（一）整军强武
宋朝自建立以来，军队人数不断增加，到宋仁宗统治时期，军队总人数已达一百二十六万人，军费开支占全部赋税收入的六分之五，成为财政上的沉重负担。这样大量的军队，不仅老弱病残，军营实际缺额严重，而且由于推行“更戍法”，军官频繁调动，造成兵不知将、将不知兵的局面。又由于缺乏训练，战斗力非常薄弱。不仅打不过契丹族建立的辽政权，就连与党项族建立的既小而弱的西夏政权作战，都难以招架。仁宗时枢密使田况对骑兵战斗力的描写，让人看了简直要发笑：沿边的守军骑兵，最精良的无过于如龙卫，而这个卫的骑兵居然有不能披甲上马的；其他的卫在训练时，皆望空发箭，马前一二十步箭即落地。以敌甲之坚，纵使能中，亦不能入，况未能中之。
这种状况促使宋神宗和王安石十分迫切地感到要提高军队素质、加强军事实力的必要，为了达此目的，变法期间推行了将兵法。
将兵法就是由朝廷选用具有作战经验和能力的将官，专门负责对某一地区驻军的军事训练。它是在吸取和总结了蔡挺在陕西泾原路带兵的实战经验的基础上制定的。蔡挺在对西夏的战争中立过战功，宋神宗即位后，任命他为泾原路的经略使。经略使是掌管一路的军事和行政的官员。泾原地处陕西，与西夏相近，是抵御西夏的要地。他到任之后，建立勤武堂，让部将每隔五天就检阅训练一次部队，使驻屯在泾原路的正规军分别由固定的将官统领，并且负责加以教练，这种做法得到了宋神宗的赞赏。熙宁五年，蔡挺被升任为主持全国兵政的枢密院副使。这年五月，宋神宗还让蔡挺把在泾原路的练兵之法在崇政殿作了一番表演，然后把这种训练办法颁布给各路。
将兵法于熙宁七年首先在开封府等路实行，后推行到全国。总计全国共设置九十二将军，将军以下有副将、部将、队将、押队、使臣等军官，还专门设有教练官，负责军队的教练事务。这样一来，就出现了兵知其将、将练其士卒的新局面，部队的战斗力得到了明显的增强。
整军方面的另一项措施是保马法。该法是在熙宁五年五月开始试行的。古代作战，骑兵被看做是最重要的兵种，因此历代都很重视军马的饲养。宋朝的军马原来是依靠政府的牧监来饲养的，这样不仅代价高，而且也不能满足需要。原来的群牧使李中师曾经建议让民间饲养军马以节省国家开支，于是在变法期间就制定了保马法。
保马法规定，凡愿意养马的人家，每户一匹，富户可养两匹。马的来源可以是政府拨给的监马，也可以由政府给钱自行购买。养马户可免一些赋税，另外还有一些费用，但马死了要赔偿。
保马法推行，节约了政府的大量开支。按当时的价格计算，官养一匹马，每年需要二十七贯钱，而民间养马一匹所免除的折缘纳钱只合十四贯钱，每一匹马就少支出十三贯钱。同时马匹的死亡率还大大降低了，大约只有官养马匹的一半。而且保甲有马就可以练习快速追捕，进一步加强了大地主控制的保甲武装力量。可以说，保马法基本是成功的，是改革措施中弊端较少，成效较大的一个。
（二）保甲法
整军方面最重要的措施是保甲法。王安石认为，募兵制是宋朝百年来积弱的根本原因，是国家的隐患，应该恢复古代兵民合一的制度。王安石在解释保甲法的起源时说，保甲之法起源于春秋时期的“作丘甲”，商鞅在秦国实行过。由此我们可以知道王安石的保甲法是把先秦法家商鞅等人所曾实施过的法令作为借鉴，是在仿效商鞅什伍之法的基础上发展起来的。
保甲法规定，乡村民户以十户组成一保，五十户为一大保，十大保为一都保。由主户中财产最多、才干心力最强的人担任保长、大保长和都保。不论主户、客户，家有两个壮丁以上的，都要抽一人做保丁，训练武艺。每一大保每夜都要轮差五名保丁在保内来往巡警，遇有盗贼，就报告大保长组织同保人户追捕。还规定，同保内如有人犯“盗窃、杀人、谋杀、放火、强奸、传习妖教”等案，知情不报就要连坐治罪。保内如有“强盗”居住三天以上，同保邻人即使并不知情，也要连同治不觉察的罪。
从这些规定我们可以明显地看出，推行保甲法的首要目的是在乡村中建立严密的治安网络，组织起一支由大地主控制的保甲武装，用来防止和镇压农民的反抗。当然，根据王安石的设想，保甲法的推行还有另一个目的，那就是想用保甲武装部分地取代正规军队，使之成为宋朝军事力量的一部分。这样既可以节省大量军费，又可以消减募兵制度下禁军的骄傲，从而提高战斗力，并逐步由募兵制度向征兵制度过度。
保甲法公布之后，到熙宁九年为止，开封府界和全国各路已经组成的保甲共为六百九十三万余人，其中已经进行军事训练的共为五十六万余人。这样既为禁军准备了大量的新生力量，又为整顿禁军提供了条件，初步达到王安石所期望的兵农合一的目的。
在保甲法的推行过程中，同样遭到守旧派的非议。担任大名府通判的王拱辰就曾经上书攻击保甲法夺农时影响生产，而且会导致农民不堪承受而进一步铤而走险为大盗，反复要求至少也得取消下户的义务。后来，王安石取消了下户当保丁的规定。
宋神宗与王安石之间有关保甲法的谈话，也在一定程度上反映了当时的斗争情形。有一次，宋神宗对王安石说：“募兵制度下的士兵专门练习战守之事，打起仗来可以依靠；至于民兵，是既要学习务农又要当兵，能依靠他们来打仗吗？”
王安石说：“唐朝以前没有实行募兵制度，不是照样打仗吗？我认为民兵与募兵没有什么两样，重要的是在于带兵打仗的将帅怎么样！”
又一次，宋神宗批示：“保甲中浮浪无家的人，不能让他们练习武艺。”
王安石说：“这些人本来就武艺绝伦，又常常作奸犯科，如果不设法约束，恐怕会有严重后果。”
宋神宗说：“那就把他们收到龙猛军吧。”
王安石说：“还是应该按照他们的具体才能情况来作安排。”
可是宋神宗听不进去，始终认为让浮浪之人学习武艺会带来危害，觉得保甲法不如禁军法来得严密。
王安石说：“当然保甲法也必须渐渐严密起来。不过纵然有个把浮浪凶恶之人，总没有良民人多，所以不至于有什么危害。民兵当差期间可以得到较高的待遇和得重赏的机会反而去做坏事呢？假如他真的去做了盗贼，也不过只是成为别的保丁们得赏的资本罢了，有什么可担心的呢？”
说到这里，宋神宗算是打消了原来的顾虑，可又担心训练民兵的钱粮不够。于是，王安石为他算了一笔账。
王安石说：“京城地区原来的军队人数自巡检来取代，一年所用的钱粮不过八万贯。以十万人代替六千人，又每年多出十万贯钱来，还担心什么钱粮不够呢？”
这些话表明，王安石对于实行保甲法是有过仔细周密的考虑的。他有理有据的论说解除了宋神宗的种种顾虑，但是仍然堵不住守旧势力的攻击。