近代欧洲大学是直接从中世纪大学发展而来的，它继承了中世纪大学的许多特征，如管理体制、教学组织、学习课程、考试制度、学位等等。然而近代大学在许多方面又不同于中世纪的大学，中世纪大学享有自主决定和管理学校内部事务的权利，即大学自治，近代大学则更多地受国家或政府的控制和影响；中世纪大学盛行教会主义，大学由教会操纵，近代大学则盛行现世主义，大学成为完全世俗化的机构；中世纪大学是神学和古典学科的世袭领地，科学和技术学科难登大雅之堂，大学的主要职能是传授已有的知识，近代大学的主要标志是将自然科学引入课程之中，不仅传授知识，更注重研究的风气。可以说，正是因为采纳了科学和科学研究，近代大学才得以最终形成。
我国教育史界多将1810年德国开办的柏林大学看作是近代大学的滥觞，因为柏林大学首先确立了大学科学研究的职能。这种看法是不够全面和准确的。柏林大学是近代大学发展史上的一个高峰，而不是源头。在柏林大学之前，欧洲早已有日内瓦学院、莱顿大学、爱丁堡大学、哈勒大学和哥廷根大学等名校，它们才是近代大学的先驱。从时间上看，日内瓦学院创办于1558年，正值宗教改革时期，因而我们可以判定，近代大学发源于宗教改革时期。
宗教改革是欧洲继文艺复兴后新兴资产阶级发动的一场反封建的斗争，其发起人是德国维滕贝格大学哲学和神学教授马丁·路德。其助手梅兰克吞在对旧大学进行改造的同时，建立了一些新大学，但这些大学注重的仍是神学与人文学科，新兴的自然科学没有立足之地，因而路德教的大学还称不上是近代大学。稍后于路德的法国人加尔文在瑞士领导了另一场宗教改革运动，其激烈程度远胜于德国。在教育上，加尔文与梅兰克吞一样，要求宗教教义与人文学科相结合，但他给予自然科学以明确的地位，为近代大学的出现奠定了基础。
1558年，加尔文创办了日内瓦学院，由神学家贝札（Theodore Beza）任首任院长，主要目的是宣扬加尔文新教教义，培养教士、神学家和教师。课程设人文主义和宗教两类科目，包括古典文学、一般文雅科目、伦理学、诗歌、物理学和神学等。从领导体制来看，日内瓦学院完全处于城市地方行政官和地方议会的控制之下。该校一开办就获得成功，第一年招收了几百名学生。日内瓦学院对后来荷兰的莱顿大学、苏格兰的爱丁堡大学、英国剑桥大学伊曼纽尔学院及北美殖民地的哈佛学院，均产生了影响。
莱顿大学建于1575年，为荷兰第一所国立大学。
1578年人文主义者利普西斯（Justus Lipsius）从鲁汶大学来到莱顿大学任教，使莱顿大学渐渐闻名于欧洲知识界，被称为“欧洲第一所新教大学”。初建时仿效日内瓦学院，17世纪初已成为有国际影响的神学、自然科学和医学中心。1709年，博尔希维（Herman BOerheave）被任命为莱顿大学医学教授。此后不久，大学医学院赢得了欧洲最好的医学院的声誉，虽然他一生没有什么特别的重大发现，但他却被尊为“欧洲教育大师”，这主要是因为他对各门学科都具有广博的知识，除教课外，他自己动手做科学研究工作，极其重视临床实践课。他以其真才实学和名望，吸引了各国的学生。莱顿医学训练体制强调教学和研究的结合，提出学医科的学生在进行专业训练之前掌握基础科学的要求，强调在各门科学学科建立新大学教授职位的制度，强调借助于严格考试对大学生成绩的测定以及良好的研究设施，包括化学实验室、植物园、医院的临床教学等，这些都对当时的维也纳大学、哥廷根大学和爱丁堡大学产生了影响。
莱顿大学的物理学也是闻名的。1670年佛尔德（Burcherd de Volder）任物理专业教授，五年后创建了莱顿第一个物理实验室，他的学生和继承者在这所实验室里完成了许多卓有成效的科学实验，博尔希维即是其中之一。与博尔希维同时代的物理学家格雷夫桑德（W.J.S.Gravesande）是欧洲大陆第一个将教学全部建立在牛顿发现上的大学教师，他依照牛顿的观点从事工作，十分细心地做实验，并用数学演算实验结果，他编写的物理学教科书被译成英文和法文，广为流传。直到19世纪初，人们仍在参阅他和他的合作者制作的仪器图。
由于荷兰共和国的衰落，莱顿大学在欧洲独一无二的地位受到其他大学的挑战，在18世纪第一个25年中，共有1340名德国人在莱顿学习，到第三个25年中，只有391名德国留学生，这是因为耶拿大学、哈勒大学、莱比锡大学和哥廷根大学兴盛后，吸引了大批的德国学生。
英国是创办大学最早的欧洲国家之一，牛津、剑桥是中世纪大学的佼佼者。然而，从17世纪后到整个18世纪，英国大学落后于时代，与世隔绝，处于持续的衰退之中，工业革命过程中起主导作用的各类人才大多不是大学培养出来的。大学被传统的保守势力所控制，学术空气十分沉闷，自然科学不受重视。然而，在与之毗邻的苏格兰却产生了以科学教学闻名于世的大学。有人发现，当英格兰现代科学在大学范围之外被培育时，苏格兰几乎所有卓越的科学家都是大学教授。
苏格兰大学是通过效仿莱顿大学而振兴的。1708年，爱丁堡市镇会议批准了由苏格兰长老会牧师、爱丁堡大学校长卡斯塔雷斯（W.Carstares）提出的改革方案，废除了过时的大学董事制度，建立了新的大学教授职位。这样便使教师从繁杂的学科中解脱出来，集中在他们感兴趣的研究领域，结果是使学科和教学更专门化了。拉丁文、希腊文、逻辑、自然哲学、数学、伦理学、医学等教授职位先后设立，为扩大学术研究的规模提供了有利条件。在爱丁堡之前，莱顿大学已实施了类似的变革，爱丁堡的改革与卡斯塔雷斯在荷兰的经历是分不开的。继爱丁堡之后，格拉斯哥大学于1727年，圣安德鲁斯大学于1747年，阿伯丁大学于1754年先后完成了此项革新。在18世纪中叶，许多同时代的人感到苏格兰大学在不列颠诸岛提供了最好的高等教育，尤其是在医学、科学和数学领域。许多天才的学者和科学家都与18世纪的苏格兰大学有关系，如亚当·斯密、斯图尔特（Dlgald Stewart）、哈奇森（Francis Hutcheson）和卡伦（Wiliam Cullen）等人，哈奇森是格拉斯哥大学道德哲学教授，也是将源于欧洲的启蒙思想引入苏格兰运动的关键人物。弗格森（Adanl Ferg.Lson）先在格拉斯哥，后在爱丁堡的演讲，开辟了社会关系研究的新领域，后来逐渐发展成为社会学。他在爱丁堡的继任者斯图尔特是有广泛影响的苏格兰“常识”哲学学派的阐述者，该学派后来对美国高等教育产生了重要影响。上述这些学者最终发起了获得世界性影响的“苏格兰启蒙运动”。大学的成功也为所在城市赢得了作为知识中心的国际声誉。外国人将爱丁堡喻为“不列颠的雅典”。许多来自英格兰和北爱尔兰的学生进入苏格兰大学，随后也吸引了来自西印度群岛和北美殖民地的学生，其中多数人进人爱丁堡大学医学院，因而医学院为大学带来了特别的荣誉。
莱顿大学在鼎盛时期，吸引了数以千计的德国学生，因而莱顿体制对德国的影响是不言而喻的。德国中世纪的大学，也曾有过辉煌的历史。16世纪时德国已有42所大学，是当时欧洲大学数量最多、最密集的国家。然而到17世纪末，德国大学的声誉一落千丈，久负盛名的海德堡大学在1701～1705年间仅招收了80名学生。著名科学家莱布尼兹甚至以大学为耻辱，认为置身于这样的机构有损自己的尊严。然而18世纪哈勒大学和哥廷根大学的成功，使德国传统大学获得新生。
哈勒大学开办于1694年，它的振兴可归功于三个人的努力，其一是德国“启蒙运动之父“托马西乌斯（Christian Thomasius），他被称为“哈勒大学的第一位教师”和新大学学术的奠基人，他废弃了中世纪大学传下来的经院主义课程，使哲学脱离神学而独立；他最先采用德语讲学，打破了拉丁语在大学讲课中的垄断地位；他在教学中强调实际知识和现实生活，重视对生活有用的科学的运用，使大学教育更接近于生活。其二是虔敬派神学家弗兰克（A.H.Francke），他突破了盛行的神学正统观念，是德国大学最先讲授虔敬主义神学的人；他在哈勒创办了一系列的教育机构，注重培养具有虔敬信仰的和实际生活所必需的智能的基督教徒。其三是启蒙哲学大师沃尔弗（Christian wolff），他被看作是创建现代哲学体系的第一人，这种现代哲学是以数学和自然科学为基础的。史家认为，正是沃尔弗“帮助哈勒大学成为德国主要的近代大学”。由于最先倡导学术自由和创造性的科学研究，哈勒大学被史家誉为“不仅是德国的而且是欧洲的第一所具有现代意义的大学”。
哈勒大学的成功，引起了其他大学的效仿。哥廷根大学既是效仿哈勒的产物，也是哈勒的竞争对手，它是由汉诺威政府开办并资助的，其创办人闵希豪生（Ge lack Adolfvn Munchhausen）为枢密院主要官员，毕业于哈勒大学，因而其教育思想具有明显的哈勒特征。在长达36年中，他的影响涉及到大学的各个领域。他大大削弱了神学家在大学的至高无上的地位，神学第一次丧失了凌驾于其他学科之上的特权；他通过增加哲学学科的分量，表明自己对哲学院的重视，他尤其注重历史、语言和数学等学科；他建立了装备优良的科学实验室、天文台、解剖示范室、植物园、博物馆、大学医院等。在短短的时间里，哥廷根获得了极大的声誉，成为中欧主要的学术和科学中心之一，其医学院更被认为是当时最好的医学院之一。许多大学科学教授联合成立了著名的哥廷根城科学学会。德国教育史家鲍尔生说：“哥廷根大学不同于别校的优点，是该校使真正的科学研究受到大力的鼓励和支持，其中最主要的是它有经费充裕和设备富丽的图书馆，还有专门从事自然科学和医学研究的研究所。”由于哥廷根大学所取得的成就，有的学者认为哥廷根比哈勒更有资格享有欧洲“第一所现代大学”的头衔。
至此，近代大学的基本特征均已形成，如学术自由、注重研究的风气、自然科学纳入大学课程，以及政府对大学的资助和控制等等。
19世纪初创办的柏林大学，几乎综合了近代大学的所有特征，其创办人洪堡来自哥廷根，他“创立大学所依据的精神和道德准则是其他人先期设想的”，他不过“是把早已形成的思想，把一般的趋势加以具体化来实现改革的”。总而言之，柏林大学反映了自宗教改革以来欧洲大学改革的总趋向，它是近代大学发展的一个里程碑。对柏林大学的历史意义，我们要予以充分肯定，但同时我们也不能忽略日内瓦学院、莱顿大学、爱丁堡大学、哈勒大学、哥廷根大学等近代先驱大学的开创和奠基之功。