一个值得注意的问题是：为什么被拿破仑征服的德国选择了不同于法国的高等教育未来？美国教育史学者麦克莱兰（Charles E.McClelland）说：“明确而简单的回答是：德国人对改革的可能性和保留大学形式的必要性更具有信心。邦和社会支持大学，虽然这种支持经常是勉强的并且以有效的变革为条件的。在德国，大学日益成为邦的机构，甚至在教会控制的各邦也不例外。相反在法国，大学与教会不断的联系，使他们面临着革命政权的要求的威胁。”事实上，法国传统大学在大革命时期被关闭的主要原因正是由于它们的宗教性，当时的革命政权和反革命的教会势力是水火不相容的。
在学术自由的旗帜下，柏林大学在行政管理和教学上采取了一系列新的措施，如实行教授治校，采用讲座制，提高哲学院的地位，注重习明纳（Seminar）和实验室方法，等等。柏林大学的改革，成为德国高等教育的榜样。一些老的大学参照柏林大学进行了重大改造；新建大学则完全效法于柏林大学。在不到半个世纪里，德国大学已享有世界性的声誉，它实际上成为当时世界科学和学术的中心，成为培养学者和科学家的摇篮。更重要的是，大学对德意志民族和国家做出了不可磨灭的贡献。
当然，德国大学的成功并不意味着它是尽善尽美的，这种培养“学者”，追求“纯粹科学”的大学教育并非适合所有学生的要求，德国社会和工业的发展，也需要大量的专门化的实用的科学知识，在这方面，德国在19世纪中期以后十分注意向法国学习。约从1860年代开始，柏林、慕尼黑、奥格斯堡、汉诺威、斯图加特、卡尔斯鲁厄、纽伦堡、达姆施塔特、亚琛和不伦瑞克等地相继创办高等技术学院，主要效法巴黎多科工艺学院，训练：工厂管理人员和科学技术人员，对日耳曼帝国工业的突飞猛进做出了贡献，弥补了德国传统大学的不足。1899年，这类学校正式被授予大学的地位。
前述拿破仑建立的法国高等教育模式，经历复辟王朝时期（1815～1830）、七月王朝时期（1830～1848）、第二共和国时期（1848～1852）和第二帝国时期（1852～1870），其间尽管有一些波折，但主要方面和特征始终：未变。经过数十年的发展，这种模式的弊端及后果逐渐显露，最终使法国丧失了在欧洲科学方面的领导地位。19世纪初法国还是世界科学中心，到19世纪中叶，德国已取而代之。
法国的一些有识之士，早就看到了拿破仑式高等教育体制的缺陷。七月王朝时代，基佐（Guizot）与库森（COusin）曾主张将某些学院合并为承担系统教学任务的真正大学，但他们的意见遭到冷落。哲学家、历史学家勒南（Erlaest Renan）在1864年的一篇文章中，尖锐地批评了当时的法国高等教育，他说：“与德国大学相比，法国的学院处在一种低劣的有失脸面的状况。”18世纪50年代后期，拿破仑三世的教育部长迪律伊（Victr Du—ruv）创办了一所高级研究和实验学校，作为数学、自然科学和社会科学的研究及教学中心。新学校鼓励学者进行科学研究，最早引入了德国大学的习明纳方法。上述观点或做法，并没有引起各界普遍认识和重视，直到法国在普法战争中败于德国，才赋予它们以新的力量。
1870年普法战争以法国在色当的惨败而告终，次年法国被迫与德国签订了割地赔款的法兰克福和约。
如同当年受拿破仑凌辱的普邦一样，昔日的胜利者法国此时也备尝丧权辱国的屈耻。一些有识之士开始探讨失败的原因，有人归于法兰西帝国及其腐朽的统治机构，有人归于军队素质的低劣和指挥人员的无能，还有人归于腐朽的教会，更有一种观点归于法国教育特别是高等教育的失败。勒南声称：赢得战争的正是德国大学。当时一句流行的警句是：“柏林大学报了耶拿失利的一箭之仇。”许多人赞成著名科学家巴斯德（LouisPasteur）的观点，法国在半个世纪中忽略了智力的培养，特别是在科学上。目前迫切需要对高等教育各学院的教学和研究进行全面改革。对德国教育的赞扬扩大到各级教育水平。新闻工作者反复强调这句名言：普鲁士初等学校教师是色当战役的设计师，现代中等教育实科中学为普鲁士军事实力提供了科学基础。一些访问过德国大学的人，亲眼目睹德国大学的优良和法国大学科学研究的落后，要求按照德国大学的榜样改革法国大学。民族精神能够而且必须通过教育振兴的信念，存在于未来几十年问所有的改革方案之中。
当时的情绪是有助于接受变革的，共和派政府开始采取措施重振法国高等教育。1877年设立硕士学位奖学金；1880年设立国立“二高级教师职位奖学金“；1885年增加对各学院的拨款并允许它们接受捐赠，此外对校舍进行了修建，增设专业学科，改善教授和其他教学人员的待遇。1883年，第三共和国总理费里（Jules Fem）亲自征求教授们对独立的学院合并为具有较好的研究条件的省立大学的可行性的意见。1885年成立学院总评议会，由各校校长和两名教授参加，力求协调各学院的活动。这些措施为1896年法国高等教育更大的改进奠定了基础。
1896年，议会通过法令，宣布每个学区的原有学院可以组成一所大学，给予大学法人资格，扩大自主权。
于是，17所大学宣告成立，这在法国高等教育史上是一次重大的变革。值得强调的是，这次变革并不意味着重新恢复了大革命时期被废除的传统大学，而是在新的历史时期，尝到了仅仅受功利主义支配的高等教育所结出的苦果的法国人，一方面适应国家和时代的要求，一：疗面参照德国大学成功的经验而作出的正确抉择。其效果通过巴黎大学的新生而日渐显露。正如当时法国教育改革家利阿尔德（Louis Liard）所说：“这宏伟的索邦（巴黎大学所在地），是共和国最壮丽的工作成就之一。”这里汇集了许多第一流的教授和学者，所有的研究领域都采取科学方法，其中历史研究尤为突出。新一代的史学家大多曾在德国学习，在研究上注重当代史，教学方法上强调习明纳。他们坚信对国家历史的研究能够恢复1870年灾难后法兰西的精神。20世纪初，大多数法国青少年从巴黎大学教授编写的各级历史教科书中学会热爱国家和共和国。此外，著名社会学家涂尔干在巴黎大学的社会学和教育学研究也是令人瞩目的。
到1910年，巴黎大学的学生达17512人，远远超过其对手柏林大学，在数量上位居世界第一。在经费上，巴黎大学也远比柏林大学充裕，每年由国家拨给的补助金加上大学自身的收入达700万法郎，约比柏林大学多出200万法郎。从各国慕名而来的留学生不断增多。
巴黎大学再度成为有名的科学和知识中心，为法国大学和国家重新带来了荣誉。
历史的经验是值得深思的。高等教育在近代德、法两国所走过的道路，给我们留下了宝贵的历史教训。
其一，教育与民族复兴和国家存亡有着密切的联系。教育昌盛，国家才能富强，才能够抵御外侮，免受他人宰割。耶拿战败后的普鲁士和色当战败后的法兰西正因为深刻地认识到这一点，才有战后的励精图治和重新崛起，才能使民族和国家永远立于不败之地。
其二，教育发展是有一定的规律的，必须尊重之。
德国对大学的改革反映了时代和国家对高等教育的要求，大学既要为国家服务，又要保持一定的自由和独立性，过分的行政干预只能适得其反。正是学术自由的原则成为柏林大学以及其他德国大学的保障，并使之成为科学和学术研究的中心。拿破仑将高等教育置于国家的严密控制之下，虽然也产生了一些急功近利的效果，但最终使法国高等教育沦为二流水平，丧失了法国在科学上的优势。
其三，发展教育要注重国家之间的借鉴和交流。德法长期互为敌国，但并没有阻碍两国间教育的交往和！学习。德国著名教育史学者鲍尔生（F.Paulsen）说：“一些国家在强权和财富的竞争中，因彼此相互仇视，以致陷入了战争；但在教育领域中，这些国家却都在进行和平竞赛和友好交流。”近世德国和法国不正是最典型的例子吗？