张謇苦笑到：“科场中向来有‘一命二运三风水，四积阴功五读书’的说法，能否高中，文章善否尚在其次。晚生这次来是向恩师辞行的。”“唉，”翁同和长叹一声，“也罢，如今这个时局，不从政也罢，‘今之从政者殆尔’！”张謇见恩师言转沉重，不由关切道“恩师也不必太在意！保重身体要紧！”翁同和说道：“有心留你在京师当差，只是被朝中这些昏庸固宠之辈阻挠……”
张謇见翁老前辈说得有些激动，连忙劝到：“恩师的一腔热情晚辈尽以知晓。学生从戎多年，目睹国势日渐衰颓，与其坐而论道，不如回乡经营纱厂，以图实业救国，做一些有用的事情。弟子明日离京，临别之际，有几句肺腑之言，不知当讲不当讲。”翁同和道：“但讲无妨。”
张謇遂提起当时社会局势，眉宇之间甚为担忧：“恩师在朝为官多年，又两为帝师。如今北方黄河泛滥，长江又连遭水灾，民不聊生。而朝中屡屡奢靡，动辄百万之资，民有怨言啊，这些恐有损恩师清誉。”翁同和一听，知道天下百姓已经是怨声载道了，他沉默片刻：“老朽也略知一二啊！”张謇见状，似乎不忍再说下去，但他终于说道：“民间现在流传一句谚语，实为百姓怨言啊。还望恩师能够明哲保身。”
“什么谚语？直讲无妨。”张謇沉吟片刻，说道：“宰相合肥天下瘦，司农常熟百姓饥（李鸿章为安徽合肥人，翁同和为江苏常熟人，这句话是讥讽二人身为权臣却不恤民情）。”
“啊？”翁同和很受震撼，身体虽然没有从椅子上站起来，脸色却突然变了，连连叹道：“老朽真是对不起天下百姓啊。”张謇劝道：“恩师请保重，您也不必过分自责。您地位特殊，难免代人受过。在弟子看来，您处于一个位高权重、但极为棘手的关系之中。是是非非，难以澄清，不如……不如及早引退。请三思。”翁同和听罢，抚须沉思，良久不语：“老朽也不是没有此意啊。只是觉得时机不妥。眼下皇帝刚刚亲政，我若撒手不管，骤然离去，实为不忍。他日上报圣主，若获恩赐归乡，定当与君遨游五湖。”
后张謇再次参加科考，终于独占鳌头。张謇明白，翁同和的极力提携实是为光绪帝招揽人才，他不得不放弃在家乡方兴未艾的纱厂，前往京师为国效力。
经过翁同和的大力荐举和苦心经营，终于在光绪帝的周围积聚了一批饱学之士。他们大部分是翁同和的门生和属下，如林盛昱、黄思永、张謇、文廷式、丁立均、沈增桐等人，他们在朝中官职虽不大，地位虽不显赫，但是在社会上很有影响力，足以左右当时的社会舆论，属于朝中“帝党”一派，翁同和自然成为他们的核心和“下情上达”的重要人物。这些帝党在甲午战争是主战拒和的主要政治力量。
当时，日本已对朝鲜觊觎已久，积极在朝鲜部署军事，当时，日军驻朝的军队已达七千而清军仅一千五百人。敌强我弱、众寡悬殊，李鸿章主张通过外交手段来解决。翁同和得知朝鲜的局势严重之后，据实向光绪帝奏报，光绪帝深为忧虑，决定加派翁同和、李鸿藻等人参与军机会议，商讨解决中日朝鲜争端的办法。翁李二人对李鸿章在中法战争中一味妥协避战的做法深为不满，认为和议应以武备为基础，一味主和，吃亏甚多。
但在新的国难当头之际，他们并不愿以意气相争，理智地分析战局。当时光绪帝一再叮嘱：要牢记中法战争的教训，不要畏首畏尾。太后也表示主战。然清军贻误军机，不认真备战，导致战争开战失利。此时正值慈禧太后六十岁的“万寿圣节”，紫禁城一派喜气洋洋，殊不知前方战事连遭惨败，当时任军机大臣兼兵部尚书孙毓汶与李鸿章沆瀣一气，为取悦慈禧太后，一味地避战求和讳败不报，导致前线战败数日以后北京尚无消息。慈禧太后为了自己过生日，把军国大事置于脑后。翁同和等人忧心如焚，在军机处的建议一再被当作耳旁风，和战之争再度开始，进入白热化阶段。
翁李二人认为，多少年的吃亏总误在一个“和”字上面，如果这次对日本再忍辱避让，后果不堪设想。不如让北洋水师早做准备。光绪帝得知，自然也急：“前次已令李鸿章增兵，不许观望不前。为何贻误至此？”“李鸿章指望英、俄斡旋，虽有谕令，一个‘和’字当头，难免延宕时机，让倭人领先。”翁同和说道。他说，战争不能一味依靠外援，且我北洋水师数量可观尤在对方之上，不致畏惧日本国。“帝党”主战的一致要求，在国内引起了很大反响，一时之间，御侮主战的呼声一浪高过一浪。这时，李鸿章依靠列强斡旋的活动也一一失败，日本决意发动侵略战争，清政府也被迫发布对日宣战的诏书。此诏书一出，极大地激发了中国国民抗敌的爱国热忱。战争是离不开经费的，慈禧太后不惜重金，耗资百万搭建祝寿彩棚，任意挥霍战争经费，许多正直有良心的官员联名上奏，请求太后停止庆典，集中财力物力对付日本侵略。翁同和认为这些奏折是合情合理的，也与其他官员上奏，陈述筹款的艰难，请求停止万寿庆典。在众人的压力之下，慈禧太后不得不降下谕旨，停办奢华的庆典工作。中日争端和停办庆典的事情让慈禧太后不能容忍光绪及翁同和势力的发展了，虽然觉得彻底遏止他们为时过早，但慈禧太后已经准备伺机报复了，开始周密计划。
中日战争最终以清政府的失败告终，李鸿章惨淡经营的北洋水师几乎全军覆灭。光绪二十年二月二十四日，屈辱的《马关条约》签订了。翁同和得知内容后，声泪俱下：“台湾若割与日本，我朝恐要失去天下人心了！”
他在日记中伤心地写道：“覆水难收，据铁铸错，穷天地难塞此恨也！”《马关条约》签订以后，朝野上下反对的呼声越来越高。正值会试之年。举子们齐聚京师，一个个义愤填膺，痛骂李鸿章等人卖国媚敌。他们联名上书，要求拒绝《马关条约》。康有为挥泪演讲，慷慨激昂，从鸦片战争《南京条约》到刚刚结束的中日甲午战争和这丧权辱国的《马关条约》，台下的举子们为他那滔滔的演讲感动得热泪盈眶，时而捶胸顿足时而狂呼怒号……康有为的弟子梁启超宣读了二人写的万言书，赢得了举子们的喝彩和热烈的掌声，举子们一致同意，先后签名，约一千三百多人。之后，他们向都察院投递。
这就是旷古罕见的“公车上书”，古老的京城为之震动。
翁同和当天便听说了“公车上书”的消息，他大为赞赏，为举子们的忠诚和热忱感动，看过“万言书”之后，他也意识到；要皇上一展雄才，要挽救清朝颓败屈辱的局面、要富国强兵，不能再维持现状了，必须变法维新。
在他的支持下，康有为、梁启超等人成立了《强学会》创办《中外经闻》，变法维新的声势一天天壮大起来了，接着他向光绪帝荐举了康有为。
翁同和支持光绪变法图强，受到了顽固派的猛烈攻击。特别是《明定国是诏》公布之后，一方面是维新运动如火如荼地开展，另一方面是顽固派官僚的阴谋反对。
不久，翁同和接到御旨，被开缺回籍，这对维新派是一个沉重的打击。“戊戌变法”之后，西太后囚禁了光绪帝。翁同和得知后，非常悲愤，为了全身远祸，他用仅有的积蓄给自己建造了一处住宅“瓶芦”，房子建成以后，他便闭门谢客，在这里读书、写字、作画，偶尔出去走走，品茶喝酒。在隐居的几年中，翁同和心中始终存有一线希望，希望能够再次回到光绪帝的身边，希望能够在有生之年看到国家富强起来，但是，几年过去了，仍然不见有赦旨传来，他希望的火苗渐渐地暗淡了。光绪二十九年的一天，翁同和终于没有等到他殷切希望实现，想到自己沉冤至死而难以大白于天下，是忧心如焚，百感交集，如梦往事、万般情绪齐上心头，他强忍满眶眼泪，口占一绝：
六十年中事，凄凉到盖棺。
不将两行泪，轻向汝曹弹。
第二天，这位饱经忧患的近代政治家，怀着一腔未了的心愿，溘然长逝。正在瑞典流亡的康有为从报纸上得知了这一消息，非常悲痛，做诗以寄哀情，称翁同和是“中国维新第一导师”。