随着社会经济的发展，崛起的城市市民对于基督教的信仰至上不那么喜欢了，传统的基督教神学受到了冲击。这时被教会称为异端邪说的亚里士多德的哲学在欧洲广泛传播，并成为欧洲各大学里的新思潮。托马斯·阿奎那十分崇尚这种新思潮，但他并没有依此来反对基督教，反而立志终生为教会服务，力图用亚里士多德哲学改造和革新基督教神学。
1.世俗大学的新思潮
托马斯·阿奎那在离开卡西诺山隐修院不久，转入那不勒斯大学。
中世纪的大学，不是现代意义上的大学，而是教师和学生学习研讨的社团或团体。那时教师与学生的组合采取的是手工业行会的形式，教师义务上课，学生也很少交学费，基本上是义务教育。当时的教师都是教会的神职人员，神职人员同知识分子是划等号的。学生都是男生。课堂上一律用拉丁文，学生和老师不存在语言隔阂，彼此之间可以直接交流。教学设施也十分简陋，没有固定的教室和课堂，学生宿舍也很缺乏，大多是露天讲课，学生围在树阴下，席地而坐，将书本和羊皮纸抄本放在膝盖上，听老师讲解。这种形式的大学，在12世纪的欧洲，如雨后春笋，保留并发展至今的有著名的巴黎大学、牛津大学、剑桥大学等。在这些大学里，神学院最出名。还有的大学突出法学院（实际上是讲授教会的法规），也有的大学则以医学而著称。哲学在当时一般都溶于其他学科特别是神学中进行讲授。
那不勒斯大学同其他大学相比，有着明显的区别。当时的巴黎大学、牛津大学和剑桥大学等，都是获得了教皇的承认和批准，由本地区的主教领导，由神职人员进行管理，所以普遍称为教会大学。惟独那不勒斯大学是弗烈德里二世国王创立和批准的，因而堪称为世界上最早的世俗大学。
在这座世俗大学里，由于国王的自由主义思想，各种主张、各种学说，均可自由表达，思想开放和学术气氛特别引人注目。
弗烈德里二世曾聘请了阿拉伯和犹太等学者任教，专门讲解亚里士多德的著作，还聘请了著名翻译家把亚里士多德著作由希腊文和阿拉伯文译成拉丁文作为学生学习的课本，弗烈德里二世大力提倡学生们学习亚里士多德哲学，一时间，亚里士多德哲学教学搞得红红火火，亚里士多德的学说成了那不勒斯这所世俗大学的看家宝。
在当时，国王弗烈德里二世和教皇是对立的，这必然和作为教会正统思想的奥古斯丁主义相对立，也和作为基督教神学理论基础的柏拉图主义相对立。这位国王所倡导的是亚里士多德的学说，而亚里士多德又曾是柏拉图的学生，这无疑是一种很复杂的联系。
基督教神学之所以同柏拉图主义相吻合，是由于柏拉图是一个客观唯心主义者，特别是他创立的神创世界的宇宙生成说和系统的客观唯心主义理念论，几乎成了基督教的信条。马克思曾明确指出，柏拉图主义与基督教教义混为一体是再合适不过了。因此，当时的教父们无不对柏拉图推崇备至，他们用柏拉图哲学去证明上帝是先验的精神存在，是超自然永恒的绝对存在，是全人类和全世界的原因和目的；去证明一切都来自上帝又回归上帝。教父们利用柏拉图主义，制定了一整套基督教教义，其主要内容是：（1）“神”说，宣扬一神、一主、一信、一教，认为上帝是惟一的神，只有对上帝的信仰才是惟一真实的信仰；（2）“三位一体”说，认为圣父、圣子、圣灵同属一个神的本体，而上帝具有三者的“神格”；（3）“创世”说，认为上帝创造了人和整个世界；（4）“原罪”说，认为人类的祖先亚当和夏娃在天堂的伊甸园里偷吃了上帝的“智慧果”，所以他们的子孙一生下来就是有罪的；（5）“救赎”说，认为世人受苦难是进行赎罪，只有信奉上帝，忍受现世痛苦，来世才可得救；（6）“天国报应”说，认为人必须服从天命，鄙弃一切物质欲望，过禁欲生活，死后才能升入天堂，否则就被打入地狱遭受惩罚；（7）“天启”说，认为人的认识、理性要服从信仰，要信仰上帝，一切真知都是上帝“天启”的产物。这种基督教神学或“教父学”的最著名代表奥古斯丁本身就是个新柏拉图主义者，他曾宣称：“柏拉图哲学最接近基督教”，宣称是由于柏拉图的著作的启发，他才获得了基督教信仰和认识了上帝。他利用并进一步发挥了柏拉图的哲学，从他的上帝观、天命观、社会观、知识观等方面，系统论述了基督教的基本教义。在奥古斯丁那里，哲学已不是引导人们面对客观现实进行思索，而是与神学结为一体，成为阐释宗教教义的必要的工具。奥古斯丁的核心论点是：信仰上帝不仅是哲学研究的出发点，而且是哲学研究的归宿，信仰上帝是至高无上的基本原则。他们一再强调：“不是先理解尔后信仰，而是先信仰尔后理解”，“首先是信仰，理解也是为了信仰”。这当然是人类思维发展的黑暗时期。奥古斯丁的这种教父哲学，1000多年来一直在基督教会里占着主导地位。
然而，正当中世纪基督教的神学思想支配一切的时候，亚里士多德的学说好像是乌云密布时的闪电，给这个世界投入了一道新的光明。
亚里士多德，比柏拉图小42岁，是柏拉图的一名学生，也是古希腊哲学的集大成者和百科全书式的思想家。马克思称他为“古代最伟大的思想家”，恩格斯也称他为古希腊哲学家中“最博学的人物”。他一生所从事的学术研究活动，涉及逻辑学、修辞学、物理学、生物学、心理学、政治学、经济学、伦理学、历史学、美学以及哲学等各个方面的问题，并编写了大量的著作。
亚里士多德的著作，从12世纪中期到13世纪后期的100多年时间里，全部被译为拉丁文，并从阿拉伯世界流入西欧。这些著作有《范畴篇》、《分析篇》、《前分析篇》、《后分析篇》、《正位篇》、《辩谬篇》、《物理学》、《论天》、《论生灭》、《气象学》、《论灵魂》、《论感觉》、《论记忆》、《论梦》、《论发明》、《论长短》、《论气息》、《论朽灭》、《动物志》、《形而上学》、《尼各马可伦理学》、《优苔谟伦理学》、《政治学》、《家政学》、《修辞学》、《诗学》等。
亚里士多德批判地吸收了老师柏拉图的唯心主义，也批判地继承了德谟克利特的唯物主义，他尤其是对柏拉图那套本末倒置的玄学是根本不能接受的。他说：“真理和师友皆吾所亲，然不得已时宁舍友情而保全真理。”他在概括当时自然科学成果的基础上，创立了包括他的“第一哲学”、“自然哲学”、认识论、逻辑学、政治伦理观等内容丰富的独树一帜的哲学体系。这个动摇：于：唯物主义和唯心主义、辩证法和形而上学之间，有明显调和、折衷倾向的哲学体系，其合理的方面主要有：第一，质料与形式相统一的思想；第二，潜能与现实相统一的思想；第三，物质和运动相统一的思想；第四，感性和理性两种认识的思想；第五，思维和存在相统一的思想。其中，当时在西欧广泛传播，并引起强烈反响的主要是亚里士多德的“第一哲学”和自然哲学。
亚里士多德称他的《形而上学》为“第一哲学”，研究的是世界的本原问题，是关于一般和个别、思维和存在的关系问题。其中有“实体说”、“四因说”、“潜能现实说”等。在这里，亚里士多德从唯物主义的观点出发，批判了老师柏拉图关于“理念”的理论，指出“理念化”的根本错误，就在于把“理念”看成是在具体事物之外独立存在的东西。亚里士多德肯定事物是客观存在的，而且是人类认识的来源，认识产生于对外界事物的感觉，没有这种感觉便没有知识，这也就坚持了认识论的反映论的观点。在此同时，亚里士多德创立了自己的“四因说”，即质料因、动力因、形式因和目的因，他认为，一切事物的产生、运动和发展，都不外乎这四种原因的作用。亚里士多德虽然承认运动和变化，然而他又认为，一切运动和变化皆有赖于某种形式的推动，这个某种形式的推动后面又有所推动，循此类推下去，第一原因或第一推动者只能是神了。亚里士多德关于神是第一推动者的说教虽然不同于柏拉图关于上帝创世的观点，但是，神“创造”世界与神“推动”世界无疑都归向了唯心主义。在此基础上，他又阐述了潜能和现实问题，表明事物的生成变化不是从无到有，而是从潜在的有到现实的有，质料形式、可能性与现实性在运动变化的过程中达到统一，这里又包含了可贵的辩证法思想。亚里士多德“第一哲学”的核心是“实体”，这个客观独立存在、不依赖于其他任何东西的“实体”，与他的“四因说”、“潜能现实说”，构成了他的“第一哲学”的主要内容。
亚里士多德是“最早的希腊哲学家，同时也是自然科学家”，他几乎涉猎当时的所有学科，并在许多方面都有独到的见解。在生物学方面，他第一次作了物种的分类，把自然界分为高低不同的等级，解剖了50多种动物和人的胚胎，观察到了隔代遗传现象。在天文学方面，他提出了“地球中心说”，这虽然是不科学的，但在当时起到了破除带有迷信色彩的天文观的作用。在物理学方面，他考察了物质的构成和运动，并第一次对运动进行了分类，描述了物质运动的一般原则。
当时，在欧洲的各大学里，亚里士多德的“第一哲学”，特别是他的自然哲学成了一门非常时髦的学科，教师和学生手持亚里士多德著作的拉丁文译本被视作时尚，如果能引用其中的观点和理论就会感到无比光荣。这个时候，不仅所谓的异教徒们根据亚里士多德的学说批判以往的经院哲学，而且教会内部也有人依附亚里士多德主义在肢解经院哲学。教士们也觉得，柏拉图学说虽然符合基督教教义，但显得陈旧，现今不那么适用了；亚里士多德学说虽然在许多问题上与基督教神学相抵触，但比较切合实际。看来，教内外人士特别是开明的知识分子都拥护亚里士多德的学说，亚里士多德主义已经成为一股不可抗拒的新思潮。
这对于基督教来说，无疑是一场灾难，因为它不仅给以柏拉图哲学为理论根据的奥古斯丁主义经院哲学以猛烈的抨击，而且是对1000多年来的基督教教义及其神学命题的否定。为了阻止亚里士多德思想的传播，维护以往经院哲学和神学的权威，1209年巴黎教会曾向巴黎大学宣布，教师不得讲授亚里士多德的哲学，凡拥护亚里士多德学说的，一律开除教籍。还发布命令，严禁抄录、阅读和保存亚里士多德的书。1210年，基督教会最高当局在反异端的文告中宣布：不准公开或私下阅读亚里士多德关于自然哲学的著作以及对它们所作的评注，违反者将受到开除教籍的惩罚。1215年教皇又宣布：不能讲授亚里士多德关于形而上学的著作和自然哲学的著作以及对它们的概述。
1231年4月13日，教皇在对巴黎大学发布的题为《科学之母》的文告中说：“主教会议以正当理由禁止的自然哲学方面的书籍在被审查、并清除可能产生的错误之前不能在巴黎被使用……”
一时间，基督教会把亚里士多德看成了“最危险的敌人”，亚里士多德的哲学也被视为“异端邪说”。尽管如此，亚里士多德主义这股新思潮已经无法阻挡了。在那不勒斯及其他一些大学里，人们最爱读的是亚里士多德的书，都以亚里士多德为最高理论权威，以信奉亚里士多德学说为最大的荣光，任何辩论只要谁能在亚里士多德的著作中找到根据，谁就是胜利者。大学里为了吸引更多的学生，还发布公告，公开宣布设立亚里士多德的讲座。由此可见，教会的种种禁令并未达到目的。