第二，内修战守，以守为本。内修战守，首先要增强边防设施：修长城，增城堡，设险以守。其次，广屯戍，且耕且守，使边防充实，粮饷不匮乏。再次，广斥堠，遣间谋，砚知敌情，以预先做好防御准备。但更要紧的是择名将，重将权。“守边之要尤在于得人。得其人则其守固，其政修，不得其人则其备弛，其政隳。故凡择良将以重委托，设文臣以资参辅，列士马以备攻守，运粮草以供馈饷，修器械以御冲突之数者，皆关守之要多，而尤重于所用之得人。”总之是要多方做好防守准备，常备不懈。但要以守备为本，不以攻战为先，要战、守、和迭相为用。“上策莫如守，守而彼侵轶要求不已，然后量彼己，审时势，或与之战，或与之和。所以战者、以固吾守，非利其有而侵之；所以和者，以安吾守，非畏其强而屈之。是故战而彼吾服，吾亦不忘战而一于守；和而彼吾孚，吾亦不忘战而一于守。战也，守也，和也，皆应敌之具。而所以用之以制敌者在因其势，随其机，应其变，可以战，可以无战，可以和，可以无和。其运用在吾之一心，然要其归止于守吾之封疆而已。是在三者之中，则又以守为本焉。”后来，在辽东熊廷弼、袁崇焕进一步提出战、守、款的关系。“守为正著，战为奇着，款为旁着”。守是基本的，以守挫败进攻之敌，以守赢得战的机会；守而后战，守战交替，且守且战；款是辅助的，以款来增强守的能力。
第三，建立多层次的防御体系。设险以守，守之边墙，守之于旷野，守之于城堡。守边之计，“莫急于修边”。修建边墙，“增其卑使崇，筑其虚使坚”（《皇明九边考》卷1《经略总考·明战守》），构筑一道坚固的屏障，然后派精兵驻守，“乘边墙以防其出没”，“来则杜险，使不得进，去则闭险，使不得还”。敌人一旦溃墙而人，“斯时斯际以战为主”。即以重兵截其向往，扼其险隘，挡其长驱。所谓重兵不仅人数多，而且要“多造战车，众置火器”；“惟车最能捍御”，火器是中国的长技。为保障能抵御敌人的众多兵力，各个防区自己要建立重兵集团，防区内部和防区之间要互相支援。这样才能在野战中抗击敌人。同时“不论在边在内多筑城堡，许凡军民人户于近城堡地土，尽力开种，使之自赡，永不起科。有警则人城堡，无事则耕。且种且守，不惟粮食足，而边塞亦实”。城堡自备火器器械，进行防御。敌人如小规模进犯，各堡可自行抵御；如大规模人犯，各堡要低御一二大，各路援军到达，里应外合，歼灭敌人。这样敌人野无所掠，攻无所获，势必撤退或被歼。
第四，且守且战，且筑且屯，恢复失地。明在永乐之后就失去了大宁等地，万历之后大片辽东土地为努尔哈赤所占，为了恢复这些失去的土地，军事家提出且守且战，且筑且屯，逐步恢复的战略。这一战略的要点是一要守，守要凭借城池，多备火器，坚壁清野，进行死守。二要筑，就是收复一地要筑好城池，以便坚守。三要屯，计地授田，使粮饷不致馈乏。四要战，当敌人进攻城池不得手撤退时，“乘间击精”。“既复之地便当随地分认，设立专官；未复之地宜分头探哨，渐图恢复……逐堡修理，计地授田，哨探远而烽堠明，地日辟而饷日减。明年复几城，又具题分信，逐步而前，更迭进取。战则一城援一城，守则一节顶一节，步步活掉，处处坚牢。”这是步步为城，逐步推进的恢复战略。
第五，以土著守其土。明代人提出了招募土著以弥补边防守军不足的主张。西北边民自幼熟悉战事，善骑射，比较剽悍；生长边疆，熟悉敌情；热爱家乡，仇恨袭扰之敌。这些是外地调来的士兵难与之相比的。招募这些土人守卫当地，安排好他们生活，作战立功给以厚赏，他们就会为保卫家乡而勇敢作战。这一以土著守其土的思想，后来在辽东被孙承宗发展为“以辽人守辽土，以辽土养江人”的思想。
第六，恩威交用，剿抚兼施。在边防斗争中，对袭扰边境的敌人，明人还提出了重政治招抚，恩威并用，剿抚兼施的主张。“顺者抚，逆者剿，逆而又顺则又抚之，顺而又逆则又剿之”，以威慑其暴，以惠感其心。只用威不行，因为只用威，不能使他们心悦诚服；只用惠也不行，因为只用惠不能制止他们的袭扰。所以必须恩威并用，剿抚兼施。但明人很注重招抚，“中国之驭夷狄，因当振之以兵威，犹当抚之以恩信，所以折其强而结其心也”；“恩威并立，足制其心，斯计之上，而俘斩论功则第二义也”（许论：《九边图论·辽东》）。“结其心”、“制其心”，都是要使这些少数民族的头面人物，心悦诚服，这样和平才会是长久的。
第七，输入华夏文化，使游牧民族迅速“类我”。徐光启认为“文盛则武衰，自然之势也”，“世下渐文，亦自然之势也”（《徐光启集》卷1《服戎策》）。如果鞑靼不是犯边，而是与我和好，为了永久和平，除了火器之外，其他凡是可以令鞑靼迅速发展的一切东西都可以给他。他们改变了狩猎的生活方式，“深耕易耨，彼中多沃野，大饶矣。食于沃土之毛，必且久驻，久驻必且屋居，屋居必且为城郭，屋居城郭，不必为吾患矣”（同上）。鞑靼会发展趋势必然是这样的。“虏之终类我也，亦百年之后，必至之势也”。（同上）这是以改变鞑靼生产方式和生活方式的办法来消除边患，达到永久和平。
（二）海防思想
明建国之后，就面临着来自海上倭寇的威胁，因当时明军拥有水军等24卫的强大水军，主要御倭于海上。后来逐渐加强海防建设，实行水陆并防的战略，“倭海上来，则海上御之耳。请量地远近，置卫所，陆聚步兵，水具战舰，则倭不得人，人亦不得傅岸”（《明史》卷126《汤和传》）。实行这一方略到永乐十七年（1419年）望海埚大捷后，沿海的倭患基本平息了。但到嘉靖年间，倭寇又猖掀起来。人们对海防给予更大的关注，海防思想有了新的发展，概括起来有如下几个方面：
第一，巩固海防以收人心为本。嘉靖年问倭寇之所以猖獗，就明朝内部来讲，其原因在于政治腐败和军备废弛。政治腐败，赋役繁重，官吏贪酷，百姓丧其乐生之志，依附于入侵的倭寇，是倭患日益严重的重要原因。因此一些人认为，要消除倭患，“当一面督兵截杀以治其流，一面重抚百姓以治其本”（《筹海图编》卷11《叙寇原》）。百姓安居乐业，就不会依附倭寇，相反会在倭寇入侵时为官府所用。因此“政事为急，甲兵次之”（同上）。
重抚百姓，就要薄赋税。一切赋税能减免的尽量减免，实在要取之于民的也要防止官吏任意加派，指一科十。同时，官吏要关心百姓的痛痒，解决百姓的疾苦。安抚百姓，还要让沿海百姓能下海谋生。实行海禁，寸板不许下海，只能是对去远洋勾结倭寇而言，对于一般渔民在近海捕鱼捞虾和一般商人到邻省贩卖粮食则不应禁止。依附倭寇的百姓只要归降，就既往不咎；擒斩倭寇的要照样立功授奖；愿报效国家的，可以录用。
要使百姓安居乐业，关键是要有好的官吏。对于那些贪官暴吏，不论是在职的还是去职的都要给以严厉的惩办，“以快吾民之愤；穷追其赃，以代吾民之赋”（同上）。同时要选择那些“有爱民之诚，有守己之操，有处事之才”（《筹海图编》卷12《择守令》）的人为官。有了这样的官吏就能实行善政，百姓就会安居乐业，不依附倭寇。“故良吏优于良将，善政优于善战”（《筹海图编》卷11《叙寇原》）。后来有人又提出巩固海防“有标有本，有标之本，有本之本”。讲战阵等外御为标之标，绝私市等内御为标之本，整顿好军队是本，“而大要则又以收人心”为本之本。“图其标一岁之计，图其本百岁之计，图其标之本与本之本则万世之计。”这种以安民心，使民众安居为巩固海防根本的思想，虽然是针对当时具体形势提出的，但它也揭示出国防问题的一个普遍原则。
第二，建立多层次防御体系。总括起来，当时人提出的建立多层次防御体系是海陆结合，攻守结合，相互支援，军民协力，守之于海洋，守之于海岸，守之于内河，守之于城镇。
“防海之制谓之海防，则必宜防之于海，犹江防者必防之于江，此定论也”（《筹海图编》卷12《御海洋》）。敌人从海上来，用水军在海上进行防御，是“首务”，也是“上策”。明军长于水战，“乘其初至而击之，不使得以相待合势而猖撅”（《正气堂集》卷7《条议防倭事宜》），这是一；倭寇长于陆战，“一被突人，陆路追战，兵无素练之律，贼怀必死之心”（同上），要想取胜有困难，这是二；承平日久，内地百姓不闻金鼓，不识兵革，一见贼至，鱼惊鸟散，财产被掠夺，人员道茶毒，这是三；因此御敌于海洋胜于御敌于内陆，是上策。为了御敌于海上，首先要大力发展水军，“水兵急于陆兵”，要使“水兵常居十七，陆兵常居十三”。其次，沿海普遍进行巡哨，并有效地组织“协谋会辅”。广、福、浙、直各省内部要划分防守海区，责令各总、寨进行巡哨，并互相配合，各省之间也是如此。这样“哨道联络，势如常山，会捕合并，阵如鱼丽”（《筹海图编》卷12《勤会哨》），在整个沿海形成严密的防线。而且在敌人人侵的冲要海域，设置多层防线，敌“来则攻之，去则追之，屡来屡攻，屡去屡追，何患倭寇之不灭乎”（《正气堂集》卷9《请多调战船》）。再次，守沿海重要岛屿，断绝敌人接济。倭寇入侵中国往往首先在沿海岛屿登陆，补充淡水，窥测虚实，所以要在沿海岛屿事先会兵戍守，使倭寇不得停泊，得不到接济。再其次，组织沿海渔民，加强海上防御。沿海渔民不畏风涛，习惯于海上生活，将他们组织起来，“听其采捕，因而为兵”，从而形成一支强大的海上防御力量。
“贼至不能御之于海，则海岸之守为紧关第二义”（《筹海图编》卷12《固海岸》）。沿海是内地的门户，守好门户，内地才安全，而且敌远渡大海比较疲惫，登陆之际，没有依托，便于歼灭。因此，除御敌于海上外，还要有坚固的海岸防守，在海岸建立又一道防线。海岸防守，首先要预有设防。设防要在要害之地，设防之点要能互相支援。其次，实行水陆夹击。陆兵要与水兵相互配合，“贼船潜入海口，则水兵星罗于其外，陆兵云布于其内。其将至也，击其困惫；既至也，击其先登；既登也，击其无备”（同上），将其歼灭。再次，要相互支援。敌人登陆于沿海，内地要出兵支援；敌人在此地登陆，彼地要出兵支援，各支部队协力歼灭敌人。“赋人深入，必抢内地船只，水陆兼进，故夫内河水兵战船又其急务者也。”江浙一带沟河交错，水港相通，人行不便，舟行无滞，“整溯河船以攻之，亦为策之上者也”（《正气堂集》卷7《议水陆战备事宜》）。整修河船，拆除桥梁，使敌陆路难行，我则用船载来陆兵，对敌实行水陆夹攻，将其歼灭。
“海防之要惟有三策：出海会哨，毋使人港者，得上策；循塘距守，毋使登岸者，得中策；出水列阵，毋使近城者，得下策；不得已而至守城，则无策矣”（《筹海图编》卷6《直隶事宜》）。防守沿海城镇，使敌人不得近城，占领财富集中的城镇，是御敌的最后一道防线。城镇的战略地位不同，防守的方法也应不同，关键是防守重要城镇。对这样的城镇要城内派将帅，提重兵，城外设援军，一旦有警，合力歼敌。城镇防守要做好准备，包括城外实行坚壁清野，城内做好物质准备和组织准备。城镇防守要攻守结合。“攻之中有守，守之中有攻。攻而无守则为无根，守而无攻则为无干”（《筹海图编》卷12《严城守》）。不仅要凭城固守，还要伺机出城与敌作战。城镇防守还要城内外配合，城内防守，城外救援，内外配合粉碎敌人进攻。
守之于海洋，守之于海岸，守之于内河，守之于城镇这种多层次防御体系，以守之于海为上策。但当时也有不同的主张，有人认为海战不可帱，而“以固海岸为不易之定策”（《等海图编》卷12《御海洋》）。御海洋是御之于远洋还是守之近海，也有争议。开始一些人主张守之于远海，后来人们发现守远洋供给困难，主张守近海，但应哨探于远海，实行“哨贼于远洋而不常厥居，击贼于近洋而勿使近岸”的防守方略。