1580年，葡萄牙国王恩里克死后无直系继承人。西班牙国王菲利浦二世依照姻亲关系出兵葡萄牙，强迫葡萄牙议会选举他为国王。葡萄牙从此在西班牙统治下失去独立60年。此时葡萄牙在国际上的地位日见衰微，已失去往日殖民帝国的实力。西班牙对葡萄牙人实行“巴比伦式的奴役”，在葡萄牙横征暴敛，大大超过了它的国力所能承受的程度。西班牙统治者还准备将葡萄牙合并。当时，对西班牙实现这一计划威胁最大的是葡萄牙的布拉甘沙公爵若奥。
因为他是王室后裔，有资格继承王位。西班牙统治者决定伺机排除这一合并道路上的障碍。
1640年，西班牙国内卡塔洛尼亚发生人民起义，国王命若奥率军队前往镇压，实际上是借机将其调离葡萄牙本土。此时西班牙正陷入“三十年战争”，国内又发生人民起义，统治者穷于应付，一些葡萄牙上层贵族认为这是争取独立的好机会。1600年12月1日，他们发动了一场宫廷政变，赶走了西班牙女总督玛加雷特，拥戴若奥为国王。政变受到人民群众的欢迎。西班牙在葡萄牙的舰队未作抵抗即投降。1640年12月15日，若奥被加冕为葡萄牙国王，是为若奥四世。葡萄牙实际上取得了独立。但在名义上西班牙还是它的统治者。若奥四世开始建立自己的国家，并争取国际上的承认。与此同时，葡萄牙开始夺回在西班牙统治下失去的一些海外殖民地，巩固了在巴西和非洲的统治。1656年，若奥四世逝世，阿丰索六世继位。其间，葡萄牙以重大代价恢复了与英国的同盟关系。西班牙曾试图以武力夺回葡萄牙王位，但军事行动的结果均以失败告终。1663年，在卡斯特洛·罗德里戈蒙特斯·克拉罗斯两次战役中，西军元气大伤，至此，再无力进攻葡萄牙。1668年，西、葡两国在里斯本签订了和平条约，西班牙正式承认葡萄牙独立。