西藏与中央王朝真正建立联系是在13世纪初，蒙古国崛起，致力于统一全国的事业，1244年驻扎凉州的蒙古国王子阔端派人了解乌思藏各派政教势力割据的形势后，派人召请学富五车的西藏佛教界的代表萨迦班智达·贡噶坚赞，“班智达”就是通达佛教“五明”的大学问家的意思，他是萨迦教派的第四代祖师，在当时的西藏佛教界享有极高的威望。作为西藏佛教界与地方政治势力的代表，1247年萨班与阔端就统一乌思藏问题在凉州进行了会晤，达成协议，并由萨班写信劝谕乌思藏各地首领呈献图册，交纳贡品，接受蒙古派官设置，归入蒙古国管辖，这是一次有重大历史意义的会晤。后来元代中央在西藏地方建立行政体制，奠定西藏地方直辖于中央的基础，就与此次会晤有关。一般把这个时间作为西藏正式归入中国版图的一个起点，其历史意义重大。西藏的“政教合一”制度开始很早，佛教与政治有着密切的联系，这种形态在中国其他民族当中是较少的。元朝在中国建立统一事业之后，也奉行崇奉西藏佛教的政策，利用宗教领袖来控制西藏地方。当时的萨迦派就受到元朝的推崇，由八思巴国师负责成立了“总制院”，它的责任一方面是管理全国的佛教，另一方面就是统领西藏地区，是一个权力很大的机构。八思巴很受忽必烈的推崇，被封为帝师，还受其委托创造了蒙古新字（八思巴文），定为国书，下诏颁行，八思巴被封为“大宝法王”。元朝派员进藏区调查户口，确定贡赋，设立驿站。在元中央政府的支持下，建立了以萨迦僧人为首的地方行政机构，在藏区划分了13个万户，万户长由中央政府直接任命。八思巴在元朝社会起了非常大的作用，跟元朝的皇室关系也非常密切。从那个时候起，藏传佛教就传入元朝的宫廷当中，为皇室所信仰，帝师也就成为皇室的精神支柱，皇帝继位前都要从帝师那里接受灌顶与戒条。宫廷中还经常举行藏传佛教法事，一年达数百次。元代在大都修建了大护国仁王寺、大圣寿万安寺等众多寺院。西藏僧人享受特权优待。八思巴的徒弟还把尼泊尔的佛教艺术介绍过来。所以，藏传佛教从元朝开始就有非常大的影响力。由于有些僧人把一些糟粕也传了进来，因此在很多正史当中对于藏传佛教都是负面的介绍，甚至有人认为元朝的灭亡就是过分推崇喇嘛教的结果。当时喇嘛教的势力之所以极为强盛，就是因为朝廷给了它过高的地位，普通百姓伸手骂僧人，就要把手指头剁下，王妃出行若是挡了大喇嘛的道，也把王妃从车上拽下来殴打。
大量的元代文物现在仍保存在西藏，这是“统领释教大元国师”玉印。这样的印现在还有两方，元代的印章还有很多。西藏对中央王朝的向心力从元朝开始就产生了，对元朝皇帝的奏书、圣旨一直保存得很好，历史档案的保存也比内地好得多。这主要是因为西藏的寺院是很封闭的，它的历史传统是一代一代延续下去的。萨迦派在西藏维持了约一百年的地方统治，后来帕木竹巴派崛起于前藏山南，取代了萨迦的权威。
到明代之后，宫廷和西藏的关系仍然非常密切。明朝中央实际上也继承了元朝的治藏方针，从洪武开始就派员到甘青康藏各地招抚元朝旧官，缴回元朝印信，只要那些官员把元朝的印信缴回来，承认大明王朝，就重新封受官职，级别不变。还设立乌思藏、朵干、河州三卫管理西藏地区。特别是到了永乐时期，永乐皇帝本人对于西藏佛教也非常推崇，多次派人请西藏高僧来内地传法。永乐四年，西藏的一个佛教教派领袖五世噶玛巴到访南京。西藏现在还完好地保存着如来大宝法王到内地传法的大长卷，长49.68米。这是非常重要的历史文物。这个长卷上按照噶玛巴传法的时间地点按日画下来，并用汉文、藏文两种不同的文字分别作了介绍。画上画的是说法时候天上出现五彩祥云的景像。永乐皇帝封噶玛巴为“大宝法王”，这个称号在元朝的时候曾经封予八思巴。
明朝的宗教政策基本继承了元朝，但有一个特点，元朝是专门推崇萨迦一派，明朝改变了元朝独尊萨迦的政策，而是采取“多封众建，尚用僧徒”的办法，对各教派领袖人物，只要拥戴朝廷、朝贡并且请封，就给予封号。先后封“大宝法王”、“大乘法王”和“大慈法王”三大法王，“阐化、阐教、辅教、护教、赞善”五王，法王之下的封号还有“西天佛子”、“大国师”、“禅师”等，凡国师以上有资格定期进京朝贡，朝廷给予优厚的赏赐，发给朝贡者“茶引”，允许他们按照“茶引”数量买茶叶驮回去贩卖。因为牧业地区生活离不开茶叶，中原军队、农耕、交通离不开马匹，“茶马互市”是古代牧业地区和中原农耕地区经济往来的重要内容。中原王朝往往通过“茶马互市”来控制游牧民族。明朝这种较元朝松散的策略，使藏族上层留恋贡市之利，尊重中央的封职，无不共尊明朝，明中央对藏族地区各地方各教派势力接触广泛，联系密切，这对藏族地区封建制度的巩固，藏汉联合的加强起了重要作用，因此明代西藏与内地联系紧密，既促进了茶马互市贸易往来，也促进了藏汉文化的交流。明王朝的治藏政策是成功的。明王朝对西藏没有用过兵，西藏地方积极拥戴明王朝，西藏地区形势安定，使得西藏的佛教文化发展在明代达到了一个高峰。