恩格斯的辩证法是在达尔文的发现的影响下，在达尔文主义的思想气氛中提出的。当时恩格斯所追随的主要思潮，是依据自然主义观点解释生命、知识和社会现象，自然主义是把人类历史当作自然史的延伸和特例看待，假定一般自然规律按特定形式也适用于人类的命运。当然，恩格斯并不怀疑人类历史自有特点，他也不断言动物界的规律足以解释人类社会，或不加修改就能应用于人类社会；其实，他甚至明确否定这样的做法，认为演化中的自然创造新性质，而人类社会是这种分化的一个实例。然而，他在《路德维希·费尔巴哈和德国古典哲学的终结》中谈到一般有机界的历史和人类历史的差别时，仍旧说人不同于动物，人是按照有意识的目的而行动的，但是人的目的和行动整体看来符合历史的“客观”规律性，这种规律性与人是否实现它无关。这种思想同马克思的许多说法是一致的，但是那段文字本身若是指个人行动的意识性（这对支配整个历史的规律没有影响）是辨别人类历史的唯一特征，它就和马克思的意见不一致了。因为马克思的马克思主义的哲学基础，跟相信一般自然规律已把人类历史及思维规律同人脑的心理或生理规律看成一致（这是自然规律的特殊应用）的想法是不相容的。虽然，大体说来恩格斯相信可以根据自然史和进化规律来解释人，人要服从而且也能够理解这些进化规律；但马克思的见解是，我们所认识的自然是人——实践活动的器官——的延伸。当然，人没有创造自然，而且自然也不是主观想象的产物；但是我们的知识对象并不是自然本身而是我们同它的接触。换句话说，马克思谈到知识具有实践性，他的意思不仅是指兴趣是实际需要决定的，而且也指假设由实际行动来证实。人的实践是我们的知识的真正对象，知识永远离不开获得知识的实践的、结合情况的认识方式。脱离历史的复杂情况，我们无法冥想主体本身；Cogito（我思）是讲不通的。但是同样地，客体不能摆脱一件事实，即它是在实践关系中呈现于人的，纯粹是人的对象。同自然的实践接触，是我们的知识不能超越的水平，从这个意义上讲，没有现成的自然能够成为我们沉思和作用的对象。就我们而言，自然只是从我们的行动和需要的角度来认识的；知识离不开一个事实，即它是人的、社会的和历史的知识。另外，不存在那种超越的观点，根据它主体就能理解自然形式的真相，以便随后在自己的头脑中复制这种形式。意识的唯物主义解释，据马克思说是：头脑中的知识和其他一切——感情、欲望、想象和理想——都是社会生活和历史的产物。因此，人不能采取一种宇宙式的或神性的观点，抛开自己的人性，按照现实本身的存在理解现实，而不把它当作人类实践的对象。
可见，恩格斯的自然辩证法中潜在的先验论，和马克思的见解中占优势的人类本位说有明显的区别。从他们各自认识的黑格尔和黑格尔派辩证法的重要意义也能看到这种区别。恩格斯颂扬黑格尔在创造辩证法的概念结构方面的作用，而且把德国工人运动看作是德国古典哲学的唯一正统继承者，所以他认为黑格尔主义强调一切社会存在形式的短暂无常，是它的最大功绩。另一方面，他批评黑格尔的非辩证的自然概念，而且，他追随19世纪40年代激进的青年黑格尔派，特别批评了“体系和方法的矛盾”。他们的这个提法是指，辩证法讲不断的发展和否定，因此任何“存在”形式或社会形式都不会是最后的，绝对总是达不到的；然而黑格尔却把某些宗教、哲学和国家的形式说成最后的、不可改进的，这就违反了他自己的方法。
但是，认识到一切形式的短暂无常，不可能有最后形式，并不能解决方法与体系的矛盾。黑格尔的思想完成于“绝对”，离开这一点，他的思想是不可理解的，所以青年黑格尔派所理解的那种否定性已不再是黑格尔主义的概念。黑格尔对康德和费希特的批评，特别是对“恶无限性”即不断成长的概念的批评，带来的全部累赘是，任何发展阶段要结合一个最后状态看才能理解，没有一个最后状态，所谓“进步”仅仅是永远重复。只有一个实际可达到的，而不是在地平线的某处隐约可见的“绝对”，才能提供使精神演化的任何阶段获得意义的参照系。认为有可能挽救黑格尔辩证法的永远进步的概念，而同时又抛弃最终目标这一保守概念，这个想法类似于一种哲学：它面对神的全能和人的自由意志的矛盾，竟把神取消，而声称它保存了基督教的真正本质即无神论。矛盾，或者说紧张，本身就是基督教的本质，取消基督教的一个词语，并不是使基督教适应严格思考，倒是干脆毁掉基督教。同样，离了“存在”的最后统一这个概念，无限进步的概念并不是批判地吸收黑格尔主义而是否定它，而且“矛盾”的第一项甚至不是明确属于黑格尔的：它来自康德和费希特，假若要拿它当辩证思想的核心，这样的辩证法是不需要黑格尔主义传统的。
不过，马克思吸收黑格尔的东西，不是本着保留方法而否定体系精神，而是本着“让黑格尔脚向下正立着而不是头向下倒立着”的精神，这却是另一回事。马克思以其独特的方式，继承了康德和黑格尔的这种想法：历史发展到顶峰，人类完全统一，存在和本质合一，消灭人类生活中的偶然性。马克思认为，人并不是像施蒂纳所主张的，逃不开偶然性（现代存在主义者，至少属于无神论一派的，也如此主张）；事实相反，偶然事物虽然被误称为自由，却是因对象化的力量由支配人的威力而产生的。取消这种力量，使人的生存任凭人自己的自由，消灭经验“存在”与类本质的差别，就是破坏生存的偶然性。人不再是完全受自己的创造物的异化力量的摆布；个人不是不可名状的社会的牺牲品，也不是社会的对象化劳动即资本的所有者；总之，人的“绝对存在”充分实现为现实存在。因此，后者不再是偶然的；它的个别性表现人类的普遍本质，而它的自由则是历史必然性。人类的不统一因此能够被克服，但不是按照黑格尔提出的方式克服。黑格尔把人和人的成果归结为自我意识及其外化，将人性看成精神演化的一个阶段，因此他依据自己的方法不能把人当成完整的实体，使人复原。人的偶然性不能靠人以上的一个绝对来矫治，因此黑格尔并没有消除个人生活的偶然性，要消除，他就只能结合那种生活消除它：实际上，他谴责经验中的人的个性在存在期限间是处于偶然性状态；在黑格尔的法哲学中国家与市民社会是永久二分关系。要除掉偶然性，首先必须把人当成完全的自然存在物，在自然中起着作用、作着斗争；其次，必须理解人的唯一现实性在于人是个体，其他任何存在形式都是劳动异化的结果，劳动异化是命运偏离正轨，不过从历史上看这种偏离是必然的，而且是人解放的条件。只有当黑格尔主义经过唯物主义的改造（意识当作完整人的一个组成部分和实践活动的结果）和个人主义的改造（个人当作唯一主词，其他一切存在方式是现实人的宾词），才可能盼望实现《巴黎手稿》中和《资本论》中预言的那种人的真正统一。黑格尔一向“头足倒置”——个人当主词，普遍“存在”当宾词，而不是普遍“存在”当主词，个人当宾词；历史发展的起点不是意识的外化，而是人的天生力量外化为劳动形式。
因此，马克思不是继承黑格尔的方法而不要他的体系，而是把两者都一起改造了。在新体系中，仍有一种对于最终目标的展望，即马克思所说的过去时代的结束和真正历史的开始。这是一个顶峰，它一举结束了个人和物化社会“存在”之间的、劳动中的自我对象化和劳动产品的异化之间的二元对立。消除不统一和复归充分完整性，对马克思的学说和对黑格尔的学说一样至关重要，虽然这种不统一以至这种复归是用不同词句表达的。前面讲过，社会主义改造的最终结局不表示发展停止，而是表示人的经验生活和人的本质性之间的一切矛盾的消灭——消除异化劳动和生活的偶然性给人的天生力量的真正的、创造性的对象化设置的一切障碍。
和马克思与黑格尔的意见分歧情况相类似，马克思持有的“哲学将由于实现而被消灭”的想法，也不同于哲学将被实证科学所取代的这种科学信念。依马克思的见解，取消哲学是人的再统一的一个自然要素，因为这种再统一在于剥夺思维过程相对于整个生活的自主地位。思维成为对生活的直接肯定，意识到它本身就是意识生活而不是什么别的东西；体力劳动和脑力劳动的区分取消了；思维不能再撤退到一个专属于自己的“独立”王国；哲学是头脑要求人的完整性的渴望，这个渴望一满足它就要消失。这和另一种看法完全不同，那种看法认为哲学将不再有资格单独存在，其中任何有价值的东西都要由各门实证科学接过来。
对人类状况的这两种解释的区别很清楚，正如在马克思看来，现今世界和未来世界的区分也一样明显。他根据自己的哲学前提，是决不会对改良主义策略作出任何让步的；新社会必须同旧社会彻底决裂，一场革命大动乱是唯一正确的社会批判形式。相比之下，若假定古往今来进步一直继续下去，但永远达不到绝对目标，就不难理解那种认为在资本主义范围内进行改革，本身也可能具有价值的看法了。
总结马克思和恩格斯态度的差别，可以说两种态度呈现鲜明对比：第一是自然主义的进化论与人类本位主义的对比；第二是对知识的专门性解释与讲实践的认识论的对比；第三是“哲学的没落时代”这种想法与哲学并入整个生活这种想法的对比；第四是无限进步与革命的末世论的对比。许多评论者采取了这样的看法：马克思和恩格斯从来都不是在同样的意义上使用“唯物主义”一词的，因为马克思用这个词总是指意识对社会环境的依赖，而不是指物质盖过精神，按形而上学的意义说居首位。有些人，如约丹，甚至讲马克思远比恩格斯有资格称作实证主义者，因为他否定任何一种“实体论的”形而上学。这多少是个名词问题：马克思肯定不是按“实证主义者”这个词的历史意义说的实证主义者，因为他没有同意现象论的认识论，或不许在现象背后寻求“本质”，甚至还常常表示相反意见。不过，他确实不像恩格斯，不讨论关于原始实体和世界起源的形而上学问题。马克思的早期著作中，明确地驳回了形而上学的质疑；当然，驳回它是一回事，对问题作出否定回答又是一回事。的确，马克思是一个广义的“唯物主义者”，不相信精神先于物质而存在，认为关于这种存在的问题是毫无意义的。但是，唯物主义一词通常是用来指一种“实体论的”信念，相信“物质”是一切按正当意义说是存在的东西的基础；或者说得确切些，指一切对象都具有科学经验和日常经验认为有形物体所具有的特性这样一种信念。很难把马克思称作这种意义上的唯物主义者；我们已说明，恩格斯本人在现象论（这不是形而上学学说而是智力规则）和真正唯物主义之间动摇不定，而真正唯物主义已超出科学严谨性的范围，按照它的提法，不是含糊不清就是不可证明。
有一种特别由天主教的马克思主义批评者所表明的观点，近来科莱蒂也为它辩护，这种观点认为唯物主义和恩格斯的自然辩证法不相容，因为后者断言自然界存在那种仅属于精神实体的性质，例如创造力。不过，这种批评不免要遭到某些人的反对。认为自然能发展具有新性质的形式，自然有些部分服从的规律不能从普遍物理定律推出来，这种思想与上述意义上的唯物主义没有任何逻辑矛盾。总之，认为存在大量不可还原的性质，这种理论本身同唯物主义并不抵触。不过，另有一个唯物主义和辩证法相矛盾的方面。恩格斯明确表示逻辑矛盾是某些自然现象的特性，可是，说某种逻辑关系出现在自然界，这个说法可能同黑格尔、莱布尼茨或斯宾诺莎的哲学一致（就斯宾诺莎哲学而论，同思想是全宇宙的一个属性这种主张一致），但这三派哲学都不能和恩格斯的那种唯物主义相容。假如把“矛盾”和“否定”解释成非逻辑意义上的“冲突”或“破坏”，这个论点就落空了。不过，恩格斯随便把逻辑关系看成和自然关系一致，似乎是由于他的哲学素养不足，而不是出于一个深思熟虑的理论。尽管恩格斯知识广博、头脑敏捷，他在哲学上可是个业余爱好者。他对康德的“不可知论”的批判幼稚得惊人：他认为按照康德的意见，新的化学物质是永远不会发现的，因为若是真发现了，“自在之物”就会成为认识的对象；这话表现出他对康德“不可知论”的彻底误解。恩格斯给逻辑作的心理主义解释（是用概括形式表述的，而且不超出当时的平庸见解）和他相信的人的知识是“真实”而独立的存在的自然的反映，这两种意见他是无法调和的。因为，假如思维规律并不是与经验及物的存在无关的强制性法则，仅仅是人脑活动的方式，因而是某个普遍性自然规律的特例，那么知识按传统意义讲是否“真”的问题就没有意义了；认识活动就会是生物反应的一种形式，仅此而已，只能根据它如何有用的观点来评价它了。