中江藤树不仅对儒教及其圣贤极为推崇，对孕育它们的中国也极为崇敬。对他来说，中国是“圣人之国”，因而是日本应该模仿和学习的先进国家。相比而言，日本、天竺等都是“圣人不作”之国，因而在日本导致俗儒、佛教等虚妄之学日新月盛、交互竞起。（中江藤树：『林氏剃髪受位弁』、載『日本思想大系』29、岩波書店1974、16頁。）显然，“圣人”的有无是藤树展开自他认识的一个前提和基准。结合“四夷”、“天竺为戎国”（中江藤樹：『翁問答』、載『日本思想大系』29、岩波書店1974、118頁。）等言论看，可以说他关于中国和日本的认识明显受到了儒教华夷思想的影响。因此，就武士（samurai）来说，藤树认为，受真儒熏陶的中国武士文武兼备，故远胜于日本：“大唐诸士，无艺文盲者百人亦鲜有一人。故立大功之大将军及强悍的武将皆具艺能。日本诸士，大都为无艺文盲者”（中江藤樹：『翁問答』、載『日本思想大系』29、岩波書店1974、91頁。）；他同时赞成“吴太伯后裔说”，认为“云本朝为后稷之裔，此说诚有意义也”（中江藤樹：『翁問答』、載『日本思想大系』29、岩波書店1974、143頁。）。尽管藤树总体上仍抱有以中国为中华的意识倾向，却对不同时期的中国有着不一样的认识。他认为，“大唐亦于战国之后由于气运否塞而圣人大贤不出”（中江藤樹：『翁問答』、載『日本思想大系』29、岩波書店1974、118頁。），因而与日本一样，才导致老庄、墨家、佛教等迷惑人心的“狂者之教”肆虐横行。中国自春秋战国之后再无圣人，代表了近世初期日本儒者中国观的一种类型。它不仅体现了藤树对宋学甚至“圣贤之遗法”的怀疑，甚至暗含了他并没有意识到的儒教相对化的思维和逻辑。
综上而言，中江藤树对儒教和中国的崇敬，是由他所信奉的以太乙神信仰为基础的世界观决定的。这种自发的内在情感不仅是对藤树中国认识的强大拘束，也几乎是近世日本儒者共通的“宿命”。但是，与近世初期的儒者不同，中江藤树的太乙神信仰本身恰恰隐含了宋儒相对化和中国他者化的逻辑。因为它为儒教设置了超越于儒教的最高本体——实在的太乙神，不仅破坏了儒学合理主义的神观念，还危及了儒教本身的根基。
首先，在中江藤树那里，儒教的普遍性乃取决于是否符合太乙神之道，不再是源自其自身的合理性和先进性，而被降格为与“神道”同等的宗教和伦理体系。“国家、世界之差别虽各种各样，原本均为太虚神道之中开辟的国土，故神道虽有千万，世界却只是一个。故虽说各国国土相隔而语言、风俗各异，其心都依本来同一体的神道，无论唐土、天竺、我朝以及此外的所有国土，没有丝毫不同。”（中江藤樹：『翁問答』、載『日本思想大系』29、岩波書店1974、120頁。）在这种意义上，藤树认为，儒教即“神道”，“神道”即儒教。儒教的本质则是“信仰神明”的“太虚之神道”（中江藤樹：『翁問答』、載『日本思想大系』29、岩波書店1974、141—143頁。），“神道”则是儒教的别名，“人们畏敬大始祖皇上帝、大父母天神地祗之命，钦崇、接受其神道而命名孝行，又命名至德要道，亦命名儒教”（中江藤樹：『翁問答』、載『日本思想大系』29、岩波書店1974、124頁。）。显然，与林罗山以“神”附会“理”而使神道正当化的简单作业相比，虽然中江藤树并没有意识到，他的工作实际上不仅危及了儒教的存立依据，还为“神道”获得与儒教的平等地位准备了基础。因为按照这种逻辑，只要通过神明的置换，就可以完成“神道”普遍化和自立化的作业。实际上，他的思想历程也体现出转向本土神明的倾向。据《藤树先生年谱》记载，藤树33岁以前都是“欲一遵守圣贤之遗法”，“远离鬼神，除其祖先外，一切祠庙不拜诣”，33岁读《性理会通》后，则规定自己每月一日斋戒祭拜太乙神，到34岁更是大彻大悟，而参拜伊势大神宫，并尊奉其为“天地开辟之祖”。（藤樹先生年譜』、『藤樹先生全集』第5册、岩波書店1940、20—21頁。）
其次，中江藤树的世界观还体现了他作为日本人的自觉以及明显的中国他者化的立场。这种自他意识贯穿了藤树的思维和实践。以太乙神创世观为例，它虽然重在强调世界万国的共通性，却预设了日本与中国平等地位的理论基础。藤树34岁时的夏天参拜伊势大神宫的所作所为，就体现了他作为日本人的高度自觉。“前此曾以为，神明无上至尊也。身为贱士若近贵人，恐驯至渎之，况神明也。是以终不诣拜。其后，学日日入精微，故以为士庶人亦有祭神之礼。是则神不可不诣，且太神宫，吾朝开辟之元祖也，生为日本之人，不可不拜，于是诣之。”（『藤樹先生年譜』、『藤樹先生全集』第5册、岩波書店1940、22—23頁。）上述言论清晰地表明了藤树重视主体价值的文化民族主义立场。他亦赋诗颂赞了天照大神的丰功伟绩，“光华孝德续无穷，正与羲皇业亦同。默祷圣人神道教，照临六合太神宫”。显然，通过太乙神和天照大神的转换，藤树的太乙神信仰不仅显示出转向自我的倾向，“使个人的孝发展成对天皇国家的孝”（柳町達也：『解说（中江藤樹）』、載『日本の陽明学』上、明徳出版社1972、47頁。），“亦宣告日本神国与中国羲皇之业是基于平等地位，特别突显出日本的主体性”（张崑将：《德川日本“忠”“孝”概念的形成与发展》，华东师范大学出版社2008，第80页。）。
总之，藤树的自他认识虽然隐含了危害儒教和德川幕府体制的要素，却止步于此，没有被真正继承下来。但是，他的世界观所体现的中国相对化的思维，却被其弟子熊泽蕃山所继承和推进，发展出极力颂扬日本优越性的“日本主义”思想。
4.明末遗臣与日本儒者的中国认识
由于中国明清交替，一批中国文人留居日本，他们的学问和人格颇受日本知识界的尊重，从而树立了中国文人的君子形象。其中对日本思想文化影响最大者当属被称为畸儒的朱舜水。朱舜水（1600—1682）于1659年定居长崎（此前曾六次到过日本），并终老于日本。舜水尊实学，践实事，他在《答安东守约问八条》中明确表示：“学问之道，贵在实行。……岂非圣贤之道，俱在践履。”（朱谦之整理：《朱舜水集》上册，中华书局1981，第369页。）“德川光国（水户藩主，德川家康的直系孙，时任将军德川家纲的叔父）尊朱舜水为师，在从其学习中国优秀传统文化的同时，还经常询问有关国家施政大计、礼乐典章制度以及学术文化问题。”（覃启勋：《朱舜水东瀛授业研究》，人民出版社2005，第7—8页。）舜水也殚精竭虑将所学所思传授给邻国知己，“日本所谓‘水户学’者，所得于舜水精神者至多”（梁容若：《中日文化交流史稿》，商务印书馆1985，第213页。）。舜水还与日本政界、学术界交往密切，弟子众多，日本知识层对舜水“如七十子之服孔子”。诸如，主张对朱子学采取扬弃态度的安东省庵、反对坐而论道的木下顺庵、古学派的山鹿素行、伊藤仁斋等人都从不同层次吸收了朱舜水的实学思想，从而促进了江户时代日本儒学研究进入新的阶段。梁启超曾言：“德川日本二百年，日本整个变成儒教的国民，最大的动力实在舜水。”（梁启超：《中国近三百年学术史》，东方出版社1996，第101页。）水户学者不仅从朱舜水领受了中国儒学思想，并体认了中国文人的学识风骨，从而对中国儒学和儒者尊重有加。这种尊重几乎是江户时代初期日本知识界对华认识的共识。
尽管朱舜水作为硕儒吸引了日本思想界对中国的尊重和憧憬，然而他作为“乞师者”的本来身份及其活动却蕴藏了足以摧毁这种中国憧憬的力量。据统计，明清交替之际，包括朱舜水、崔芝、郑成功等官方或私人的行动在内，明朝遗民共向日本“乞师”17次。（韩东育：《“华夷秩序”的东亚构架与自解体内情》，《东北师大学报》2008年第1期。）他们对日本的“称臣自小”、“卑辞厚礼”、“睦邻友好”等态度，以及对日本所作的前所未有的道德褒奖，不仅给日本造成了自己并非夷狄的“公开暗示”，为日本成为“中华”甚至超越“中华”提供了合法性，还直接影响了江户日本人对中国的认识和感受。从这种意义上说，朱舜水对江户时代的思想史又具有特殊的意义。他的“民族气节”与“仇夷心态”成为帮助日本摆脱夷狄身份的重要推动力，并开启了江户儒者中国认识观的转型，加速了华夷秩序在日本的解体过程。
对近世初期的日本儒者来说，儒教是具有普遍性和先进性的客观真理，是一切价值的源泉，中国则是日本文化的“故国”乃至世界文化和地理的中心——中华。这意味着，即便是作为“日本的”儒者，都面临着无法使儒教相对化而认识儒教乃至中国的风险。这恰恰又是他们不得不面对和接受的儒教的规定性。可以说，这种规定性是近世日本儒者的“宿命”，是他们认识中国和日本的重要约束之一。
因为儒教暂时无法被相对化，所以近世初期儒者几乎都成为儒教及其文化体系的忠实信徒，对中国的认识也立足于“理”的普遍性，因而对中国充满着一种对文化故乡的“乡愁”，或是一种内在的“崇高”的憧憬和向往。除中江藤树等极少数儒者对宋儒有所怀疑外，绝大多数儒者如林罗山、谷时中（1598—1649）、小仓三省（1604—1654）、野中兼山（1605—1663）等对待程朱几乎就像对待圣人一样皈依不二，都“只是朱子的精神奴隶”（井上哲次郎：『日本朱子学派之哲学』、富山房1905、598頁。）或其学说的“顽固的信奉者”（朱谦之：《日本的朱子学》，人民出版社2000，第281页。），或是坚定的慕华主义者。
尽管多数儒者对孔孟儒学及其圣贤近乎膜拜，却也表现出破坏这种认识结构的几大要素。第一，虽然近世初期的儒者对儒教及孔孟等圣贤无法相对化，却从方法论和本体论的两个方向对宋儒及宋明儒学展开了相对化的作业。前者如藤原惺窝、林罗山、佑生木庵（1614—1683）等，以“体任自得”的学问方法展开了对宋明儒学的相对化认识和接受（参照柴田純：『宋明学の受容と日本型中華意識』、載『思想史における近世』、思文閣1991、256—257頁。），后者如中江藤树，明确指出中国自战国之后就无圣人，表现出对宋学合法性的强烈质疑。据柴田纯的研究，这种宋明儒学相对化的思维，自近世初期起就几乎成为日本儒者共同的方法论。显然，作为它的逻辑结果，必然导致近世儒者对“圣人之道”的怀疑和相对化，从而危及儒教的根本，进而改变其关于儒教乃至中国的认识。
第二，林罗山、中江藤树等近世初期最具影响力的儒者，虽然自认东夷，承认中国的“中华”地位，却也开始了中国他者化和相对化的认识和叙述。这种方法论和日益成长的自我意识的结合，不仅成为此后知识分子重新认识中国和日本的历史前提，也预示了其中国观的分裂和多样化。
第三，近世初期日本儒者的中国观不仅受到儒教本身规定性的约束，还明显受到时间和空间的制约。他们几乎都没有来过中国，因而其认识的中国只是“文本”、“风闻”或“历史”的中国。这种认识对象的特性严重影响着他们对于中国的认识态度和方法。首先，他们的中国认识起源于对儒教或其经典（文本）的认识，因而儒教、孔孟圣贤和宋儒就是他们展开中国认识时的内在拘束。反过来说，这种认识结构的瓦解同样可以依赖对圣贤和经典的批判进行。因为这种依靠文本的中国认识具有很强的理想化和理论化的色彩，所以不少儒者又通过明朝遗臣或来往于长崎的中国商人，“道听途说”地认识、了解中国。稍后的儒者贝原益轩通过向中国商人何清甫求证，错误地认为山樱花为日本所独有，就是“风闻”中国的典型事例。很明显，这种认识中国的方式很容易造成关于中国的信息的失真，因而导致儒者难以实现对“现实的”中国的真正认知。其次，儒者几乎是将中国作为一个整体——历史的统一体——来看待的。在他们看来，中国自伏羲创始文明以来一直就是依儒教统治的文明国家，是先进文化的发源地和维护者。例如，中江藤树就明确指出，“真正之学问乃伏羲始教之儒道也”（中江藤樹：『翁問答』、載『日本思想大系』29、岩波書店1974、49頁。）。显然，这种认识中国的视角容易走向两个不同的极端，即对中国历史文化的全面肯定和全面否定，同样难以达到对中国的客观认识。总之，这种认识论的局限性是认识主体自身无法克服的难题，不仅普遍见于儒者，也见诸于国学者的中国认识。