中各推举出一个人担任县里的“三老”，让他们去辅助县令管理地方，教育安抚百姓，维护治安，发展经济。
随着各项法令和政策的实施，百姓们逐渐安居乐业，经济得以稳定和发展，三秦大地也慢慢恢复了往日的生机，汉王的大军也操练休整得兵强马壮。
冬去春来，三秦大地生机勃勃。按照萧何为刘邦制定的战略部署，汉王率领大军渡过黄河，挥师继续东进，开始与项羽逐鹿中原。萧何坐镇关中，管辖的地盘更加大了，军政事务更加繁忙。除了征发兵卒、运送军需粮草等之外，还要防止外敌入侵和保持内部的稳定，还有安抚出征将士的家属等等很琐碎的事务，每件事情他都是殚精竭虑，细心操办。每逢军政大事，都派人去前线向刘邦请示报告，刘邦对萧何也是放心、放手、放权，一切关中的要务统统都交给萧何做决断，从不遥控萧何。
刘邦率领大军挺进中原后，由于韩信有勇有谋，战事进展得非常顺利，公元前205年，刘邦率大军攻克了楚国的都城彭城，并大摆酒宴庆贺。由于刘邦被胜利冲昏了头脑，失于防范，韩信这时又留守河南，汉军被楚军重重包围，结果汉军大败，损失惨重，刘邦趁着月黑风高，楚军混乱的时候，才率领数十骑冲出重围，逃回荥阳，楚军大兵压境，形势非常危急，这时关中多数青壮年都已经征调从军，萧何又调拨了留守关中的老弱兵士前去荥阳增援，韩信也率领军队来与汉军会师，刘邦这才得以突出重围、重整旗鼓，准备再战。接下来，又有几次刘邦被项羽打败，弃军逃跑，当时若是萧何稍微有二心就可以置刘邦于死地。可是萧何每次都能征发关中的兵员，补足汉军的缺口，粮草军需等更是源源不断地送往前线。刘邦也因此得以一次又一次地重新振作，多次转危为安。
公元前204年，刘邦与项羽两军在荥阳对峙不下，楚汉战争处于相持阶段。在此期间，刘邦三番五次地派人入关，慰问萧何，萧何除了感激汉王的关怀之外，对军政要务的处理更是尽心尽力，也从来没有过其他的杂念。但是萧何的一位叫鲍生的门客看出了其中的玄机，他向萧何说：“汉王在前线作战，非常危险又非常艰苦，本来没有空闲工夫来管后方的事情，但现在却经常派人来慰问丞相您，他一定对您起了疑心。解决的办法是，您可以从您的子弟和亲戚中挑选一批青壮年，派往前线参军打仗，这样汉王才能消除对您的疑心。”萧何听从了鲍生的建议，挑选了很多本族的子弟，让他们押送粮车，迅速赶到荥阳前线。刘邦对他们一一接见，并问候丞相可好？大家齐声回答：“丞相托汉王的福，身体精神都非常的好。只是常常惦念汉王。您这么一大把年纪，还要到前线去带兵打仗，栉风沐雨，辛苦异常，他恨不得分身相随，为您分担劳苦。现在委派我们前来为您服役，望汉王能够收留我们，派我们到前线去作战吧，以此来效忠汉王。”刘邦听了非常高兴，说：“丞相为国家而忘小家，公而忘私，真是忠贞不二啊！”从这以后，刘邦对萧何更加信任，不再有什么怀疑的了。
刘邦与项羽两军在荥阳对峙日久，萧何在关中筹措粮草越来越艰难，虽然萧何积极推行奖励农耕、发展生产的政策，也带领文武官员节衣缩食支援战争，但是关中毕竟产粮有限，也有粮草接济不上的时候。这时，多亏了萧何当时在咸阳收集的图书档案，帮助汉军解决了缺粮的大问题。按照秦朝当时守卫荥阳战时的需要，在荥阳的西北方向的敖山上建有储存粮食的仓库，叫做敖仓，韩信按照萧何提供的军用地图的方位，很快找到了敖仓，并派大将周勃带兵驻守，在关中运送粮草中断时，就由敖仓拨粮草供应。这都为汉军能在荥阳与楚军长久对峙，并为后来刘邦发起对项羽的反攻起到了非常关键的作用。萧何的先见之明，为日后度过难关打下了基础。
公元前203年，楚霸王项羽由于连年征战，已经到了兵尽粮绝的地步，手下的将士只剩下十万左右，而且楚军士气低落，恋家思乡的情绪笼罩着楚营上下，项羽无奈之下只好从荥阳撤兵。可刘邦的汉军已经发展到三十万人，而且兵精粮足，士气高涨。此时，楚汉战争的形式发生了逆转，汉军对楚军大举反攻的机会终于到了。在反攻作战中，刘邦又采纳了韩信十面埋伏的计谋，在楚军撤退的路上号炮连天，伏兵四起，汉军像潮水般地涌来，直杀得楚军好像鸡犬一般的四散奔逃，真是兵败如山倒。项羽虽然是勇猛无比，但是看到大势已去，只好杀出一条血路，带着残兵败将逃回垓下。后又在汉军的四面围攻下，项羽只好率残部突围，最后，楚军全军覆灭，项羽单枪匹马败走乌江，终因无颜再见江东父老，英雄盖世的项羽在江边自刎身亡。至此，历时几年的楚汉战争以刘邦的全面胜利而宣告结束。
论功行赏排次第一
公元前202年2月，刘邦接受了文武百官的朝贺，因为他是汉朝的开国皇帝，所以历史上称他为汉高祖。
刘邦称帝后，在洛阳南宫设下酒席大宴群臣，并一一论功行赏。刘邦在宴会上对群臣说：“各位贤臣良将，今天是我们夺取天下后举行的庆功宴会，大家都要尽情欢乐，好好庆祝庆祝。我给在座的各位出一个题目，请大家思考。我为什么能夺取天下，而功高盖世的项羽为什么会失掉了天下？”群臣你一言我一语，众说纷纭，刘邦最后总结说：“你们只知其一，不只其二啊。据我看来，成败得失的主要原因，是在于用人的不同。运筹帷幄之中，决胜千里之外，我不如子房（张良）；镇国家、抚百姓、送军需、供粮饷，我不如萧何；指挥百万大军，战必胜，攻必克，我不如韩信。这三个人是当今天下的豪杰，我能放心大胆地使用他们，所以取得了天下。项羽身边只有一个能臣范增，还不能重用他，因此最后被我消灭了。”
从上面的刘邦的这番高谈阔论中，我们可以看出，刘邦能在生死存亡的楚汉战争中，打败势力比自己强大的项羽，最后夺取了天下，张良、萧何、韩信是不可多得的功臣。这三个人也被后人称为“汉初三杰”。而萧何在这三个人中应该是第一功臣，除了上面刘邦对萧何所评价的功劳外，萧何慧眼识才，发现并举荐了韩信，为刘邦在楚汉战争中战胜项羽，起到了决定战争胜负的关键作用。
因此，刘邦在论功行赏的时候，最后定萧何为首位功臣，封他为酂侯，给他的俸禄也最多。对于萧何的封赏，许多有功的将领心中不服，一起找到刘邦，问：“我们身经百战，九死一生，才得到封赏，而萧何安居关中，并没有立下任何汗马功劳，只不过是舞文弄墨、发发议论罢了，为什么对他的封赏最高，都远远在我们之上，这是为什么呢？”刘邦说：“请问你们知道打猎吗？追杀野兽，依靠的是猎狗，而给猎狗发出指令的是猎人。你们攻城克敌，好比是训练有素的猎狗，而萧何却好比是能发出指令的猎人，如此看来，各位只不过是有功劳的猎狗，而萧何却是个成功的猎人。而且萧何全族好几十人跟随我，而你们又有几个人呢？多的也不过是带两三个家里人罢了，因此，我必须重赏萧何，请你们以后不要在下面随便议论了！”大家听到这里，一个个都无言可答。
刘邦回到内宫，又想起了当年在沛县时，萧何对自己无微不至的关心、提携和照顾，现在应当对萧何另眼看待和回报，于是又加封了萧何两千户的俸禄。
诸侯分封完毕，接着是排位次。刘邦向大臣们征求意见，群臣们都说：“平阳侯曹参在战争中英勇善战，身受七十余处战伤，他立下的战功最多，所以他应当排第一。”刘邦心里是想把萧何排在第一的，一方面萧何曾经是自己在沛县时一起起兵反秦的亲信，另一方面，萧何对自己于公于私都有很大的恩情，但是在前次分封的时候，刘邦已经力排众议，重赏了萧何，所以这次对排位次的事也就不好再说什么，不过他心里仍然认为应该把萧何排在第一位。这时，关内侯鄂君说：“在楚汉战争中，陛下有几次都是全军溃败，差一点就丢了性命，在这个关键时刻，多亏萧何坐镇关中，从关中抽调军队来增援，不仅是兵员，就是粮草也全靠萧何由关中供应，才保证了军队的补给。正是有了萧何在后方坐镇，您才能在前方安心作战，即使多次被项羽打败，多亏了萧何这个坚强的后盾，您才能屡次起死回生，最后积攒力量，战胜了项羽率领的强大楚军。这些都为您创立汉家天下建立了不可磨灭的大功劳，与曹参等人所立下的一时的战功，萧何的万世之功显得尤为重要啊！我认为在排位次上，萧何应排第一，曹参第二。”这番议论，正中刘邦的心意，于是决定把萧何排为第一，准许他穿鞋带剑上殿，并对萧何的父母兄弟一一加以封赏。
蔡东藩先生在他的《前汉演义》中对萧何作了如下的赞赏和评价：“从龙带甲人关中，转粟应推第一功。为语武夫休击柱，发踪指示孰如公？”这首小诗对萧何前半生的主要功绩做出了中肯的评价。
制定律令营建宫室
刘邦登基当上皇帝之后，继续任用萧何担任丞相一职。萧何在相位上，继续辅佐刘邦，对国家上下，精心谋划，事必躬亲，废寝忘食，鞠躬尽瘁，为汉朝建立政权、巩固政权和初期的建设发展，做出了杰出的贡献。
汉朝初年，由于多年的战乱，国力已相当衰微，四海之内百业待举，百废待兴。壮大国力，发展经济，安抚百姓，政治稳定以及对各项法律法规的制定等等，任务艰巨，政务繁忙，萧何肩上的担子更重了。萧何除了在人事安排上，为刘邦出谋划策外，主要是集中精力，发挥自己的特长，在国家的法律法规、典章制度方面，下了很大的气力。萧何借助当年收集的秦朝的图书档案资料，删除了秦朝法律中苛繁、严酷的条文，保留下了适合汉朝实际的条文，并在此基础上有较多的创新，制作成汉律九章，这是汉朝律令的开端，使汉朝的朝廷行政以及各个郡县的管理有章可循。其文包括朝贺礼仪、内部管理和对外交往等等。都一一制定了规章制度予以规范。萧何还辅佐刘邦出台了一系列赦免罪犯，减少兵员，减免赋税，奖励农耕等方针政策来发展经济，经过一段时间的恢复，多年战争留下来的创伤慢慢复原，天下百姓能够安居乐业，社会也逐步趋于稳定，国力逐渐强盛。
汉朝定都成阳后，（后改成长安）萧何又监管都城和皇室宫殿的建设，在此过程中，萧何亲临督造，从规划设计到现场施工人，他都一一过问，建立都城是百年大计，一定要有相当的规模，但国家初定，财力有限，而该花的钱一定要花，不该花的也要尽量节省，整个过程谋划得非常辛苦，历时两年，都城和皇宫建设完工，刘邦前来巡视，萧何当时正在建未央宫，已经建好了东阙、北阙（高大的宫门），又开始建前殿、武库、太仓等，刘邦看到都城规划得井井有条，皇宫建设得更是宏伟壮观，心中十分高兴，但是又假装生气地说：“现在天下还不太稳定，百姓还处在疾苦之中，你为什么把皇宫建造得这么豪华呢？”萧何这时心中有数，皇宫的建设都是按照刘邦的旨意办的，刘邦现在说这样的话是让别人听的，于是不慌不忙地说：“正是因为现在天下还不安定，所以才把皇宫的围墙建造得坚固高大，人民的安全才有保障。皇宫壮观了，也能显示出天子的威严。再说建筑设计是百年大计，一定要为后代子孙的发展留有余地，如果现在建设得太狭小了，后代子孙们再要扩建改造，那就更加浪费，不如一劳永逸，更为划算。”刘邦这才转怒为喜，满脸堆笑地说：“你说得很有道理，看来我又错怪你了。”其实当时未央宫的建筑规模并不算很大，规模还不到秦朝的阿房宫的三分之一，加上萧何督造时的精打细算，总体的花费国家还是能承担的，所以，老百姓的怨言并没有很多。萧何又知道刘邦的脾气，喜欢外观宏伟而内部装饰简单，这君臣的对话是做给别人看的，好叫老百姓传颂刘邦是一位为国为民，崇尚节俭的明君。从这件事上看，萧何与刘邦的关系相当密切，刘邦对萧何也是非常信任。
计诛韩信消除叛乱
刘邦称帝后，除分封兄弟子侄为王外，还分封了一些异姓王，让他们驻守各地。后来为了加强刘氏政权的统治，同时也怕这些异姓王造反，便寻找种种借口要消灭异姓王。萧何又投入到刘邦镇压异姓王的反叛、消灭异姓王的斗争中去。有一天，有一个叫周昌的人向刘邦密报，说阳夏侯陈稀招兵买马，阴谋反叛，自立为王，刘邦接到密报后，把朝中大事交付给萧何全权处理，自己率大军前去征讨陈豨。
原来这陈稀也是追随刘邦南征北战、屡立战功的武将，刘邦对他也很赏识重用，当时汉朝初立，刘邦加封陈稀为阳夏侯，并授予他代相的职务，管辖代地的军政要务。代地靠近匈奴，是北方抵御外敌入侵的军事重地，由此看来刘邦对陈稀还是非常器重的。但陈稀和韩信是推心置腹的好朋友，因为韩信被刘邦冷落后而萌生了反叛之心。这时的韩信。刘邦嫌他功高盖主，先是借故剥夺了他的兵权，楚汉战争期间虽然被迫封了韩信为齐王，战后把他调离了根基很深的齐地，改封为楚王，后来干脆把韩信降为徒有虚名的淮阴侯。韩信是为刘邦夺得天下的重要功臣，最后如此下场，韩信心中充满了对刘邦的不满和愤恨。恰巧此时陈稀奉命去代地赴任前来看望韩信，两人密谋，由陈豨在代地起兵，韩信在都城内作为内应。