面对如此局面，圣德太子心灰意冷，从而虔心向佛，并在临死前留下遗书说：“世间虚假，唯佛是真。”大化改新——中大兄皇子和藤原大织冠的理想圣德太子死后数年，推古天皇也病逝了，但是据说推古天皇临死前并没有明确指定皇位继承人。当时呼声最高的天皇候选人是山背大兄王，他是圣德太子的儿子，出于对圣德太子的热爱，日本人民爱屋及乌，都希望山背大兄王继承皇位，何况山背大兄王还是苏我马子的外孙。但是，权力面前无亲情，这是古今中外都颠扑不破的真理。当时的掌权者是苏我虾夷，山背大兄王的舅舅。苏我虾夷是反对改革的，他担心山背大兄王上台后对自己不利，于是就先发制人，杀掉了他的叔叔摩理势，切断了山背大兄王的后援，然后拥立田村皇子继位，即日本第三十四代天皇——舒明天皇。
舒明天皇的日子过得一点儿也不舒心，除了研究佛法，什么事也做不了主，日本所有大权都握在苏我虾夷的手里，可以说，在舒明天皇时代，苏我虾夷才是日本真正的主宰。不过，苏我虾夷上了年纪以后，身体一直不大好，很多决策都由他的儿子苏我入鹿做主。舒明天皇死后，苏我虾夷、苏我入鹿父子又跳过山背大兄王，立了舒明天皇的皇后宝皇女为下一届天皇，即日本第三十五代天皇——皇极天皇。趁着改朝换代的机会，苏我虾夷正式将自己的大臣之位传给了苏我入鹿。按说苏我虾夷传位给儿子应当经过天皇的批准，然后再经过若干程序，苏我入鹿才能正式上任。可是苏我氏父子本着简化程序、提高效率的先进办公精神，将这一套程序全免了，老子传儿子，没天皇什么事，通知一声就行了，搞得天皇颜面尽失，引起许多皇室人员的不满。据记载，苏我入鹿是一个非常有天分的人，可是非常骄纵、暴戾。
为了斩草除根，苏我入鹿接任大臣还不到一个月，就无端发兵攻打山背大兄王。山背大兄王仓促应战，寡不敌众，眼看苏我氏的人就要杀进来。部下劝山背大兄王速速逃走，正所谓留得青山在，不怕没柴烧，可是山背大兄王像他父亲一样仁德，不愿意再连累百姓送死，竟放弃了逃生的机会。他把自己的妻子儿女都召集起来，申明大义，然后集体自杀。如此一来，圣德太子一支算是断了香火。
随后，苏我入鹿又命人放火焚烧圣德太子生前精心建造的斑鸠宫和斑鸠寺。看着熊熊燃烧的火焰，苏我入鹿笑得很狂野，最大的政敌被除掉了，从此以后再也没人能撼动苏我氏的地位了，可是他没能看到被火映红的很多眼睛里，也燃烧着恨意。退居二线的苏我虾夷听到这个消息后，大惊失色，不由失声说道：“完了，这是要遭报应的，只怕我会不得好死的”。人对权力的贪求是一个无底洞，苏我入鹿想成为日本真正的王者，尽管他实际上已经是了，可是他想从名义上确定下来。苏我入鹿大张旗鼓地为自己建造宫殿，称这是“天子之宫门”、“谷之宫门”，并把自己的子女也称为皇子。另外，苏我入鹿征调大量百姓，仿照天皇规格为自己及自己的父亲建造陵墓。
总之，苏我入鹿的所作所为，完全是一副要另起炉灶、代替天皇的架势。哪里有压迫哪里就有反抗。虽然表面上苏我入鹿是“任我行”，上到天皇、下到百姓都对他心存畏惧，莫敢不从，可是盛极必衰，反苏我氏的势力一直存在着，并且在暗中集结着，随时准备着给予苏我入鹿致命的一击。中大兄皇子就是反苏我氏的领袖。中大兄皇子是舒明天皇和皇极天皇的儿子，推崇中国文化，积极支持改革。因此不管是从思想上，还是从政治上——中大兄皇子也是皇位的有力竞争者，中大兄皇子必须除掉苏我氏，可是中大兄还缺少一个得力的合作伙伴。可能真的是苏我氏的报应来了，正当中大兄皇子彷徨之际，一个叫中臣镰足的人来到了他的身边。中臣镰足在日本史上可是个了不得的人物。
传说他还在娘肚子里的时候，人们就能听见他的哭声，而且，别的孩子十个月就落地了，而他足足在娘胎里待了十二个月才恋恋不舍地爬出来。中臣镰足的家族世代都是朝中的祭祀官，所以中臣镰足也是贵族子弟，自幼就博览群书，学识广博。当时，日本受遣隋使、遣唐使的影响，学习中国文化的气氛十分浓厚，很多贵族子弟都以从中国归来的留学生为师，学习他们带来的先进文化。中臣镰足就师从一位精通《周易》的旻法师，同时，拜旻法师为师的还有苏我入鹿，算起来，中臣镰足还是苏我入鹿的师兄。苏我入鹿一向张狂，谁都不放在眼里，唯独对镰足师兄恭敬有加，恭敬到什么程度呢？有一次，镰足师兄上课迟到了，别人还没反应过来，苏我入鹿急忙站起身表示迎接，一副“怎么才来？我好担心”的样子。
不过，苏我入鹿纯属浪费了感情。他的老师旻法师这样对中臣镰足讲：“在我这些学生里面，苏我入鹿是最出色的，而你，却在他之上，将来一定能有所作为，所以现在你一定要慎重地交朋友。”旻法师的意思说白了，就是劝中臣镰足不要上入鹿师弟的贼船。这话要是让苏我入鹿知道了，估计非把自己这个好老师砍了不可。中臣镰足后来的确离苏我入鹿远远的，一直在暗中寻找明主。中臣镰足曾与中大兄皇子的舅舅轻皇子走得很近，可是轻皇子为人智勇不足，不敢与苏我入鹿搞对抗，让中臣镰足非常失望。不过，希望往往离失望不远，中臣镰足很快遇到了效忠的对象。
这天，中大兄皇子正在飞鸟法兴寺踢球，一不小心把鞋踢飞了，有一个人把鞋拾起来，恭恭敬敬地跪着呈给他，难道是心有灵犀？中大兄皇子看到此人后，竟也不敢怠慢，也跪着把自己的鞋接过来。这可能就是传说中的一见如故吧，“这就是我要找的人！”中大兄皇子与中臣镰足同时从心里发出了这样的感叹。两人真是相见恨晚，把酒言欢，畅谈理想，展望未来，当然，也谈到了苏我入鹿——非除不可！但是除去苏我入鹿谈何容易！苏我入鹿权倾朝野，手里又有兵，如果中臣镰足不能一击而中，很可能就会被苏我入鹿反噬！不过，越困难越能彰显英雄本色，中臣镰足和中大兄皇子作了精心的策划。
堡垒最容易从内部攻破。中臣镰足建议中大兄皇子笼络苏我入鹿的堂兄苏我石川，分化苏我入鹿的力量。苏我石川也不是傻子，对中大兄皇子的居心他也是心知肚明的，可能是出于对堂弟的不满，也可能是为了给自己留一条退路，苏我石川加入了反苏我氏的队伍，并将自己最心爱的女儿嫁给了中大兄皇子，算是王八吃秤砣，铁了心跟女婿一条道走到黑了。世界上的事情最怕结盟。在分化苏我氏的同时，中臣镰足又频频造访一些能人异士、江湖豪杰，利用他们对苏我氏的不满，及对圣德太子、皇室的同情，煽动他们加入反苏我氏的队伍中来，与皇族结成秘密同盟，随时听候中大兄皇子的调遣，总之一句话：万事俱备，只欠东风。对于中大兄皇子的暗中活动，苏我入鹿不是没有察觉的，但是他对此毫不担心，因为他修建了一个自以为铜墙铁壁的城堡——甘橿冈，并得意扬扬地说：“有了这个据点，我什么也不用怕！”有恃无恐的人往往死得最快。
这天，皇极天皇在殿中接见高句丽、百济、新罗三国的使者，这样重要的场合，身为大臣的苏我入鹿没有理由不参加，中大兄皇子也参加了，不过苏我入鹿没看到，因为中大兄皇子正跟他的镰足师兄拿着兵器隐藏在暗处，同时还有一干杀手潜伏在大殿中，正在伺机而动。一股杀气在大殿之中涌动，现场最紧张的人非中大兄皇子的老丈人苏我石川莫属。经周密部署，在苏我石川宣读三国外使表文之际，就是刺杀苏我入鹿之时，可是好不容易挨到了这一刻，竟一点儿动静也没有！
苏我石川的心陡然提到了半空中，豆大的冷汗一下冒了出来，脑海突然一片空白，声音都变了，自己都不知道是怎么把表文读完的。苏我入鹿看到苏我石川双手颤抖、一副惊慌失措的样了，立刻起了疑心：“你为什么发抖？！”苏我石川脸色突变，好容易找着舌头：“这是因为在天皇面前的缘故。”表文都宣读完了，行刺的杀手却临阵怯场，成了孬种。这时，藏在暗处的中大兄皇子当机立断，手持长枪亲自冲了出去，先刺了苏我入鹿一枪。一看主子出马了，其他杀手一拥而出，你一刀我一刀地将苏我入鹿活活砍死，然后将苏我入鹿的尸体扔到外边，当时，外边正下着雨……
老丈人苏我石川这才回过神来，他回过神之后立刻就想将这些蹩脚刺客五马分尸：害得老子差点吓死，要不是女婿果断，这次老命真没了。被吓坏的还有三国使者，人砍完了，他们好像还在梦游之中，本来大家千里迢迢地过来，是来畅谈国际友谊的，想着会有好吃好喝好招待，没想到话还没谈，宴还没吃，就亲眼目睹了一场血腥政变，天哪，会不会被杀人灭口啊……听说都安全回去了，不过，下次再也不来了。苏我入鹿一死，苏我氏如大厦倾倒，分崩离析，苏我虾夷见大势已去，就像中国的商纣王一样，纵火自焚了。苏我氏的灭亡，象征着一个旧时代的结束。旧时代结束了，一个属于中大兄皇子和中臣镰足的时代即将开始。本来，皇极天皇经过这次变故之后，想把皇位让给中大兄皇子，不过，中大兄皇子接受了中臣镰足的建议，暂时不接受皇位，先做皇太子，皇位由自己的舅舅轻皇子接任，即日本第三十六代天皇——孝德天皇。孝德改年号为大化，一番轰轰烈烈的改新运动开始了。改新的内容主要是照搬了当时中国唐朝的政治制度。
更改政府组织结构，取消大连、大臣等职位，而设置左大臣、右大臣等职；废除世袭制，官吏由国家任免；仿效唐朝，取年号；把全国土地收为国有；整理户籍；规定了百姓服役、纳税办法；下令薄葬等。这些制度虽是以唐朝的律令制为蓝本，但对当时的日本来说起到了积极的作用，奠定了日本以后的发展方向。且大化改新后，大和正式改名为日本国，意思就是“日出之处的国家”。其实，早在圣德太子时期，日本就曾派出过遣隋使，不过，随使团同去的还有一些留学生，他们到了中国后，汲取了大量的先进思想和技术，其中有些人在中国长期逗留，直到充分掌握了中国的各种文化和制度后才返回日本。此后，日本还曾派出遣唐使及留学生等，不断学习中国的各种先进思想和制度。这些人为大化改新作出了巨大贡献。大化改新进行得热热闹闹的，那些曾帮助中大兄皇子夺权的功臣中，有人开始倒霉了，最倒霉的就是他的老丈人苏我石川。其实这也毫不奇怪，兔死狗烹，自古如此。
有人揭发说苏我石川想造中大兄皇子的反。中大兄皇子“如临大敌”，请天皇为自己做主，天皇就把苏我石川召来责问。苏我石川又惊又气，又发誓又赌咒，强烈要求与揭发他的人当场对质，但是这一合理要求被当场拒绝。随后天皇派兵将苏我石川家团团围住，谁知竟让苏我石川逃了出去，逃到了他儿子修建的山日寺里。他儿子本还想拼死一搏，可苏我石川放弃了。想必苏我石川此时已想明白了其中的因果，所谓的造反，不过是一个莫须有的罪名，目的只是想要他死，永绝后患。当年自己出卖了堂弟苏我入鹿，如今自己又被女婿出卖，真是报应啊。最后，苏我石川领着一家八口，集体自杀。
同时绝望的还有一个人，就是中大兄皇子的妻子，苏我石川的女儿。丈夫的一切阴谋都瞒不过她的眼睛，可是她却无能为力，阻止不了这场权力的杀戮。最后，她只能以死来发泄心中的悲愤。老婆死了，中大兄皇子也很难过，不过他没难过多久，毕竟，对中大兄皇子来说，找个女人还是比较容易的。此时，中大兄皇子爱上了孝德天皇的老婆、他的舅妈兼妹妹。其实，在日本皇室兄妹恋不算什么，可以光明正大地结婚，但是禁止亲兄妹（就是同父同母）恋。不过，那又能怎么样呢？中大兄皇子手中有权，他不但与自己亲妹妹相恋了，还结婚了……更让人生气的还在后面。中大兄皇子想把都城迁回飞鸟川大和故地，但孝德天皇不同意，坚持要留在现在的都城难波。好吧，想留就留吧，中大兄皇子也不勉强他，只不过，顺手把他老婆带走了。