那么郑玄究竟所就何本？郑本原本今不可见。敦煌、吐鲁番虽发现有郑注《论语》残卷，尤其是吐鲁番阿斯塔那363号墓出土有唐中宗景龙四年卜天寿所抄写的郑注长卷，但篇题下多标“孔氏本，郑氏注”，所以也不能直接作为参证。唯一可据的，是《经典释文》所保留的相关材料。《经典释文》于《论语》除音注之外，往往还有关于郑本异文的纪录。如于《学而》篇“传不”下云“郑注云：‘《鲁》读“传”为“专”，今从《古》’”；于《公冶长》篇“崔子”下云“郑注云：‘鲁读“崔”为“高”，今从《古》’”；于《先进》篇“而归”以下注“如字。郑本作‘馈’，馈酒食也。《鲁》读‘馈’为‘归’，今从《古》”。后者“《鲁》读”句上虽未署“郑注云”字样，但亦必是郑氏之语，否则便与经字矛盾。可见此处“馈酒食也”以下皆为郑注之语。由此可知，《释文》中凡“《鲁》读（或作）‘某’为‘某’，今从《古》”之语，皆取于郑注。那么郑氏既言“《鲁》读‘某’为‘某’，今从《古》”，就说明他所据的底本为《鲁》，是以《古》校《鲁》。可见《论语序》“郑玄就《鲁论》篇章”之说是正确的，而《隋书·经籍志》“以《张侯论》为本”之说是错误的。同时又可看出，郑本多从《古》字。看来所谓“考之《齐》、《古》”，只能是以《古》为主。或者说虽并考《齐》、《古》，但多从于《古》。清人徐善源《论语鲁读考》谓郑“所读正五十事，见于《释文》者二十三事而已，皆从《古》也。其从《齐》者当有二十七事”，未免机械。《释文》岂必尽录五十事？《释文》未见一“齐论”之字，又怎知其所录就是《齐论》？所以不可信。王国维《书〈论语郑氏注〉残卷后》又云：“郑氏所据本为自《鲁论》出之《张侯论》，而字句全从古文。”谓其字句全从古文，恐怕也不尽然，因为言“今从《古》”者毕竟有数；而谓郑氏所据本为《张侯论》，则更是为《隋志》及《释文》所误。
《古论》出孔壁，与《鲁论》同属鲁。今二本多异字，只能说是在流传过程中产生了异文。而正因为《古论》与《鲁论》同源，所以篇章相同。《隋书·经籍志》亦云：“《古论语》与《古文尚书》同出，章句烦省与《鲁论》不异，唯分《子张》为二篇，故有二十一篇。”与何序“分《尧曰》下章‘子张问’以为一篇，有两《子张》篇”之说相同。《汉书·艺文志》注引如淳曰以为“分《尧曰》篇后‘子张问何如可以从政’已下为篇，名曰《从政》”。虽所言篇名不同，但言所分则同。可见《古论》确分《尧曰》为两篇。
《古论》何以分《尧曰》下章“子张问”以为一篇？以今本视之，当是因为该章文体与上诸章不同的缘故。而事实上，考其文义即可知道，该章文体虽与上诸章异，而所言“五美”、“四恶”，实质上也是为君主立言。如所云“因民之所利而利之”、“择可劳而劳之”、“正其衣冠，尊其瞻视，俨然人望而畏之”、“不教而杀”、“不戒视成”、“慢令致期”、“出纳之吝”之类，显然是为君者之事，与上诸章如“所重民食、丧、祭”、“宽则得众，敏则有功，公则［民］悦”等主旨无异。主旨相同，自应同篇。可见《古论》多分出一篇，只是传之者未能真正理解文义所致。所以，《古论》必非《论语》原本。何序又言《古论》“篇次不与《齐》、《鲁》同”，可见其确为后人重新编排，而非初编之旧。那么也就说明，《鲁论》为较原始之本。至于《齐论》，自应是《论语》原本传齐以后出现的增订本，所以有“烦惑”之言，多出《问王》、《知道》二篇。需要指出，宋元以来为数众多的学者对《齐论》做过种种推测假设，甚至辑录复原，但皆无实据，不可从信。
《张侯论》未变乱《鲁论》篇章，郑玄亦就《鲁论》篇章，说明郑玄本、《张侯论》及《鲁论》三本篇章相同，至少皆应是二十篇，与出于何晏本之今本《论语》相同。那么今本究竟出自何本呢？这个问题，当从当年何晏等人撰《论语集解》以何本为底本究。
何晏等人当年以何本为底本，《论语序》没有明言，但陆德明《经典释文》亦可帮助我们解决这个问题。前面说过，《经典释文》音《论语序》，说明其所据用为何晏之本。而今《释文》中多有“郑（或郑本）作‘某’”之语，如《为政》篇“众星共”下云“郑作‘拱’”、“错”下云“郑本作‘措’”、“十世可知也”下云“一本作‘可知乎’，郑本作‘可知’”，等等。“郑本作某”，明显是为校语，标注传本异同而已，说明必非以郑本为底本。那么，也就只能是以《张侯论》为底本了，因为他不可能又回到《鲁论》上去。然而《释文》又有单言“《鲁》作‘某’，今从《古》”者。如《乡党》篇“瓜祭”下云“《鲁》读‘瓜’为‘必’，今从《古》”，“人儺”下云“《鲁》读为‘献’，今从《古》”，“赐生”下云“《鲁》读‘生’为‘牲’，今从《古》”，“车中不内顾”下云“《鲁》读‘车中内顾’，今从《古》”，等等。前面我们知道，凡“《鲁》作‘某’，今从《古》”，皆取郑玄之语。那么，所有这些地方，都应是从郑本。又如《尧曰》篇“孔子曰不知命无以为君子也”下注：“《鲁论》无此章，今从《古》”，该章也应是从郑玄本据《古论》补入，可见何晏本亦有从郑本者。由此可知，何晏本至少是参校《张侯论》与郑本而成，而非单从一本。那么，今本《论语》，就当是《张侯论》与郑玄本的合校本。又考《释文》言“郑本作‘某’”者凡30余处，单言“《鲁》作‘某’，今从《古》”者17处，说明何晏之本从《张侯论》者多，从郑玄者少。所以，何晏等人当以《张侯论》为底本，以郑玄本为参校，总之非从一本来。看来何晏等人当年确如其《论语序》所言，是以《张侯论》为贵，又集诸家之善。那么，我们就不能说今本《论语》基本上就是《张侯论》，更不能说出自郑玄本。看来传统关于今本由来的认识，并不正确。
今本既出自《张侯论》与郑本，而《张侯论》又出《鲁论》、《齐论》，篇章亦从《鲁论》；郑本出《鲁论》、《古论》、《齐论》，篇章基本亦从《鲁论》，而《鲁论》又为较原始之本：那么，今本《论语》就应基本保留较为原始的《论语》篇章之旧。而事实上考诸今本，亦可知其篇章未杂《齐论》。因为《齐论》有《问王》、《知道》二篇，而以“问王”、“知道”名篇，以例必当有含“问王”、“知道”字样之章，而今本《论语》之中，则不能考见此两章痕迹。唯一需要说明的，是《尧曰》篇“孔子曰不知命无以为君子也”章，《释文》据郑玄云“《鲁论》无此章，今从《古》”，说明该章出《古论》。然而定州汉墓所出竹简《论语》亦有此章（作“子曰”）。定州简本的抄写年代，据考在汉高祖时期，陈东：《关于定州汉墓竹简<；论语>；的几个问题》，《孔子研究》2003年第2期。早于《古论》之出。可见此章并非《古论》专有。所以，即使郑玄所见《鲁论》无此章，也不能遽视此章为后人所增。
（五）《论语》的分章
章，即章节。《说文解字》云：“乐竟为一章。从音从十，十，数之终也。”说明本义取“数之终”。所谓数之终，就是构成一个整数。可见“章”有“完整”之义。所以，古人以一段有完整意思的文字为一章。《论语》分章，历来有异：皇侃《论语义疏》分480章、陆德明《经典释文》分492章、邢昺《论语注疏》分481章；朱熹《论语集解》分483章，而具体所分与皇、邢又多异同；今通行本——杨伯峻《论语译注》分486章，与赵岐《孟子篇教》所云“《论》四百八十六章”之数同。钱穆《论语新解》，从朱子亦分483章。各家之分，于《乡党》篇皆以1章计，分节又各不同。以理而言，“章”字之义既明，分章就不应有异。今各家区分不同，无疑是因为各自对文义理解不同，或者因版本文字有异而产生异解所致。而事实上，不管任何文献，其文义在本初作者那里只能有一种，其原始文字版本也只能有一种。那么，只要对文献版本文字做出合理的校订，恢复其本来面目，再对其文义作出客观合理的解释，其章节自然就能够得到确定。《论语》当然也不会例外。笔者在校释基础上重订其经文为493章；又分《乡党》1章为32节，计凡524章节，与前人各家又多异同，今分篇略说如下：
《学而》第一，旧凡十六章，《释文》及各家同。今按三“子曰巧言令色鲜矣仁”又见《阳货》篇，于彼义较协，而于此则显突兀，当是后人不知上章“仁”字之误而附，故今删此而存彼，则此篇实为十五章。又第八章“子曰：君子不重则不威，学则不固”以下“主忠信，无友不如己者，过则勿惮改”三句又见《子罕》篇，前有“子曰”二字。今按“君子不重则不威，学则不固”二句，显然已有完整意思，而“主忠信”以下所言又与之没有关系，所以，必不能同章。而“主忠信”三句无主语，不能构成完整的意思，所以又不能独立为章。或谓“主忠信”以下别为一章而上脱“子曰”二字，似不可信：一则无据，二则所言与“学”无关，三则与《子罕》篇重复。所以，今疑“主忠信”三句涉《子罕》篇而衍，属错简所致，故应删除。
《为政》第二，凡二十四章，《释文》及各家同，今亦同。
《八佾》第三，凡二十六章，《释文》及各家同，今亦同。
《里仁》第四，凡二十六章，《释文》及各家同，今亦同。
《公冶长》第五，皇侃、《释文》、邢昺各家分二十八章，通行本从。朱子以第一、二两章合作一章，分二十七章。今按一“子谓公冶长‘可妻也。虽在缧绁之中，非其罪也’，以其子妻之”，与二“子谓南容‘邦有道，不废；邦无道，免于刑戮’，以其兄之子妻之”事虽相类，但终为二事，而且各有完整意思，合一非是，故今不从，仍分二十八章。
《述而》第六，皇侃、《释文》、邢昺各家皆分三十章，通行本从。朱子以第一、二两章合作一章，以第四、五两章合作一章，分二十八章。今按一“子曰：‘雍也可使南面’”，与二“仲弓问子桑伯子，子曰：‘可也，简。’仲弓曰：‘居敬而行简，以临其民，不亦可乎？居简而行简，无乃太简乎？’子曰：‘雍之言然’”，所论显为二人二事，不当合。四“子华使于齐，冉子为其母请粟。子曰：‘与之釜。’请益。曰：‘与之庾。’冉子与之粟五秉。子曰：‘赤之适齐也，乘肥马，衣轻裘。吾闻之也，君子周急不继富’”，与五“原思为之宰，与之粟九百，辞。子曰：‘毋！以与尔邻里乡党乎’”虽皆言粟，但为二人之事，各有完整意思，前后相次，只能说是以类相从，而不得谓为一章。所以今皆不从，仍分三十章。
《述而》第七，皇侃分三十七章。《释文》云：“旧三十九章，今三十八章。”邢昺以皇侃第九章“子食于有丧者之侧，未尝饱也。子于是日哭，则不歌”一分为二，与《释文》三十八章之数同，今通行本从。朱子又以邢昺第九、十两章合作一章，与皇侃同。今按第九章“子食于有丧者之侧，未尝饱也”二句虽有完整意思，但以下“子于是日哭，则不歌”之“是日”则承上指食于有丧者之侧之日，说明与上为一事。若分之，则“是日”无所指，不为义。所以，当以皇、朱为是，今从之。
又：此篇旧各家皆以“子谓颜渊曰：‘用之则行，舍之则藏，唯我与尔有是夫！’子路曰：‘子行三军，则谁与？’子曰：‘暴虎冯河，死而无悔者，吾不与也。必也，临事而惧，好谋而成者也’”（通行本第十一章）作一章，非是。此“子谓颜渊”为一事，“子路曰”以下明为另一事，各有完整意思，义不相涉，当别之。
又：此篇旧各家皆以“子曰：‘圣人，吾不得而见之矣；得见君子者，斯可矣。’子曰：‘善人，吾不得而见之矣；得见有恒者，斯可矣。亡而为有，虚而为盈，约而为泰，难乎有恒矣’”（通行本第二十六章）作一章，亦非。文有两“子曰”而各有完整意思，以例当别。二章文句虽近，也只是以类相从而已。如此，则此篇当分三十九章，与《释文》所云旧数合。
《泰伯》第八，旧各家及《释文》皆分二十一章，今别为二十三章。原二作“子曰：‘恭而无礼则劳，慎而无礼则葸，勇而无礼则乱，直而无礼则绞。君子笃于亲，则民兴于仁；故旧不遗，则民不偷’”，而“君子”以下所言，与上“恭”、“慎”、“勇”、“直”显无联系。唐写郑本（希伯和二五一号写本）“君子”上有“子曰”二字，见王素：《唐写本论语郑氏注及其研究》第93页，文物出版社1991年11月版。 于义为长，故当别为一章。可见各家皆因所据本脱“子曰”二字而误解。
又：原第十五章“子曰：不在其位，不谋其政”，又见《宪间》篇，而于彼较谐，故删此留彼。
又：原第二十章作“舜有臣五人而天下治，武王曰‘予有乱臣十人’。孔子曰：‘才难，不其然乎？唐虞之际，于斯为盛。有一妇人焉，九人而已。三分天下有其二，以服事殷，周之德，其可谓至德也矣’”。而自“三分天下有其二”以下所言，与以上所论显无关连，以上论才难，以下论周德，不得为一章，故亦当别。惟“三分天下有其二”以上，亦当有“子曰”二字，今盖脱。“三分天下有其二”之语，亦见《逸周书·太子晋》篇。其文曰：“如文王者，其大道仁，其小道惠，三分天下而有其二，敬人无方，服事于商。”亦是论周德，与才无关。此章之语，或是孔子述《太子晋》之文。
《子罕》第九，皇侃、邢昺分三十章；朱子亦分三十章，但以皇、邢之第六、七两章合一章，又以其第三十章别为二章。《释文》“凡三十一章”，今通行本同。今按：皇、邢之六为“太宰问于子贡曰：‘夫子圣者欤？何其多能也？’子贡曰：‘固天纵之将圣，又多能也。’子闻之，曰：‘太宰知我乎！吾少也贱，故多能鄙事。君子，多乎哉？不多也’”，第七章为“牢曰：‘子云：吾不试，故艺’”。按二章所言明为二事，各有完整意思，合之非。第三十章为“子曰：‘可与共学，未可与适道；可与适道，未可与立；可与立，未可与权。唐棣之华，翩其反而。岂不尔思？室是远而。’子曰：‘未之思也，夫何远之有’”，“唐棣之华”以下言思，显与上义不同，别之是。又旧第十八章为“子曰吾未见好德如好色者也”，与《卫灵公》篇重，定州简本似无，当是错简衍文，故此篇当为三十章，《释文》及通行本是。然“吾未见好德如好色”章与《卫灵公》篇重，而于此篇则与上下章不伦，当涉彼而错衍，宜删，故仍为三十章。
《乡党》第十，此篇因总记孔子举止、容仪，及衣着、饮食等生活习惯，故《释文》云“凡一章”。皇侃分二十一节，邢昺分二十二节，朱子云分十七节实十八节，通行本分二十七节。各家异同为：皇、邢二家前二十节同，皇最末一节（通行本同）邢分为二节；皇、邢第一节包括朱及通行本一、二两节，第二节同于朱及通行本之第三节，第三节同于朱及通行本之第四节，第四节同于朱及通行本之第五节，第五节包括朱及通行本之第六节及第七节之前半“齐必有明衣，布”；第六节包括朱第七节后半“斋必变食，居必迁坐”及第八节，及通行本之第七节后半，及第九、十、十一节；第七节包括朱第九、十两节，通行本第十二、十三两节；第八节包括朱第九及第十节前半“乡人饮酒，杖者出，斯出矣”；第九节相当于朱第十节后半“乡人傩，朝服而立于阼阶”；第十节相当于朱第十一节后半“康子馈药，拜而受之，曰：‘丘未达，不敢尝’”；第十一节相当于朱第十二节；第十二节相当于朱第十三节前半；第十三节相当于朱第十三节后半；第十四节相当于朱第十三节后一部分；第十五节与朱十四节同；第十六、十七节相当于朱第十五节；第十八、十九节相当于朱第十六节；第二十节相当于朱第十七节。皇第二十一节相当于朱之第十八节。通行本前七节与朱同，第八、九、十、十一节朱作一节，第十三、十四节朱作一节，第十五、十六节朱作一节，第十八、十九、二十节朱作一节，第二十二、二十三朱作一节，第二十四、二十五朱作一节。今又以通行本第十八节后半之“侍食于君，君祭，先饭”别为一节，以通行本第二十五节之“见齐衰者，虽狎，必变。见冕者与瞽者，虽亵，必以貌”别为一节，“凶服者式之，式负版者”别为一节，“有盛馔，必变色而作”别为一节，“迅雷风烈，必变”别为一节，第二十六节之“升车，必正立执绥”与“车中内顾，不疾言，不亲指”分为二节，共作三十二节。