第三，加强海防，除盗不除商。明代后期徐光启提出了倭寇“来市则予之，来寇则歼之”的主张。他认为“有无相易，邦国之常”。日本需要中国货，互相贸易是正常的。开官市是正路，私人货易是旁路。嘉靖年间，由于不开官市，禁止私市，富豪欠倭寇的货款不还，加以陈东、徐海的勾引，辗转而酿成了倭患。如果实行“除盗而不除商，禁私贩而通官市”，海上就不会有事。徐光启还认为市与盗是两回事，他要来人侵，你开市与否，都会入侵。禁止同他贸易，绝不能禁止他的入侵。要阻止他的入侵，只有加强戒备；如果不加强海防，只求禁止贸易是没用的。而且“惟市而后可以靖倭，惟市而后可以知倭，惟市而后可以制倭，惟市而后可以谋倭”（《徐光启集》卷1《海防迂说》）。在徐光启看来，倭寇的入侵是因为通商不得转而为盗，与其进行贸易，可以“靖倭”。通过通商可以了解敌人的情况从而“知倭”。通过贸易，私人造大量坚固的船舶，有事可改为兵船；购进日本的精利兵器，有众多兵器和舰船就可以“制倭”。通过贸易，对敌人了解比较透彻，就可以其国内矛盾，制止他的入侵，这就是“谋倭”。实行“除盗而不除商”的原则‘，不但不会削弱海防，反而能加强海防。
五、名开生面的战争指导原则
（一）对战争指导原则的阐发
1.先翦羽翼，后捣腹心。这一战争指导原则朱元璋在夺取天下的战争中，运用得最为充分。在攻打张士诚时，朱元璋“先取通泰诸郡县，翦士诚肘翼，然后专取浙西”，即先江北后江南，先把张士诚的肘翼吃掉，再攻打他老巢的所在地浙西。当攻下张士诚的江北，转攻浙西时，朱元璋还是先翦羽翼，后捣腹心。当时常遇春主张“直捣姑苏”，朱元漳没有同意，认为如果直攻姑苏张士诚的老巢，他驻在湖州、杭州的将领张天骇、潘原明必然并力相救，“援兵四合，难以取胜。莫若出兵先攻胡州，使其疲于奔命，羽翼既披，然后移兵姑苏，取之必矣”。战争完全是按照朱元漳的指导进行的，取得了预期的胜利。在攻取元大都时，朱元漳再次运用这一战争指导原则。当时他否定了常遇春所提出的直捣元大都的意见，指出：“元建都百年，城守必固，若如卿言，悬师深人，不能即破，顿于坚城之下，馈饷不继，援兵四集，进不得战，退无所据，非我利也。吾欲先取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼，拔潼关而守之，据其户槛，天下形势人我掌握，然后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。”
2.从以走致敌到主动歼敌。明朝的农民起义军实行了避实击虚，以走致敌的战争原则。开始实行这一原则是不自觉的，是在强大敌人进剿下，为求生存不得已而实行的。但到后来，则比较自觉地实行了这一战争指导原则。在全国政权统一、敌人强大的情况下，这是农民求得生存和发展的惟一正确的战争指导原则。但农民军不能停留在避实击虚的流动作战上，当力量发展到一定程度时战争指导就应实行转变，从避实击虚，以走致敌，转变到集中兵力，歼灭进剿之敌。有没有这种转变是农民军成败的关键。刘六、杨虎农民起义军始终没有实行这种转变。他们没有集中兵力，反而使自己兵力一分再分，结果被敌人各个击破。张献忠也没有实行这种转变，所以发展缓慢。与他们相比，李白成的战争指导是比较高明的。他在农民军力量强大之后，适时进行了战略转变。他率领农民军在崇祯十四年（1641年）后，三国开封，五歼明军，斩杀明三个总督，重创两支明军劲旅，使自己迅速发展壮大起来。接着又适时转人进攻。夺取关中心，攻占山西，进军北京，推翻明朝。历史上农民起义军以走致敌的流动作战并不少见，而从避实击虚，以走致敌转变到集中兵力，主动歼敌，则是李白成农民起义军的一个创造。
3.集中兵力，大创尽歼。明代军事家在战争指导上很强调集中兵力。他们认为“十指分凿，不如合拳独击”；“贼虽甚寡，而我兵必甚众，贼虽甚弱，而我兵必甚精”（《正气堂集》卷8《与任复庵公》）；“倭奴鸷悍技精，须用素练节制劲兵，以五当一，始为万全”。要集中五倍乃至十倍于敌的兵力，以获得全胜。因为只有集中兵力才能收“万全之功”，才能“大创尽歼”，“杜其再至”。
4.代其所长。“今欲使虏一战而心寒胆裂，须伐其所长。”这就是说必须攻击敌人的优长，敌人的优长被打败，就会使其“心寒胆裂”。这是戚继光的战争指导原则。他在南方抗倭十余年。倭寇的长技是手使长刀，十分剽悍，明军单兵难敌。戚继光则创立了长短兵器迭用的鸳鸯阵，从而能攻击倭寇之所长。他在北方御“虏”十六年。鞑靼的优长在于数万骑兵一起冲突，其势如山崩河决，不可阻挡。威继光则练就车步骑营，以阻挡敌冲突的骑兵，掌握了作战的主动权。
（二）对兵学范畴的阐发
明代军事家和军事理论家对以往的兵家所阐述某些范畴和原则，根据自己的实践经验，进行阐发或修正。
1.关于攻守。攻与守是兵学中的一对范畴。明人强调攻守结合。“攻之中有守，守之中有攻。攻而无守则为无根，守而无攻则为无干”（《筹海海图编》卷12《严城守》）。要求武器配备、军事设施集攻守两种功能为一体，并由此引起作战方法的变化。戚继光在抗倭时创建的鸳鸯阵就是集攻守为一体的典范。装备火器的战车，行则为阵，止则为营；进可以战，退可以守；又可以与步骑协同作战，御冲以车，卫车以步，骑为奇兵，共同对敌。城防，则要构筑城濠、牛马墙、城墙等多层工事，骑墙敌台要火力相交，要设附城敌台，以台护铳，以铳护城，以城护民。所以“车营，战中之守也；沿边合垣、守中之战也”（《戚少保年谱耆编》卷10《议台官习艺》）。
2.关于虚实。明人阐述了“气虚”、“气实”的概念。他们认为，不仅兵疲食少为虚，士卒离心，上下有隙也是虚，称之为“气虚”；不仅兵强积广为实，主将圣明，上下同心也是实，称之为“气实”。战斗的失败，往往是“气虚”所致。
3.关于奇正。明人对《孙子兵法》和《李卫公问对》中讲的奇正多有补充和修正。《孙子兵法》说：“善出奇者，无穷如天地，不竭如江河。”明人补充道：“要知善用正者，亦如天地之无穷，江河之不竭。”（《阵纪》卷2《奇正》）《李卫公问对》中说：“善用兵者，教正不教奇。”明人指出：“奇而不教，则号无以别，变何可施？孙子谓，奇正相生，循环无端，安有不教而能相生无端者耶？”（同上）《李卫公问对》中说：“正而无奇，守将也；奇而无正，斗将也；奇正皆得者，国之辅也。”明人指出：“殊不知奇正原不可分，惟临时因用，始有奇正之名。若以用正、用奇、奇正皆得而分守将、斗将，国辅之别，则臣不敢服也。”（同上）明人关于奇正的基本看法是：奇正原来是不分的，只是在临用时才有奇正之分。用兵时，与敌正面接触的部分就是正，其左右两翼即为奇，但也有正内之奇，奇内之正，无不可为正，无不可为奇。奇正的变化是根据临时指挥来决定的；善用奇正的变化，便可得知敌人的虚实；善用奇正的人使敌人不知是奇是正。
关于奇正，明人还从更大的范围来加以阐发。“韩信之拔帜是以兵为奇也，邓艾之由斜谷是以地为奇也，李想之冒雪人蔡是以时为奇也。”（王世贞评释《孙子·兵势第五》）
4.关于选锋。《孙子》说：“兵无选锋日北。”明人指出平时不注重训练，“有事之际，又复立名选锋，每哨内抽其愿者、强者，凑合而发。成知兵无选锋之虑，独忘临敌易将之危。人心忽更所属，行伍分离，上下易置，已难责成”。他们强调指出，选锋“盖选于无警之日，非选于对垒之秋。一营之内未尝尽强而无弱，兵家亦未尝弃弱而不用”。选锋应选其人未教之前而教之，再选于既教之后而用之。
5.关于拙速巧久。《孙子》说：“兵闻拙速，未睹巧之久也。”明人指出：“速而果拙，何贵于速，迟而果巧，何嫌于迟”（《洗海近事》卷上《拙速解》）。认为孙子的说法只适合列国相争的时代，而不适用于后来。
6.关于围师必阙。《孙子》说：“围师必阙”。明人指出：“攻围之法不可执一也。如贼势大败，贼少我众，所围之处或山林人家又复独窄，方可四面合围，必使一倪不返。如贼气方盛，我少贼众，或所围之处散阔，而我兵分守不足，必缺生活一面，分兵于去围十里之外，必遁之路伏之。”强调“围师必阚”是有条件的。
（三）对阵法和战术的阐发
明代军事家和军事理论家对阵法和火器同冷兵器并用条件下的战术也多有阐发。
1.关于阵法。明人认为营阵的基本原则是“贵为奇正，有分合，利于相救，便于攻守”（《续武经总要》卷5《韬铃外篇》）。戚继光创造的鸳鸯阵，武器配备长短相杂，刺卫兼合，便于机动，攻守结合，较好地体现了上述原则，是当时比较先进的战斗队形。
2.关于战术。在火器大量装备部队，火器和冷兵器并用的情况下，步兵、骑兵、水兵、攻守城的战术均与过去不同，明人对此都作了叙述和阐发。
步兵。有两种情况：一种火器和冷兵器混合编队。在这种情况下，接战时先放火器，后用冷兵器，先使长兵器，后用短兵器。火器也分出层次，“鸟枪、郎机前而三眼、火箭后”（《车营叩答合编》卷4《车营百八说》），即第一层火器放完后退回，第二层火器手前进施放。如火器设有打退敌人，敌人临近则用冷兵器接敌。火器叠用，火器和冷兵器叠用，战斗队形随之变化是它的主要特点。另一种是火器和冷兵器分别编组。在这种情况下，火器队在前，冷兵器队在后。火器队施放完火器后，冷兵器队向前与敌人格斗，也是叠阵法。
骑兵。火器的配备有的是随队的，也有的成立专门的火器队。临战时，也是先下马施放火器，火器放后乘马厮杀。“骑队则弓箭、三眼、大炮连环叠用”（同上）。
炮步骑协同作战。明代后期戚继光建立了车步骑营，后来孙承宗的车营也是车步骑营。车兵就是车载火器兵。车兵、步兵和骑兵编组在一起，使协同作战更加紧密。车兵以火器击敌，护卫着步兵和骑兵；敌逼近，步兵出车作战，车成了步兵的依托，步兵又起到保卫车兵的作用；敌人清退，骑兵出车营追击，车兵跟进。车步骑三者紧密结合，以火器为主，能攻能守，夺取胜利。戚继光说：“车步骑三者俱备而相须为用。故御冲以车，卫车以步，而车以步卒为用，步卒以车为强，骑为奇兵，随时指麾，无定形也。”
水兵使用火器之后，使海战战术也发生了重大变化。海战不仅仅是冲犁和接弦战，更重要的是火器战。威力强大的发烦、佛郎机可以击沉敌舰，鸟铳、火箭、飞天喷筒、火药桶、火砖等可以烧毁船帆、杀伤敌人，使其完全丧失战斗力。当时海战，远则用佛郎机、鸟铣，近则用火箭、喷简，再近则用火药桶、火砖和其他冷兵器。这样敌船不是被击毁，就是船上人员被杀伤殆尽，使敌船失去航行能力。
水陆协同战术也有发展。这有几种形式：一是陆军从陆上攻击敌人，水军则封锁海面，敌人从海上逃跑，水军相机将其歼灭。二是水军封锁敌人港口，扼制敌水军，配合陆军登陆作战。三是陆军和水军分别从陆上和海上进攻敌人，对敌构成水陆夹击之势。当然，无论是陆军还是水军击敌时首先使用的都是火器。
攻守城池的战法也随火器的发展有所变化。攻城采用火器有两种方法。一种是用大炮直接轰击城门，将城门轰开后，步兵冲入。明万历年间援朝抗日战争的平壤之役，明军就是用重炮轰开七星门，然后步兵冲人的。再一种就是穴地轰城法，即挖地道至城墙下，充填火药，引火爆炸，城墙坍塌，步兵冲人。李自成攻榆林曾采用此法。
守城采用火器也有两种战法。一种是城外设置火器打击进犯之敌。城外设火器有的是伏火器兵于城外，令骑兵或步兵佯败引敌人伏，火器齐发打击敌人，于谦保卫北京曾采用此战术；有的是主城外建牛马墙，在牛马墙内设置各种火器，敌来进攻以火器击敌。另一种是在西洋大炮传人后，采用的一种战法，即婴城自守。徐光启说：“古时无火器，故非战不能守城；今火炮即能杀贼于城下，是坐而胜战也。”（《徐光启集》卷6《记崇祯二年十一月初四日平台召对事》）袁崇焕守宁远，打退努尔哈赤的进攻，采用的就是凭坚城，用大炮的婴城自守战术。随着火器在城防中的运用，对城池构筑，特别是敌台构筑的要求也更高。明代后期构筑了大量空心敌台，特别是提出构筑附城敌台的设想，都是对守城战术的提高和丰富。