穆藕初养鱼也是一绝，据穆藕初子女回忆：父亲几乎搜遍了金鱼书籍，在当时寓所里，鱼缸以百数计，最盛时期拥有名贵品种十七八种之多，后迁移到台拉斯脱路（今太原路）时，除留下小部分外，就把大部分鱼缸和金鱼捐献给南京明孝陵。
1943年，穆藕初去世时，幼子穆家修只有10岁：“在我的记忆里，父亲的藏书特别多，他的书房就如同现在的小小超市，柜柜相连很是紧凑，是捉迷藏的好地方。在我印象中，书房里有一本书特别大，八开本、真皮烫金包装，足有好几斤重，书名叫《中华近代名人传》，里面有200位人物，每人一页，配有正面半身照及中文、英文小传。半个世纪后我专门到北图去查找这本书，发现它仍然是我所见的书中最大、最重的一本。”
很多年以后，穆家修在纪念父亲诞辰130周年时说，印象最深的就是美国人勃德等编的这本大书，这是1925年上海一家传记出版公司出版的，翻开第61页的穆藕初中文小传，最后有这样几句话：“以外貌言，无有知其为中国之棉业大王者。君为人和蔼，交友以信，举止正大，见识宏远，中西人士无不乐于相处。噫！如君之才高德备，诚可谓中国第一人物矣。”
在中国的艺术中，穆藕初最喜欢的，是古老的昆曲。然而他的喜欢，绝不是富豪的附庸风雅，也不是普通票友的痴迷。在中国的昆曲艺术家们的心目中，穆藕初是一个响亮而亲切的名字。他喜欢听昆曲，也学着唱几曲。在剧场里，他和一般的观众不一样，除了听戏，他还关心着这个古老剧种的未来。他发现，唱昆曲的演员都是鸡皮鹤发的老伶工，而且听众寥寥，一片惨淡之相。如果不培养新人，这古老剧种必定难以为继。于是，他在1921年做了两件事。第一件事，由他出钱，为昆曲大师俞粟庐（俞振飞之父）录制三张唱片，使一些传统名曲能够传之于后人。在出唱片的同时，还印制昆曲的唱词和曲谱。
第二件事情，由他出资，创建昆剧传习所。为了办昆剧传习所，他先联合江浙两省的昆曲名家，组织“昆曲保存社”，然后由他亲自张罗，在上海筹划了一次大规模义演，以筹集经费。这样既能为昆曲传习所集资，又能在社会上扩大昆曲的影响。
那时，因为昆曲衰微，加上登场的多是业余曲家，在上海竟租不到戏院，“笑舞台”、“大舞台”等老板一听就摇头，推说没空，婉拒出租，穆藕初知道后很生气：“自己中国戏院不肯借演，去向外国戏院借！”他亲自找到外商雷玛斯在静安寺路的夏令配克影戏院，对方要看演员名单，他说“我就是演员”。对方一听有他这样的大名人上台，肯定有吸引力，就一口答应。《昆剧保存社敦请江浙名人大会串》启事刊登在《申报》上，1922年2月10日晚正式开演，他在压轴戏中演的是商人始祖范蠡。这是他一生第一次也是最后一次参与“彩串”。之后，在1934年2月又组织过一次义演，当时他亲自向沪上绅商推销戏票，票价每座3元、5元，包厢200元，场外另有捐款，义演三天，票房收入8千多，全部作为昆剧传习所经费。
1920年以后，穆藕初在兰路的家里，花园的人工湖种有荷花，湖边有专为唱曲而建的亭子，每到荷花开时，他会邀请曲友来度曲。他家专门请了一个笛师金寿生，晨昏月夕为家人唱一曲，他引以为赏心乐事。他的工作场所也成为业余昆曲的基地，1926年中华劝工银行的劝工大楼落成后，昆曲“粟社”和留美同学会便经常在大楼的三楼活动。
穆藕初每次到苏州，总是抽空去看望昆剧传习所学生。当时社会习俗，艺人对有地位的人都称呼“老爷”，他却关照学生不许称他“老爷”，只叫“先生”。称呼看起来是小事，可是让年轻的艺人感到温暖，甚至可以温暖一辈子。经过讨论，他们将学生的艺名以“传”字排行，含有昆曲艺术薪传不息的意思。
1923年起，穆藕初经办的企业出现危机，倪传钺回忆：“穆先生事业受挫，资金困难，仍然负担传习所的费用。我曾听孙咏雩所长讲，约在1925年，传习所没钱了，孙到上海纱布交易所找穆先生，先生二话没说，当场叫毕云程开了张支票，交孙带回。这笔钱其实是穆先生自己在交易所的薪水。”类似情况并非一两次。1926年“传”字辈年轻艺人们在传习所学习了5年，照理要毕业了。但经济还不能自立，虽然有实习演出的补贴，不足之处仍须穆藕初负担。有一段时间，他个人无力承担经费，他便关照他的学生杨习贤（交易所经纪人）出资支持。到1927年，他实在无力再维持经费，但也没有撒手不管，他把张传芳等部分学员请到家里，含泪说：“我破产了，没有钱来支持昆曲事业了，好在你们已经长大，以后自谋出路吧。”
1931年，部分“传”字辈演员组织“仙霓社”，派倪传钺到上海向穆藕初求助，他通过社会关系为他们找到“大世界”、“徐园”等演出场所，经常鼓励他们安心演戏，做一名有出息的演员。1932年，他们在上海演出时，他利用昆曲保存社名义，自费印刷大批介绍“仙霓社”昆班的宣传资料。遇到停演时，社里的十几只服装箱子便都寄放在纱布交易所的空屋里。
与他同龄的作家包天笑回忆，1935年穆藕初过60岁生日，本来只想和“同庚会”朋友举办一个“花甲庆祝同乐会”，不发请帖，不请宾朋，不收礼物，不挂寿幛，结果被“仙霓社”同仁知道了，一定要义务贡献一台戏，为他祝寿。他说，“那是不可以的，这是你们的职业所在，未可牺牲。”坚持要送他们一百元，并另开一席，请他们吃一顿。1941年春天，他在重庆偶然遇见已改名倪宗扬的倪传钺，知道倪传钺在“仙霓社”管过四年多财务，就安排他到农本局做出纳股长。
在杭州灵隐寺后面的北高峰山腰上，修竹万竿，远隔红尘，他专门建了一幢“韬庵”，作为雅集避暑之所，从1921年落成到抗战爆发前，几乎年年夏天都是丝竹管弦、笙歌不绝。“韬庵”是俞粟庐的别号，他组织研习昆曲的曲社，就直接取名“粟社”。
俞粟庐之子俞振飞后来回忆说：“民国九年间，（穆）先生以嗜习昆曲，钦慕先君子粟庐公之名，下征余为其记室。先生初由笛师严连生拍习，殊未能领略曲中三昧，及识先君子后，始憬悟昆曲之有关国粹文化之重要。而先君所传叶堂正宗唱法，夙为曲界所重。余谬为识途之马，于退之暇，悉心研讨，先生益觉兴味隽永，勤习之至，……”穆请俞振飞当他的秘书，实际是为了与这位权威之后一起研习昆曲。俞振飞说，穆虽事务繁忙，“但每日必以曲为课”。中饭罢后小憩，即与振飞度曲一小时。其时，不治事、不款客，数年如一日，从无间断。最初，他研习的是《西楼记》“玩笺”一折，每喜于当筵歌之。由于他习曲时，已届不惑之年，口齿嗓音，难期圆满，尤以嗓嫌紧细，缺乏亮音。他曾请医生诊治，于其引吭高歌之前，以喷雾气射治声带。又自病按板之难于匀准，便找来西洋拍子机，置诸案头，以助按拍。其用心之专、用力之勤如此，他终于渐渐地深入了昆曲的堂奥。
俞振飞在怀念穆藕初的文章中曾这样说：“我国戏剧自清末皮黄崛兴，昆曲日益式微，经先生竭力提倡，始获苟延一脉，至于今日。”传字辈的昆曲艺术家们则发出如此感叹：“热心昆曲，使此一线不绝如此缕之雅乐，不致湮没失传者，舍我穆公其谁！”
佛友
穆藕初比弘一大师长4岁。他俩自幼受儒家教育，都有较深的传统文化功底。弘一堪称一代儒僧，穆藕初堪称一代儒商。两位同处清末民初社会转型期，又都怀有一颗雪耻兴邦的炽热爱国心，20多岁时就相识，后来虽然选择的人生道路不同，但是没有影响到他们友谊的发展。前后20余年的交往中不论是出家前博学多才的李叔同还是出家后虔治律藏的弘一大师都对穆藕初的思想有过许多影响
1901年，李叔同进上海南洋公学（今交通大学前身）特班求学。当时穆藕初已结束花行学徒和小职员生涯凭借自学的英文基础考进江海关任职。穆藕初的哥哥也在公特班求学，他也常去看望哥哥，由此认识了李叔同在内的其他同学。
后来穆藕初发现李叔同也居住在许氏的城南草堂，而穆氏已“世居”大南门外几代了。两人同住一隅，可称“邻居”，又有穆藕初哥哥南洋公学同学这层关系，他们后来在沪学会里共事才加深了两人的交往与友谊