1．留校执教
1949年2月，中共中央发布了《关于废除国民党的六法全书与确定解放区的司法原则的指示》，“六法全书”被废止，南京国民政府1933年的考试法、1935年的法院组织法、1943年《司法人员训练大纲》也与司法考试制度一起作古。马克昌后来回忆：“当时只觉得眼前一片光明，我们要建立一个民主、富强、法制的新中国了，备感欢欣鼓舞。”
1949年5月武汉解放时，马克昌刚好读完大学三年级。6月，解放军武汉军管会接管武汉大学，法律系学生开始学习解放区的政策法令。时任湖北省司法厅副厅长的沈德纯，在解放区一直从事司法实务工作，应邀每周来校讲授“法律实务”课。在大学毕业以前，马克昌还被派到湖北鄂城县法院实习，从事审判工作2个月，初步积累了一些办案经验。
新中国成立后，绝大多数综合性大学的法律系都被取消了，全国仅有3所大学保留了法律系。武汉大学不仅保留了法律系，还获得了很大的发展。然而，与马克昌同班的同学约140人，有很多服从党组织安排或追随革命队伍离开了学校，如同班的文治平，直接从学校去了中原解放区，那时很多大学生都有革命热情。在马克昌的同班同学中，还有约70位是深造进修的中国远征军将士，1949年5月武汉解放后，这些人也都离开了学校。到1950年马克昌毕业时，全班原本约140名同学只剩下29人，这就是新中国成立后武汉大学法科的第一届毕业生。
大学时代的马克昌并不是最革命的，最革命的同学在毕业之前都离开了学校。在那样一个动乱的年代，能保持学习的动力和毅力已经是难能可贵。马克昌学习成绩很好，既是班代表又是团员，深得时任法律系主任韩德培先生的赏识，毕业时与同班同学张泉林一起留校任教。当学校领导直接找马克昌谈留校事宜时，他还是有些惊讶。他晚年曾回忆说：“因为事先没有谁找我谈过话或征求过意见，但在那个年代，我当然是服从组织安排了。”
就这样，命运把马克昌留在了让他魂牵梦绕了一生的珞珈山，留在了长江之滨的武汉。他成了珞珈山的新主人，法律系年轻的法学教师，从此他再也没有离开过武汉大学。
2．保送人大
1950年3月，中国政法大学和华北大学合并后，成立中国人民大学法律系。当时师资不足，为了尽快培养法律师资，学校决定在法律系设立两年制研究生班。当时，人大作为中国第一个“新型正规大学”，是引进苏联教育模式和相关哲学社会科学知识的中心，也是青年精英们向往的圣地。为了新中国法制建设的需要，在何思敬等著名法学家主持下的人大法律系从1950年开始招收研究生，造就了当今中国一代杰出的法学家。
2005年8月，马克昌与中国人民大学研究生同学、著名刑法学家王作富教授在“首届当代国际刑法论坛”上重逢。就在这一年，马克昌被选送到中国人民大学法律系研究生班带薪学习，每月工资18元。这是新中国的第一届研究生，马克昌选择了刑法学专业。刑法班的研究生不到十人，这个班里走出来的著名刑法学者还有王作富等。马克昌师从苏联刑法学家贝斯特洛娃教授，系统地学习了苏联的刑法理论。第二年，高铭暄也进入中国人民大学法律系研究生班，与马克昌同门学习刑法。高铭暄曾经不无感慨地说：“我俩从此建立了长达60多年的学术友情。”
中国人民大学法律系研究生班开设的基础课程有政治经济学（研读《资本论》全书）、马列主义基础、国家与法的基础（马列主义法律观）、中国革命史、俄语等，专业课则是苏联刑法。人大研究生班与本科班不一样，学习生活主要靠学生自律。专业课也很少讲课，主要靠学生自学。每个教学单元都会指定很多阅读书目。在人大的两年，马克昌勤奋学习，刻苦钻研，努力学习俄语，绝大部分时间是在阅览室度过的。他通常很早就去排队，找自己常坐的座位学习，晚上往往是快熄灯了，阅览室要关门了才离开。研究生学习期间，马克昌很少出去游玩，只和同学去过一次颐和园。
首届刑法学的研究生中，仅有两人是法学本科出身，马克昌是其中之一，法学基础自然很好。前苏联建国后制订的刑法典与南京国民政府的“六法全书”，都有相当的内容继承了大陆法系的刑法，所以马克昌学习起来比较轻松。
人大的考试方法，同学们称它为“三堂会审”。主考一人，陪考两人。考题编号，考生抽考题后，不允许换题。一定要换题，就会扣一分，优变为良，良变为及格。答题有规定准备时间，准备好后到主考官面前答题。答完后主考或陪考还要提问。提问有三种情况，一是对原理回答不完整；二是对原理理解存在疑虑；三是进一步考核知识面。
这种考试方法，对学生来说是很严酷的，神经很紧张，因而也出现过考生进得了考场，出不了考场，晕倒在考场的情况。不过这种考试能促使学生全面复习，因为考生不知道自己会抽到什么考题，靠碰运气是不行的；它要求考生完整准确理解原理，答辩不完整要扣分；它要求考生真正理解，不能死记硬背，如不理解，同一个问题从另一角度提出来就答不上来；促使学生平时努力学习，临时抱佛脚是来不及的。
两年课程修完时，马克昌的成绩全部是“优”。此外在中国人民大学的两年学习中，马克昌下大力气学习并较为熟练地掌握了俄语，能阅读、翻译俄文研究资料与论文。1956年前后他曾翻译了6篇俄语刑法论文。
令人遗憾的是，尽管马克昌研究生阶段的学习成绩如此优秀，但是他们这批新中国第一届研究生却都没有被授予学位。原因众所周知，新中国成立伊始尚未建立学位制度，后来曾三次动议实施学位制度，但一直因为重重阻力而未能实行。直到1980年2月，第五届全国人大常委会通过的《中华人民共和国学位条例》，才确立了我国的三级学位制度。
3．初露锋芒
1952年院系调整时，武汉大学法律系被保留了，中山大学法律系被撤销后，谭藻芬（女）、曾昭琼、曾昭度、尚彝勋等9位老师来到了武汉大学。湖南大学的曹罗瀛、曾广载以及厦门大学的薛祀光（专攻债法）等人也来到了武汉大学。
1950年代初，马克昌和好友摄于校园。后排左起：法理学家张泉林、著名经济学家董莆礽、郭吴新。那时武大法学院学风严谨，思想自由，生机盎然。马克昌德才兼备，如鱼得水，承担了繁重的教学任务。他讲课生动严谨，很受学生欢迎。他与从北京大学分来的姚梅镇、一起留校的张泉林被称为法学院的“三驾马车”，对这段法学院的流金岁月，直到今天许多法学院的老教师依然记忆犹新。
据著名国际法学家、武大法学院刘丰名教授回忆：1956年，他从当时任教的公安学院武汉分院被抽调到北京公安学院总校编写刑法教材。当年，有武汉大学法律系应届毕业生邱德沛与另一位人民大学法律系毕业生分配到他所任教的单位工作。邱德沛向他谈起母校情况，得知马克昌是他的刑法老师。邱德沛说马克昌讲课很受学生欢迎，言谈之中邱德沛对他的这位刑法老师是非常崇敬的。
在教学之余，马克昌十分关注法学研究前沿动态。1956年初，当时的《华东政法学报》创刊号发表了梅泽濬的论文，对刑法科学中的因果关系问题作了比较全面的分析，马克昌读后觉得该文对在刑法科学中行为与危害社会结果之间怎样才具有因果关系的问题缺乏足够的阐述。随后在该学报第二期上发表的姜焕宸的文章对梅的几个论点虽作了基本恰当的批评，但仍然没有提出什么是刑法科学中的因果关系的正面看法。为了探究如何解决刑法科学中的因果关系问题，1956年6月，经过查阅大量国内外资料并进行深入研究后，马克昌撰写了《如何解决刑法科学中的因果关系》一文，发表在《法学》1957年第二期，就如何解决刑法科学中的因果关系——即行为与危害社会结果之间怎样才具有因果关系这个问题提出了自己的意见。马克昌把马克思列宁主义哲学对于因果关系的理解具体运用到刑法科学领域，认为在刑法科学中为了承认人的某种行为与危害社会的结果之间具有因果关系，必须某种行为与所产生危害社会结果之间具有必然的联系。这就是说，只有当在某种具体条件下，某种行为具有危害社会结果发生的实在可能性，并且由该种行为合乎规律地产生该种结果时，才能认为某种行为是危害社会结果的原因，亦即才能认为某种行为与危害社会结果之间具有因果关系。因此他进一步认为那些反对因果关系是必然联系的论点的理由是站不住脚的。因此结论就是：只有当某种行为与危害社会的结果处于必然联系的情况下，才能谈得到该种行为与该种危害社会的结果之间具有因果关系。
这些见解就是现在看来也无疑是恰当的，而且他的论文运用大量研究资料，论证严密，具有很高的学术价值。这也说明马克昌的法学研究一开始就站在了一个很高的起点上。这篇文章在当时的法学界引起了极大关注，也使得年轻的马克昌开始在法学界崭露头角。
不仅如此，马克昌还受学校指派参加了法律实务活动，出色地履行了一名律师的职责。1954年，已经是武汉大学法律系刑法学教研室讲师兼系秘书的马克昌接到学校交给他的一项任务：学校一名王姓司机开车轧死了一位骑自行车的人，被羁押在看守所，希望马克昌为这位司机辩护。
当时新中国成立不久，开始逐渐建立并试行辩护与律师制度，如1950年7月，政务院公布实施的《人民法庭组织通则》第六条规定：“县（市）人民法庭及其分庭审判时，应保障被告有辩护及请人辩护的权利，但被告所请之辩护人，须经法庭认可后，方得出庭辩护”；1954年《中华人民共和国法院组织法》亦规定：“被告人除自己行使辩护权外，还可以委托律师为他辩护，可以由人民团体介绍的或经人民法院许可的公民为他辩护，可以由被告人的近亲属、监护人为他辩护”。在刑法学界，当时已经移植了前苏联的刑法学体系；但人民法院审判刑事案件的依据，除中央人民政府公布的1951年《惩治反革命条例》、1952年《惩治贪污条例》之外，当时还是依靠刑事审判经验办案。
为王司机辩护是马克昌生平第一次担任辩护人。在承接案件之后，他会见了被告人，进行了认真仔细的调查和研究。在事实、证据方面，马克昌了解到这位骑自行车的遇难者，最近刚刚开始学习骑自行车，事发当时他正在马路上学骑自行车，歪歪扭扭地骑行，不慎自己摔倒在机动车道内，因而被司机开的车轧死。而且，这名司机并不存在越线行驶、超速驾驶、酒后驾驶等情况。在案件开庭时，马克昌基于上述事实和证据，以自己扎实的刑法功底，为武大王姓司机做了无罪辩护，最后这位司机被宣告无罪。
这次成功的无罪辩护，令马克昌在武汉大学校园内名声大噪，当时学校很多老师都感到疑惑不解，纷纷前来询问马克昌：“怎么开汽车轧死了人还能无罪释放？”他耐心解释说：“刑法是很严肃的，既要追究构成犯罪的人，同时也应当保护不构成犯罪的公民。根据案件事实与证据情况，王司机并不构成犯罪，当然也就不应当承担刑事责任。”马克昌圆满地完成了学校交给他的辩护任务，且没有收取任何费用。
由于马克昌在教学科研各个方面的出色表现，1956年评职称工资时被连升3级，月工资由60元提到100多元。那时候100元是相当高的工资水平，一般人都是30元左右，马克昌的工资相当于一般人的3倍，可以说是春风得意，前程似锦。那时的他无论如何都无法想到，一场灾难正在悄悄来临。