在距阿奎那城不远的卡西诺山顶上，耸立着一座极其雄伟的隐修院，它原是阿波罗和丘比特神庙，于529年基督教本笃（约480一550年）将其拆毁后修建为隐修院。500多年来，它为教会培养了许多神职人员，成为欧洲一个著名的学府和不可低估的政治和经济中心，因而也无形中成了教皇设在阿奎那城的一个甚为重要的前哨阵地。弗烈德里二世决不会听任教会左右阿奎那城的形势，他势必精心策划，力图及早拔掉这个眼中钉。
托马斯·阿奎那的父亲朗杜夫·阿奎那，作为阿奎那城的首领和国王的姻亲，曾经举着西西里国王的旗帜攻打过这座隐修院，虽未能取得成功，但却是弗烈德里二世亲自出马摧毁这个教皇据点的一次预演。在基督教看来，如果卡西诺的本笃隐修院被摧毁，不仅给教会造成极大损失，而且还会使教皇蒙受奇耻大辱。于是，在教皇看来，只有除掉弗烈德里二世，才能确保教会在那不勒斯地区甚至在全欧洲的权威。因而，教皇决定开除弗烈德里二世的教籍，并号召全体教徒讨伐他。
这种教皇与国王的激烈纷争，反映在思想界，就成了神学和哲学、信仰和理性的关系问题。其焦点是新兴的亚里士多德主义和奥古斯丁主义神学传统的斗争。
在此之前，一直支配着基督教神学和哲学的是奥古斯丁的哲学和神学为一体的“基督教学说”。这种学说认为，惟有信仰绝对可靠，理性只有服从信仰才能确保其可靠性，也只有服务于基督教教义，才获得其价值，所以，割裂理性与信仰、区分哲学与神学是没有意义的。认为理性不能没有信仰，哲学离开神学也就不再是真正的哲学，而真正的哲学就是基督教教义。在奥古斯丁看来，哲学与神学在教父们那里完全是合二为一的。在他的心目中，仅仅理性本身是难以获得确认性的，理智只有在基督教的生活中才能发挥作用。因此，人类知识的层次是：首先是信仰，其次是理智，信仰是知识的出发点和先决条件。他还概括说，理性必须符合于信仰，哲学必须结合于宗教，真正的哲学与真正的宗教是统一的。“我们的基督教教义是惟一真正的哲学”，“真正的哲学就是爱上帝的人”。
奥古斯丁的这种“基督教学说”，是以柏拉图的哲学学说为理论根据的，因为柏拉图哲学唯心主义的思想体系，与基督教思想极为吻合，教父们甚至把柏拉图的理论直接变成了基督教的教义。对此，马克思曾指出：“说基督教里有柏拉图的成分比说柏拉图那里有基督教的成分要正确得多。”
现在，在社会经济有了新发展的条件下，崛起的城市市民对盲目信仰不那么热衷和喜欢了，他们要求重视物质世界，面对现实，尊重客观，而他们更崇尚的是理性思考。正是在这个时候，一些阿拉伯哲学家和犹太人哲学家，把亚里士多德的著作翻译、介绍到了西欧，大大开拓了人们的思想境界。亚里士多德的自然哲学思想，强调感性经验和理性认识，把物质世界作为思考的对象和出发点，神至多不过是物质运动的初因，认为神的永恒性的灵魂不灭的观点是站不住脚的。这就极大地冲击了基督教信仰。亚里士多德的哲学由于顺应了当时的社会潮流，因而在西欧立即兴起了亚里士多德主义的新思潮。在这股新思潮中，西西里国王弗烈德里二世尤其引人注目，他重视阿拉伯哲学和自然科学，在他管辖的区域内，开展自由的学术讨论，从而不仅在政治上，而且在思想上、理论上向教会的绝对统治和权威提出了挑战。
教会如临大敌，视违背基督教信仰的亚里士多德哲学为异端邪说、毒蛇猛兽，屡屡下令禁止传播亚里士多德的形而上学和自然哲学。
双方在斗争中势不两立，针锋相对，但是，彼此也遇到了各自的问题。在以奥古斯丁主义为代表的传统的经院哲学看来，尽管亚里士多德哲学特别是他的自然哲学与基督教相冲突，但这种理论当时在西方无疑是无与伦比的，如果抛弃了这种学说，就等于抛弃了人类有史以来最伟大的智慧，也就必然受到世人的指责；在以亚里士多德主义为代表的新思潮看来，尽管奥古斯丁的教父哲学与自己的信仰相矛盾，但教父哲学毕竟是代表着基督教精神的一种哲学，是人类思维延续的一个特定阶段，不能把这种哲学化为乌有。因此，一个紧迫的问题就是，亚里士多德与奥古斯丁主义果然是那样针锋相对、水火不容吗？能否另辟蹊径，把两者结合起来，使基督教教义因为引进了亚里士多德学说而变得合理一些，使亚里士多德学说有了基督教理论为后盾，而变得牢固呢？这些问题其实就是在当时基督教势力仍很强大，传统经院哲学遇到严重挑战的情况下，以不同的方式延续和发展人类思维的问题。被称为伟人的大阿尔伯特首先对这些问题作了尝试，结果不能令人满意，后来他的学生继承了他未竞的事业，并取得了辉煌的成就。这个学生就是托马斯·阿奎那。
托马斯·阿奎那之所以能取得成功，就历史唯物主义的观点来看，他既生长在基督教的家庭里，又生活在自由思想的环境里。
3.意欲双雕的利箭
托马斯·阿奎那5岁的时候，由父亲送他到卡西诺山本笃隐修院上学，在那里接受了近10年的教育。
卡西诺山本笃隐修院是一座当时远近闻名的高等学府，其中也专门为儿童开设课堂，儿童入学后，首先是进行宗教教育，如听老师讲圣经故事、背诵祈祷经文、学唱圣经圣歌、参加宗教礼仪活动等。而后学习被称为“七门自由艺术”的“七艺”课程。
所谓“七艺”，是欧洲中世纪著名哲学家波爱修（约470一525年）最早提出来的，包括语法、修辞、逻辑（在中世纪通称为辩证法）、算术、几何、音乐、天文七门课程。波爱修称其中的前三门课程为“三科”，称后四门课程是“四科”、“通向智慧的四门学问”。与波爱修同时代、并同任朝廷大臣的西奥多勒（477—570年），编写的《关于神圣的和世俗的教育体制》一书集中论述了“七艺”，书中把“三科”归为初等教育，把“四科”列入高等教育。这本书后来成为中世纪学校教学的蓝本，西奥多勒也被人们认为是教育史的先祖。到了8世纪，“七艺”正式被搬进学校。
这七门基本课程就本身的内容而言，是关于自然科学和人文科学的知识，而当时的讲授往往是用来论证基督教教义和圣经故事的，所以，“七艺”实际上成了宗教神学的根据和入门。
作为那不勒斯城的首领，曾经举着西西里国王的旗帜，多次攻打这座隐修院的父亲朗杜夫·阿奎那，为什么又向隐修院献上贵子呢？这并不是他的心血来潮，而是有深谋远虑的。他之所以这样做，固然与当时教权与王权之间时而明争，时而暗斗，时而穷兵黩武，时而以礼相待有关，而更直接的原因或目的，是要借儿子这支利箭，去捕获双重的猎物。
一方面，是政治交易，表示同教会和解，不计宿仇，同时也是为了对教会的麻痹和利用，所以这位父亲还代儿子向隐修院许愿，让儿子将来当一名隐修士，终生为教会服务。
另一方面，是指望儿子日后登上隐修院院长的宝座，使这个在自己眼皮底下的基督教的堡垒不攻自破，以达到不受阻碍地对阿奎那城实行全面统治。
这种一举两得的大好事，何乐而不为呢？对这个奇妙的安排，当时幼小的托马斯是不会理解的，他还不具备这方面的分析思考能力，不可能探究出其中的原因和奥秘，而只能是任人摆布，身不由己地跨人隐修院的大门。
1239年，就在托马斯·阿奎那在此学习的第九个年头，弗烈德里二世终于准备就绪，并且亲自出马，大举进攻卡西诺山，命令士兵们摧毁隐修院的一切，勒令隐修院解散。于是，这个教皇设在那不勒斯的根据地在地图上彻底消失了。托马斯·阿奎那也不得不因此离开。