康熙年间继《明史》案后震惊朝野的史狱是《南山集》案。这一大案发生在康熙五十年（1711年）。此案勃发前的四十几年间由于康熙有意识地缓和了旨在镇压汉族知识分子反清民族思想的文化统治和封禁的政策，因而没有再发生什么真正称得上文字狱的案件，汉族人民和知识分子对满族以少数民族入主中国的现实则大体上认同了。谁想到康熙晚年又翻出戴名世著述明朝历史的旧案来惩儆人心呢？戴名世是安徽桐城人，对官修的《明史》有所不满，想独力私撰一部《明史》，他的才识也足以担当此任。梁启超讲过，有清一代史家如林，令他俯首者就只有戴名世与章学诚二人而已。然而，戴名世还没有动笔写，大祸就突然临头了。康熙五十年（1711年）十月，左都御史赵申乔参劾戴名世身为翰林编修，而“妄窃文名，恃才放荡，前为诸生时，私刻文集，肆口游谈，倒置是非，语多狂悖”，康熙命“严察审明具奏”。刑部奉旨严审戴名世，最后集中在戴的《南山集》里引用传播方孝标所著《滇黔纪闻》中“悖乱之语”。方孝标也是安徽桐城人，顺治年间官至侍读学士，后无辜得罪，被流放宁古塔（今吉林农安县）。康熙即位，遇赦还乡，家业早已败落。平西王吴三桂蓄谋叛乱，亟亟于网罗人才，就把方孝标请到了云南。三藩之乱平定之后，方孝标又回到桐城老家，就把在云南、贵州两地巡游所见所闻编成一书，名之日《滇黔纪闻》。其中多记有南明忠臣义士及永历帝在滇省抗清等史事，其纪年也用“永历”年号。有志于著述《明史》的戴名世看到《滇黔纪闻》，发现该书所记事实翔实可信，并由此认为明代历史下限应延至南明永历帝被清军俘杀之时的康熙元年（1662年）。易言之，顺治朝十八年算不得正统——这些意见都记入了《南山集》中。康熙五十二年，历时一年多的《南山集》案到了结案阶段，刑部等衙门的判决十分严厉：戴名世应照大逆律凌迟处死，已故的方孝标亦应照大逆律锉尸，方、戴两族俱应照律缘坐，为《南山集》写序、刊刻以至贩书者均应依律治罪。看来法司要兴动有如庄氏《明史》案那样的大狱了。幸亏康熙很慎重，最终除戴名世处斩外，受株连者则作了充军黑龙江、编入旗下等的从宽处理。戴名世认为南明弘光、隆武、永历三朝的历史地位不应一笔抹煞，在今天看属于学术范畴的不同观点，而在当时确是敏感的政治问题，因为这对清朝的正统地位构成了威胁。康熙批准追究戴名世等人的文字之责，最后竟将戴名世处死，其背后的原因固然极其复杂，但毕竟是他晚年的一个污点。
全祖望所处的政治环境与当初戴名世构想他的《明史》时的处境也惊人地相似。康熙亲政后，戴名世曾说：“今日方宽文字之禁，而天下所以避忌者万端。”活画出经历过《明史》案雷霆般震撼又幸逢雨露润泽的知识分子的心态。乾隆初政，以宽缓矫正雍正的严猛，十几年没再搞什么文字狱。乍暖还寒时节，士人们虽余悸尚存，却又有蜇动的欲望。全祖望由衷地讲过“欣逢圣天子荡然尽除文字之忌”。话虽这么说，但经历过康熙朝江浙两大史祸，特别是有了戴名世的教训后，仍不免含毫惶惶，下笔凛凛。
他写张煌言在顺治十六年（1659年）与郑成功相配合大举北上抗清时，是这样描写大江南北民众欢迎盛况的：“公（张煌言）师所至，禁止抄掠，父老争出持牛酒犒师，扶杖炷香，望见衣冠，涕泗交下，以为十五年来所谓见。”老百姓竟如此发自内心地迎接郑成功、张煌言的队伍，这里固然有希望恢复汉家天下的成分，但也真实地反映出大江南北人民对清军“扬州十日”、“嘉定三屠”式野蛮征服和强制剃发易服、圈占土地之类残暴统治的强烈敌忾情绪。全祖望如此写显然大大犯忌，因为他道出了那一特定时期人心向背的实情，本身就构成了对清朝统治的否定。为冲淡这过于鲜明的政治色彩，全祖望又在文中对清统治者时有美言。在提到清廷没有杀害张煌言在家乡的亲属时，全祖望写道：“世祖（顺治）之所以待公（张煌言）如此，盖亦自来亡国大夫所未有；而公百死不移，不遂其志不已，其亦悲夫！”他把势不两立的双方都照顾到了。
全祖望为坚决不出仕清朝的黄宗羲、顾炎武、傅山、李等“胜国遗民”立传，叙述明末忠臣义士钱肃乐、孙嘉绩等人的抗清事迹，都采取了写张煌言的笔法，或者说策略。他十分小心地避开与清廷对立的立场，不触及“华夷之别”这个敏感问题，而单从忠义的角度，去为胜国遗逸、忠臣志士们的抗清行动寻找思想根据。这种迂回的写法，在一定限度内还是可以为清统治者所宽容的。全祖望笔下的阳曲傅山先生最有味。明亡，傅山“梦天帝赐之黄冠，乃衣朱衣，居土穴以养母”。但像傅山这样的气节之士怎能安心作黄冠道士呢？全祖望轻轻一笔，以“其仰视天、俯画地者，并未尝一日止，凡如是者二十年”含蓄言之。及天下大定，反清无望，傅山始“以黄冠自放，稍稍出土穴与客接”。而状其为人，全祖望以书法隐喻，最称绝妙。傅山学颜真卿书，因语人“学书之法，宁拙毋巧，宁丑毋媚，宁支离毋轻滑，宁真率毋安排”，全祖望说人们都以为傅山先生“非止言书也”。最后写傅山拒博学鸿词征召更精彩：
戊午（康熙十七年），天子有大科之命，给事中李宗孔、刘沛先以先生（傅山）荐。时先生七十有四，而眉（傅眉，傅山之子）以病先卒，固辞，有司不可，先生称疾，有司乃令役夫舁其床以行，二孙侍。既至京师三十里，以死拒不入城，于是益都冯公（冯溥，时为大学士）首过之，公卿毕至，先生卧床，不具迎送礼。蔚州魏公（魏象枢，时为左都御史）乃以其老病上闻，诏免试许放还山。时征士中报罢而年老者，恩赐以官，益都密请，以先生与杜征君紫峰虽皆未预试，然人望也，于是亦特加中书舍人以宠之。益都乃诣先生曰：“恩命出自格外，虽病，其为我强入一谢。”先生不可，益都令其宾客百辈说之，遂称疾笃，乃使人舁以入。望见午门，泪涔涔下。益都强掖之使谢，则仆于地，蔚州进曰：“止，止！是即谢矣。”次日遽归，大学士以下皆出城送之。
康熙中负有人望的“胜国遗民”领袖如黄宗羲、顾炎武、孙奇逢、李、傅山等最受尊重。朝廷有心栽花，借鸿博特科以消弭士人鼎革后的避世之心，千方百计争取他们出山与新朝合作。而最重遗民气节者偏偏无心问柳，不受朝廷的笼络羁縻，不为朝廷装点门面。你看傅山，称疾拒绝举荐，地方官不答应，硬是把他从山西抬到京师。到了北京郊外，死活不走了，公卿毕至，不给面子，皇帝破例封官，还是不给面子，这怎么下得了台？只得往紫禁城里硬抬，没想到傅山刚望见午门，便泪流满面，再不肯前进一步了。城阙犹在，物是而人非，怎能不令怀恋故国的傅山“泪涔涔下”呢？从另一角度来看，你又不能不佩服康熙对持不同政见者的迹近真诚的态度和宽容博大的胸怀。拒绝参加考试，还是授予内阁中书这个不小的官。已经到了天子脚下，还以死抵拒，不去谢恩，仍命放免归山。与日后残虐荼毒士人的乾隆皇帝相比，直不啻霄壤之别！写傅山先生事略这样的短文时，又随手勾画出上下周旋、苦心调护的大学士冯溥，以及虽身仕新朝，但对坚持气节的傅山极为理解的左都御史魏象枢。这一切，分明可见全祖望欲留一段信史于天地间的良苦用心呵！
比较清初，全祖望生活的时代确实发生了变化。乾隆鉴于清朝的统治已经稳定，所以对诸如史可法、熊廷弼、袁崇焕、黄道周等坚决抗清的人物也开始加以表彰了，甚至说他们是“一代完人”。为什么有这么大的政策性改变呢？乾隆说得很坦率：“崇奖忠贞，所以励臣节。”意思是要臣下效法史可法等人对明朝的“忠贞”、“节义”，作清朝皇帝的忠实奴仆。全祖望的表彰明清之际的忠臣义士，是不是有意逢迎“圣意”呢？完全不是的，二者风马牛不相及。乾隆最早提出不应把史可法、黄道周视为“伪臣”，是在乾隆三十一年（1766年），其时全祖望已经去世十年了。这里只是想说，由于政治形势的变化，全祖望理会“古人”事迹的那部分内容，相对来说，触犯文禁的风险小一点。
真正容易被罗织致罪的是全祖望对康、雍、乾三朝某些重大而敏感的时事的记述，以及他所写的同时代许多风云人物的碑铭、墓表、行述等传记文字。
清初皇帝大搞文字狱，但对此又讳莫如深，严厉禁止别人私下记载评论。查嗣庭在日记中写的“戴名世得罪为文字之祸”，下文就要说到的蔡显在《闲闲录》中称“戴名世以《南山集》弃市，钱名世以年案得罪”，都成了他们杀身破家的罪证。全祖望比查嗣庭、蔡显走得更远。他涉险著《江浙两大狱记》，备记本朝庄廷鑨史祸和戴名世《南山集》之祸——自称目的在于“为枉作者戒也”。关于前者，全祖望记曰：“时江楚诸名士列名书中者，皆死，刻工及鬻书者同日刑”，“是狱也，死者七十余人，妇女并给边”。浒墅关主事李尚白听说书店有庄著《明史》，就打发属下差役前去购买，书商不在，差役暂坐旁边朱姓之家，等书商回来，姓朱的老者又掺和讲价钱。及案发，主事李尚白以“购逆书立斩，书贾及役斩于杭，邻朱姓者因年逾七十，免死，偕其妻发极边”。天理何在？庄著《明史》即便是货真价实的逆书，帮着砍价的人也定为死罪，这不是暗无天日的鬼蜮世界是什么！全祖望又著《陆丽京先生事略》，意在昭示庄氏史狱在士人内心深处久久挥之不去的阴影。陆丽京，名圻，庄廷鑨慕其名高，私列《明史》卷首。当狱初起，陆圻械系按察司狱，久之事白，被无罪开释。他深知这世道已难以生存了，叹曰：“余自分定死，幸而得保全首领，宗族俱全，奈何不以余生学道耶？”遂终身为黄冠道士，先往黄山，后赴广东丹霞山，一夕遁去，不知所终。其子陆寅往来万里，苦苦寻找不得，竟以是悒悒死。在《陆丽京先生事略》一文结尾，全祖望用“呜呼，其亦可哀也夫”，对庄氏史狱幸免者陆圻的遭遇表示了深切的理解和同情。另在顾炎武、查慎行的传记中，全祖望还记录了康熙七年（1668年）发生在山东济南的黄培诗狱以及雍正朝著名的查嗣庭案。这些文字尽管写得不够舒展酣畅，但字里行间流露出来的作者爱憎仍是灼然可见的。
全祖望为当代人物所写的传记，感情抒发得比较自由一些，特别是为他的恩师和挚友李绂写的《阁学临川李公神道碑铭》一文，更把自己的政治倾向和愤激情怀表达得淋漓尽致。李绂历仕康、雍、乾三朝，屡起屡蹶，肮脏以没。对这样一个置身于最高统治集团权力斗争漩涡的人物的功过是非如何评定，直接关系到康熙、雍正乃至当今皇帝——乾隆的形象。在李绂与田文镜的互参事件中，雍正从一开始就站在了田文镜一边，给李绂扣上了科甲朋党的大帽子。全祖望在李绂的传记中则说他“遭钩党之诬”。乾隆即位，李绂复起，是非业已昭然，本应有一番作为，但“不一年，竞左迁詹事”，原因何在？全祖望说乃是李绂爱才心切，以“荐举过多而被黜”。对李绂在三朝的遭遇，全祖望作了这样的总结：“公平生以行道济时为记，用世之心最殷，故三黜而其志未尝少衰，而浩然之气亦未尝少减。”如此一伟丈夫为什么不能见容于康、雍、乾三帝？就在于他那一副铮铮铁骨，一腔劲气刚肠。全祖望以自身经历对此中奥妙已有所认识，所以他说雍正皇帝特以李绂“性刚，意欲痛有所催折而后湔洗之，而复用之”。这话听起来很委婉，实则对清帝用人之道的剖析可谓力透纸背。在全祖望为恩师所写的墓碑中，人们看到李绂的博学洽闻，看到他那如大江东去、如春潮澎湃的雄豪浩瀚之才，但留给人们印象最深的是他的不为专制淫威稍稍屈服的刚烈之气。全祖望说，恩师曾亲口对他讲：“我只要内省无负疚之初，那么生死且置之度外，何况祸福？祸福且不足动心，何况荣辱得失？这样做去，再险恶的处境也难不倒我。”日后，全祖望的弟子向他请教立身行事之道，他就把李绂的话奉献给他们。然人皆血肉之躯，终非金石，屡经政治霜雪侵蚀剥离，精华亦渐渐耗尽了。全祖望记晚年的李绂“神气支离，与人语健忘，一饭之间，重述其言，絮絮数十度不止”，与“少有万夫之禀，及中年百炼，芒彩愈出”的李绂岂可相提并论？李绂先逝，全祖望不胜悲痛地说：“今老成徂谢，后学其安所依归乎？”
乾隆二十年，一代史学家、一代文学家全祖望去世了，年近五十一岁。他的身后极为凄凉萧条，连殡葬之费也没有着落，家人把他毕生所藏万卷书出让，换来二百两银子，才得以安葬。
全祖望盛年而卒，是我国学术界的不幸；但就他个人来讲，又何尝不是幸运呢？乾隆二十年前后，全国比较宽松的政治气氛已荡然无存了，在“为世道人心计”的旗号下，乾隆皇帝步晚年康熙及雍正之后尘，厉行对文化思想的钳制，旨在肃清朝内朋党流毒，镇压汉族民族意识和民族气节的文字狱接二连三地发生，文网之绵密，甚至粗通文墨的精神病患者也不能幸免。正当巨大的文网在全国张开之际，留下数不尽可供挑剔吹求文字的全祖望停止了呼吸。