在陈寅恪先生看来，许多国学大师称赞的先秦诸子百家其实并不高明，哪怕是最富有哲学深度的老庄道家，也远比西方哲学思想体系要浅陋。在很大程度上，陈寅恪先生的认知与其推崇哲学思辨性有关。先秦诸子诞生于天下纷争之时，更重视经世致用，而非空谈道义。儒家是个例外，一开始就思考伦理道德、人性善恶、人生境界等与军政外交民生直接关系较小的课题。但受极度务实的时代风气影响，先秦儒家不像后世儒家那样注重构建抽象的哲学理论体系，而是着眼于在实践中“克己复礼”。对于纯学术研究来说，这种治学思路境界不高。
陈寅恪先生说：“中国孔孟之教，悉人事之学……专趋时用者，则乏远虑，其言道德惟重实用，不究虚理，其长处短处均在此，长处即修齐治平，短处即实事之利得失，观察过明，而乏精深远大之思。”
“孔孟之教”指的是，由圣人孔子开创并由亚圣孟轲发扬的儒家学派。在大多数语境下，孔孟之教泛指整个儒学体系。但儒学历经两千多年的发展，在每个阶段都有不同的形态。陈寅恪先生的这段话特指孔孟时期的先秦儒学。
孔子终身为复古周礼而奔走。不同于后世的经学家，他主张“述而不作”，只阐发“圣人之言”。他编修的六经多以西周官学经典为蓝本（《春秋》则是源于鲁国史书），故而儒家骄傲地宣称自己上承西周开国元勋、鲁国首任君主、大圣人周公旦的“道统”，所以在宋朝以前，儒学又被称为“周（公）孔（丘）之道”。
在战国时代，诸侯相互兼并。孟子实际上舍弃了复古周礼的举措，重点推介“仁政”学说。他依然保持了孔子“述而不作”的特点，只是沿用孔子编修过的六经，而没有专门著书立说。《孟子》一书也是儒家后学整理的师生问答语录，而非孟子亲笔撰写。
总而言之，孔孟二人更多地是对“周道”进行整理和阐发，主要注意力放在办学和游说两方面，不像后来的宋明理学家以创建新学问为宗旨。因此，先秦儒学缺乏一个系统而严密的理论体系，除了孟子的“人性本善论”与荀子的“人性本恶论”之外，没有太多哲学思辨。所以，陈寅恪对先秦儒学评价不高。
但宋明理学则不同，陈寅恪曾经针对其总结道：“中国自秦以后，迄于今日，其思想之演变历程，至繁至久，要之，只为一大事因缘，即新儒学之产生及传衍而已。”也就是说，自从秦朝之后的中国传统思想学术演变，都是为后来的新儒学产生做铺垫。这个见解也许忽略了其他思想学派的重要性，但从儒学发展的角度说，可谓恰如其分。
要弄清宋明理学的历史地位，还得从韩愈等唐朝文人的“反佛振儒”活动说起。
佛教至晚在东汉时传入中国，但并没有形成大气候。这个局面直到西晋永嘉之乱后才发生了剧变。入主中原的五胡汉化程度高低不同，有的积极学习汉文化，有的则试图保留自己的“胡风胡俗”。外来的佛教不仅成为饱受战乱劫祸的北方百姓的心灵寄托，也成为一些少数民族政权构建新文化体系的工具。而在南方，南朝君臣也渐渐失去了收复中原的雄心，满足于偏安一隅的享乐生活。佛教以及与之竞争的道教，极大影响了魏晋玄学以及南朝各阶层的精神风貌。总之，无论在南朝还是北朝，儒家在两汉的独尊地位都已经被打破。
唐朝一统天下后，太宗皇帝非常重视振兴文教。当时儒家经学处于低谷，而且数百年来的今文学派与古文学派斗争，使得儒家经典章句的注疏歧见百出。于是太宗命令孔颖达等经学家撰写《五经正义》，以作为儒学经典的官方范本。这些儒学专著在唐高宗永徽四年（公元653年）时向全国颁行。
陈寅恪先生指出：“南北朝时，即有儒释道三教之目，至李唐之世，遂成固定之制度。如国家有庆典，则召集三教之学士，讲论于殿廷，是其一例。故自晋至今，言中国之思想，可以儒释道三教代表之。”在唐朝时，朝廷遇到庆典就会召集儒道佛三教学者到宫廷里讲学辩论，以彰显文明风华。从晋朝到当代，中国传统文化的主流依然是儒、道、佛三教。
但唐朝统治者在主张三教并重的同时，又有一定的先后次序。
唐高祖李渊在武德八年（公元625年）下了一道诏书说：“老教、孔教，此土之基；释教后兴，宜崇客礼。今可老先，次孔，末后释宗。”
老教指道家，孔教指儒家，释教指佛家（因佛祖释迦牟尼而得名）。在李渊看来，道儒两家是中国本土文化，是立国之基；而佛教是后来传入的外邦宗教，应视为客人对待。因此，道教排三教之首，儒教其次，佛教最后。
需要指出的是，这种排序主要在文化领域，而唐朝真正用来治国的是儒学（准确地说是外儒内法）。
唐高祖曰：“父子君臣之际，长幼仁义之序，与夫周孔之教，异辙同归；弃礼悖德，朕所不取。”由此可知，凡是与周孔之教——儒学相违背的学说都被唐高祖认为不可取。
唐太宗则称：“朕今所好者，唯尧舜之道，周孔之教，以为如鸟有翼，如鱼依水，失之必死，不可暂无耳。”在他看来，儒学好比是鸟的翅膀，社会之于儒学如同鱼之于水，离开就会死。也就是说，儒学虽然失去了独尊的地位，但还是大唐王朝的文化主干。
然而到了中唐时期，统治者热衷佛、道两教，儒学有式微之兆，故而以韩愈、柳宗元为代表的士大夫们一面批判佛道，一面振兴儒学。尽管如此，他们在批判的过程中，吸收了不少佛道思想资源，对汉晋以来的儒学进行了革新。这个儒学革新工程直到两宋时期才真正完成。
陈寅恪先生曾说：“华夏民族之文化，历数千载之演进，造极于赵宋之世。”（《邓广铭宋史职官志考证序》）在他看来，古老的华夏文明的巅峰在赵宋王朝而不是大众公认的李唐王朝。这主要是因为他对“新儒学”——宋明理学有着很高的期望。
宋明理学的体系很复杂，可粗略分为程朱理学与陆王心学两大类。但在宋朝人看来，理学并不是铁板一块，而是分为若干分支。
朱熹、吕祖谦等人编写的《近思录》梳理了北宋理学发展的大致脉络。而在《伊洛渊源录》一文中，朱熹把北宋理学分为三大流派：张载的“关学”、周敦颐的“濂学”、程颢、程颐的“洛学”。而明朝初年的大儒宋濂、王祎等人在奉命修《元史》，把两宋理学分为“濂洛关闽”四大流派。其中，最引人瞩目的是北宋二程及南宋朱熹一脉的程朱理学。
程朱理学的主要内容是礼教纲常与“存天理，灭人欲”。其与先秦儒学、两汉经学最大的差异在于，树立了“天理”这一宇宙本体论。先秦儒学没有讨论宇宙本源问题，只是关心人世的礼乐仁义。两汉经学更多是注疏与阐发儒家经典，而没有过多讨论地形而上的宇宙本源等哲学问题。程朱理学通过自己的宇宙本体论来推导出人性论，鼓吹“存天理，灭人欲”的思想，这使得儒学的理论体系空前完善。
尽管以程朱理学为主流的宋明理学以孔孟之道自居，但就事论事，它们与先秦的孔孟之道早已相去甚远，融合了佛教与道家的思想成分。陈寅恪先生认为这种融合佛道的儒学是一种更高层次的儒学，也是华夏文化发展的顶峰，所以他将宋朝的理学定义为新儒学。
陈寅恪先生说：“自得佛教之裨助，而中国之学问，立时增长元气，别开生面。故宋、元之学问文艺均大盛，而以朱子集其大成。朱子之在中国，犹如西洋中世纪之托马斯·阿奎那，其功至不可没。而今人以宋元惟为衰世，学术文章，卑劣不足道者，则实大误也。欧洲之中世，名为黑暗时代，实未尽然。吾国之中世，亦不同。甚可研究而发明之也。”
在陈寅恪先生看来，外邦传入的佛教对中国传统文化发展贡献很大，是促进宋元时代文化艺术大繁荣的重要因素。新儒学的集大成者是朱熹，新儒学也是中华传统文化之主干。过去的学者常以汉唐为盛世，以宋元为衰世，贬低宋元时期的学术文章。陈寅恪对此的看法恰恰相反，他认为这个时代的思想文化才是高峰。
从历史发展的角度看，新儒学将历代儒家的社会观念、伦理道德、人生信仰、生命价值观融入一个高度概念化、系统化的哲学体系。这种更加逻辑化、抽象化、哲学化的新儒学体系，充分适应了封建社会后期的社会发展需求。用抽象化、概念化的“天理”取代了以往粗略而模糊的天命观，堪称哲学思想发展史的一次重大突破。
但需要指出的是，新儒学在维护封建社会发展的同时，自身也逐渐扭曲与僵化，不仅束缚了读书人的思考能力，也催生出不少遭到近代学者猛烈抨击的封建糟粕。作为官方主流学说，新儒学的僵化也是造成中国近现代落后局面的一个重要因素。
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儒学的“通性之道”与“天理”哲学
《论语·卫灵公》曰：“志士仁人，无求生以害仁，有杀身以成仁。”儒家先师孔子的这句话，为后世君子树立了一个道德标杆——仁人志士不可为了苟延残喘而牺牲仁义，相反，应该不惜牺牲以维护仁义，否则就不足以称之为“志士仁人”。
亚圣孟子也有同样的观点。他曾说：“生，亦我所欲也，义，亦我所欲也。二者不可得兼，舍生而取义者也。”生存与仁义都是孟子想得到的，而倘若两者必须二选一的话，孟子宁可舍生取义。
陈寅恪在给王国维的纪念碑铭中写道：“士之读书治学，盖将以脱心志于俗谛之桎梏，真理因得以发扬。思想而不自由，毋宁死耳。斯古今仁圣同殉之精义。他曾指出，古人其所殉之道，与所成之仁，均为抽象理想之通性。夫纲纪本理想抽象之物。其甘愿为儒学‘抽象理想之通性’殉道的精神，由此可见一斑。”
那么，什么是儒学的“通性之道”呢？陈寅恪先生将中国传统文化的定义，付之于汉儒总结的《白虎通》三纲六纪。但他真正抱以期望的却是具有高度哲学思辨性的宋明儒学。这很大程度上是因为宋明儒学不但继承了前代儒学的“抽象理想之通性”，还发展出一套复杂的修炼心性之法。这为孟子的“人皆可以为尧舜”之说，提供了完整的理论体系与可行的方法论。然而，新儒学的构建是一个漫长的过程。
“反佛振儒”的韩愈是承前启后的儒学大家，但他没有脱离前代儒学的框架，无力创建新儒学。
进入魏晋以来，以注疏经文为主的两汉经学走向没落。古文经学长于训诂考据，而轻视义理阐发。今文经学重视义理阐发，以圣人言论注解自己的思想。东汉初期的《白虎通德论》，初步让两派经学实现统一。而东汉末年的大儒郑玄，以古文经学为根基，吸收今文经学的成果，形成了“郑学”，终结了长期以来的今、古文经学之争。而魏晋南北朝时代的儒学，受到了玄学（也称新道家）与佛教学术的强烈冲击。
佛教最大的特点是有个严密完整的理论体系。例如，在佛教传入之前，中国虽有神仙方术，以及泰山府君等宗教文化，但远未形成佛教关于天堂、地狱、六道轮回那样宏大的世界观。故而，中国本土的道教在老庄道家哲学的基础上，借鉴了佛教的理论框架，构建出了一套自己的世界观。
韩愈等人排斥佛教，正是因为佛教的影响力超过了儒教。可是，若不能以一套宏大精深的理论体系来抗衡，儒学就无法同佛教竞争。所以，光排斥还不行，必须以敌为师，先以拿来主义精神吸收佛学的养分。
陈寅恪先生认为，宋明新儒学的先导恰恰是韩愈所反对的佛教，特别是天台宗。他指出：“如天台宗者，佛教宗派中道教意义最富之一宗也，其宗徒梁敬之（指唐人梁肃）与李习之之关系，实启新儒家开创之动机，北宋之智圆提倡中庸，甚至以僧徒而号中庸子，并自为传以述其义，其年代犹在司马君实（指司马光）之前，似亦于宋代新儒家为先觉。”
在陈寅恪先生看来，天台宗是中国佛教各宗派中意义最丰富的一派。天台宗徒梁肃与李习之对开创新儒家有很大的影响。北宋天台宗的智圆大师倡导儒学的“中庸”思想，故而被世人称之为“中庸子”。他的活动时间比司马光早，算是宋朝新儒家的先觉。
宋朝学者最聪明之处在于，既批判佛教又吸收其理论。对于这点，陈寅恪先生并不讳言，甚至颇为赞许。
他分析道：“宋儒若程若朱，皆深佛教者，既喜其义理之高明详尽，足以救中国之缺失，而又忧其用夷复夏也。乃求得而两全之法，避其名而居其实，取其珠而还其椟。才佛理之精粹以之注解四书五经，名为阐明古学，实则吸收异教。声言尊孔避佛，实则佛之义理，已浸渍濡染。与佛教之宗传，合而为一。此先儒爱国济世之苦心，至可尊敬而曲谅之者也。故佛教实有功于中国甚大。”
这段话的大意是说，像程颢、程颐、朱熹等宋朝儒家大师，都是精通佛教教义的学问家。他们认为佛教义理高明详尽，足以弥补前代儒学理论体系不完善的缺失。与此同时，他们和韩愈一样，担心这种外来宗教完全取代华夏本土主流意识形态——儒教的地位。于是宋朝儒者借助佛理来注解四书五经，以儒学为本，吸收了佛教思想，从而逐渐实现了儒佛融合。这个观点，与陈寅恪主张的“一方面吸收输入外来之学说，一方面不忘本来民族之地位”之说，是一脉相承的。
除此之外，吸收道教思想，也是宋明新儒学诞生的一个重要条件。
陈寅恪先生认为：“新儒家之产生，关于道教之方面，如新安之学说，其所受影响甚深且远。”他又说：“凡新儒家之学说，几无不有道教或与道教有关之佛教为之先导也。”