毕达哥拉斯学派是一个以毕达哥拉斯（盛年约在公元前532年）为创始人，集政治活动、宗教信仰和学术研究为一体的团体。他们擅长数学。勾股定理至今被称之为毕达哥拉斯定理。据说他们有两条格言：“什么最智慧——数目”，“什么最美好——和谐”。这体现了毕达哥拉斯学派的思想特色。
作为哲学家的毕达哥拉斯，公元前580年出生在米利都附近的萨摩斯岛（今希腊东部的小岛）——爱奥尼亚群岛的主要岛屿城市之一，此时群岛正处于极盛时期，在经济、政治、文化等各个方面都远远领先于希腊本土的各个城邦。
毕达哥拉斯的父亲是一个富商，九岁时被父亲送到提尔，在闪族叙利亚学者那里学习，在那里他接触了东方的宗教和文化。以后他又多次随父亲作商务旅行到小亚细亚。公元前551年，毕达哥拉斯来到米利都、得洛斯等地，拜访了泰勒斯、阿那克西曼德和菲尔库德斯，并成为他们的学生。在此之前，他已经在萨摩斯的诗人克莱非洛斯那里学习了诗歌和音乐。
公元前550年，三十岁的毕达哥拉斯因宣传理性神学，穿东方人服装，蓄上长发从而引起当地人的反感，从此萨摩斯人一直对毕达哥拉斯有成见，认为他标新立异，鼓吹邪说。毕达哥拉斯被迫于公元前535年离家前往埃及，途中他在腓尼基各沿海城市停留，学习当地神话和宗教，并在提尔一神庙中静修。
抵达埃及后，国王阿马西斯推荐他入神庙学习。从公元前535年到公元前525年这十年中，毕达哥拉斯学习了象形文字、埃及神话历史和宗教，并宣传希腊哲学，受到许多希腊人尊敬，有不少人投到他的门下求学。他在埃及受到宗教神秘主义影响，接受了灵魂转世说，他们认为人的灵魂转世得越早越好，如何才能做到呢？决定于你在当世的修炼。一要遵守一些禁忌，二要研究数学。
毕达哥拉斯在四十九岁时返回家乡萨摩斯，开始讲学并开办学校，但是没有达到他预期的成效。公元前520年左右，为了摆脱当时君主的暴政，他与母亲和唯一的一个门徒离开萨摩斯，移居西西里岛，后来定居在克罗托内。在那里他广收门徒，建立了一个宗教、政治、学术合一的团体。
他的演讲吸引了各阶层的人士，很多上层社会的人士来参加演讲会。按当时的风俗，妇女是被禁止出席公开会议的，毕达哥拉斯打破了这个陈规，允许她们来听讲座。热心的听众中就有他后来的妻子西雅娜，她年轻漂亮，曾给他写过传记，可惜已经失传。
毕达哥拉斯在意大利南部的希腊属地克劳东成立一个秘密结社，这个社团里有男有女，地位一律平等，一切财产都归公有。社团的组织纪律很严密，甚至带有浓厚的宗教色彩。每个学员都要在学术上达到一定的水平，加入组织还要经历一系列神秘的仪式，以求达到“心灵的净化”。
他们要接受长期的训练和考核，遵守很多的规范和戒律，并且宣誓永不泄露学派的秘密和学说。他们相信依靠数学可使灵魂升华，与上帝融为一体，万物都包含数，甚至万物都是数，上帝通过数来统治宇宙。这是毕达哥拉斯学派和其他教派的主要区别。
学派的成员有着共同的哲学信仰和政治理想，他们吃着简单的食物，进行着严格的训练。学派的教义鼓励人们自制、节欲、纯洁、服从。他们开始在大希腊（今意大利南部一带）赢得了很高的声誉，产生过相当大的影响，也因此引起了敌对派的嫉恨。
后来他们受到民主运动的冲击，社团在克罗托内的活动场所遭到了严重的破坏。毕达哥拉斯被迫移居他林敦（今意大利南部塔兰托），并于公元前500年去世，享年八十岁。许多门徒逃回希腊本土，在弗利奥斯重新建立据点，另一些人到了塔兰托，继续进行数学哲学研究，以及政治方面的活动，直到公元前4世纪中叶。毕达哥拉斯学派持续繁荣了两个世纪之久。
它的哲学思想集中体现在数本原说，即凡物皆数的理论。他认为用火这样的东西来规定世界万物的本原不好，因为火不定型，没有确定性和规定性，从逻辑上不好表述，也不好把握，从获得知识的角度来说，他认为万物的本原应该是有规定性和确定性的东西，才能从逻辑上把握它。正是基于这一点，他提出了数本原说的观点。表现出比米利都学派、赫拉克利特火本原说更高的普遍性、概括性和抽象性。
他在数学研究方面成果颇丰。勾股定理是他发现的，他从数和形的关系出发，数能变为形，形为万物。同时他发现音和数的关系，所以得出音乐就是数的表达。和谐是数量的比例关系。据说黄金分割线就是他发现的。总之他们对数的研究提出来的哲学观点，对后世的影响很大。
理解这样一位哲学家，我们要明白，数学在他那里是作为一种手段，而不是目的，尽管他有一顶数学家的桂冠。对他来说，研究数的和谐并非为了发现数学方面的定理或公理，而是为了寻求宇宙万物的本原这一超感官对象的途径。有一个“百牛大祭”的传说。据说毕达哥拉斯为了庆祝勾股定理的发现，曾经举行了一次“百牛大祭”的隆重仪式。我们不知道他当时的想法，但我们可以推测，在他看来，通过勾股定理的发现，自己已经与神明更接近了一步。
毕达哥拉斯有一句这样的名言：“不能制约自己的人，不能称之为自由的人。”如前所述，在毕达哥拉斯看来，只有研究数学，探究出事物之间的数学关系，才能逐渐接近神性，从而把自己有限的生命同造物主——神的无限连接起来。为此，他带有宗教色彩的这个秘密结成的学术团体有严格的内部规矩。如，谁也不准将知识传播到学派之外，并且他们还有许多禁忌。如不能吃豆子，不能捡拾掉落下来的东西，不掰碎面包，不碰触白色的公鸡，等等，正是这些严格的禁忌，才有了以上那句名言。只有肉体欲求上受到限制，心灵才能谋求更大的自由。据说毕达哥拉斯在被追捕时，宁死也不穿越豆子地逃生，可见其信仰何其坚定。
自由本来是一个人人向往的东西，然而，自由必须以限制作为前提。没有限制的自由是可怕的。秩序的限制为自由开拓了空间。人们在秩序的社会里生活，才在规矩的前提下享受着个人的自由。没有秩序的社会是不可想象的，那就会像萨特所说的那样：人与人之间就像狼一样，他人即地狱。