邑内举人张泰阶联络士绅上告，钟云舫列名其上，经川督岑春煊派员查实，武文源被革职。不数月，岑奉调移督两广，于光绪二十九年（1903年）三月舟下东下过江津，钟云舫与张泰阶等士绅士登舟致意，赠诗赠联，武文源得知后，对钟、张更加恨之入骨，遂以重金贿赂重庆知府张锋，断章取义摘录钟云舫诗中一些句子，罗织罪名，于同年五月由重庆府将钟、张收质，解至省城成都，囚禁于提刑按察使司待质所。张泰阶用金钱暗通关节，关押几个月后获释；钟云舫一介寒儒，无力行贿，名为“待质”而一押三年，有理难申，有冤难诉。在南冠生涯中，受尽摧残。
遂于拘禁的第二年即光绪三十年（1904）春写下了天下第一长联，即《拟题江津临江城楼联》，以抒“飞来横祸，理所不解，偶一触念，痛敝心肝”的愤激之情。此时钟云舫已年届57岁，又出监无期，“念及行年六十时，不能不自作寿联”，遂预拟了《六十自寿联》。
光绪三十年（1906），经他的学生钟长春多方奔走，他才得以从待质所中释放，结束囫囵生活。出狱后，自觉人生迟暮，在弟子、友人的鼓动下，开始编辑他“大多佚失”而仅存的诗、文、联作《振振堂集》共八卷，其中《楹联稿》收入楹联1805副。宣统三年正月三十（1911年2月28日），钟云舫在贫病交加中溘然长逝，葬于重庆江津油溪灯油坪。享年64岁。
钟云舫的一生，生不逢时，命途多舛。他少有壮志，“韶龄酷嗜简篇”“便欲支撑宇宙”（《六十自寿联》），要学成“上马杀贼，下马作檄”（《六十自寿联》）的本领，为国为民有所作为。但经几十年苦苦追求，终因“误落乾坤圈套”（《六十自寿联》）而潦倒一生。正如他的一副自题联：
侠烈一层，刚傲一层，愚拙一层，懒惰一层，屈指人间谁似我；
功名相厄，银钱相厄，疾病相厄，患难相厄，伤心命运不如人。
悲愤起骚人。在那个灾难深重的黑暗时代，钟云舫“虚负凌云万丈才，一生襟抱未曾开”，他只好“就诗词歌赋，权谋站住千秋”（《拟题江津临江城楼联》）以楹联为武器，抒发他的深广忧愤。他一生大约写下了4000副联作，其中超长联三副，以其博大精深的思想内容，奇横包举的语言艺术为举世推崇，可谓“横览九州，无出其右者”。钟云舫本人也赢得“长联圣手”的美誉。下面逐一分析一下他的三副长联。
拟题江津临江城楼联
地当扼泸渝、控涪合之冲，接滇黔、通藏卫之隘，四顾葱葱郁郁，俱转入画江城。看南倚艾村，北褰莲盖，西撑鹤岭，东敝牛栏，爓纵横草木烟云，尽供给骚坛品料。欹斜栋桷，经枝梧魏、晋、隋、唐，仰睇骇穹墟，躔鬼宿间，矮堞颓堙，均仗着妖群祟夥。只金瓯巩固，须防劫火懵腾；范冶炉锤，偏妄逞盲捶瞎打。功名厄运数也，运数厄运名也，对兹浑浑茫茫，无岸无边，究沦溺衣冠几许？登斯楼也、羽者、齿者、蠃者、介者、脰臆鸣者、傍侧行者、忿翅抉抢、喜啮攫扪者，迎潮朅朅趋去，拂潮朅朅趋来，厘然坌集，而乌兔撼胸，掷目空空，拍浪汹汹，拿橹噰噰，挝鼓冬冬，慑以霹雳，骤以丰隆。溯岷蟠蜿蝘根源，庶畅泻波澜壮阔胸怀耳。试想想还榛朴噩，俄焉狂荡干戈；吴楚睢盱，俄焉汪洋黻冕；侏离腾踔，俄焉渺漾球图。谓玄黄伎俩蹊跷，怎恇怯鬇鬡努眼。环珮铿锵之日，盈廷济济伊周，忽喇喇掀转鸿沟，溪谷淋漓膏液。蚩氓则咆哮虓虎，公卿则谨视幺豚，熊罴鹅鹳韬钤，件件恃苍羲定策。迨欃枪扫净，奎壁辉煌，复纱帽下瘫瞌睡虫，太仓里营狡猾鼠，毛锥子乏肉食相，岂堪甘脆肥浓？恁踹踏凤凰台，蹂躏鹦鹉洲，距踊麒麟阁，靴尖略踢，惨鸡肋虔奉尊拳，喑呜叱咤之音，焰闪胭脂舌矣。已矣！余祈蜕变巴蛇矣！斑斑俊物，孰抗逆舑舕凶麟？设怒煽支祁，例纠率魑魅魍魉；苟缺锯牙钩爪，虽宣尼亦慑桓魋，这世界非初世界矣。爰悄悄上排阊阖，沥诉牢僽，既叨和气氤氲，曰父曰母，巽股艮趾，举钦承易简知能。胡觇轴折枢摧，又嫉儿孙显赫，未容咳笑，先迫号咷，恪循板板规模，诸任雷霆粗莽。稽首，稽首，稽首，吁侬恩派归甲族；侣伴虾蝤，泡呴昙嘘，尚诩蜉蝣光采；闷缘香藻，喧喤闹铁板铜琶；快聆梅花，潇洒饫琼萧玉笛；疏疏暮苇，瀛寰隔白露蒹葭。嗟嗟！校序党庠，直拘辱土林羑里；透参妙旨，处处睹鱼跃鸢飞。嗜欲阵，迷不着痴女呆男，撞破天关，遮莫使忧患撩人，人撩忧患。懵懂自吉，伶俐自凶，脂粉可乱糊涂，乔装着丑末须髯；彼愈肮脏，俺愈邋遢。讪骂大家讪骂，某本吟僧一个，无端堕向泥犁。恰寻此高配摘星，丽逾结绮，咬些霜，咽些雪，俾志趣晶莹，附舟楫帆樯，晃朗虑周八极。听、听、听，村晴莺啭，汀晚鸥哗，那是咱活活泼泼、悠悠扬扬的性。久坐，久坐，计浊骸允该抛弃，等候半池涨落，拣津汁秘诀揉抟，抟至乳洽胶溶，缩成寸短灵苗，妪煦麂卵，倏幻改钳发珠眸，远从三百六度中，握斧施斤，与渠镌囫囵没窍混沌；
蒙有倾淮濆、溢沪渎之泪，堆衡鲷、压泰岱之愁，满腔怪怪奇奇，悉属我心涕泗。念蚕凫启土，刘孟膺符，轼辙挥毫，马扬弄墨，泄涓滴文章勋绩，遂销残益部精华。逼狭河山，怎孕育皋、夔、契、稷？俯吟欷剑栈，除拾遗外，郊寒岛瘦，总凄煞峡岛巫猿。故卧龙驰驱，终让进蛙福泽；阴阳罗网，惯欺凌渴鲋饥鹏。英雄造时势耶？时势造英雄也？为问滔滔汩汩，匪朝匪夕，要漂零萍梗何乡？涉臣川耶，恍兮、惚兮、凛兮、冽兮、窔澒洞兮、突旋涡兮、迤逦欧亚、辽夐奥斐兮，帝国务垄民愚，阿国务诱民智，奋欲乘桴，而羿奡掣楫，履冰业业，褰裳惕惕，触礁虩虩，擎舵默默，动其进机，静其止屉。藐湔泜潢污行潦，谁拔尔抑塞礭砢才猷乎？叹区区锤凿崔嵬，夸甚五丁手段？组织仁义，夸甚费蒋丝纶？抽玩爻占，夸甚谯程卜筮？在冈底峥嵘脉络，应多少豪杰诞身。沱潜澎湃之余，依旧荒荒巢燧，硬苦苦追踪盘古，弹丸摭拓封疆。累赘了将军断头，凄怆了苌弘葬碧，礼乐兵农治谱，纷纷把尧舜效尤。及滟滪轰平，黎邛顺轨，第薛蕊代芙蓉增色，杜鹃伏丛棘呼冤，峨眉秀鲜桢干材，勉取賨毡橦布。反猢狲美面具，豺狼巧指臂，狮狻盛威仪，口沫微飞，统犍叙胥惊灭顶，锦纨綷縩之服，宁称穷措体哉？伤哉！予安获贡蜀产哉？嶪嶪巉岩，类钟毓嶙峋傲骨。即肖形凹凸，早媷恼邑贵朝官；假饶赤仄紫标，虽盗跖犹贤柳惠，庶贫贱弗终贫贱哉？冀缓缓私赴泉官，缴还躯壳，诳说神州缥缈，宜佛宜仙，虹彩霓辉，都较胜幽冥黑暗。讵识铅腥锡臊，遍令震旦褦襶，甫卸翳胞，遽烦汤饼，愧悔昏昏曩昔，泣求包老轮回。菩提，菩提，菩提，愿今番褪脱皮囊；胚胎蝼蚁，堂砌殿穴，永教宗社绵延；虱脑虮肝，垂拱萃蟭螟肸蚃；蚊毛蜗角，挤眉拥蛮触艅航；小小旃檀，妻妾恣红尘梦寐。噫噫！牂牁僰道，乃稽留逐客夜郎；种杂僮傜，啧啧厌鴞啼鴟叫。丘索坟，埋不尽酸胔醋骼，猜完哑谜，毕竟是聪明误我，我误聪明。宇宙忒宽，瞳眶忒窄，精魂已所修炼，特辜负爹娘鞠抚，受他血肉，偿他髑髅。浮沉乐与浮沉，孽由酷滥九经，始畀投生徼裔。且趁兹沙澄洗髓，渚澈湔肠，唏点月，哦点风，倩酒杯斟酌，就诗歌词赋，权谋站住千秋。瞧、瞧、瞧，蓼瘠砧敲，荷癯桨荡，却似仆凄凄恻恻、漂漂泊泊的情。勿慌！勿慌！料蓝蔚隐蓄慈悲，聊凭双阙梯崇，望银涛放声痛哭，哭到海枯石烂，激出丈长鼻腻，掬付龟鳌，嘱稳护方壶圆峤，近约十二万年后，跟踪蹑迹，眂侬斫玲珑别式乾坤。
此联单联806字，全联1612字，为古今长联之冠。联前有段小序：“飞来冤祸，理所不解，偶一触念，痛彻心肝，迟迟春日，藉此搜索枯肠，欲其不以情撄念耳。以泪和墨，以血染纸，计得一千六百余字。”