如果说以上著作是通过修史从正面表彰程朱道统，那么，方东树的《汉学商兑》、罗泽南的《姚江学辨》、刘廷诏的《理学宗传辨正》则是通过驳斥异己来捍卫理学的正统地位。顾名思义，《汉学商兑》、《姚江学辨》、《理学宗传辨正》分别以清代汉学、阳明心学和孙奇逢的《理学宗传》为针砭对象。
《姚江学辨》成书于道光二十四年（1844）。关于撰写此书的原因，罗泽南在与友人的书信中曾经道及：“象山之学，已经朱子明辨，弟固未曾及。惟姚江良知之说窃禅门之宗旨，乱吾儒之正道，虽经前人议论，而其中之似是而非者尚未能一一剖晰，故曾为明辨之，固非攘臂于已毙之虎狼而欲居其除害之功也。”罗泽南为捍卫程朱理学的正统地位，避免心学再度盛行，重提程朱、陆王之辨，又鉴于前人已对陆九渊的心学进行了系统辩驳，因此将矛头直指阳明学说。与《国朝学案小识》等相比，《姚江学辨》不是通过学术源流的分疏，而是深入王学理论体系内部，就其主要观点进行辨别剖析，明定是非。此书共两卷，依照朱熹《杂学辨》的体例，引文辨文相间而行，先摘引阳明原文，然后作辨文予以批驳。上卷从本体论入手，主要是以程朱的“性”、“理”学说驳阳明心性论之非；下卷从工夫论入手，主要是用朱熹的“格物致知”说否定阳明的“致良知”和“知行合一”说。自心学兴起以后，有些程朱理学家一直热衷于学术论辩，罗泽南秉承前人辨学传统所成的《姚江学辨》，构成了辨学史的重要一环。该书既是道光年间程朱理学复苏的体现，反过来，又推动了程朱理学在晚清时期的再度兴起。同光年间，理学名儒贺瑞麟称：“《姚江学辨》一编，真足为吾道干城。”方宗诚《志学录》则将该书与《学蔀通辨》、《王学质疑》、《日知录》、《王学辨》并列，从中也可看出《姚江学辨》一书在时人心目中的地位。
《理学宗传辨正》凡16卷，系河南永城学者刘廷诏批驳《理学宗传》的著作，约成书于道咸之际。刘廷诏，字虞卿，道光元年廪生，曾任考城、孟津两县学官，为学恪遵闽、洛渊源，力辟陆、王。《理学宗传》乃清初理学家孙奇逢的作品，偏主陆、王而又折衷程、朱。刘廷诏在序中说：“顾理无二致，学只一途，理学之所宗所传而不取极于一正，恐其以异学乱正学，而宗失其宗，传失其传，裂道术二之也。是安可以不辨乎？”出于正学卫道目的，他对《理学宗传》做了较大调整。卷1至卷5为“正传”，分列周、二程、张、朱五人，“以上接邹鲁之传”；卷6至卷15为“列传”，分列自汉代董仲舒至明代吕坤数十人；卷16为“附录”，分列宋代陆九渊、明代王守仁及其弟子十余人，即陆王心学诸儒传。这样，经刘廷诏辨别驳正、重加梳理后的理学宗传，已与原著大相径庭，跟程朱学派“平列”的陆王学派诸儒全部被清除出理学道统，《理学宗传辨正》建立起一个“醇正”的程朱理学正宗体系。在倭仁等正统程朱理学家看来，此书“统绪分明，厘然不紊，可谓取向端而取舍审矣”。同治年间，倭仁请吴廷栋校订时说：是书“能救良知之害而示学者以正途”。倭仁、吴廷栋不仅对该书的学术邪正异同之辨津津乐道，而且亲自撰写按语、认真校订，并加以刊刻推广。吴廷栋本人更是视若己出，将该书与罗泽南《姚江学辨》一并编入他个人的文集。经倭仁、吴廷栋等人的表彰，原并不广为人知的《理学宗传辨正》在同治时期与《姚江学辨》、《汉学商兑》等一起，产生了较大影响。方宗诚在校订《汉学商兑》代叙中称：“永城刘虞卿先生著《理学宗传辨正》一书以明辨陆王心学之非，桐城方植之先生著《汉学商兑》一书以明辨近世宗主汉学之失，二书贯串群言，折衷至是”，皆有功于圣学昌明。
以上著作出现于乾嘉汉学衰落之后，宗理学者力图在汉学之外的理学中找到一条解决社会危机、挽救世道人心的出路，争立门户的宗派意识非常突出，经世色彩较为浓厚。如唐鉴的《国朝学案小识》不无针对江藩的《国朝汉学师承记》、《明儒学案》之迹，力贬汉学、心学，突出程朱理学的道统地位，提倡“守道救时”，注意理学经世，成为曾国藩等理学经世派兴起的始基。而辨学著作的目标针对性更强。方东树《汉学商兑》之于江藩《国朝汉学师承记》，罗泽南《姚江学辨》之于阳明学说，刘廷诏《理学宗传辨正》之于孙奇逢《理学宗传》，针锋相对，完全没有清初理学那种兼容并包的气象。从中可以看出，程朱理学在晚清时期有所复兴，不仅在规模上超过了乾嘉时期，而且“醇正”性超过了清初。同时也意味着，这一时期的程朱理学家思想保守，陈陈相因，缺乏创新。
其三，晚清时期的士大夫以程朱理学经济天下，治军行政。
曾国藩集团治军行政，以理学经世，已为人熟知。兹以倭仁、吴廷栋等人为例。同治年间，倭仁、吴廷栋等宗理学者任职京师，倡导正学，对晚清政局产生了不可忽视的影响。
第一，以理学辅君。诚如吴廷栋所说：“用人行政，要以君心为本，欲格君心而培养元德，要以师傅为第一义。”君为一国之主，而君主的培养有赖于帝师，因此，历代正统理学家都以佐君教民为最高政治追求。倭仁、吴廷栋等“正人立朝”，得到以程朱理学端君心、正朝纲，进而将其推行于天下的机会。早在咸丰初年，倭仁等就曾谏劝皇帝要以立尧、舜之志为先：“此志既定，然后择同心同德之臣，讲求治道，切劘身心，由穷理修身以至于治平天下。”同治初年，他们得受隆遇，立即着手把理学家的理想付诸实践。同治元年（1862）二月，初为帝师的倭仁献上所辑《帝王盛轨》、《辅弼嘉谟》二帙，作为“启沃圣心”的教科书。从书中内容及按语看，倭仁的主旨是讲“君德治道”，用程朱理学把同治帝造就成“中兴”圣君。这次进呈得到两宫皇太后嘉纳表彰，并被赐以《启心金鉴》之名，陈设弘德殿以资讲肆。倭仁以程朱理学“启沃圣心”，从收入《倭文端公遗书》的《讲义》也可看出。《讲义》凡12条，与《四书》相关者占11条，宗尚理学的教育思想相当明确。
吴廷栋也把以理学端君心视作“致治之本”、第一要务。同治三年（1864），湘军攻克天京，时“天下方谓中兴大业成矣，公（指吴廷栋）独忧之，以为治乱决于敬肆，敬肆根于喜惧……因上疏请加敬惧，持之以恒，永固长治久安之基”。此疏即《金陵告捷请加敬惧疏》。他指出，要想从战争疮痍中恢复过来，就必须做到“坚定刻苦，持之以恒，积数十年之恭俭教养”，“培国脉，复元气”，“而其道莫大于敬，其几必始于惧”。吴廷栋把君心的“敬肆”、“喜惧”视为天下治乱的根本所在，实际上是要求皇帝加强理学修养。
要求通过内在的心性修养来端正君心、强化君权、培固国本，这是儒家思想的一贯主张，也是程朱理学的题中之义。值得注意的是，倭仁等人的主张大多得到了朝廷认可。如，吴廷栋的奏疏就受到清廷表彰：“兹览吴廷栋奏，于万方之治乱，百官之敬肆，皆推本于君心之喜惧，剀切敷陈，深得杜渐防微之意。”清廷并要求百官同心，“上下交儆，慎始图终”。对于倭仁等人的努力，《清史稿》评论说：“倭仁晚为两宫所敬礼，际会中兴，辅导冲主，兢兢于君心敬肆之间，当时举朝严惮，风气赖以维持。”这些说法从不同角度反映出理学经世取得一些实效。
第二，以理学正人心，育人才。倭仁、吴廷栋等一向看重程朱理学的社会影响力。吴廷栋称：“吏治之坏，人才之衰，积习既深，蔽锢日甚，非大励廉耻之防，从人心挽回，岂能遽望转移。推原其故，正由正学不明，而积渐至此也。”他们始终谨守程朱理学，以明正学术为己任，并成为一种思想自觉：
欲挽回尽人之无耻，必先视乎一二人之有耻。世有贤豪，固当独任其责，即吾人同生斯世，亦当分任其责。达而在上，权足以有为，则挽回以政教；穷而在下，权不足以有为，则挽回以学术。
吴廷栋晚年勤于校刊《汉学商兑》、《理学宗传辨正》等理学书籍，目的就在于明正学、辟邪说。
同治元年（1862），倭仁被授命为翰林院掌院学士，任期达5年之久。翰林院为朝廷储才之地，倭仁“得天下英才而教育之”，利用执掌翰林院之便，在士大夫中间大力倡导尊崇程朱理学的风气。这从倭仁主持制定的《翰林院条规》可鉴。《条规》凡六款，宗旨是培养“由《大学》格致诚正以及于治平之规模，切己反身，痛自省克，将名利之病根抉剔净尽而后可以当大任、历变而不摇”的国家栋梁之材。简言之，就是要培养切实敦崇程朱理学的正学人才。其中，第四款明确要求翰林写读书省课日记；第五款要求“力行实践，勉为为己之学”；第六款要求“平日尤当省察身心，迁善改过，以仰副朝廷乐育人才之至意”。很显然，《条规》从学术宗旨到具体条款都带有理学色彩，而翰林们定时聚会、交流日记的修养方式，与倭仁早年的会课也较为相似。据称，倭仁本人“常至翰林院与群士讲明正学，诱掖人才”。
同治年间，倭仁、吴廷栋等“达而在上”者倡导理学，挽回世运，寄托了广大宗理学者的厚望。方宗诚在给都察院左都御史罗惇衍的书信中，希望他与倭仁等人“共讲明孔、孟、程、朱之学，凡属吏门生进见，皆谆谆劝以读四子、《五经》及宋五子之书以为根本。”曾国藩则致函吴廷栋：“阁下与诸君子穆穆在朝，经纶密勿，挽回气运，仍当自京师始。”
第三，以理学维风纪，守夷夏大防。士大夫中以道德学问直接影响朝纲风纪者，以倭仁最具代表性。倭仁素有道学直谏名望，喜谈名教，严辨义利，以“迂直君子”著称于朝。同治八年（1869），同治帝大婚典礼时，倭仁上书谏言宜“崇俭以光”，反对皇室铺张浪费。倭仁的同年朱兰（字久香）称：“但得先生一日在朝，必有一日之益。”倭仁以首辅、师傅、翰林掌院之职而倡导力行“正学”，感染了周围一批翰詹御史，不少人以弟子及门为荣。同光时期的游百川官至御史、于荫霖官至河南巡抚，以“矜尚气节，抗直敢言”著称，二人均从倭仁问学。与倭仁共事的李鸿藻、翁同龢、徐桐，不同程度受到倭仁影响，也具有理学倾向，李氏后为北清流的领袖，翁氏为南清流的魁首。徐世昌《艮峰学案》称，倭仁“晚遭隆遇，朝士归依，维持风纪者数十年，道光以来一儒宗也。”这有夸大之嫌，但倭仁等“正人”在朝，确实对维系风气人心起了一定作用，并使清政府内部出现一批讲究“正气”的清流谏垣。
“正人立朝”产生的又一重要影响，表现为形成了以倭仁为中心的政治保守势力。伴随中外冲突与交流加剧，传统的华夷秩序和华夷观念受到严重挑战。同治六年（1867）正月，山东道监察御史张盛藻针对同文馆招收科甲正途人员入天文算学馆学习一事首先上疏反对，认为此举“重名利而轻气节”，有碍士习人心。此折遭到慈禧太后驳斥，但却引起倭仁关注。从倭仁的奏折看，学理逻辑一秉于其理学思想。倭仁与多数理学家一样，向来讲求“治本”，认为世运之转移在人才，人才之高下在人心，人心之邪正系于学术。“立国之道，尚礼义不尚权谋；根本之图，在人心不在技艺。”从本末观上考察，礼义道德、学术人心是根本，倭仁强调从此入手，符合理学内在逻辑。就华夷观而言，倭仁反对以夷为师，也有学术依据：“客忧心海疆，愚意靖外必先治内，用人行政有多少事在？正学术，养人才，求直言，化畛域，裁冗食，警游惰，重本黜末，崇实黜华，皆要务也。”他主张“靖外”以“治内”为先，“治内”以“正学术”为要，倡明正学乃根本所在。倭仁津津乐道的义利之辨，也缘于理学思想：“三代之世所以人心正，风俗醇，治隆于上而教行于下者，以仁义故也。后世吏治坏，民心漓，廉耻道丧而寇贼日兴者，以利故也。千古治乱之机，莫不由此。《孟子》七篇反复辨论大抵不外此旨。”
关于程朱理学与封建政治的这种结合，戊戌变法期间，思想守旧的曾廉评论说：“其在道光时，唐鉴倡学京师，而倭仁、曾国藩、何桂珍之徒相从讲学，历有年数。罗泽南与其弟子王錱、李续宜亦讲学穷庐，孜孜不倦。其后内之赞机务，外之握兵柄，遂以转移天下，至今称之。则不可谓非正学之效也。”就晚清时期的“同治中兴”与“理学中兴”的关系而言，在某种意义上，倭仁、曾国藩等理学人士的“文治”、“武功”，带来了晚清时期所谓的“同治中兴”。