正当微软公司春风得意、欣欣向荣的时候，这家公司老资格的软件专家、公司的缔造者之一——保罗·艾伦，却悄然离去。
这是因为病，因为癌症。
还在1982年，保罗·艾伦就病得不轻。那时候，他和几位同事正在法国巴黎做商业旅行。他突然觉得自己在发烧，不得不向伙伴们表示歉意，独自回到酒店。他对伙伴们说：他的病恐怕要比感冒之类严重得多。他休息了好几天，但病情没有好转，只好终止这次旅行。
他进行了几次诊断，结果表明，他患有某种癌变。为了保命，他遵医嘱停止了工作，进行化疗和休养。
新版的BASIC语言程序成了他离开微软公司之前的最后一件作品。
保罗·艾伦和比尔·盖茨都是电脑神童，也都是微软公司的创始人，但保罗·艾伦的性格与比尔·盖茨却迥然不同。保罗·艾伦的个性更为内向，他更愿意享受一些清闲的生活，特别是成功之后的愉悦。保罗·艾伦还是一个超级球迷，他从不放过一场西雅图超音速队的NBA比赛。比尔·盖茨也曾有过一些业余爱好，但从没有像保罗·艾伦这样自始至终。比尔·盖茨总是追求，追求，不断地追求事业上的发展，充满竞争的活力和奋进的勇气。他每天工作长达14小时，忙得不可开交。而保罗·艾伦倒宁愿去拨弄一下他喜爱的吉他，看看引人入胜的科幻小说。由于这种性格上的差异，有人甚至传言保罗·艾伦同比尔·盖茨的关系不那么融洽，还说保罗·艾伦宁可通过电子信箱与比尔·盖茨讨论问题，也不想去同他面对面地谈谈他们之间的分歧，保罗·艾伦很长时间都没去过比尔·盖茨的办公室，有事总是由鲍默尔代劳，等等。
不过，对于这类说法，保罗·艾伦总是予以坚决否认。他把这些猜测通通称之为胡说八道，对公司里这些流言大为愤怒，甚至觉得自己受到了伤害。即使在他发现癌症，接受化疗期间，他也仍然在继续工作，难道这还不能说明问题吗？当然，那时候他已不可能全身心地投入工作，不能在工作上花费太多的时间。保罗·艾伦因为性格内向而极重隐私，没有把他的病情告诉微软公司的朋友。人们完全不知道他已患了癌症，这或许正是引发误解的原因之一。
当然，在工作上，保罗·艾伦与比尔·盖茨并不是没有矛盾和分歧，有时候他们也会在决策问题上或技术问题上发生争执。但无论是保罗·艾伦还是比尔·盖茨，都从不把这种分歧和矛盾当一回事。有矛盾和分歧，才有争论和探索，才有事业的进步与发展。他们都认为这样的不愉快无关紧要，重要的是辨清情况，让公司不至于走上歧途，才是共同的利益所在。
病魔使保罗·艾伦不能再工作下去了，他不得不离开公司。他自知来日不多，便希望在离开艰苦的工作之后去享受一番人生的乐趣。
保罗·艾伦终于离开了长达8年之久、每周40小时以上、极少有节假日的工作岗位，与朋友亲属一道周游了整个欧洲大陆。而他的癌症竟然又奇迹般地有所好转，至今没有复发。当保罗·艾伦的父亲意外去世之后，他陪伴着母亲安度晚年。
保罗·艾伦不再是微软公司的副总裁，但他仍然是董事会的成员之一。
微软公司这位软件开发大师，就这样默默地退出了他的活动舞台。