康有为的拒绝无疑深深地激怒了张之洞。为时不久，当《强学报》强行出版之后，张之洞一系的梁鼎芬、黄绍箕等人便开始以《强学报》的内容、形式与发起人原先议定的原则不合为由向康有为发难，并最终导致张之洞于1月26日下令将上海强学会强行解散。
北京、上海的强学会相继被查封是维新运动所遭受到的挫折，但在这批志士仁人的影响下，以知识分子为主体的维新运动已从根本上不可遏制。各地纷纷组织学会和创办报刊，人们的爱国热情空前高涨。
三、《时务报》与《国闻报》
康有为等新知识分子在创办具有近代政党性质的社团的同时，更不忘创办自己的言论机关，试图以新闻媒介的作用去影响新一代知识分子，并期望以此去争取官僚士大夫的同情和支持。在某种意义上说，他们已经充分意识到创办自己的言论机关与创办学会具有同等重要的意义。康有为指出，中国士大夫不通外国政事风俗，而京师也无人敢创办报刊以开知识。而变法本原，非自京师始、非自王公大臣始不可。而陈炽甚至认为，创办自己的言论机关，可能比开办学会、聚集人才更为迫切，“办事有先后，当以报先通其耳目，而后可举会”。于是，康有为等人为了开风气、开知识，在创办强学会之初，就于1895年8月17日在北京先行创办了《万国公报》，并与发送《京报》的人协商，由他们在送《京报》的同时，每日附送1000余份给朝中大臣及一些高级知识分子。《万国公报》创办两个月，舆论渐明，初则骇之，继亦渐知中国变法维新的必要性及新法可能带给中国的好处，从而为京师强学会的顺利成立提供了积极的舆论支持，使自愿参加强学会的达官贵人、知识分子愈来愈多。（《康南海自编年谱》，28—30页。）
《万国公报》为双日刊，其刊式与《京报》相似，报名与英美传教士所办的报纸相同。其之所以定名为《万国公报》，是因为上海广学会编的《万国公报》在清政府的官僚中已经行销有年，甚有知名度，不仅在朝中大臣及知识分子中拥有相当大的知名度，康有为、梁启超等人都深受这份传教士《万国公报》的影响，光绪帝也经常阅读。因此，康有为等人创办自己的第一份刊物时不自觉地盗用了《万国公报》的大名，其目的也不外乎为了便于推广和扩大影响。
康梁系的《万国公报》出版两个月左右，李提摩太有机会与康有为直接会晤，不久，李甚至参加了京师强学会，并聘请梁启超担任他的临时中文秘书。当他发现康梁系的《万国公报》是盗用广学会的名义时，便向康、梁提出了抗议，康梁系的《万国公报》被迫停刊。
《万国公报》每册有编号，无出版年月，其第1册出版于1895年8月17日（光绪二十一年六月二十七日），前后共出版45册。这是最初3个月的全套刊物，也是康梁维新派在北京出版的第一份最有影响的刊物。它的大多数文章都是从上海广学会的《万国公报》上转载而来的，自己组织撰写发表而未署名的文章大都出自梁启超、麦孟华之手。这些文章主要是介绍西方先进国家富国、养民、教民之道，包括开矿、铸银、制机器、造轮舟、筑铁路、办邮政、立学堂、设报馆以及务农、劝工、惠商、恤穷等内容，基本上是在发挥康有为在《上清帝书》中所提到的那些变法主张。《万国公报》先后刊发的重要文章有：《地球万国说》《地球万国兵制》《通商情形考》《万国矿务考》《万国邮政章程价值考》《学校说》《铁路情形考》《铁路通商说》《铁路改漕说》《铁路备荒说》《铁路便行旅说》《铁路兴屯垦说》《铁路工程说略》《佃渔养民说》《农学说略》《农器说略》《铸银说》《西国兵制考》《印俄工艺兴新富国说》《报馆考略》等。
《万国公报》所传播的新思想、新知识引起了新知识分子的兴趣，唤起了他们的救国热情，但同时也激起了守旧势力的反感与嫉妒。守旧势力利用自己手中的权力探知《万国公报》竟然出自康、梁之手，于是“谤言乃大兴，人皆畏而避之，拒不收”。当新出的《万国公报》循例送给这些达官贵人时，他们再也不敢笑脸相迎，而是“辄怒以目，驯至送报人惧祸，及悬重赏，亦不肯代送矣”。（梁启超：《鄙人对于言论界之过去及将来》，见《饮冰室合集》文集之二十九，2页。）在这种政治高压下，共出版了45期的《万国公报》只好草草收场，被迫中断。
康有为离京南下之后，强学会的日常事务由其弟子梁启超负责，各项活动依然进行。1895年11月中，强学会更名为“京都官书局”，原强学会的政治、学术色彩逐步减弱，而商业气息逐步浓厚，似乎真的要演变成一个纯粹商业性的出版机构，与康、梁等人最初创办京师强学会的宗旨越离越远。只是这批书生并不真的懂经营、会管理，反而使商业化越来越重的京都官书局的经营每况愈下，人心也开始涣散。（《夏曾佑致汪康年函》第7通，见《汪康年师友书札》，1319页。）
官书局的经营状况不算太好，但梁启超、汪大燮、麦孟华等人还算卖力，他们经过一个多月的紧张筹备，终于把被迫停刊的《万国公报》改名为《中外纪闻》，于1895年12月16日在北京继续出版。
《中外纪闻》的报馆仍然设在强学会的会址，报纸也仍如《万国公报》一样为双日刊，逢单日出版，木活字印刷，每册在中缝注明出版年月，无编号，竹纸印制，每册包括封面在内约有10页。封面“中外纪闻”四个字为紫红色，似出于康有为的手笔。每面10行，每行22字。这些方面似乎与《万国公报》没有太大的差别。但在编辑技术、栏目设置以及内容、篇幅上，《中外纪闻》对《万国公报》作了很大的改进。在经营方面，《万国公报》完全免费向京师官僚士大夫阶层赠送阅读，而《中外纪闻》则在免费赠阅10天之后，改为订阅或购阅。其不仅发行于京师，而且还向外地寄售。
在编辑方面，《万国公报》每期一般只有论说一篇，没有记事，而《中外纪闻》除了偶尔发表一些自撰的论文外，还有阁抄、译录英国路透社电、选译西报如《泰晤士报》《水陆军报》等，此外摘录各省新报如《直报》《沪报》《申报》《新闻报》《汉报》《循环报》《华字报》《维新报》《岭南报》《中西报》等等，（军机大臣字寄各直省将军督抚》按语，见光绪二十一年十一月二十八日《强学报》第1号，3页。）以及设有论考文章等栏目。
在《中外纪闻》之“译印西国格致有用诸书”栏中，曾经刊载或连载《英国幅员考》《各国商船及海上贸易价额考》《普国矿利考》《西国铁路考》《各国驻华师船考》《英国度支考》《格致穷理论》《地球奇妙论》等等，大都在文末附有简论，以简洁的文字启发读者思考。
1896年1月23日（光绪二十一年十二月初九日），《中外纪闻》与强学会一起遭到清政府的封禁，前后共出版18期。
上海强学会成立之后，即着手创办了《强学报》，以此作为上海强学会的机关报。其宗旨“专以发明强学之意”。内容以论说为主，要目有《开设报馆议》《孔子纪年说》《论会即荀子群学之议》《毁淫祠以尊孔子议》《变法当知本原说》《论回部诸国何以削弱》《欲正人心先修法度说》等等。显然，《强学报》的政治观点较先前出版的《中外纪闻》更加鲜明和激进，但其要旨似乎都是康有为的观点。
《强学报》于1896年1月12日创刊，5日刊。担任该报主笔的是康有为避开张之洞而专门从广州调来的徐勤及何树龄。
徐勤、何树龄在政治信仰上自然听从康有为的指派，他们主编的《强学报》自然在政治倾向上接近康有为的激进政治主张。他们不顾清廷的规定，擅自公布清廷未经公开的“廷寄”，即光绪帝内发各省将军督抚议行十四条新政的上谕，此上谕已经遭到后党的反对和压制，明确不予实行，而《强学报》却把它公之于世，并附有短论称颂这份文件是清朝三百年来之“特诏”，是“中国自强之道基，臣民讲求时事之本”；甚至公然以为“破去拘牵之见，光大维新之命，化行风被，人人可以昌言新法”等等，以此鼓吹变法维新、救亡图强。凡此，显然都极易受到保守势力的攻击。
由于康有为在学术上反复论证孔子改制的理论，这对《强学报》的主编者有着很大的影响，因此在新创刊的《强学报》封面上，主编者徐勤等人有意将“孔子卒后二千三百七十三年”的所谓“孔子纪年”置于“光绪二十一年”之前，同时发表《孔子纪年说》，鼓吹使用“孔子纪年”以唤起人们的改革激情。然而康有为等人这一做法的客观效果却恰恰相反，“见者以为自改正朔，必有异志”，（梁启超：《与康有为书》，见《觉迷要录》卷四。）担心用孔子纪年取代清朝的纪年必将给强学会带来大祸，“会中一二俗士闻之，则舌挢汗下色变，惧祸将及己，汲汲请除名。曰是不奉今王之正朔也。”（梁启超：《纪年公理下》，见《清议报全编》卷四，78页。）不奉今王的正朔，在当时帝制体制下可是杀头的罪名。于是发起人之一的梁鼎芬致函康有为，指责康不遵守发起人之间的约定，试图将《强学报》办成鼓吹自己的学术观点的私家刊物，“借局以行其经学”，已经违背了他们发起成立上海强学会、创办《强学报》的初衷，因此梁鼎芬表示“欲登报除名停办”。
上海强学会另一发起人，也是张之洞亲信的黄绍箕在看到新出版的《强学报》之后，也立即致函已到广东的康有为，指责《强学报》用孔子纪年实违反了清朝的“国制”，并告知康有为他已经通知《强学报》社，停止出版新的报纸，并说他和其他的发起人正在考虑怎样结束上海强学会的事宜。（黄绍箕：《致康有为书》，见《万木草堂遗稿外编》下册，845页。）显然，《强学报》并不太明智的政治举动实际上使它失去了相当多的支持者。
梁鼎芬、黄绍箕都具有张之洞的背景，他们的指责在某种程度上代表着张之洞的真实想法。张之洞既然从一开始就不同意康有为的孔子改制说，更不能容忍康有为等人不顾“国制”，一意遵行什么“孔子纪年”，因此当他发现康有为根本无意听从他的指挥，根本无法将其收编到自己周围的时候，他唯一能够做的事情，就是断绝上海强学会的经济来源，甚者动用自己手中的权力，强行解散上海强学会。而恰当此时，北京方面查封强学会的消息传来，于是张之洞趁机于1月26日委派专人致函上海各报馆，宣布强学会报章未经同人商议，遽行发刻，内有廷寄及孔子卒后一条，皆不合。现时各人星散，此报不刊，此会不办。（《强学停报》，见光绪二十一年十二月十二日《申报》。）上海强学会及其机关报《强学报》由此而正式结束。
当梁鼎芬、黄绍箕等人向康有为发难的时候，康有为正在广东，他虽然已经感到事态严重，但决没有想到会严重到被强行解散和强行停办的地步。他在1月26日致函徐勤及何树龄时尚称：“彼有不办之心，我有必办之意。”他劝徐勤、何树龄二人要忍辱负重，坚守岗位，（康有为：《致何树龄、徐勤书》，见《康有为全集》第2卷，206页，上海古籍出版社，1990。）又致电黄遵宪出面“力持”，争取不停办。但终究没有阻止张之洞的决心，《强学报》与上海强学会还是被张之洞扼杀了。
张之洞之所以那么匆忙地改变自己的主张，由上海强学会的支持者一变而为反对者，除了理论上他实在不能赞同康有为托古改制的学说外，更主要的是他对中央政局的把握与回应。他一开始支持康有为到上海创办强学会，并与康促膝对谈20余日，是因为他觉得自京师而来的康有为或许有什么大来头，毕竟康在京师创办的强学会有那么多官员参加，所以他不仅不反对康有为在上海创办强学会，而且在某种程度上还是乐观其成的。但是，当康有为在上海创办强学会不几天，中央的政治局面就发生了很大的变化，1896年1月20日，清廷接受御史杨崇伊的建议，发布上谕查封了京师强学会。这就难怪张之洞要保全自己了，他不仅要与强学会划清界限，而且要在自己的地盘里彻底禁绝这种可能给他带来极大政治风险的组织。（参阅蔡乐苏、张勇、王宪明《戊戌变法史述论稿》，331—333页，北京，清华大学出版社，2001。）
张之洞在下令停办强学会和《强学报》的同时，也为上海强学会和《强学报》预留了一定的空间，他要禁止的只是康有为的那些可能引起争议的学说，而无意将具有维新思想的青年才俊驱逐出自己的辖地。所以，他在下令停办强学会和《强学报》之前就决定调汪康年到上海主持强学会的事务，试图从人事布局上掌控强学会。