我国丰富多彩的荷花品种已按二元分类法分为三系、六群、14类和38型。
中国莲系（统）是主体，分大花、中小花两群。大花群又按花瓣分单瓣、复瓣、重台、千瓣等类；每类再按花色分型。中小花群出现较晚，也按花瓣分类；分型同大花群。美国莲系原始种，类型极为简单。杂交莲系（统）近年始有之，分大花群和中小花群，前者以单瓣类为主，后者又分单瓣、复瓣、重瓣等类，再各分不同色型。
再如山茶，我国约有300多个品种，多具雄蕊瓣化、花瓣自然增加、雌蕊演变、萼片瓣化等形态，概分为单瓣、复瓣、重瓣三类12花型。
通过历史、考古等研究途径，来探求花卉不同系统、类（群）、型的出现早晚及其演化轨迹；有时还要与可信的诗、词、歌、赋、故事、绘画、雕刻、碑碣、古树、名木及地下发掘物等参照印证，来探觅科学事实。在我国新石器时代的江南先民即已采摘、应用野梅子。如在上海青浦崧泽，通过1961—1976年的地下遗址发掘，就有表面具小孔的梅核碎片出土。这是典型的梅之特征。该土层出土遗物经放射性碳素测定表明，梅核等系距今（1996）5226—5906年前之故物。我国开始食用梅子的历史，从古至1975年已有3200多年（河南安阳殷墟发掘出梅核），1996年的测定则推前了至少2000年，即距今约5000—6000年。在古代书、文、诗、词中，查出汉代已有江梅、宫粉型等梅花栽培，唐代始见朱砂型，宋代新增绿萼、玉蝶、早梅、黄香等梅型。
从古树调查中发现元代始有台阁梅属真梅系统直枝梅类。属杏梅系统的杏梅，最早确切的报道见于宋·范成大《梅谱》。而真梅系统的龙游梅类、垂枝梅类，迟至民国时代（1912—1949）始初见之。至樱李梅系统的美人梅型，则是由法国人用紫叶李（Prunuscerasifera“Pissardii”）与宫粉型梅花杂交选育而成（1895）。1987年，我国才由美国加州Modesto莲园黄国振处引至北京。通过以上这些考证与分析，可对梅的开始应用及梅花不同系统、类（群）、型的出现早晚，有所了解。一般分化愈晚，变异愈带根本性，其演化地位愈高。
通过引种驯化、实生选种及杂交育种表现，探索各系统、类、型间的演化关系。如1953年在武汉春播‘粉皮宫粉’梅核，1957年春得一株始花，瓣多而花心具台阁（‘珞珈台阁’梅）。可见台阁变异可从非台阁品种梅林中脱颖而出，不过几率特小而已。又如在约1000株1958年春播‘沅江骨梅’（果梅品种，开白色单瓣花）天然授粉实生苗中，1964年选出一株开重瓣白花而抗-19℃低温的新品种‘北京玉蝶’。可见梅花确实由果梅分化而来。自从1980年代品种间杂交育种中，发现以‘朱砂’品种为父本时，其典型性状（枝内新生木质部淡暗紫，萼酱紫，花紫红）较难在杂交后的子一代中表现。如‘江南台阁’系从‘小宫粉’与‘江南朱砂’后代中选育，‘磨山宫粉’则由‘残雪’与‘小宫粉’与‘江南朱砂’杂交后再杂交的子一代中选出。在《中国梅花》所记垂枝梅新品种中，竟有‘粉皮垂枝’等4个品种乃由‘残雪’实生选种而来。可见‘残雪’是个遗传“垂枝性”很好的母本，而“垂枝性”较容易在杂交后的子一代中显现。
随着技术的进步，克服了有些难以解决的问题，尤其是某些微观形态和生理指标，如花粉粒及其表面形态，叶表皮细胞形态、染色体数和核型分析、同工酶指标、数量及分支分类，以及分子系统学技术，通过这些比较和分析，可与历史考古、育种试验等所获结果相互核对。如康素红、包满珠等1997年在《园艺学报》上发表《梅花品种分类的花粉形态学研究》一文对三个系（统）60个品种的花粉进行了光镜和电镜观察，将梅花花粉分六大类，对观测结果作出主成分分析与聚类分析。结论是：“……花粉形态可以较客观地反映梅品种的亲缘关系”，“孢粉学证据基本支持传统的二元三级分类系统”，“但也存在一些差异”。
随着形势的发展和研究的深入，要求中国花卉品种二元分类体系逐步完善并扩大推广。这一代表中华学派并饶有特色的新体系，正有其光辉的发展前景。
4.选育地被菊及刺玫月季新品种
解决城市绿化中的二次扬尘，需要迅速扩大绿化面积。对“宏观绿化”和“粗线条彩化”以及提高绿化植物的抗逆性与适应性等问题，陈俊愉勇于创新，在菊花和月季育种上走了一条与众不同的道路。他认为，长期以来，菊花育种偏向于花大、色艳，重花容、好重瓣等品质因素，造成目前菊花仅限于盆栽、本身抗逆性差、管理要求高等缺点。他要把菊花从花瓶、花盆中解脱出来，为城市大环境服务。从1985年起，经过20多年的努力，他选用早菊、岩菊，尤其是从美国引进的实生苗中选出的‘美矮粉’等作母本，用野生菊属种类作父本，即毛华菊（C.vestitum）、小红菊（C.chanetti）、野菊（C. lavandulifolium var. seticuspe）、甘野菊（C.lavandulifolium）、尖叶野菊（C.indicum）、紫花野菊（C.zawadskii）、菊花脑（C.nankingense）和北京菊等多次进行远缘杂交。以后又经过不断地回交和选育，在后代中选出了一批植株紧密、低矮、抗寒、抗旱、耐半荫、耐盐碱、耐污染、耐粗放管理和花期长的新型观花地被植物，被称作“地被菊”。经过北京的主要大街、公园、学校、广场等试验，效果良好，被誉为“骆驼式”花卉。经过近几年的区域试验，地被菊品种在北京、河北、山东、天津、沈阳、吉林、呼和浩特等地生长良好，有些抗寒品种在乌鲁木齐和哈尔滨也能不加保护露地越冬，为三北地区园林绿化提供了很好的植物。此后，在陈俊愉领导下选育的地被菊品种已达70多个，花色丰富，琳琅满目。这种选育地被菊新品种群的思想和方法对其他观赏植物的选育方向有明显的指导意义。这个研究项目于1989年10月通过了北京市科委组织的鉴定，并于同年在第二届全国花卉博览会上获科技进步二等奖，又于1991年获北京市科技进步二等奖。
在月季育种工作中，陈俊愉也是独辟蹊径。他认为充分利用我国丰富的蔷薇资源，培育适合中国广大地域栽培的高抗性月季新品种群是当前的主要任务之一。中国原产的蔷薇属植物占全世界总数的41％，而且中国蔷薇资源中有些具有四季开花，抗性强，花呈各色等突出优良性状。欧洲人搞了近200年的月季育种也没有育成四季开花的品种。自从18世纪中国的‘月月红’、‘月月粉’、‘中国彩晕’香水月季，‘中国淡黄’香水月季，4个品种传入欧洲，参加欧洲品种杂交后，月季育种获得了飞跃的发展。现在已培育了2万多个品种。但现代月季抗逆性差等弱点，已开始引起世界月季育种家们的注意。早在1950年代至60年代，陈俊愉就带领他的学生用我国蔷薇植物中具高抗性的种类与现代月季进行杂交，特别是用报春刺玫、黄刺玫与现代月季杂交，期望培育出具有中国特色的耐寒、耐旱、抗病虫害、管理粗放、四季开花的全新月季品种群——刺玫月季。当时已取得了一些有希望的杂种苗，可惜在“文革”中被毁。自1982年起，他又带领本科生和研究生重新进行这项工作。为了弄清我国的蔷薇资源，他多次去山西、青海、云南、新疆以及东北地区调查野生种类，研究其生态习性与生物学特性，以便进行有针对性的育种。他指导博士研究生用我国三北野生蔷薇与现代月季进行远缘杂交，共杂交120个杂交组合，授粉6000余朵花，获得了2000多颗杂交种子，其中有10株杂种苗在抗性和观赏性上表现突出。这就为培育全新的“刺玫月季品种群”打下了基础。1989年，他主持了北京市科委下达“刺玫月季新品种群培育”的重点科研项目，满怀信心地指导博士生和年轻教师对这项课题进行深入细致的研究工作。
5.探明菊花起源
陈俊愉为了弄清菊花的起源，寻找栽培花卉形成与演化规律及途径，进行了30多年的研究，在分析我国菊属植物的特点，了解它们的地理分布，以及查阅了大量古代文献资料的基础上，他大胆选择了几种野生菊属植物进行远缘杂交，决心以人工合成的方式来研究家菊的起源。这是一条艰难的道路。1960年代，他用野菊与小红菊杂交，培育出了四倍体的北京菊，成为通往人工合成家菊大道的一个开路先锋。1979年以后，他又带领青年教师、研究生进行更为广泛和深入的研究。多年在黄山、天柱山、伏牛山、大别山等地进行远缘杂交试验，培育出了一些新的“合成菊”。其中几个种间杂种在形态上酷似家菊，（其染色体2n=45-54）已跻身于家菊的行列。这些通过人工远缘杂交产生的菊花类型再现了1000多年前原始菊花的基本形态。这样的人工合成菊试验在世界上还是首次。通过长期研究，他已基本探明栽培菊花的起源主要来自野菊（Dendranthema indicum）与毛华菊（D.vestitum）的杂交和随后的选育，而紫花野菊（D.zawasdskii）等也参与了菊花的形成。直到去世前一个星期，陈俊愉终于完成了专著《菊花起源》。
1947年12月29日，陈俊愉在丹麦菊花协会50周年纪念大会上的报告的题目《中国，我们菊花的故乡》，谈了菊花的起源、栽培简史、品种分类、繁殖栽培与应用，以及花卉装饰和菊文化。这是中国人在西方的第一篇介绍菊花的论文报告。稍后，李惠林1959年在其于美国出版的《中国的园林花卉》（The Garden Flowers of China）一书中，辟有专章简介中华菊花。书中有云：“家菊全然乃中华所原产，但19世纪早期，在西方园艺界即对其成为栽培植物与早期艺菊史，进行了争议和讨论”。1976年在美国出版的权威巨著《植物第三》（《Hortus Third》Bailey，1976）中，竟这样写：“菊花，设想系一杂种（种间），包括野菊（Chrysanthemum indicum）、日本菊（C.japonense）、龙脑菊（C.makinoi）、萨摩野菊（C.ornatum）甚至或许还有其他种……很可能是中国起源”。这样，菊花原产于中国的定论，便又掀起了波涛。
菊花（Chrysanthemum morifolium）原产我国，陶渊明（约365—427）就有“采菊东篱下，悠然见南山”的诗句。菊花在中国品种达3000种以上，类型丰富多样，栽培地区广袤，栽培方式多种多样，菊艺精到巧妙，育种原理与技巧精细高效，花卉装饰及多种应用花样翻新，还有丰富的菊文化和多种药用、食用价值，在中华文明史上占有不可忽略的一页。西方人士对之所知甚少。其实，中华名菊东传日本，系在公元710—784年的盛唐时期（陈俊愉，“菊花与艺菊”，1950）。这是我国菊花外传至他国的起始。
随后，日本和朝鲜（尤其是日本）成为我国菊花向西方传播的中间站。西方直接从中国引走菊花，则始自1688年。荷兰作家白里尼1689年出版的《伟大的东方名花——菊花》一书，首次在欧洲赞颂了中国的菊花。1789年，法商布朗卡尔由中国带去三个菊花品种，但只有开紫花的大复瓣菊花一个品种成活，法国园艺学家芮马特1792年首次定名菊花为Chrysanthemum morifolium的模式标本，就取自布朗卡尔引种成活的那株紫菊花。1950年10月，陈俊愉在武汉大学农学院观察菊花
公元前5000年的中国我们祖先所崇拜的是菊花，帝王的“帝”字就形同菊花的花蒂，经考古研究，封建帝王的象征取自菊花的黄色。
我国对菊花的研究在不断深入，成果喜人，陈俊愉感到还有不少根本问题需百尺竿头更进一步，以引领潮流。
首先是菊花的起源与演化；第二，菊花品种分类问题；第三，申报菊花品种国际登录权威问题；第四，菊花产业化发展方向问题。
四君子梅兰竹菊中的菊花，五彩缤纷，“皇天不负有心人”，陈俊愉经30多年的潜心研究证明，菊花起源于中国。陈俊愉自己对此深感欣慰。他强调：
对于菊花起源的研究，有几个前提性问题必须十分准确，否则便易产生误差和混乱，国内以及国际上有关专家研究之失误盖源于此。
其一，菊花物种开始形成和以后未受其他野生菊属植物授粉干扰的较原始的菊花，即陶渊明时代及以后的老菊花品种，非中国新菊品。自18世纪初、中叶，外国菊品回流我国，近年来自日本者尤多。由于菊系天然授粉植物，种间杂交较易成功，故探讨菊花起源，只能用老品种和较原始的品种作为试材，否则便会得出菊花并非原产中国的错误结论。
其二，应当把形态学、分类学、远缘杂交试验和分子水平测试等结合起来，对结果进行综合性讨论，方可获取比较正确的结论。