二、在布隆吉尔筑置新城，驻兵五千，沙州等地也各设兵防守。驻军由甘、凉、肃三路所属军队派往。在驻防兵内，每营拨余丁两百人，给予耕牛、种子、口粮，到赤金卫、柳沟所垦地，三年后计亩收粮充饷。
三、请移靖逆卫同知驻布隆吉尔处理民事，并增设卫守管理屯粮，在沙州设千总，专管屯务，归肃州道管辖。
四、边外既设驻防肃州镇，只于口内分守，应汰兵八百，并令驻兵耕种，不应仍令游牧生事。派遣大臣率员到布隆吉尔迤南山中分地居之，以使地界明析。
这些措施大多被清世宗爱新觉罗·胤禛采纳。不久，年羹尧派兵肃清叛匪余部。平叛战争结束之后，年羹尧向清世宗爱新觉罗·胤禛提出了《善后事宜十三条》和条奏《禁约青海十二事》，其中对青海的善后抚治进行了详细的论述。年羹尧向清世宗爱新觉罗·胤禛提出了对青海进行有效的管理如编户齐民、定朝贡和互市制度、整饬喇嘛庙等一系列措施。
清世宗爱新觉罗·胤禛认为年羹尧条划周详，根据他的建议，又同众臣讨论，最后在青海地区实行了一系列的改革，主要的有：
一、大力整饬蒙古各部。对于青海和硕特蒙古诸部首领，根据他们在战争中的态度分别给以赏罚，恩威并施，以警戒其余诸部。
二、对于青海地区的蒙古各部，仿照内蒙古实行札萨克制度，将青海蒙古各部编为二十九旗，每百户编为一佐领，不满百户者编为半佐领，数个佐领编为一旗，即一札萨克。每旗旗长由部落首领即台吉担任，每札萨克俱设协领、副协领、参领各一员，游牧于青海的其他蒙古各部，也依此例编旗分为佐领，共有绰罗斯两旗，土尔扈特四旗，辉特一旗，喀尔喀一旗，但这八旗不再如从前那样隶属和硕特，而是区划出来直接听命于中央政府，政治地位与和硕特相等。每年会盟一次是游牧民族自古以来形成的定制，同时对促进本民族的进步和稳定也有积极作用。正缘于此，清世宗爱新觉罗·胤禛尊重这一民族习惯，同意予以保留，但为使会盟不致成为反叛分子进行叛乱的工具，清政府将会盟划归政府管理，由西宁办事大臣主持。从各旗选择老成恭顺者委充盟长，“如朝廷遣官敕往，不论秩崇卑，王公以下俱跑迎，有背贰者必惩。”各旗划分地界，不得私占牧地和私自往来。这一禁约，表明了清政府在青海地区明确申明土地国有，并疏离了各部之间的关系，竭力避免分裂分子利用民族亲缘的凝聚力培植反动势力。
三、抚治藏民。青海、四川、甘肃、云南等省境内的藏民，自明朝以来就不能抚治，“或归喇嘛耕种，或属青海纳租”，他们也参加了罗卜藏丹津的叛乱。这时乘平定叛乱之机，将他们收为编户齐民，设立卫所，征其赋税。另在一部分藏民中仍命土千户、百户、巡检，归原先设立的道、厅及新建的卫所管辖。他们所纳钱粮，要少于原交给喇嘛寺和和硕特的额数，以示宽大。
四、改西宁卫为西宁府，下设西宁县、碾伯县（碾伯所改）、大通卫。筑大通、白塔、永安三城，分设总兵、参将、游击，屯兵驻守。设“青海蒙古番子事务大臣”，总理青海政务。
五、大力整顿青海各喇嘛寺院。西宁各寺，大者僧徒两三千人，少者五六百人。叛乱中，这些人纷纷参与叛乱。现限定寺庙规模，庙舍不超过二百楹，僧众不超过三百人。由政府按人供给衣粮，禁止他们征收赋税。
六、因和硕特的统治区与达赖、班禅治区有交叉，故论及抚绥达赖、班禅办法，每年赐达赖茶叶五千斤，班禅二千五百斤。过去藏人与内地贸易，达赖在叉木多、乍丫等处收“鞍租”，清朝在打箭炉收税，自是定议两处免收，以利贸易的发展。
七、通过派驻军队、修建城堡、设置卫所等措施，加强对青海、西藏的控制。如：自黄河入边处至河州、西宁、兰州、中卫、宁夏、榆林、庄浪、甘州的广大地区，水草丰美，林麓茂密，宜在西宁的北川口外，至大通河、野马河，到甘州扁都口外，修筑边墙、修建城堡，禁止蒙古人入内地游牧。宁夏阿拉善地区险要万分，令额附郡王阿宝等整饬部属，悉归山后游牧。并在大通河北设大通镇总兵官，盐池设副将，将镇海营参将移驻西川口外丹噶尔寺，分别派置驻军。西宁原有通判，改设同知。原属河州的保安、归德二堡，因靠近西宁，也改归西宁管辖。由于新设镇营，内地镇营相应可以汰兵。如陕西的富宁、宁夏，四川的重庆、川北诸镇，归并，裁汰。
八、在藏人居住区增设安西镇，驻木鸦的革达地方；在理塘设副将，领兵一千二百名，鄂洛、巴塘、宗俄等地各设驻军。
九、确立朝贡和互市制度。清朝前期，作为厄鲁特蒙古四部之一的和硕特人对清廷朝贡并无定制。青海平叛后，清世宗爱新觉罗·胤禛规定了和硕特人的朝贡制度。将和硕特二十一旗分为三部，每部三年一贡，九年一轮回。朝贡的目的并不在于向他们进行物质攫取，而是以丰厚的回赐吸引和硕特人对清朝的仰赖。在互市制度方面，清世宗爱新觉罗·胤禛规定和硕特与内地人的贸易在那拉萨拉（今日月山）地方实行，不得擅移，每年于二月、八月各举行一次。对生活必需品，诸如茶、布、面等，则规定一年四季贸易，以满足蒙古人民的生活所需。
十、发展农业生产，安定人民生活。在西宁与甘州、凉州之间，兴办屯田，大力发展农业生产，以安定当地蒙藏人民的生活。经济的上升可以说是化解民族矛盾和阶级矛盾的重要手段，生活水平上升了，人们的物质需要在一定程度上得到了满足，社会秩序就会有保障，至少可以在表面上使矛盾得以缓解。正缘于这一认识，清世宗爱新觉罗·胤禛对西部的开发与屯田投入了较大精力，将直隶、山西、河南、山东、陕西五省军罪流人，尽行发往大通河、布隆吉尔等地垦种，给予种子、耕牛和土地，从事农垦，三年后起科，土地归垦种者为永业。
通过这些措施，清政府围绕加强对青海地区的统治这一中心目的，对青海的政治、经济、军事、宗教等方面进行了全面改革。开展屯田，兴办农业，和蒙古等进行朝贡互市等措施，都进一步促进了少数民族经济的开发和民族的融合。而对一些区县的划分则使得清政府大大加强了对青海地区的直接控制。青海内部台吉的封建特权尚未丧失，喇嘛教寺院的宗教权威也仍保留，但它们已不再作为独立的政治势力而存在，蒙古王公束缚于旗制之内，喇嘛寺院成为清政府统治蒙藏人民的工具，清中央政府对青海地区的统治大大加强了。
青海问题解决以后，清政府就把目光转移到西藏问题上来。西藏地处祖国西南边陲，和新疆、青海、四川、云南等省相邻。作为藏传佛教的圣地，西藏是一个有着独特风情和民风的地方。境内佛教势力很大，各种教派纷呈。
早在宋理宗淳祐四年（公元1244年），西藏佛教派别中势力最大的萨迦派（俗称花教）教主萨迦班智达前往凉州（今甘肃武威）觐见元太宗孛儿只斤窝阔台的皇子阔端，议定了归顺蒙古帝国的条件及贡赋。自此，西藏正式归入中国版图。而在此之前，西藏一直作为中原王朝藩国。由于在西藏归顺过程中所起到的推进作用，萨迦派从而得到了元朝统治者的恩宠。元朝统治者进入中原后，开始接触盛行于中国的各种教派，在诸教派中，他们比较偏爱密宗佛教，于大都（今北京）兴建了密宗佛教的大型寺宇万安寺（今白塔寺前身）。萨迦班智达逝世后，其侄八思巴于元世祖至元六年（公元1269年）被元世祖忽必烈封为“大宝法王”，意思是萨迦政权的创始人第一任萨迦法王。至此，西藏历史上第一次出现了以“僧人统国”为特点的政教合一的地方政权。
后来，元、明统治者也都曾对西藏进行过有效的管辖。明末，蒙古人固始汗入藏，控制了西藏地方政权，使政教合一的局面得以改变。清初，爱新觉罗·皇太极曾和西藏汗及掌佛教大喇嘛有书信往来，固始汗也曾派人专程抵达盛京，觐见他，他优以厚礼。顺治年间时，达赖喇嘛与清朝的关系又有新的进展。清世祖顺治九年（公元1652年）十二月十五日，达赖喇嘛及班禅、固始汗代表至京拜谒爱新觉罗·福临，清世祖顺治十年（公元1653年）二月，达赖辞归。四月，爱新觉罗·福临封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，赐满、汉、藏三种金册、金印；封固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”，赐满、汉、藏三种金册、金印。这样，正式确立了西藏对清廷的隶属关系，在西藏形成了政教分治、蒙藏联合的局面。清朝对西藏统治进一步加强了。
清圣祖康熙年间，准噶尔策妄阿拉布坦叛乱，准噶尔蒙古军入藏杀死了和硕特蒙古汗王拉藏汗，从而结束了青海和硕特蒙古对西藏的统治，此后及至策妄阿拉布坦被平定。为了加强对西藏的统治，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝派满洲、蒙古及绿营兵四千名驻藏，任命康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐三人为噶伦（旧指西藏地方政府长官），封康济鼐、阿尔布巴为贝子，封隆布鼐为辅国公，后又增任颇罗鼐、扎尔鼐二人为噶伦，从而确定了五噶伦共管西藏的体制。同时册封噶桑嘉措为“宏法觉众第六世达赖喇嘛”，以安定人心。此时的西藏，虽由五噶伦管理，但政权的性质仍是宗教政权，达赖仍是西藏的精神领袖。
清世宗爱新觉罗·胤禛继位后，于元年把留守驻藏的部队撤回内地，只在四川的察木多（今西藏自治区昌都）留少量军队驻守，放宽了对西藏的控制。清世宗雍正五年（公元1727年），遂发生了阿尔布巴叛乱。
事情的原委是这样的：随着时间的推移，执政西藏的五噶伦内部矛盾逐渐尖锐起来，五名噶伦中，一派是后藏贵族康济鼐和颇罗鼐，另一派是前藏贵族阿尔布巴、隆布鼐和扎尔鼐。七世达赖喇嘛的父亲索南达结则站在前藏贵族一边，两派势力中，前藏贵族势力较大。
一开始，双方虽有矛盾，尚能相安无事。随着罗卜藏丹津叛乱被平定后，清廷令驻扎在阿里管理前藏事务的后藏贵族噶伦康济鼐往阿里之际，把地方事务交由阿尔布巴办理，事实上是将阿尔布巴置于康济鼐之下，令康济鼐兼督前后藏。这引起了阿尔布巴的不满，他地位较康济鼐高，实力比康济鼐强，所以很不服气这样的安排。阿尔布巴扬言道：我同康济鼐的功绩一样，一样为大皇帝所恩宠，名声和地位也都一样，如果要给佛爷当好差，要为藏民谋福与利，我可不能屈就地位。阿尔布巴与康济鼐的裂痕由此加大。
清世宗雍正四年（公元1726年）春，钦差入藏抵达拉萨，宣布西藏政务以康济鼐为总理，阿尔布巴为协理。这越发引起了前藏贵族的不满情绪，五噶伦矛盾公开，七世达赖之父索南达结对此也极为不平，与前藏贵族勾结在一起。这样，康济鼐就被孤立起来了。岳钟琪和鄂齐、班第等返京后的奏报，使清世宗爱新觉罗·胤禛对西藏的政局更加忧虑了。他担心阿尔布巴等人既在藏生事，又与准噶尔部勾结。于是，他指示岳钟琪“当预为留心”，“今无事之时当设如有事，预为筹划”。与此同时，他还采纳了鄂齐、班第关于将隆布鼐、扎尔鼐二人以噶伦原衔解任，使阿尔布巴孤掌难鸣而难以为乱的建议。
清世宗雍正五年（公元1727年）正月，正式任命内阁学士僧格和副都统马喇为驻藏大臣，赴藏宣布谕旨，并调解西藏贵族之间的内部纠纷。然而，在驻藏大臣抵达之前，阿尔布巴已先行探出了朝廷动向。情况很明显，局面对阿尔布巴是不利的，若静待清世宗爱新觉罗·胤禛圣旨到来，无异于坐以待毙。因而，阿尔布巴决定先行铲除康济鼐和颇罗鼐，以造成既成事实，迫使清廷承认他的首席领导权。此时，由于清廷在西藏驻军已撤，阿尔布巴得以放手行动，遂于六月勾结隆布鼐等人，借众噶伦议会之机，于大昭寺中将康济鼐乱刀杀死，发动了武装叛乱，接着派兵进攻颇罗鼐。
清世宗雍正正五年（公元1727年）七月二十二日，僧格、马喇到达距拉萨仅三日路程的色顶地方，阿尔布巴派人往迎，诡称七月系“黑运月”，请他们八月再进拉萨，实则是想在这段时间内打败颇罗鼐。八月初一日，僧格、马喇一行抵达拉萨，阿尔布巴、索南达结等率手下官员亲往十里外跪迎钦差。僧格、马喇一面询问康济鼐被杀的原因，一面派人了解情况。七世达赖表明自己并未与谋，阿尔布巴则诬称颇罗鼐是“反出达赖喇嘛黄教之人”，声称数日内即可将其打败。但实际上，战争一直相持不下。
由于明确意识到阿尔布巴已经叛乱，清世宗爱新觉罗·胤禛立即命陕西各路及四川、云南的军队进入战备状态。这次叛乱虽不能说早在清世宗爱新觉罗·胤禛预料之中，但他对此已早有心理准备：对叛乱分子，决不能妥协，若接受既成事实，无异于助长阿尔布巴等人的猖獗，那样对西藏的控制将进入一个未知状态。有鉴于此，清世宗爱新觉罗·胤禛一开始便坚决认为：武力平叛是惟一正确的选择。
岳钟琪深知这场动乱的严重性，很快提出了自己的处置方案。岳钟琪认为，阿尔布巴和佛父索南达结等人结成一党，为自身权势公然杀害朝廷命官康济鼐，若不除此辈，后患无穷。岳钟琪主张应于来年春暖时派遣大军入藏，同时发兵征讨准噶尔，一举解决两处问题，一劳永逸，是为上策，倘因阿尔布巴等未公开叛清，不当死罪，亦应解除其噶伦职务，令达赖喇嘛另择人选，申报清政府任命，此为下策。但云贵总督鄂尔泰却对此持保留态度，提出了“以抚为上，剿杀次之；羁縻为上，驾驭次之”的策略。清世宗爱新觉罗·胤禛既想一举借机解决西藏同题，又担心阿尔布巴挟持达赖喇嘛逃往准噶尔，内心矛盾重重，决断不下。清世宗爱新觉罗·胤禛既不同意鄂尔泰的主张，又不便贸然出兵，遂下令陕、川、滇“各路兵马停止，不必预备”。清世宗爱新觉罗·胤禛命令岳钟琪速派人前往拉萨，密告僧格、马喇勿受阿尔布巴之惑，表明出偏袒颇罗鼐一方的态度。
同年十一月中旬，一个天赐良机出现了。阿尔布巴见清廷对此事动向不明，以为清世宗爱新觉罗·胤禛对西藏局势无法控制，只得默许，从心理上放松了对清廷的防范。而此时，阿尔布巴与颇罗鼐的战事却一直处于僵持局面，胜败难决。如此下去，势必使西藏局势恶化，难以控制。无奈之下，阿尔布巴请清廷派兵入藏，征剿“反出黄教”的颇罗鼐。
清世宗爱新觉罗·胤禛览后喜不自胜，遂决定来年春天出兵西藏。恰值此时，准噶尔部首领策妄阿拉布坦病故，出兵就更无后顾之忧了。清世宗爱新觉罗·胤禛抓住时机，经过充分准备之后，于清世宗雍正六年（公元1728年）五月初，清世宗爱新觉罗·胤禛令清军取道八年前入藏驱逐策妄阿拉布坦的路线，由西宁、打箭炉两地兵分两路，南北齐进，进入西藏。北路军由左都御史查郎阿、副都统迈柱率领，共八千四百人，南路军由四川总兵周瑛率领，共四千人。