冯拯为了报复寇准，就在太宗面前告寇准的状说：“寇准当权，极力任用私人。与他关系好的，都提拔起来；与他关系紧张的，都被贬斥。”一个姓康的广东转运使与冯拯联合起来攻击寇准，上奏本说：谁能逢迎寇准，他就提拔谁。还举出了不少人做例子。太宗听了这些话很生气。他最怕的就是他亲信的大臣擅权，树立自己的势力。那些攻击寇准的人说得有根有梢，使太宗不由得不信。他找了几个被指为寇准心腹的人问了一下，有人怕寇准一旦失势，自己受牵连，就说：“寇准自作主张，不肯听别人的意见，我们也不好说什么。”寇准知道后，要求与告他任用私人的人当堂对质。太宗说：“不必了吧。那样做，岂不是乱了国体？”寇准仍旧不服，拿出中书省的记录簿，一个人一个人地给太宗解释。太宗听了这些，更加不高兴，叹口气说：“麻雀、老鼠还知道人的意思，怎么你这么大的人就不懂得我的心思呢？”太宗一气之下罢了他的官，把他贬到邓州（今河南省邓县）任知府。
至道三年（公元997年）三月，太宗病重。他预感到自己不行了，就让人把太子召来，命他待自己死后，在自己的灵柩前举行简单的继位仪式继承帝位（后世称为宋真宗）。而后当天，太宗赵炅就驾崩了。
真宗继位后，寇准的职务几经变化。咸平六年（公元1003年），被任为三司使，“三司”是把盐铁、度支和户部合三为一的机构，三司使的地位仅次于丞相。寇准又设立了六个判官来管理三司。人们普遍认为，现在的规模繁简是比较合适的。真宗一直想让寇准当宰相，又担心他的性格过于耿直，难以胜任。
真宗想起了毕士安。在他被封为寿王并任开封府尹的时候，毕士安是他的判官，他被立为太子的时候，毕士安是他的给事中，相当于他的大管家。这个人有才气，有涵养，是可以任为宰相的。真宗把毕士安召来，对他说：“我想任你为宰相，并且还想再任一位宰相，与你同时工作，你看谁比较合适？”所谓宰相，本来就不是指一个人，它的概念有时和三公相同。
“臣已老朽，又很驽笨，是很难胜任宰相这一职务的。”毕士安推辞说。
“我想任你当宰相，并不是从今天开始的，先生就不要推辞了。只是想让先生再推荐一位能与你配合又有能力胜任这项工作的人。”
毕士安不假思索地说：“寇准这个人又忠诚又讲信义，善于决断大事，他才是当宰相的人才。”
真宗说：“朕听说这个人过于刚直，又好使气。”
“不然，”毕士安说，“寇准为人正直，慷慨激昂，大节好，舍己为国，坚持正义，疾恶如仇，这是他一贯的性格。在当朝的大臣中，很难找得到比他更强的人。但是，那些庸庸碌碌之辈却不喜欢他。当前，天下的百姓虽然受到陛下的恩德，过着安逸的日子，但西北边境并不太平。像寇准这样的人，正是国家急需的人才。”
“先生说得很对。”真宗是同意毕士安的看法的，“应该以先生的稳健去弥补寇准的过分刚直。”未过一个月，真宗就任命毕士安与寇准同为同中书门下平章事，均是宰相，但毕士安排在寇准的前面。这是景德元年（公元1004年）八月的事。
这时，北方契丹族建立的辽国圣宗皇帝耶律隆绪不断地派小股部队侵犯和骚扰宋国深州（在今河北省深县一带）、祁县（在今山西省太原市附近）一带，打不过宋军就退回去，看不出有久战的意思。寇准对真宗和毕士安说：“这是契丹人在迷惑我们，让我们误以为他们不会对我们发动大规模进攻。其实，我判断，他们很可能在冬天黄河封冻以后，就对我国发动大规模的进攻。我建议现在就开始训练军队将士，派精锐部队把守重要关隘，以备边患随时发生。”
这年的11月，契丹果然大举进攻宋国，辽圣宗与他的母亲萧太后率二十万大军向南扑来。一个晚上，寇准接到了前线五封紧急信件。他把这些信扣在自己手中，照样谈笑自如。第二天上朝，有人说：“听说昨夜寇丞相一连接到五封边境告急的信件。”真宗大吃一惊，急忙问寇准：“果然有此事？”寇准说：“禀陛下，确有此事。近日，契丹已经犯我边界，围攻澶州（在今河南省濮阳县附近）。”
真宗急得说话都有点结巴了：“这，这可如何是好？寇准，你怎么不早一点告诉朕？”
“陛下不用急。”寇准胸有成竹地说，“如果陛下真想解决这件事，有五天就足够了。请陛下亲幸澶州，战斗数日即可解决。”
在场的大臣们听了寇准的话，吓得直往后缩，真宗也要退朝。寇准一下子跪在真宗面前，挡住他的去路，说：“臣请陛下勿回内宫。陛下回到内宫，我们见不到陛下，会误了大事的。”真宗不得已，只好留下来，并把大臣们都请来商议御辽的对策。就在大臣们刚刚到齐的时候，又一封紧急信件从前线送到了皇宫。真宗拆开一看：辽军又进攻瀛州（在今河北省博野到大成一带）。寇准说：“陛下，我先去处理一下。陛下同大家先议。”
寇准刚一出去，参知政事王钦若就说：“陛下，汴京离前线这样近，黄河马上就要封冻，守在这里很不安全。至于亲征澶州，谁能保证陛下无虞？根本就不可取。我建议陛下幸金陵。那里远离战场，可以保证陛下绝对安全。”又有一位蜀人叫陈尧叟的，站出来说：“王钦若是江南人，所以建议陛下幸金陵。其实，到金陵并不安全，过了长江便一览无余，如何防卫？我看还是应该幸蜀。常言说，‘蜀道之难，难于上青天’。那里易守难攻，才是万全之地。”
这时，寇准回来了。真宗问他：“寇准，刚才先生不在时，有人建议朕幸金陵，也有人认为应该幸蜀，不知足下的意思怎样？”
寇准一听，就明白这是谁的主意了。但他假装不知道：“谁为陛下出这样的主意？其罪当诛！陛下智慧勇武，将军和大臣们团结和谐，如果陛下能够御驾亲征，贼军很快就会退去。即使陛下不亲征，我们也可以用计策粉碎辽军的计谋，用坚守来消磨敌军的锐气。敌军奔波疲劳，我军却是以逸待劳，那还不是稳操胜券吗？如果我们放弃宗庙，放弃抵抗，到江南或者四川，我们的人心就会崩溃，敌人就会乘势深入，天下还能保得住吗？”
毕士安也力主御驾亲征，只是他主张再等些日子。寇准主张立即亲征。真宗勉强同意了毕士安的意见。
阴历的十一月，黄河已经封冻。辽军的攻势越来越猛烈。寇准布置的各要隘的军队进行了顽强抵抗，辽军在几处战场都没有占到便宜。但宋军受到的压力很大。这时，寇准建议真宗立即亲征。真宗见寇准的抵抗确实有效，也就大着胆子答应了。听说皇帝同意亲征，王钦若和他的朋友三司盐铁副使丁谓主动要求去为军队筹集粮饷，王钦若去当了河北转运使，丁谓成了齐、濮等州安抚使。
寇准有意把亲征的声势搞得很大，仪仗、鼓吹一应俱全。一路上浩浩荡荡，向北进发。当亲征的队伍进军到黄河北岸的时候，有人建议驻下来扎营。寇准说：“御驾亲征的目的主要是为了鼓舞我军士气，震慑敌军。我们不过黄河，这个目的就达不到。再说，我军王超率强兵扼守在中山（在今河北省定县一带），牵制辽军；李继隆、石保吉为他的左右翼。并且，各地的援军纷纷来到，陛下不必有什么顾虑。”
一些随行的大臣不说自己害怕，只说要保陛下安全。真宗在一些不敢前进的大臣们的影响之下也犹豫不决，命令停下御驾商量商量。寇准见自己说效果不太大，就找到太尉高琼，在御驾的后面问他道：“将军身受国恩，今日想报答吗？”高琼说：“我是一个武夫，即使为国而死，也是在所不惜的。”寇准把刚才的争论告诉高琼，请他上前说几句。
寇准回到御驾前面大声说：“陛下不相信臣的话，就问问高太尉吧！”
高琼说：“寇准说得很有道理，机不可失，应该赶快起驾！”说着，他就下令卫士驱车前进。真宗半推半就、忐忑不安地过了黄河，来到澶州城上。寇准命令立即竖起龙旗，仪仗队高高举起皇帝的御盖，乐队也奏起了雄壮的乐曲。这时，城内外的军民见到皇帝来了，到处是一片高呼万岁的声音，他们像波浪一样纷纷拥到城下，望着城楼上的真宗皇帝。真宗坐在高高的御座上，在震耳欲聋的欢呼声中，眼睛都被泪水模糊了。他端坐不动，看着城下踊跃的军民，这才感到了寇准的主张是多么正确。他立即决定：前线的军事问题，一切都由寇准决定。
皇帝御驾亲征，几十里内的人都欢呼起来，奔走相告，军心大振，民心大振。
河两岸的欢呼声也传到了远处的辽军营中。辽军却是人心动摇，军队不能成列。