然而，人之有用无用，跟亲近与否关系不大。三路大军，前两路一到前线，就吃了败仗，只有曹锟麾下的吴佩孚率领的第三师，一路从湘鄂边界的羊楼司打过去，连克岳州、长沙、衡山，直至衡阳。战况，又回到了第一波攻击刚发动时的状态。桂军退回来广西，而败退的湘军，游动在粤桂边界一带。
当时的桂系军阀陆荣廷的部队，是他当年做土匪的底子，原来就是土匪中能征善战的佼佼者。这样的军队，在当时军队整体上现代化程度不高的情况下，枪法准，敢玩命，比较能打。不仅陆荣廷的部队如此，东北张作霖的部队也如此。说起来他们属于晚清面临淘汰的巡防营系统，但新军见了他们却畏惧不止三分。此番桂军入湘，统帅谭浩明，就是陆荣廷做土匪时的老兄弟兼妻舅，不旋踵即打垮了北洋军4个师，显示出能战的实力。但是这样有实力的桂军，在人数上，也超过第三师，装备也不差广西和云南的军队，都可以通过越南从法国进口武器，居然被吴佩孚打得迅速溃败，望风而逃。1个月之内，就把处于胜利巅峰的桂军，赶回了老家。吴佩孚一战成名。
其实，无论从传统还是现代的标准来看，吴佩孚都不能算是一个杰出的战将。相比之下，他的军队的确比较训练有素，也比较能吃苦耐劳。他本人也有些韬略，善于抓住对手的弱点，发动攻击。据说，在他做营长的时候，就有吴小鬼的外号，说的是有鬼点子，善于用兵，尽管那时的用兵，无非是打土匪。他的成功，恰恰是建立在当时其他的军队都很差的基础上。从冷兵器时代过来没有多久的中国新式军队，对现代兵器的掌握和使用，都成问题，炮兵不会间接射击，机枪手不懂得排除简单的故障，很多军队一打仗，当官的坐着轿子上前线，一进入阵地，指挥军队打着大旗往上冲，冲不上去，再来，几个回合下来，冲垮对方阵地就算赢，冲不垮，就轮到自己溃败，丢下八抬大轿逃命。最要命的是，士兵大都不耐战，基础训练很差，仅仅是会放枪而已。从晚清传下来的积习，一接战，就拼命地放枪，大多不知道瞄准射击，放枪就类似于从前的擂鼓助威，给自己壮胆。等子弹打光了，敌人还没有退，就该轮着自己退了。这种战争水平，只要有支军队训练好一点，沉着一些，耐战一点，差不多就能获胜。这一时期几位中生代将领，吴佩孚、冯玉祥和孙传芳的部队，就是这样的比较耐战的军队，因此胜率相当高，恰巧，他们后来都成了直系或者后直系的人。
此番入湘作战，吴佩孚大获全胜，不仅因为他的部队能打，而且对手也恰好出了问题。湘桂联军在患难之时，尚可联手作战，到了驱逐北军得到胜利之时，两下就开始闹纠纷，都把功劳往自己身上揽，甚至闹到势不两立的地步。这样湘桂联军，当然不能很好地配合作战，以至于很轻易地被吴佩孚看出缝隙，各个击破。那时的湘桂军，也跟其他军队一样，战术战法都很落后，每仗只能一鼓作气，一仗打败了，就一溃千里。
不管怎么样，吴佩孚赢了，而且赢得漂亮，不到一月，全部收复失地。无论在北京政府，还是在社会舆论，都觉得吴佩孚是打赢了一场很艰难的仗，尤其是在其他两路北军都吃败仗的情形下，这场胜利的光环，格外地光彩照人。
然而，光彩照人，给皖系政府挽回了面子的吴佩孚，论功行赏，却什么也没有捞到，湖南督军居然落到了那个饭桶将军张敬尧头上。以今日看来，皖系的失败，在很大程度上在于段祺瑞不识人。皖系的干将，饭桶多，名声坏的多，而张敬尧两者兼而有之。当年护国之役，第三师和第七师同被派到四川抵挡蔡锷，吴佩孚见识过张敬尧的无能以及部下的淫掠，湖南督军不给他也就罢了，居然给了一个这么一个饭桶，这口恶气，放在谁身上，也难以咽下，何况烈性子的吴佩孚。于是，打到两广大门口的吴佩孚，在衡阳按兵不动，半步也不往前走了。无论好一点的军阀，还是差一点的军阀，地盘都是命根子，在这个问题上，没有人能真的想开。
在此之前，差不多跟吴佩孚齐名，同样善于吃苦练兵的中生代名将冯玉祥，在南下途中到了武穴，也干了一件很令段祺瑞和徐树铮难堪的事。事情是这样的，在护法运动中，坐落在广州的孙中山的护法军政府，跟实际控制广东的桂系军阀，貌合神离，同床异梦，虽然名义上联合，但里面摩擦不断。为了防止自己唯一的一支嫡系武力陈炯明的部队被桂系吃掉，孙中山让陈炯明向福建发展。于是，陈炯明的粤军进入福建，福建督军李厚基向北京政府求援。段祺瑞推行武力统一，对南方用兵，固然想扫平西南军阀，但最想搞掉的其实是“另立中央”、开非常国会、做非常大总统的孙中山。于是，北京政府命令冯玉祥的第十六混成旅援闽，意图开辟对南用兵的第二战场，直接打击孙中山。就在援闽途中，冯玉祥发表通电，主张和平，说民国已历七载，内战也见了三次，“而最无意识无情理者，莫过于南北此次之战争。既无不共戴天之私仇，又无非我族类之公怨，兄弟阋墙，全球腾笑”。批评段政府不顾日本在山东的存在，设立民署侵犯中国权益，不顾德俄媾和对中国的威胁，一意孤行，对内开战，造成人民死于战乱，军费开支大增，“公私交困，借债生活”。冯玉祥此举，背后有一个北洋宿将陆建章的策动。陆建章是冯玉祥的亲戚，也是提拔冯的恩主，他是老资格的北洋宿将，地位仅比段祺瑞、冯国璋等人稍逊一点。在袁世凯时代，做过北京的执法处长，人称屠夫，后来为陕西督军，护国讨袁的时候，被部下陈树藩赶了出来。此后，由于早年跟段祺瑞有夙怨，一直得不到复起。所以，反段的意向很强。当然，冯玉祥武穴主和，确有陆建章的活动，但冯玉祥作为一个非常有道德感的军人，的确也对这场战争没有好感。冯玉祥的通电发出之后，据他自己讲，当时刚刚攻下岳州的吴佩孚，马上给他发了一个电报，希望冯玉祥坚持到底。
武穴吁和，由于没有得到冯国璋和长江三督的响应，最后不了了之，北京政府开始打算撤掉冯的职务，让其部下接任只是北洋政府的惯用伎俩，让部下出于自身利益，取而代之，但冯部相当团结，无果。最后只好给了冯玉祥一个撤职留任的所谓“处分”不久就取消处分，开复原职，在曹锟的调停下，冯玉祥没有去援闽，转道去了湖南的常德，归入曹锟的序列。后来在南军主动撤退的情况下，拣便宜做上了常德镇守使，也算是加入了对南用兵的队伍，北京政府得以下了台阶，而冯算是有了块地盘，可以暂时栖身。但此时的冯玉祥，已非池中之物，一个小小的常德，根本不足以填他的牙缝，双方的梁子算是结下了。以曹锟为首的后直系，基本的队伍，因为湖南的战事，走到一起了。
最后，我们都知道，段祺瑞的武力统一，最终是以吴佩孚撤防北上、直皖决裂并开战而告终。段祺瑞用钱堆出来的嫡系武力参战军，经过直皖之战，灰飞烟灭，皖系作为一个军阀派系寿终正寝。此后在第二次直奉战争之后，段祺瑞短暂地出山，做过一段空头的执政，然后就从政坛上消失了。晚年的段祺瑞，一个迷信武力的武夫，皈依佛门，成为虔诚的佛教徒。临终遗嘱，虽然依旧念念不忘国事，但却特意强调，在他的丧礼上，“无以荤腥馈祭”。不知道，这是不是他对当初自己主导的内战中，无数殒命的生灵的一种交代呢？