简单来说，阴是指人体实质的物质，即体液，包括血液、津液、泪水、鼻水、内分泌液，甚至男性的精液。至于阳，则指人体非实质的物质，即身体的机能和气。
阴阳协调，则身体健康；阴阳失调，则百病丛生。
正如《内经·阴阳应象大论》所说：阴阳法则是贯通天地自然的普遍规律。是一切运动变化的根源，是生长衰亡的原因，是人们认识和把握万事万物的根本方法和准绳。所以治病也就必须抓住这个根本。
《内经》根据阴阳矛盾法则，结合当时我国天文、历法、气象、地理、物理、化学和生物学的最高成就。对医学领域中的许多问题都作了充分的论述，比如：
从解剖的角度认为：男是阳，女是阴；背是阳，腹是阴；外是阳，内是阴；腑是阳，脏是阴等等。
从生理的角度认为：气是阳，血是阴；动是阳。静是阴等等。
在病理上认为：一旦阴阳失去平衡，就会产生疾病。不管疾病怎样复杂，归纳起来不外是阴阳偏胜偏衰两种倾向，就是说阴胜就阳病，阳盛就阴病，阳气胜就热，阴气胜就寒。而且这种偏胜偏衰发展到一定程度，还会出现寒极生热、热极生寒的反常现象。总之，阴阳平衡是人体健康的必要条件。所以《内经·生气通天论》说：阴平阳秘，精气乃治，阴阳离决，精气乃绝。
在诊断上提出了根本原则，就是“察色按脉，先别阴阳”。意思是一定要全面地了解人体各方面的情况，然后抓住阴阳这个纲进行分析，以便判断疾病是表证、热证、实证（阳证），还是里证、寒证、虚证（阴证）。
在治疗上也提出了阳病治阴，阴病治阳的基本法则。谨慎地诊察病证的阴阳偏胜偏衰，而后加以治疗，使人体达到阴阳平衡。
总之，阴阳学说讲的不是具体的生理、病理知识，而是用以指导人们研究生理、病理的一种思想方法。
五行学说和阴阳学说一样，本是我国古代的一种朴素唯物主义的哲学思想。古代的五行学说主要是用来说明宇宙间各种事物之间的相互关联以及运动变化规律。医学上一直继承这一学说的合理因素，主要用来说明人体生理和病理现象跟外在环境各种因素的相互联系，以及人体内部各器官之间相互资生和相互制约的关系。
要弄懂五行，首先要懂得“五行归类”。所谓“五行”，原指的是水、木、金、火、土五种日常生活中常见的物质。由于这五种物质各具有不同属性，后来人们就把凡具有相同属性的事物归于一类。比如，木行的特性是生发、柔和。春季草木萌生，显现了一种生发条畅的气象。因而春在五行中就属木行。同样，由于肝脏性喜条达舒畅，象征着春和木的特性，于是肝在五行中也属于木湖天春色行。又由于中医学上认为肝和胆是表里关系。而肝又开窍于目，所以胆和目在五行中也属于木行。所以，凡是和木的特征相关的春、肝、胆、目等等就都归在本行里。这样扩展开去，万事万物就都可以按五行归为五大类。这里只是举出了五行归类的一小部分，繁衍开去还可以举出许多。五行归类表明，人体各部分之间以及人体和自然之间有复杂的内在联系。
其次还要懂得五行生克关系。“生”，含有滋生助长的意思，“克”，含有制约、阻抑的意思。以五脏为例，按照五行归类，肝属木，心属火，脾属土，肺属金，肾属水。相生的关系：火是土之母，土是金之母，金是水之母，水是木之母，木是火之母。相克的关系：金克木，木克土，土克水，水克火，火克金。在正常情况下，相生中寓有相克，同时相克中又寓有相生。为此，生和克的相互作用、相互协调，就保证了人体内部器官运动的相对平衡。一旦这种正常的生克关系遭到破坏，一脏有病，就会牵连其他脏器受害。
应该指出，中医的五行学说是古代医学家在科学技术十分落后的条件下，对于人体和自然环境以及人体内部器官相互关系的一种概括性理解，这种在五行生克思想指导下提出的五脏疾病转变的理论，对后来中医的发展起了很大的推动作用。汉代张仲景就根据这种思想提出了“上工治未病”（上工，高明医生的意思）的重要观点，他说：“肝脏有了病变，就要想到肝病可以影响到脾脏，就应当先治脾。”后世的许多医家又在张仲景的基础上充分应用五行生克的道理，创造了许多治疗经验。如现在我们常常听到的“滋肾水以涵肝木”、“壮肾水以制阳光”、“扶土抑木”等治疗原则，这些经验帮助我们解决了不少疑难病症。从这个意义上说，五行学说的运用是我国医学史上的一个重要成就。
中医的阴阳五行学说最主要的内容是：启示人们从整体方面去把握整个自然界的运动规律，并从这个高度上去认识人的生命运动规律和它跟自然界运动规律的具体联系，这正是整个中医理论的精髓。中医阴阳五行学说的正确和合理性（这是主要的方面），不仅为几千年中医发展所证明，而且随着现代科学技术的发展，随着现代思维科学的发展，越来越显得深刻和丰富。
藏象经络理论
近几十年来，各国专家学者对信息论、控制论的研究日益深入。人们发现，我国古代医学理论，尤其是藏象经络学说和控制论的“黑箱理论”有惊人的相似之处。所谓“黑箱理论”，简单地打比方说，就是在不能打开“黑箱”的情况下要设法知道“黑箱”里藏着什么东西的一种理论。人体就好比一只不能打开的“黑箱”，用什么方法可以了解它的内部情况呢？我国古代医学家在“有诸内必行诸外”的思想指导下，提出了“视其外应（指外面表现出来的现象），以知其内藏”的研究方法，认为深藏于人体内部的五脏六腑和头面四肢五官九窍等体表组织都是密切联系的，体内脏腑的各种生理功能和病理变化完全可以从体表组织、头面四肢、神色形态、舌苔脉象等的变化测知出来，于是总结出一整套的藏象经络学说。
我国古代，“藏”即象。象，即指表现于外的各种现象。正如明代医家张景岳所说：“由于脏腑深藏在体内，而能够从外在的现象窥测到它们的活动情况，所以称为‘藏象’。”因此藏象学说现在一般也叫“脏象学说”。另外，按照传统的中医理论体系，藏象学说和经络学说原是两个相对独立的理论，但是本书为了叙述方便，就把两者放到一起来介绍。
中医的藏象经络学说，是通过人体外部的征象来研究内部脏腑生理、病理和各个脏器相互关系的学说。因此，中医的脏器概念，不是单纯的解剖学概念，而是一种功能系统的概念。如中医所说的“心”，它不仅包括了解剖学上的心脏，而且还包括了血液循环系统、部分神经系统的功能；中医所说的“脾”，不仅指解剖学上的脾脏，而且还涉及到消化、造血、循环、内分泌、精神意识、肌肉运动和吸收排泄等多系统的功能。弄清楚这一点很重要，否则拿西医的解剖概念去硬套，就永远无法理解中医的藏象经络学说。
要弄清楚中医的藏象经络学说，首先要了解中医是怎祥认识人体生理结构的。
为了一目了然，请读下表：
人
体体内脏器体表组织通辑生理活动的
物质经络五脏（心、肝、脾、肺、肾、心包络）六腑（胆、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱）奇恒之府（脑、髓、骨、脉、子宫）四肢百节筋、骨、皮、肉、毛、发九窍（眼三、鼻二、耳二、口、二阴）营、卫、气、血、精、津液经脉、络脉
在上表中，五脏是指胸腹腔中的实质脏器，有贮存、分泌和制造精气的功能。六腑是胸腹腔中那些中空有腔的器官。具有传化水谷的功能。所谓奇恒之府，是指那些似脏非脏、似腑非腑的器官。“奇恒”有异乎寻常的意思。这些器官一般在人体比较深隐的部位，它们的功能各有不同。另外，表中所说的营、卫、气、血、精、津液等物质，一方面是构成人体脏腑功能的物质基础，另一方面又是脏腑功能活动的产物。至于经络，是运行全身气血、联系脏腑肢节、沟通上下内外、调节人体各部分的通路。经，包括十二正经脉和奇经八脉，像四通八达的大道，共同组成经脉系统。络，是由经脉分出来的呈网状的大小分支，像错综联结的小路所构成的网络，遍布全身组织。其次，还要了解上述脏器、组织是怎样共处于人体之中，又是怎样相互协调、相互制约、共同完成生命运动的。
五脏的生理功能各有专职：心主血脉，血液的运行有赖于心气的推动；又主神明，统领人的一切意识活动。肝藏血，对周身血液的分布起调节作用；又主疏泄，血液的畅流和水谷的运化都跟肝的疏散宣泄功能有关；又主谋虑，人的意识活动也跟肝的功能有关。肺主气，司呼吸；又有调节体液和通调水道的作用。脾主运化，能消化食物，把饮食的精华运送到全身；又能统摄血液，使血液正常地运行在经脉里。肾藏精，人的一切精气（包括饮食精华和具有生殖功能的精气）都由肾来封藏；又能滋养骨和髓，还能纳气，和呼吸有关。
同时，各脏的活动又不是各不相关、各自为政，而是按阴阳五行的规律相互作用、相互制约的。如心主一身的血，肺主一身的气，两脏的相互配合，保证气血的运行，维持人体各组织的新陈代谢。
脏和腑分别属于表里关系，于是就构成了肺一大肠、心一小肠、肝一胆、脾一胃、肾一膀胱等五个系统。每个系统中的脏和腑都是相互配合、相互协调的。如胃主受纳饮食，有腐熟水谷功能；而脾主运化，有输送营养的功能。两者一表一里，一阴一阳，相互配合，完成食物的消化过程。
五脏和筋骨皮肉、五官九窍也分别有从属关系。如肝主筋，主爪，开窍于目。肝血充足，筋就会得到濡养，爪甲也会坚韧，眼睛视物就会清晰。其他从属关系如下：心——脉、面、舌脾——肉、四肢、唇、口肺——皮、毛、鼻肾——骨、发、腰、耳、二阴由于脏腑的不断运动，人体内的营、卫、气、血、精、津液等物质，呈现着不断被消耗又不断得到补充的运动状态。如血液，由于气的推动作用流布到全身去营养各个组织，等其中的某些精华消耗后，又及时得到肺送来的清气（就是氧气）和脾运来的饮食精微。又如津液，来自饮食精微，不断得到充实，同时又不断消耗，津有营养滋润各组织器官的作用，液有填精补髓、滑利关节、濡润空窍、滋润皮肤的作用。
上述脏腑、器官、组织的生理活动“之”所以能有条不紊地进行，是靠经络的联系。经络就如同现代大城市中的公路和电讯线路一样，起着联络和传导的作用。离开了经络，各脏腑、各器官就都成了一个个的孤岛。
神是人的生命存在与否的关键和象征。神，是指人的神志。神志虽然不是具体的物质，但是它像“蜡烛”和“光”、“刀”和“刃”一样。跟人的精气血津、脏腑功能的盛衰有密切联系。中医常讲“得神者昌，失神者亡”，意思是说：有了神的主宰，人体各个器官的活动就正常，各个器官的活动正常健旺，人的精力就充沛；否则，失去了神的主宰，人就要死亡。
中医学认为，人体是以五脏为中心的一个整体。由于五脏分别和六腑以及体表各个器官、组织属于表里、从属关系，于是形成了机体内的五个系统。又由于五脏之间又有生克制化关系，因而五个系统之间在功能上得以相互配合，相互制约，构成统一的整体。
中医的藏象经络学说最突出的特点，是从生理功能的联系上，以五脏为中心，把人这样一个复杂的系统，分做五个子系统，进而深入研究了：第一，内部脏腑的生理功能和病理变化在体表组织所反映出来的现象。第二，各个脏腑之间正常的相互协调、相互制约的关系，以及一旦某脏腑发生病理变化所引起的连带反应。第三，同时又把人作为一个独立的系统，置于天地自然的大系统中去，深入研究了大自然的变化给予人体内部脏腑的各种影响以及连带反应。这样就为中医在临床上的辨证施治奠定了理论基础。
尽管人体好比是一只不能打开的“黑箱”，一旦得病，在缺乏现代探测仪器和化验手段的古代，我国中医还是能够运用藏象经络的理论，通过观察病人的眼、耳、口、鼻、舌、形体、脸面和肌肤的色泽以及脉象的变化，来了解内部脏腑的盛衰虚实。同时，还可以根据脏腑传变的规律来推测有关脏腑的受累程度，加以治疗或者预防。
人体解剖探索
人体解剖这门学科总是被人们误认为是现代科学的产物，可是当我们仔细去考证这一事实的时候很容易发现其实它在中国的医学史上是很早就有的。它和其他的学科共同发展，并且在同时发展的过程中，它们也共同不断地完善和自我提高。
中国解剖学的起源很早，“解剖”一词最早提出于《灵枢·经水》：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之。”早在上古时代，传说中的俞跗就可以称得上是一位解剖专家，据司马迁在《扁鹊仓公列传》中介绍：“上古之时，医有俞跗，治病不以汤液醴洒，镌石挢引，案兀毒熨，一拔见病之应，因五藏之输，乃割皮解肌，诀脉结筋，搦髓脑，揲荒爪幕，湔浣肠胃，漱涤五藏，炼精易形。”看来俞跗是一个手法高明的解剖者。虽然传记具有传奇性，这份记载却条理分明，层次清楚：先是割开皮肉，疏通经筋，按摩神经，接着拉开胸腹膜，抓起大网膜，最后洗浣肠胃，漱涤五脏。虽然这传说很离奇，但是也透露了我国早期的解剖活动。
据史料记载，早在新石器时代，人体结构的秘密已吸引着原始人类。他们对人体的一些生理现象常不能理解，而另一些病理现象又使他们感到恐惧。当时，由于生产力十分低下，人类普遍地树立起上帝和神的神秘观念。但当他们在日常生活中，用石刀、石斧剖开动物的体腔，或部落间征战造成残肢断体、开肠剖肚的现象，使当时的人初步了解动物和人体内部的构造。这些对于解剖思想萌芽的出现，是有着重要影响的。
到了秦汉时期，由于金属刀具的普通使用，解剖学的知识开始丰富起来。《内经·灵枢》上就曾说过：人体的外部形态可由测量得知，而内脏位置可由触诊探索，人死后可以解剖观察……
产生于战国时期的地理学著作《山海经》中，记载着这样一段传说：“鲸死三岁不腐，剖之以吴刀，化为黄龙。”其意思是：天帝派“鲸”治水不成，将“鲸”治以死罪。不料鲸死后尸体居然三年不烂，天帝感到奇怪，于是给了另一个天神一把宝刀——吴刀，让他去剖鲸。不想手起刀落，却自鲸的体内飞出一条黄龙，腾空而起，降而成“禹”。传说中的治水英雄禹，就是这样剖腹而生的。如果古代人们从未有过用刀打开肚子这一实践，怎能产生这样生动的剖腹传说呢？
尽管这只是神话传说而已，但考古发掘的实物为我们提供了较为确切的证据。3000年以前刻在甲骨上的象形文字中，有不少与人体医学有关，如儿字，象征小儿头囱未合；孕字为人大腹之形，且有子在腹中：蛊字为肚子里有寄生虫的意思。这些象形文字的创造是以对人体的正确认识为前提的。
《黄帝内经》开始正式记载人体解剖。2000多年前的中国医人，开创了解剖尸体的先例。《内经》中的《肠胃篇》、《经筋篇》、《骨度篇》、《脉度篇》等，都是记述解剖学的专章。其中对人体骨胳、部位、脏腑、血管等，均有长度、重量、体积、容量的详细记载。书中一些解剖学的名称，主要脏腑的命名，到现代还在运用。