为了做好整个集团的管理工作，方奇石决定，撤销集团公司驻云天公司企管办，将尤智能调到集团公司。
尤智能向方奇石建议：“集团公司驻云天企管办撤销后，云天的企管工作不能削弱，云天公司可以先行试点，增设企管部，由云三贵担任企管部经理，吴曼君回集团公司另行安排。”
方奇石同意了尤智能的意见。
方奇石说：“尤智能，你到集团公司第一步的工作，是设计集团公司及其机焦公司、荣化公司、房地产公司和建筑公司的组织机构，定岗定员。”
尤智能明白，方奇石所交代的这一任务，实质上是一次全集团的组织机构改革和管理团队的调整，意义非常重大，应当面向市场，面向未来，综合考虑，使之适应竞争与发展的需要。
尤智能相信，有多年的知识积累，有云天的成功做法，这个任务是能够圆满完成的。
根据方奇石的意图和尤智能本人的考虑，尤智能拟出的方案是：
把子公司总经理同集团公司总经理的职务称谓作个区别，各公司总经理仍叫总经理，集团公司总经理改为总裁。
鉴于集团公司不直接从事生产经营，经营班子只设总裁、副总裁等行政岗位，不设各类总师或者总监等专业行政岗位。集团公司管理机构设“两中心一办”，“两中心”即企业管理中心，简称企管中心；财务管理中心，简称财务中心；“一办”即总裁办公室，简称总裁办。企管中心设总经理，不设副职，下属人力资源部、督察部和法律顾问室；财务中心设总经理，不设副职，下属财务部、融资部和审计部；总裁办设主任，不设副职，不设二级部门。
集团公司的党委、工会、团委不分别设置机构，统一设置党群组织办公室，设总干事一名，干事若干名。
机焦公司、荣化公司经营班子分别设总经理、副总经理以及总工程师。机焦公司管理部门单设总经办、财务部、市场部、销售部、采购部、生产部、质监部；生产部下属炼焦车间、化产车间、玻璃车间、发电车间、机电车间和洗煤厂。荣化公司管理部门单设总经办、财务部、采购和销售部、生产部。鉴于机焦公司和荣化公司同在焦化园区内，而且荣化公司是机焦公司投资设立和控股的企业，两家公司合设人力资源部、企业管理部。
房地产公司和建筑公司实行两块牌子一套人马，合并管理，经营班子设总经理、总经理助理和总工程师；公司管理部门设总经办、企业管理部、财务部、人力资源部、拆迁部、工程部、工程预结算部、销售部。
之前，集团公司的部门，有的称为部，有的称为处，各公司的部门，有的称为部，有的称为科，此次设计，除集团公司总裁办和各公司的总经办外，集团公司“两中心”下属的部门和各公司所属的部门，一律改称为部。
尤智能到方奇石办公室，将方案作了汇报，方奇石在表示同意的同时，强调了两点。
方奇石说：“第一，集团公司绝对不设副总裁。记住，在荣光，绝对是我方奇石一人专断。第二，机焦公司是最大的公司，资产占了全集团的一半以上，我还得继续兼任总经理。”
“好，一定遵循方总的主张。”
尤智能在表明态度后，对全集团每个高中层岗位的人选，一个一个地请示方奇石定夺，并一个一个地作了笔录。鉴于方奇石要继续兼任机焦公司总经理，为方便工作，尤智能特别提出，将诸维利明确为机焦公司常务副总经理，方奇石思考了好一会后表示了同意。
尤智能还向方奇石提了一条建议，尤智能说：“方总，组织机构不同于人事任免，组织机构一经确定，一般不要轻意去动它，经实践证明确实必须变动或者根据情况的变化确实应当调整的除外。一句话，组织机构的调整是非常严肃的，千万不能因人而事。”尤智能还想说，“法人治理结构建立健全以后，如果要调整，应当经董事会讨论决定”，但鉴于方奇石习惯于独裁，他话到嘴边又咽了回去。
对尤智能说出来的这条建议，方奇石未置可否。
随后，尤智能按照方奇石的决定，起草了《关于集团公司组织机构设置的决定》和《关于各公司组织机构设置的决定》，经方奇石审签，次日便以集团公司红头文件的形式，印发给了各公司和集团公司“两中心一办”。
根据决定，方奇石任集团公司总裁，尤智能任集团公司企管中心总经理，倪华东任财务中心总经理，姚元菊任总裁办主任。
方奇石兼任机焦公司总经理，诸维利任机焦公司常务副总经理兼荣化公司总经理，赵斯亮任荣化公司副总经理，文石平任荣化公司总工程师。
兰达才任房地产公司总经理兼建筑公司总经理，邵志强任建筑公司总经理助理。
除此之外，指定集团公司原总经理助理唐步文为牛洞煤矿筹建组组长。
整个看，此次并没有调整高管层，特别是各公司的主要负责人，都没有变动，只有诸维利，由机焦公司副总经理变为了机焦公司常务副总经理。