严嵩经常费尽心机地讨好皇帝身边的一些内监。只要有内监到严嵩府中传旨，严嵩就会非常热情地招待他们并且赠予大量的金银珠宝。此外，严嵩还与一些内监称兄道弟，进而了解皇帝的生活习惯。而夏言却正好相反，平时他对那些内监最为不齿。《明史·夏言传》中有一种说法，夏言见到那些内监总是“负气岸奴视之”，意思就是彻头彻尾地把他们当成奴才。因此，严嵩经常在内监们面前挑唆夏言的不是，加上夏言对内监的轻视，内监就开始憎恨夏言，并且不时地帮助严嵩在皇帝面前说夏言的不是，而说到严嵩时，也都不露痕迹地夸其忠心。
但是，严嵩发现离间计还是不能动摇皇帝，他便开始准备下一步的行动。终于，严嵩等待的时机到了。当时，蒙古人的后裔经常侵犯边境，不仅抢光百姓的东西，而且将村民杀光。在嘉靖二十五年（1546年），陕西的总督曾铣上奏说自己要整顿军队，发誓要将河套彻底收复。曾铣是由夏言一手提拔的，夏言对自己心腹下属的提议，当然非常支持。夏言自信地向皇帝保证，曾铣一定会胜利而归。嘉靖皇帝最初也表示支持，但是当他想到明朝自英宗以来曾多次与蒙古人交战，结果都是战败，渐渐地明朝人就开始害怕与蒙古人进行正面冲突。因此对于这次曾铣的上奏，嘉靖皇帝是迟迟拿不定主意。
其实，夏言对曾铣的鼎力支持还有另外一个原因。夏言的岳父苏纲与曾铣是同乡，又是挚友，而苏纲对曾铣收复河套的想法也非常赞成，所以夏言就通过自己的岳父来联系曾铣。而当时的朝政中规定，官员家眷不得参与朝政。夏言高估了自己在嘉靖皇帝心中的地位，也忽略了嘉靖皇帝容易猜疑的性格，而狡猾的严嵩就计划利用皇帝的猜疑彻底扳倒夏言。
嘉靖二十六年（1547年）十一月十八日，夏言和曾铣正在紧张地整军准备出兵收复河套，这时后宫发生了两件大事，一件是后宫发生大火，火势蔓延了整个后宫；另外一件是明世宗孝烈方皇后去世。嘉靖皇帝本来就信奉迷信，这样一来他更加相信收复河套是不祥的兆头。严嵩很会揣摩皇帝的心思，他看出了皇帝不愿发兵的态度，进而抓住时机上奏诬告夏言和曾铣有内外交易之嫌，这两人收复河套的实际目的是趁机为自己谋利。昏庸的嘉靖皇帝就这样相信了严嵩的话。
嘉靖二十七年（1548年）正月，嘉靖皇帝派人闯入曾铣府中，以通敌、贪污、祸国的罪名将曾铣打入大牢。随后，夏言也再一次被罢官。而凡是参与收复河套一议的官员纷纷被贬官、被罢官。同月，蒙古人进入河套，声势十分浩大。严嵩看准了这个时机，再一次向嘉靖皇帝上奏谗言：“这次蒙古人进入河套，完全是因为曾铣开边启衅。”严嵩的心腹兵部侍郎万镇也在旁边煽风点火，诬告曾铣犯了“欺君罔上”的罪名，同时严嵩的另一名心腹大臣甘肃总兵仇鸾也趁机诬告曾铣克扣军饷，最后嘉靖皇帝下旨处死曾铣。
曾铣死后，严嵩开始专心地对付夏言。随后蒙古人屡犯大同，进入宣府塞，永宁、怀来等都向京师告急。严嵩却在皇帝面前诬陷夏言，称蒙古人犯境正是因为夏言支持曾铣收复河套所引起的，如果当初他们没有上奏要收复河套，那么蒙古人就不会在这个时候来侵犯。严嵩的谗言令本来就对夏言不满的嘉靖皇帝暴怒，进而下旨将夏言处死。
同年十月癸卯，夏言被绑至西市斩首处死。严嵩顺利地代替了夏言，成了朝廷中唯一权力遮天的内阁首辅大臣。
夏言的死使张居正了解了当时朝廷的阴暗腐败，皇帝的不分是非，而一些正义的大臣却被奸臣排挤，国家边防因此松懈，这些都让张居正非常失望。
嘉靖二十八年（1549年），张居正向嘉靖皇帝上奏，其奏章名为《论时政疏》。张居正在奏疏中揭露了朝廷政治存在的种种状况，而嘉靖皇帝将全部心思放在对道教的研究上，朝政就此荒废，政局越来越乱。张居正在奏疏中说：“臣听说英明的君主不会憎恶臣下言辞危切的进谏，因而在青史留名；仁人志士不回避杀身之祸而向皇帝直言进谏，使得国事避免失误，因而功勋流芳百世。”嘉靖皇帝一直都喜欢听好话，不喜欢臣子对自己提意见，因此没有把张居正的奏折放在眼里。张居正满怀一腔热血写的奏折，就这样了无音讯。之后，张居正对朝廷更加失望，再也没有上奏。
5.满腔的愤慨，于是辞官回乡
嘉靖二十九年（1550年）六月，蒙古人再一次侵犯大同。当时大同的总兵是仇鸾，是严嵩的心腹。仇鸾没有真才实学，是一个彻头彻尾的草包。对于蒙古人的来犯，仇鸾又恐又慌，在无计可施的情况下，他竟然贿赂这次来犯的蒙古军头目。仇鸾带着金银去请求蒙古的俺答，希望蒙古军暂时不要攻打自己的防区，俺答接受了仇鸾的请求，放弃了攻打大同的计划，反而引兵去攻打古北口。蓟州沦陷，眼看着蒙古人直逼通州，京师也在这个时候告急。这个时候，仇鸾不但没有想办法挽回自己的过错，反而上疏请奏，要求带兵援助京师，保护皇帝。仇鸾的这个举动让嘉靖皇帝十分高兴，皇帝称赞仇鸾胆识过人并任命他为平虏大将军，让其带兵援助各路兵马。各路兵马都是一些轻骑，连夜赶路却没有携带军粮。于是，嘉靖皇帝下令犒赏他们，但是这个时候户部尚书李士翱称暂时没有如此多的钱粮，皇帝听后十分震怒，当场罢免了李世翱的官职。
李世翱被罢免后，时任兵部尚书的丁汝夔也慌了手脚。接着他便去求助严嵩，而严嵩的回答是：“如果军队在边塞打了败仗或许还能瞒过皇帝，可是蒙古人已经打到了京郊，因此我们无法隐瞒皇帝，只好等蒙古人抢完后自行离去。”听完严嵩的话之后，丁汝夔传令下属将领，没有自己的命令不许出兵。一些忠臣百般劝说丁汝夔，但是丁汝夔不敢不服从严嵩的命令，一直不肯出兵。最后，蒙古兵抢完后便退兵了。
蒙古人撤走后，身为平虏大将军的仇鸾竟然拿着老百姓的人头向皇帝领赏，说是自己杀了很多蒙古军。而嘉靖皇帝又一次相信了他，并且加封他为太保，赏金千两。历史上称这次事件为“庚戌之变”。这次事件最终还是被嘉靖皇帝知晓了，迂腐的嘉靖皇帝认为这是奇耻大辱。为了让自己泄恨，嘉靖皇帝竟下旨追捕丁汝夔。丁汝夔听到风声后，曾向严嵩求救，严嵩很有信心地告诉他：“放心吧，有我在你不会出事的。”但是没过多久，丁汝夔还是被处死了，一直到了隆庆初年（1567年）才被追复了原官。其实，丁汝夔是这件事件中的无辜者，如果没有听信严嵩的话，他也不至于落到这种下场。
又过了一年，仇鸾想再次勾结蒙古人，进而与鞑靼讲和。他的这种态度彻底激怒了一些正直的大臣，而其中最为愤慨的就是兵部员外郎杨继盛。
杨继盛，字仲芳，号椒山，保定容城人。自小家中贫困，因此立志发奋读书。中举后杨继盛进入国子监读书，深受当时国子监的副掌管的赏识。嘉靖二十六年（1547年），三十一岁的杨继盛考中进士，接着进入内阁，开始入朝参政。
杨继盛同张居正一样，都是嘉靖二十六年（1547年）中举成为进士，因此两人的关系比较密切。年轻的张居正比较稳重，杨继盛却是刚正不阿、疾恶如仇，同时也有过人的胆量。但是，杨继盛的脾气十分暴躁。
当时，仇鸾与蒙古人谈和的条件是同意与蒙古重开马市，嘉靖皇帝当然也想尽快平息战乱。杨继盛听到这些条件后，十分坚决地反对重开马市，因为他认为明朝与蒙古人是世仇，如果此时开放马市，对明朝有害无益。当时杨继盛不仅坚决反对这种做法，还弹劾了仇鸾，列举了仇鸾欺骗皇帝、卖国通敌等种种罪名。
然而，从当时严嵩在朝廷中的地位来看，公然挑衅他的威严是绝对没有好下场的。接着，杨继盛就被贬到了狄道县做了一名典史。杨继盛在狄道县任职的期间内爱民如子，并得到了当地民众的广泛好评。当时的狄道是少数民族聚集的地方，各个方面都十分落后，大部分的村民都不识字。于是，杨继盛就开办了私塾，使一百多名孩子都能入校读书。当一些村民无力供孩子上学时，杨继盛就变卖自己夫人的衣服、首饰等，还把自己值钱的东西一一卖掉，让所有孩子都可以读书，当地的人都尊称他为“杨父”。
后来，仇鸾随着势力越来越大，也变得更不安分，开始与严嵩公然作对。一向自大的严嵩当然不能容忍这种事情，于是严嵩便将当年仇鸾杀百姓冒领军功的事抖了出来，而胆小的仇鸾在被嘉靖皇帝赐死前就郁愤而终。
仇鸾死后，杨继盛又被召回朝廷为官。虽然当年的杨继盛与仇鸾是天敌，但杨继盛胆识过人，所以严嵩就开始有意拉拢杨继盛。在严嵩的授意下，杨继盛一年之内升了四次官职，但是杨继盛不愿与严嵩为谋。因此，杨继盛在入朝之后就开始搜集证据，等待时机弹劾奸臣严嵩。最有名的便是杨继盛所写的《劾严嵩疏》，书中列出了严嵩的五十奸、十大罪，成为当时最有名的讨严檄文。
弹劾严嵩的奏章上交以后便在朝廷中掀起了轩然大波，严嵩也成为大家的笑柄，自己提拔的人却弹劾自己，这在当时是多么大的笑话。严嵩十分震怒，他认为杨继盛也太不知好歹。因此，恼羞成怒的严嵩陷害杨继盛，将其打入大牢。在牢中，杨继盛经受各种折磨，在被打伤之后也不能及时治病，只能任由伤口慢慢腐烂。
严嵩没有足够的证据所以不能杀害杨继盛，于是杨继盛就在牢中关了三年。当时，民间的一些名流和侠士都在想办法解救杨继盛，张居正也因此找到了恩师徐阶，希望徐阶能够帮助杨继盛度过难关。但是徐阶没有答应，因为从严嵩手中救出杨继盛是不可能的事。另外严嵩是嘉靖皇帝的心腹大臣，如果此时弹劾严嵩如同说皇帝无能昏庸一样。所以张居正的请求他不能答应，因为他没有资格和严嵩发生正面冲突。
对于恩师的这种态度，张居正也能理解。其实，徐阶一直想弹劾严嵩，但是时机还不成熟。为了最后能够成功扳倒严嵩，此时的徐阶只能隐忍不言。张居正虽然能理解恩师的想法，但是他还是为狱中的杨继盛担忧。最终杨继盛还是被冠以一些不存在的罪名被赐死了，当时的杨继盛年仅四十岁。
在“庚戌之变”发生时，张居正还在京城，而他也耳闻目睹了朝廷的阴暗和严嵩的通奸叛国行为，张居正认为在这样腐败的朝廷下，自己的抱负无处施展。在杨继盛被赐死后，张居正对朝中的奸臣十分不满，但是自己又无能力去改变政局。因此，张居正满腔愤慨，决定告病还乡。
嘉靖三十三年（1554年），张居正担任翰林院编修的五年后，张居正以身体状态不佳为由，告病回到了故乡江陵。