天启七年（1627年）十月十三日，朝中御史杨维垣不知道哪里来的勇气，居然上疏弹劾崔呈秀，并捎带上了魏忠贤，这让朝中其他大臣心生佩服。说起这个崔呈秀，在魏忠贤将门下被号称“五虎”之一，是魏忠贤的得力干将。再加之他还是魏忠贤的亲信，崔呈秀的儿子崔铎也跟着沾了光。崔铎虽然目不识丁，居然中了进士。除去崔呈秀，就等于断了魏忠贤一臂。朱由检看完杨维垣的奏疏，没有过多解释什么，只是免除崔呈秀兵部尚书一职，令他回乡守制。就这样，朱由检才慢慢掀开了扳倒魏忠贤的大幕。
眼看着魏忠贤的亲信崔呈秀被罢官，朝中那些敏锐的官员觉察到政治局势的动向，于是，他们又合伙弹劾魏忠贤，短短几天的时间内，朱由检接二连三地收到奏疏。即便如此，朱由检依然不动声色，任由大臣们攻击魏忠贤的浪潮一波胜过一波，他也没追究魏忠贤任何罪责。魏忠贤看出朱由检对他的“庇护”，时不时还跑到朱由检面前哭诉，说自己如何如何冤枉。其实，在朱由检心里早就有一本十分明了的账本，早已经掀起了扳倒魏忠贤的高潮。
同年十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征又上疏，这个钱嘉征好像在很久以前就已经做好了弹劾魏忠贤的准备。从他的奏折中就可以看得出来，为了扳倒魏忠贤，他是花了一些时间和心思的。他详细列举了魏忠贤的十大罪状：一并帝，二蔑后，三弄兵，四无二祖列宗，五克削藩封，六无圣，七滥爵，八掩边功，九脧民，十通关节。又称：“罄南山之竹，不足书其奸状，决东海之波，难洗其罪恶！”最后疏曰：“伏乞独断于心，敕下法司，将魏忠贤明正典刑，以雪天下之愤，以彰正始之法。”有一句特别精彩：“圣主当阳，有敢言之士，万死何辞焉！”意思是：新君登基了，我们这个国家有希望了，我死都不怕了！
当朱由检仔细阅读完这份奏疏后，觉得是时候行动了。于是，朱由检立即召魏忠贤进宫，并命令太监当着魏忠贤的面，宣读钱嘉征的奏疏。魏忠贤听完这份奏疏后，惶恐至极、不知所措，感觉都快要魂飞胆破了。于是，魏忠贤又立即去找他的赌友——原信王府太监徐应元，想要向他讨教对策。徐应元给魏忠贤的意见是：立即辞去爵位，也许可以保富贵。魏忠贤听后，觉得这个方法可行。次日，魏忠贤便请求引疾辞爵，朱由检允许了。
同年十一月一日，当朱由检得知魏忠贤辞爵的主意是徐应元出的，于是又斥责徐应元。朱由检将魏忠贤发往凤阳安置，魏忠贤在去凤阳的途中，仍豢养一批亡命之徒，朱由检闻悉后大怒，命锦衣卫前去逮捕，押回北京审判。魏忠贤曾经的手下李永贞得知消息，连忙派人密报魏忠贤。魏忠贤自知难逃一死，行到阜城时，听到后一项命令，便与同伙李朝钦在阜城南关客氏旅店痛饮至四更，最后一起上吊自杀。朱由检诏令将魏忠贤肢解，悬头于河间府。将客氏鞭死于浣衣局。魏良卿、侯国兴、客光先等都被处死，并暴尸街头，还抄了他们的家。
崇祯二年（1629年）二月，朱由检命大学士韩火广等人审定逆案，这才将魏忠贤的党羽尽数逐出，东林党人又得以进用。那些与逆案有关的人日夜图谋报复。其后温体仁、薛国观之辈相继执政，他们暗中排挤正直人士，为翻逆案做准备。朱由检也厌恶廷臣结党营私，于是又委任宦官，而逆案中的阮大铖等人终于肆毒于江左，直到灭亡。
徐霞客遍游山河
徐霞客，出生在明朝南直隶江阴（今江苏江阴徐霞客镇）的土豪世家，祖上大多都是读书人，曾做过高官，称得上是书香门弟。可惜到祖父徐衍芳这一代，家道中落。徐霞客的父亲徐有勉一生不愿为官，也不愿同权势交往，喜欢到处游览欣赏山水景观。受耕读世家的文化熏陶，徐霞客幼年好学，博览群书，尤钟情于地经图志，少年即立下了“大丈夫当朝碧海而暮苍梧”的旅行大志。
万历二十九年（1601年），15岁的徐霞客应童子试，可惜名落孙山。父亲见儿子无意功名也不勉强，而是鼓励他博览群书，做一个有学问的人。徐霞客祖上有座万卷藏书楼，给他博览群书创造了很好的条件。他读书非常认真，凡读过的内容，别人问起，都能对答如流。后来，家中藏书已不能满足他的需求，他就到处搜集没见过的书籍，只要看到好书，即使没带钱，哪怕脱掉身上的衣服也要换来。
万历三十三年（1605年），徐霞客19岁，父亲去世。徐霞客生来有奇癖，很想外出探询名山大川的奥秘，而且想绘天下名山胜水为通志，但因为有年迈的母亲，不忍成行。徐母心胸豁达，通情达理，与父亲的“志行纯洁”比起来，母亲的“勤勉达观”对徐霞客的影响更直接，“弘祖之奇，孺人成之”，积极鼓励徐霞客放心远游。
徐霞客与母亲约定，在春草初萌时出游，在秋叶染霜时归来，20年间，足迹几遍天下而无不如期而返。徐霞客每次归来，都以琪花瑶草碧藕雪桃之类作为礼物送给母亲，并为母亲讲天地之广大、流水之奇险，以及土风之异、灵怪窟宅之渺，听的人都吓得张口结舌，直冒冷汗，徐母却反而感到非常愉快，煮蒲烹茶，为儿子庆贺，并鼓励儿子要不畏艰险，继续前进。其实，母亲是十分思念只身在外的儿子的，也希望儿子能留在自己身边。曾有一次，徐母听到儿子夜归叫门之声，竟高兴得顾不上点灯，乱束腰裙，急忙去开门。
万历三十六年（1608年），22岁的徐霞客正式出游，临行前，他头戴母亲为他做的远游冠，肩挑简单的行李，离开了家乡。从此，直到54岁逝世，绝大部分时间都是在旅行考察中度过的。徐霞客游历生活的第一阶段为万历四十一年（1613年），28岁以前的准备阶段，重点放在研读祖国的地理文化遗产，并凭兴趣游览太湖、泰山等地，没有留下游记。
万历三十六年（1608年），22岁的徐霞客乘舟经京杭大运河入太湖，登眺东、西洞庭山，访西山灵威丈人遗迹林屋洞（道教第九洞天），浏览了无锡惠山“天下第二泉”、听松坊和寄畅园，这是有记载的徐霞客的第一次出游活动。
万历四十一年（1613年），28岁的徐霞客偕江阴莲舟和尚于三月出发，进行浙东游，游历了普陀山、天台山、雁荡山、富春江、天目山等地。以温州攀登雁荡山最为惊悚。他想起古书上说的雁荡山顶有个大湖，就决定爬到山顶去看看。当他艰难地爬到山顶时，只见山脊笔直，简直无处下脚，怎么能有湖呢？可是，徐霞客仍不肯罢休，继续前行到一个大悬崖，路没有了。他仔细观察悬崖，发现下面有个小小的平台，就用一条长长的布带子系在悬崖顶上的一块岩石上，然后抓住布带子悬空而下，到了小平台上才发现下面斗深百丈，无法下去。他只好抓住布带，脚蹬悬崖，吃力地往上爬，准备爬回崖顶。爬着爬着，带子断了，幸好他机敏地抓住了一块突出的岩石，不然就会掉下深渊，粉身碎骨。徐霞客把断了的带子接起来，又费力地向上攀援，终于爬上了崖顶。
在跋涉一天之后，无论多么疲劳，无论是露宿街头还是住在破庙，他都坚持把自己考察的收获记录下来，为后人留下了珍贵的地理考察记录。
登中岳，历尽艰险
徐霞客的家乡江阴在我国东部地区，从地理方位上讲，他的旅行是真正的“西游”。他游历的第二阶段为29岁（1614年）至48岁（1633年）的纪游前段，历时20年，游览了浙、闽、黄山和北方的嵩山、五台、华山、恒山诸名山。
天启三年(1623年)，徐霞客38岁，农历二月初一离家，于十九日到达郑州的黄宗店。20至24日间路过告成镇、中岳庙，登太室绝顶，上天门，探登高岩、真武庙，由西沟滑溜而下，经法王寺，还岳庙。西行登少室山主峰南寨，返宿少林寺，至初祖庵，经大屯，25日至伊阕。在嵩山，他主要游览了岳庙、嵩阳宫、崇福宫、启母石、少林寺、初祖洞等地。这次嵩山之行，徐霞客最大的收获是有了新发现。
徐霞客登上太室绝顶万岁峰，将要下山时，只见周围云雾缭绕，辨不清方向。他就向打柴人询问下山道路，打柴人告诉他说：“走正道要20里，如果从西沟顺山坡滑下，可省一半路，只是路非常险峻。”越往下，崖势越雄壮。山势越来越陡，徐霞客也越滑越快，连停也停不住，他的处境十分危险，稍一疏忽，就可能滚下山去。就这样，一个峡谷走完，又转到另一个峡谷，无法向旁边看一眼，脚也无法休息。他一直顺着两山沟底向下滑了10里，才出了峡谷抵达平地，上了正路。这时徐霞客已累得汗流浃背，衣服被山间的树枝划得成了布条，身上也满是伤口，两腿连站都站不起来，但他为自己发现了前人所未发现的嵩山西沟险峻的山路露出了笑容。
上北岳，不畏荆棘
在登北岳恒山山顶时，徐霞客调查出上山的两条路，其一是从北岳殿右边登山，这里有一石窟依山成室，室中像群仙，环列无隙，称作会仙台。另一条便是绕过岳殿东边，有一断崖处，野草丛生，高达千尺，人称为登顶便道。徐霞客选取后一条路，于是脱去长衣，攀缘而上。约走二里，方出危崖，仰望绝顶，也不过走了一半路程。前边路途，依然是“满山短树蒙密，槎伢枯竹”，这些短树枯竹能钩破衣领，一经攀缘践踩，便会齐根断折，连人带树滚下去，“若堕洪涛，汩汩不能出”。像所有探险家一样，徐霞客“益鼓勇上”，终于走出了荆棘丛生的崖间小路，登上了“未曾置足”的北岳之巅，了却其平生所愿。
爬黄山，破冰除雪
徐霞客去黄山考察，途中遇到大雪。当地人告诉他有些地方积雪有齐腰深，看不到登山的路，无法上去。徐霞客没有被吓住，他拄了一根铁杖探路，上到半山腰，山势越来越陡。山坡背阴的地方最难攀登，路上结成坚冰，又陡又滑，脚踩上去，就滑下来。徐霞客就用铁杖在冰上凿坑。脚踩着坑一步一步地缓慢攀登，终于爬了上去。山上的僧人看到他都十分惊奇，因为他们被大雪困在山上已经好几个月了。
他还走过福建武夷山的三条险径：大王峰的百丈危梯，白云岩的千仞绝壁和接笋峰的“鸡胸”、“龙脊”。
51岁（1636年）至54岁（1639年）为徐霞客纪游后段，历时4年，他游览了浙江、江苏、湖广、云贵等江南大山巨川，写下9卷游记。此次是为考察西南边陲，并探索长江上源，万里西行，可能是不归路，于是在临行时告诉家人，“譬如吾已死，幸勿以家累相牵”。意思是就当我死了吧，竟是如此“绝情”。
奢安之乱，最后一块“落井石”
到了明朝后期，社会矛盾日益尖锐，战事频起。至明熹宗初年，不仅后金大兵压境，辽东事紧，且有西南农民起义和土司反叛活动愈演愈烈，这才发生了奢安之乱。奢安之乱指的是天启年间，由四川永宁（今叙永）宣抚司奢崇明及贵州水西（今大方一带）宣慰司安位叔父安邦彦引发的叛乱。奢崇明于天启元年（1621年）九月在重庆起事，围成都达100多天。而安邦彦于天启二年（1622年）二月起兵，进围贵阳200多天。奢安合流，战争持续到崇祯三年（1630年），前后历时9年。
在这次战乱中，四川巡抚徐可求以及贵州巡抚王三善被杀，西南大将之冠的总理鲁钦兵败自刎，贵州总兵阵亡于贵阳城下。最后被四川巡抚朱燮元、石柱总兵秦良玉、四川总兵杜文焕、贵州巡抚王三善等平定。
万历十四年(1586年)，奢崇明袭职四川土司永宁(治所在今四川省叙永西南、辖境相当今叙永、筠连、古蔺等县地)宣抚使，与其子奢寅很早以前就有反明割据之心。天启元年（1621年），奢崇明亲自请调马、步兵2万援辽，派遣其婿樊龙、部党张彤等领兵至重庆。九月十七日，奢崇明起兵杀死巡抚徐可求等军政官员20余人，发动叛乱，占据重庆，攻合江，破泸州，陷遵义(今属贵州省)，建国号“大梁”，设丞相、五府等官。尔后，奢崇明、奢寅率军数万分道向成都进发，先后攻陷富顺、内江、资阳、简州(今四川简阳)、新都、龙泉(今四川成都市东南附近)。
十月十八日，包围成都。当时成都守兵只有2000人，布政使朱燮元急调石柱宣慰司(治所在今四川石柱县)、龙安府(治所在今四川省平武县)等地官军入援，同巡按御史薛溥政等分门固守。明廷升朱燮元为四川巡抚，调派杨愈茂为四川总兵官，入川平叛。石柱宣慰使秦良玉(女)派遣其弟秦民屏，其侄秦翼明等率士卒4000人进驻南坪关(今四川南川西南)，扼重庆叛军归路，又分兵守忠州(今四川省忠县)。
女将秦良玉自统精兵6000人沿江西上。贵州巡抚李标派总兵张彦芳、都司许成名、黄运清等援救四川。从十月至十二月，大小百余战，消灭叛军1万余，先后收复遵义、绥阳、湄潭、桐梓、乌江(今均屑贵州省)等地。叛军方面，奢寅在成都造云梯和旱船(吕公车)，日夜攻城。秦良玉等各路援军到达成都以后，与登莱副使杨述程、安锦副使刘芬谦大败叛军于牛头镇，收复新都。