为智常禅师的一味禅非常纯正，有如黄连，味虽苦涩，但能治病。意思说，修一味禅很艰苦，要付出加倍的努力，但结果是好的，有利于解脱痛苦，可惜的是一般人不易修持。一味禅的说法实为祖师禅出台的先导。
以上祖师禅禅师关于祖师禅意义的论述，概括起来其要点是：一是主张当下顿悟，凡提倡渐悟的，都不属于祖师禅。二是强调教外别传，不立文字，主张经教、知解和言诠的，不是祖师禅。三是提倡参透祖师关，斩断一切思念活动，凡参禅时心路不绝者，不算祖师禅。四是以心传心，师资相承，凡不属东土六祖系统和慧能一系的，不列入祖师禅。祖师禅的这些意义既是互相联系的，又是相对独立的，如凡提倡渐悟的，都不属于祖师禅，但又不等于凡主张顿悟的就都是祖师禅，只有既主张当下顿悟，又强调不立文字，教外别传的，才是祖师禅。教外别传，不立文字，是祖师禅最重要、最本质的核心规定，是祖师禅与其它禅相区别的主要标尺。
三、如来禅与祖师禅的禅法区别
如来禅与祖师禅是既有联系又有区别的两种禅修形态，而祖师禅又是在如来禅的基础上形成的，也主要是针对如来禅提出的。那么，如来禅与祖师禅的主要区别点何在呢？根据祖师禅禅师的有关论说，并结合祖师的习禅表现可以看出，两者的主要区别点，大约有以下四个方面：
（一）藉教悟宗与教外别传——宗旨不同
如来禅禅师重视从佛教经典出发理解佛学和禅。他们或奉《楞伽》，或尊《般若》，或诵《金刚》，主张用经教发明心地，只是在构成信仰以后，才不再凭借言教。他们也主张「不离文字」，强调知解。如慧能是听闻经义后「言下大悟」的。慧能也重视说法，其弟子还集录《坛经》传世。祖师禅则以「教外」自居，打出「教外别传」的旗帜，以与「教内」依据经籍的诸教派相区别，也表示与禅宗内部藉教悟宗的宗旨不同。《佛果阛悟禅师碧岩录》〔14〕云：「禅家流，欲知佛性义，当观时节因缘，谓之教外别传，单传心印，直指人心，见性成佛。」〔注释：《大正藏》第48卷，154页下。〕在祖师禅看来，佛教的真髓，禅法的密意，不是任何经籍文字所能契合的，也不是任何教说所能表露的，只能是直接地以心传心的体验方式来传达。这是强调对语言文字的超越才能表现出真正的禅法和更高的理境。祖师禅认为，以文字言说来传达的佛学和禅法，是教内系统；以心传心则是在教之外，是教外别传。祖师禅的斗机锋，打手势，参话头，乃至棒喝等奇诡动作，甚至呵佛骂祖等超常言行，就是表示以心传心的种种不可言说的禅修形式和手段。
（二）真心体用与自心显用——禅源差别
禅源即禅的本原，指众生本来具有的真心、本性、佛性，这是最高主体性，是众生成佛的根据。如来禅与祖师禅都认同众生本来具有佛性，这一点是相同的，然而对佛性的体与用，或者说对真心、佛性作用的看法则不完全一致。如来禅强调真心的体与用的区别，强调真心的用是依恃真心本体的作用，据此而预设一超越的分解，通过分解以显示超越的真心，显示真心本体的作用。祖师禅不同，它把真心、佛性和自心、自性等同起来，以自心、自性表示众生本来具有的超越的真心、佛性，全面地、充分地肯定自心、自性的意义和作用，认为语默动静，作恶造善，乃至全部贪、瞋、痴都是佛性的作用、表现。祖师禅强调作为真心、佛性的自心、自性的当前的觉悟，排除显示超越的真心、佛性的分解工夫。
（三）渐修顿悟与无修顿悟——方式歧异
自菩提达摩以来，如来禅并不排斥顿悟，而是主张通过渐修以达到顿悟的境界，为此提倡坐禅、看心、看净等渐修方式。祖师禅不讲渐修，而主张无修，所谓无修就是顺其自然，随缘任运，无修而修，修而无修。如前所引，王常侍拜访临济义玄，问堂上僧人是否看经、学禅，义玄回答说，既不看经，也不学禅，但能教他们成佛作祖。义玄是在自心显用、平常心是道的思想基础上，进一步主张无事是贵人，提倡不看经，不坐禅，而在日常行事中随时体悟禅的境界，提倡生活就是禅，无修即是修的平俗化的禅修模式。
（四）人格理想与艺术境界——境界分离
如来禅与祖师禅通过不同的禅悟方式而使个体生命意义飞跃，进入宗教境界、道德境界、哲学境界与艺术境界。如来禅与祖师禅都追求禅修成佛的境界，这点是相同的。然如来禅更偏重于宗教道德的修持，欲望的排除，观念的调整，人格的提升；而祖师禅则把终极理想落实在现实生活中，强调现实生命就是佛性的体现，主张在现实活动中获得情趣和美感，自得与满足，在感性直观中获得一种特殊的愉悦体验，即审美经验，从而在心灵的深处发挥、提升出一种灿烂的意识境界。
以上是我们根据有关的资料对如来禅与祖师禅的区别所作的概括，而从禅宗发展史来看，由于对祖师禅的界定不够明确，以致如来禅与祖师禅的区别，一直成为一些禅师的一大困惑。《潭州沩山灵佑禅师语录》在论及仰山慧寂勘定香严会祖禅师后，有这样的附录：「玄觉云：『且道，如来禅与祖师禅是分不分？』长庆棱云：『一时坐却。』云居锡微云：『众中商量，如来禅浅，祖师禅深。只如香严当时何不问如何是祖师禅，若置此一问，何处有也？』」〔注释：《大正藏》第47卷，580页下。〕这里把玄觉禅师和唐末五代长庆慧棱禅师，以及宋代云居清锡禅师的话组织在一起，表现出一种因难以区分如来禅与祖师禅而取消两者分别的倾向。文中玄觉禅师不知何许人，若指曾谒慧能，与慧能相问答而得印可，在慧能处留住一宿，翌日即离开的「一宿觉」，其生卒年为665-713年，远在仰山慧寂等禅师之前。又，时人认为「如来禅浅，祖师禅深」，清锡禅师认为，若香严当时向仰山问清什么是祖师禅，可能如来禅与祖师禅的关系就和现在的看法不一样了。
迄至明末，临济宗汉月法藏禅师还关注如何抉择如来禅与祖师禅，并就两者的界说作了明确的区分：「祖师禅者，透十法界之外，不堕如来之数，故曰出格。如来禅者，起于九种法界，堕在十法界之顶，犹是格内。欲知格内格外之分，须在一事一物上分清十法界诸种之见，直到极顶方是如来地位，祖师禅又从佛顶上透出。」〔注释：《三峰藏和尚语录》卷6，蓝吉富主编：《禅宗全书》第52册，621页，台湾，文殊文化有限公司，1990〕「十法界」，即地狱、饿鬼等「六凡」和菩萨、佛等「四圣」。汉月法藏禅师以十法界为格局，认为祖师禅是超出十法界的极顶佛的界限，而如来禅则以如来佛为目标，是在十法界之内。如来禅与祖师禅的区别就是「格内格外之分」。汉月法藏禅师把祖师禅视为在境界上超出或高于成佛的禅法，如此，在理论上必然带来困难：佛教以佛为觉悟者，为十界之最上等，也即达到了最高境界者，而「从佛顶上透出」的「出格」，应是高于佛的更高境界了，在佛教看来，这种境界是不存在的。通常禅宗讲超佛越祖是指超越佛与祖师的权威，显露众生自家本具的佛性，并不是说在成就的果位上超越佛，在达到的境界上高于佛。「出格」，是超越佛的境界，实际上也就游离于佛教之外了。此外，汉月法藏还认为，要达到格内外之分，就必须在具体事物上分清十法界的不同知见、见解。汉月法藏的这一看法和传统的祖师禅反知见、反见解的主张也是不一致的。由此看来，汉月法藏禅师对如来禅与祖师禅的区分，虽然简要明快，但是并不符合以往禅宗祖师区分如来禅与祖师禅的主流界说。
当代太虚法师（1889-1947）在《中国佛学特质在禅》〔注释：见张曼涛主编：《现代佛教学术丛刊》第2册《禅学论文集》，1-111页，台湾，大乘文化出版社，1976。〕一文中，把菩提达摩至五家的禅分至三个发展阶段和三种禅修形态：从菩提达摩到慧能的禅为「悟心成佛禅」，慧能以后至五家禅宗之前为「超佛祖师禅」，五家禅宗称为「越祖分灯禅」。从名称的角度言，「悟心成佛禅」实即如来禅，而后两种禅均可称为祖师禅，因为祖师禅自然是「超佛」的，而「越祖分灯」也是祖师禅的分灯，并没有越出祖师禅法的轨道。把太虚法师提出的三种禅法名称归结为如来禅与祖师禅两种也未尝不可，这样也许更为简要、明确。不过。从历史的角度而言，太虚法师提出在菩提达摩至五家禅宗的禅法存在着三个阶段，可以看出其间的禅法的演变，又给人以重要的启示。
四、如来禅与祖师禅的历史界限