当罢工失败，丈夫牺牲，公公发疯，儿女相继葬身矿井之后，为了不使嗷嗷待哺的孩子和精神失常的公公坐以待毙，马安嫂不得不重下矿井。亲人的牺牲，斗争暂时的失败，始终未能挫伤她的斗志。相反，她变得愈加坚定和镇静，更能明确地判断事物了。她坚信矿工们的血是不会白流的。那些屠杀她亲人和同志们的凶手，终究会受到应有的惩罚。她确信世上的不公道决不能再这样持久下去，总有一天会有一个“好上帝”来替可怜的人们报仇。
左拉在《萌芽》中除了塑造一批普通工人形象外，还着意刻画了4位工人运动领导者形象。由于作者当时尚未完全摆脱社会改良主义思想影响，因而他笔下的工人运动领导者形象，不是小资产阶级社会主义者，就是无政府主义者或改良主义者。
哀田纳原是铁路工场一名工人，因掴了工头的耳光被资本家解雇，转到服娄矿场劳动。他是“第一国际”的一名成员。出于其阶级地位，他对矿工的艰苦劳动和悲惨生活抱有深切同情，对资产阶级怀有切齿痛恨。他如饥似渴地大量阅读各种革命理论著作，对社会主义学说进行不懈的探索。在这期间，他思想上曾一度出现犹豫和混乱，最后变为共产主义的信奉着。这种情况，反映了19世纪80年代法国工人运动所具有的特点。
作品具体描写了哀田纳如何参加、组织和领导服娄矿场广大工人的罢工斗争。他到处发表演说，用社会主义革命理论武装工人，与公司进行谈判，同“第一国际”保持密切联系。但是，由于他政治上的幼稚，思想上的混乱，斗争经验的缺乏，对工人运动的方向没有足够的了解，特别是他对实行社会改革的方法非常模糊，因此，在这场斗争中，他未能提出明确的政治纲领，制定正确的斗争策略，甚至错误地认为，有必要将政治排斥在社会问题之外，使这场斗争过分集中在经济范围之内。这样，他就不能把矿工们的斗争引向一条正确的道路，而导致这一斗争的失败。当然，斗争的失败还有其深刻的历史原因，那就是资产阶级尚未到死亡时期，无产阶级还不够成熟，正处于从自在阶级向自为阶级过渡阶段。
服娄矿场罢工斗争失败后，哀田纳的思想发生明显变化。他对自己所进行的革命工作开始感到厌倦。贫穷落后的矿工引起他的厌恶。他决心要使矿工们上升到资产阶级安适与优雅的位置上去。他一反过去的主张而认为，暴力不一定会促进事物的改变，破坏矿场是一种毫无意义的行动。他决定放弃暴力行动，幻想通过合法的斗争形式，从议会里去夺取胜利。哀田纳身上反映出来的这种改良主义思想，正是作者本人政治观点的自然流露。
作为一个工人运动的领导者，哀田纳身上还存在着一些旧的思想残余。他酷爱名利，虚荣心极重，往往把自己视为群众的救世主。他幻想有一天当上议员，在国会发表演说去抨击资产阶级。他对权力的梦想甚至达到十分荒谬可笑的地步。他曾为自己勾画了一个伟大场面：一旦无产阶级取得政权成为社会的主人时，他，这位曾拯救人民的救世主，将拒绝人民给予他的任何职位，而把所有权力归还人民，由人民自己去掌管。这种把个人凌驾于群众之上、而把人民群众视为恩赐的对象的观点，同一个无产阶级革命者应有的思想品质毫无共同之处。左拉笔下的哀田纳充其量只不过是一个小资产阶级社会主义者罢了。
哀田纳的崇拜偶像普鲁砂，原是一个工厂的工头，后来成为社会主义信徒、工人运动领导者。他的革命任务就是不断到各地开会，发表演说，宣传他所信奉的思想。为了组织、动员各地工人参加“第一国际”，多年来，他已完全脱离劳动，变成一个政治人物。他平时衣着整洁，十分注意修饰，常常因自己在讲台上的成功演说而沾沾自喜。他绝不是一个真正的无产阶级革命家，而是和哀田纳同一类型的人物。
作品中另一位工人运动领导者苏佛林是一个无政府主义者。作为巴枯宁的忠实信徒，他竭诚拥护并积极宣传巴枯宁破坏一切的学说。他坚决主张，必须把世上一切陈旧的事物统统铲除净尽，使政府、财产、民族、上帝永远不再存在。他认为，只有当这腐烂透顶的世界不再留下半点东西，整个地球被血洗过，被大火净化之后，一个美好的社会才会诞生出来。为了实现这一切，可以不择手段，必要时可以用火，用毒药和匕首进行可怖的谋杀，以激起统治者的恐慌，唤醒沉睡的人民。在服娄矿场，苏佛林一度实践了他的政治主张。当罢工失败后，他彻底破坏了这个矿场，以此对资本家进行报复。但是，却使井下的矿工遭到无辜的牺牲。
作者对苏佛林所信奉的无政府主义显然持批评态度，但对他的献身精神，始终不渝的革命斗志和优秀品德却一再赞颂，认为他是一个时刻准备偷偷地去贡献自己的生命，而不要求殉道的光荣的人。
与哀田纳经常发生冲突的另一位工人运动领导者赖赛纳，原是服娄矿场工人，由于参加罢工，被公司辞退，开了一家酒店，做了老板，在工人中颇有影响。他反对资本家的压迫和剥削，但不主张对资本家采取过激行动和公开斗争，而提倡妥协主义。他认为，资本家和工人之间应建立相互谅解的关系。他不支持罢工，更反对暴力行动。赖赛纳坚决反对改变整个世界。他始终认为，矿山不能是矿工们的财产，正如纺机不能属于纺工们一样。如果要工人站到工厂主的位置上去均分财富，那将是十分愚蠢的行为。从赖赛纳上述的政治主张可以看出，他是一个典型的改良主义的鼓吹者。
《萌芽》是一部具有很高认识价值的优秀的批判现实主义作品。左拉的最大功绩在于，他不仅是第一个在自己作品中塑造了无产阶级形象，并把无产阶级作为作品主人公的资产阶级作家，而且也是第一个发现了赤手空拳的工人具有不可抗拒的力量，并对工人表示深切同情的资产阶级作家。然而，不无遗憾的是，左拉在《萌芽》中所塑造的4位工人运动领导者的形象，没有一个是真正无产阶级革命者的典型。这是作家的世界观，特别是他的社会改良主义思想的必然反映。关于这一点，我国无产阶级作家瞿秋白曾明确指出过，左拉在《萌芽》中所表现的根本思想，“始终没有逃出社会改良主义的乌托邦”。
左拉在文学理论上接受了孔德和泰纳的实证主义哲学思想，在文学上追随法国自然主义先驱作家龚古尔兄弟，在创作实践中运用达尔文进化论学说中的遗传规律，从而形成一套完整的自然主义理论，并以这一理论来指导他的创作。这样，在他不少作品中都程度不同地表现了自然主义的倾向。虽然，同左拉的其他作品不同，《萌芽》是一部批判现实主义作品。即使是这样一部作品，也未能完全摆脱自然主义的影响。作品不适当地强调了遗传规律的决定作用和人的动物性的一面，把人物放在生理因素的绝对支配之下行动，并且用生物学进化论观点解释社会发展规律。哀田纳是作者积极肯定的人物。但是，作品在塑造这一形象时，由于在某些方面采用了自然主义手法，因而使这一形象受到一定损害。
作品描写哀田纳和堕落的萨瓦尔在矿井里发生的一场冲突时，就完全从动物性的本能去解释，认为这是由于饥饿和“性”的要求，特别是哀田纳身体里爆发的遗传的酒精毒害引起的。因此，他在极端愤怒情况下杀死了萨瓦尔。这就完全抹杀了他们之间冲突的社会原因。
另外，作品在描写哀田纳率领矿工们去矿场进行破坏时，把他写成一个已完全丧失理性，内心充满杀机的人。作品把哀田纳这一行动同样解释为是由于他身体里有遗传性的酒精毒害造成的。这就必然损害了工人运动领导者的形象，大大削弱了作品的思想意义。这种自然主义手法，在优秀的女工嘉黛琳和老工人善终老爹身上也都有不同程度的表现。
《萌芽》虽然真实地描写了矿工们的觉醒、反抗与斗争，表现了工人阶级的不断成长和壮大，展示了资本主义必然走向崩溃灭亡的趋势。但是，作者并不是以马克思主义阶级斗争观点，而是用达尔文的进化论观点，来考察和解释工人阶级必将取代资产阶级成为社会主义这一社会发展规律的。他用生物学的“生存竞争”、“物种延续”的理论代替阶级斗争学说，把它视为决定社会发展的根本原因。他在作品中特别强调指出：“为了物种的美和延续，较强的，将吃掉较弱的”，“强大的人民吞噬弱小的资产阶级。”这种用生物学观点来看待社会问题是异常有害的。它在客观上必然导致敌视和反对阶级斗争学说，把革命斗争引向一条错误道路上去。