就在克劳泽八面玲珑、风生水起之时，一条劲爆消息断送了克劳泽的大好前程：克劳泽与德国军火商勾结。早在海湾战争期间，德国人民就对德国军火商向伊拉克出售化学武器表示极大不满，而如今因为内部矛盾，军火商自己跑出来爆料，这让克劳泽陷入前所未有的境地。
真是“拔出萝卜带出泥”，这样的情况在各国政治丑闻中都屡见不鲜，随后克劳泽被曝搬家漏税，甚至连克劳泽雇佣保姆也遭到了德国人民的强烈抨击。落到如此境地，克劳泽一方面有自己的问题，另一方面也只能说是时运不济了。刚刚统一的德国，经济凋敝，人民对于官员雇佣保姆和搬家漏税都觉得是严重的腐败。克劳泽也因为顶不住丑闻的压力，在媒体一顿口诛笔伐后，于1993年5月辞去所有党政职务，遗憾地离开了德国政坛。
剩下的问题就简单得多了，在克劳泽辞职之后，留下了梅前州基民盟党主席一职，默克尔势在必得。在得到梅前州州长赛特的支持以后，默克尔扫平了竞选路上的障碍。这一次与在勃兰登堡州的情形完全相反，从基层党组织到州党组织，全都表示支持默克尔。梅前州的人们已经清楚地认识到，在失去德梅齐埃与克劳泽之后，能代表东德政治势力的只有默克尔了，而且默克尔当初也是在梅前州竞选的联邦议员。默克尔很快获得了候选人提名，在1993年6月的竞选投票中，默克尔获得了159票中的135张，成功拥有了自己梦寐以求的领地。
就在默克尔火速接收克劳泽大本营的时候，二人之间的关系，也如同当初默克尔和德梅齐埃一样，急速恶化。显然年富力强的克劳泽比德梅齐埃更不甘心，以至于离开政坛前说了一大通对于默克尔不利的话，例如默克尔曾经在科学院青年团的事情等。不过默克尔也知道见好就收，在得到实际好处之后，并没有在口头也死死不放，而是做起了高姿态，对于克劳泽的离去表示遗憾和同情。此后克劳泽也如同德梅齐埃一样，再没有踏足德国政坛，过起了平凡人的生活。
在1991年德梅齐埃刚刚辞职的时候，由于当时科尔的照顾和大家对于东德的普遍照顾，默克尔作为唯一的候选人，以高得票率担任了基民盟唯一党副主席。等到1992年10月在杜塞尔多夫举行的基民盟党代会上，默克尔明显没有了当初被关照的感觉，西德的政治家们已经按捺不住了，开始竞选基民盟党副主席。虽然默克尔成功连任，但她也越发觉得依靠东德背景获得的关照越来越少，需要发展自己的势力。获得梅前州基民盟党主席一职，让默克尔长舒一口气，终于自己也有了竞选大本营，可以在政治中心柏林放手厮杀，无后顾之忧。
出人意料的政治初秀
即使初次担任联邦部长，在妇女和青年部这个职权范围较小的清水衙门，默克尔科学家式的实干精神还是体现了出来，从1991年1月上任至1994年11月，默克尔还是为德国的妇女儿童及青年们做出了足够的努力。
默克尔虽然自己没有子女，只有丈夫绍尔带来的两位继子，她依然对于儿童抱有极大的爱心，从她这4年间为改善婴幼儿及儿童的生活条件所做出的努力，以及之后担任总理时常常参加儿童活动，都可以看出。当人们问默克尔在担任妇女和青年部部长的4年里，最大的政绩是什么的时候，默克尔会毫不犹豫地说出是关于婴幼儿和儿童方面的努力。
默克尔自认为的最大功绩，在别的政治家眼中显得微不足道。刚刚统一的德国有着更多更大的事情值得去做，也更容易赢得名声。默克尔也许是出于女性的天然关怀，却不依不饶地进行这方面的工作。在默克尔的坚持下，联邦德国通过了《扶助儿童及青少年法修正案》，规定“3岁及3岁以上儿童上幼儿园的权利，受法律保障”。现在看似简单的法律条文，却在当时填补了德国的法律空白。除此之外，还出台了禁止虐待婴幼儿及儿童的法规。这些简简单单的普世价值观，因为默克尔的努力成为法律条文，保障了千家万户的实际生活。
由于德国统一带来的后遗症，东德地区经济落后，导致东德人民出现了大量的心理问题。青少年由于人格尚在形成之中、自控能力不足等原因，问题显得更为严重。大批东德的青少年沦落街头，家长和学校在当时的情况下也没有精力管理。年轻人汇集于街头，抽烟喝酒，拉帮结派，打架斗殴，极富攻击性的青少年最后发展到了破坏公共设施，殴打外国人的地步。
默克尔为了控制和解决这一问题，进行了不懈的努力。首先是和青少年中的极端分子辩论，不善言辞的默克尔要说服气盛的“战斗机”，让青少年们心服口服；其次是推进关于反青少年暴力法规的快速出台，仅仅在1992年，就密集出台了192项反青少年暴力、犯罪的法规；最后是与教育部门配合，在学校方面加强管理的同时，开设关于人类历史的课程，通过潜移默化的教育，从根本上缓解青少年暴力犯罪的问题。从今天来看，默克尔的措施是富有成效的，至少如今已经迈入不惑之年的那一代青年人没有成为“失落的一代”。
由于身为女性，默克尔对于堕胎的态度就格外引人注意。虽然默克尔负责联邦德国妇女方面的问题，但是实际上堕胎这一问题并不在其职能范畴内，而是由联邦法院制定法律，家庭部参与具体操作，毕竟堕胎不仅仅是女性的问题，更是一个涉及家庭的社会问题。虽然德国是一个以信仰基督教为主的国家，所有基督徒都是在原则上保护生命、反对堕胎的，但是西德的基督徒多数信仰天主教，而东德有相当数量的东正教信徒，信仰上的细微差别，经放大后体现在了对于堕胎的不同态度上。
天主教更接近于原始的基督教，所以更倾向于严格反对堕胎，这一点在西德的法律上得以体现，西德严格禁止堕胎，在天主教徒们心中，堕胎是杀人犯，实在有必要进行堕胎的，则必须咨询医生，有医生开出的可堕胎证明，方可堕胎。东正教也反对堕胎，但是态度并没有那么严厉，加之东德在此之前由统一社会党执政多年，最终东德的法律是妇女在胎儿12周以前有权自主决定停止妊娠，这是一个限期的方案。此外在德国还有一些其他信仰或者无宗教信仰的党派，所以调和得出一个大家都认可的方案十分困难。
两德统一，必须通过一个适用全德的关于堕胎问题的法案。经过激烈的讨论，各大政党均提出了自己的草案：默克尔所在的基民盟主张严格的堕胎政策，基本还是西德的政策；与之相对应的是采用东德的限期处理的方案，与基民盟联合执政的自民党选择了这个方案，此外茶党、社民党等党派均倾向于此种方案；在两者之间，还有一派是取中间的温和派，主张公正咨询后由妇女自行决定，聚斯穆特是这一派的代表。
基民盟党副主席默克尔这一次并没有认同基民盟的严格控制堕胎草案，默克尔认为这个方案太过严格，虽然表面上是严格控制妇女堕胎，但在实际情况下，总会有妇女需要堕胎的情况出现，那么一旦采用这种以惩罚为主的严格法律，德国的妇女会选择去国外堕胎，根本不会对降低堕胎数这一目标有任何益处。
基民盟党内将要先对这一草案进行党内投票，通过后将提交至联邦法院。默克尔咨询了基民盟主席科尔，科尔的态度也与默克尔一致，反对实行以严格惩罚为主的威吓性法律，但科尔对默克尔说：基民盟就像一艘大船，每个基民盟党员像大船边上的小船，大船的稳定需要小船的稳定。默克尔明白了科尔的意思，身为基民盟党副主席的她，即使反对这一方案，也不能站在党内多数人的对立面，最终默克尔投了弃权票，尽管这样，她还是受到了党内多数人的批评。
对于倾向于东德的解决方案，默克尔同样表示异议。默克尔觉得完全由妇女在一定时间内做自主决定是否堕胎，是一种对生命不负责任的做法。即使身为母亲，也无权在胎儿初期完全自行决定停止妊娠。胎儿不是母亲的私人物品，胎儿凭着自身对于自由、生命的强烈渴望降临于世上。默克尔觉得将难题完全推给孕妇，这并不是一个有责任心的法律。默克尔本人最赞同的当数聚斯穆特的提案，倾向于比较温良的中间路线。
最终联邦法院判决通过了以限期解决方案为核心的草案。基民盟的议员们难以接受，为此发动了集体签名活动，要求联邦法院重审通过的草案，默克尔说自己毫不犹豫地选择了与基民盟共进退，参加了签名活动，不过在后来的起诉书上并没有默克尔的名字，默克尔究竟是否签名没有确切的说法。
不过默克尔作为一个实际派，对于一直争论不休的草案并没有多大兴趣。默克尔表示，不管是否支持，只要是通过的草案她就会坚决执行，无论何种草案，只要认真实行，总会对降低堕胎数有一定的好处。与其一直僵持不下，不如实实在在地执行。自此，闹得沸沸扬扬的218条法律终于尘埃落定。
默克尔在4年任期内，还大力推行了一系列保障妇女工作，落实男女平等的法律。默克尔不喜空谈而注重解决实际问题的科学家作风，让她做出了不少成绩，令当初轻视她的人有点意想不到，这也为她在1994年大选后的内阁重组中增添了新的砝码。