天启二年(1622年)正月二十九日，朱燮元以叛军将领罗乾象为内应，又遣部将设伏诈降，诱奢崇明至城下，再败其军，罗乾象投降，成都解围。官军乘胜追击，先后收复资阳、内江、简州、泸州等四十余州县，奢崇明父子退往永宁。五月二十三日，诸军进逼重庆，秦良玉率秦民屏夺取二郎关，总兵杜文焕破佛图关。川东兵备副使徐如珂亦击退奢寅所遣周鼎援军数万(又说2万人或四五万人)，歼敌万余。二十八日，收复重庆，杀死樊龙和张彤。此后，双方屡战于建武(今四川省大坝西、兴文南)、长宁(今四川省珙县东)、珙县、宜宾、遵义一带，互有胜负。
天启三年(1623年)春，朱燮元吸取了“我以分，贼以合”因而未能彻底平叛的教训，决定集中兵力，直捣永宁。设疑兵于纳溪，佯为进攻，而暗中集中主力于长宁，进兵永宁，官军与石柱士兵连战皆捷。四月，克永宁。五月，克蔺州(今四川省古蔺)。奢崇明父子率余部败退水西龙场(位于四川省叙永县东南，今属贵州省)，联合贵州安邦彦，分兵犯永宁、遵义，被川军击退。四川总兵官李维新、监军副使李仙品、佥事监军刘可训等，统率各将，分五路进兵龙场，擒获奢崇明妻安氏、弟奢崇辉及叛军大学士、经略、丞相、总督等文官武将多人，斩首千余人(一说万余人)，奢崇明父子俱受伤而逃，平叛战争宣告结束。明廷令废水宁宣抚司，设道府治理其地。
此役，共击毙叛军279万余人，俘获126万余人，招降头目134名。官军阵亡2688人，伤者194人。其后，奢崇明父子长期客居水西，依附于安邦彦。天启六年(1626年)，奢寅被部下杀死。崇祯二年(1629年)八月，奢崇明在“永宁之战”中兵败被杀。叛乱中，贵阳被围半年，兵民相食，据传逃入贵阳城内四十万，最后吃到还剩2万多人，总兵张彦芳公开组织杀人，人肉四斤值银一两。
叛乱的首脑水西安氏家族从后汉建兴元年至满清康熙37年，世长水西，共1474年。在水西根基深、历史悠长，四方联姻，兵力最强，地域最大。以往西南平叛，明朝无不依靠水西。就早奢安之乱20多年的杨播之乱来说，没有安氏，光凭庸碌的黔兵，贵阳早就陷落了。
明朝最后的救命稻草——袁崇焕
自嘉靖年间，明朝北方边患日渐严重，对明朝重文轻武的格局造成很大冲击，大批知识分子开始研读兵学，走出书斋，时刻关注局势发展。而明朝末年抗击后金的著名将领袁崇焕也在此时出现。
袁崇焕出生于广东东莞石碣，他不仅具有非凡的胆略和魄力，而且好谈兵、有边才。万历四十七年（1619年），他顺利考中进士，被授予福建邵武知县一职。他在任时，十分喜欢与人谈论兵法。每次遇到退伍的老兵，就开始滔滔不绝，跟他们讨论边塞上的一些事情。对于边塞的基本状况，他几乎了如指掌。所以，他自认为自己有镇守边关的才能。
天启二年（1622年），明军广宁不幸大败，13万大军全军覆没，40多座城池失守，明朝国门岌岌可危。也就是在这一年，袁崇焕千里迢迢来到京城觐见明熹宗朱由校。袁崇焕这个人，没有升官发财的念想，心中唯一牵挂的就是社稷安危。当他只身一人来到京城，并得知广宁被攻陷的消息，他二话没说，随即一个人前往关外察看地形。待他回来之后，便言称：“只要能给我足够的兵马钱粮，我一个人就可以镇守山海关。”朝中大臣听完袁崇焕的言语，也都纷纷夸赞他有才能。幸运的是，当时有一位叫侯恂的御史慧眼识人，觉得袁崇焕的确是个可造之材，便题请破格擢用，具疏奏言：“见在朝觐邵武县知县袁崇焕，英风伟略，不妨破格留用。”朱由校很快采纳了侯恂等人的建议，立即提升袁崇焕为兵部职方司主事，没多久又旋升他为山东按察司佥事、山海监军，拨其帑金20万，还让其招兵买马。
当时，山东关外地都被哈剌慎诸部所占据，所以袁崇焕到任后，只能暂时驻守于关内。没过多久，哈剌慎诸部便归顺了明朝。袁崇焕是辽东经略王在晋的下属，王在晋命他移军驻扎中前所。之后，袁崇焕又服从王在晋的命令，前往前屯安置辽东的失业人群。袁崇焕冒着被虎豹袭击的危险，趁着夜色，穿梭于荆棘之间。在四更天的时候入城，将士们都为他的壮举钦佩不已。袁崇焕有如此胆识，让王在晋更是器重他。于是，又上言提拔袁崇焕为宁前兵备佥事。
天启三年（1623年）九月，袁崇焕到任后，对事事都十分负责。当他发现祖大寿奉孙承宗之命，修筑的城墙不合规格时，他立即制定规格，命令重新修筑。同时，他还命祖大寿与参将高见、贺谦等人一起督工。到了第二年，宁远城的修筑终于再次竣工。在满桂与袁崇焕二人的共同努力下，宁远被倚为关外重镇，将士们都乐于为其效命。同年九月，袁崇焕又协同大将马世龙、王世钦率领12000水陆马步军巡视广宁，拜谒北镇祠，经过十三山，抵达右屯。之后，明廷又以袁崇焕防守的功劳，先后晋升他为兵备副使、右参政。
天启五年（1625年），孙承宗与袁崇焕共同商量了对策，立即派遣将领占据锦州、松山、杏山、右屯及大、小凌河等地，并修缮城防长期驻守。同年十月，孙承宗不幸遭到罢免，由高第接替了他的职位。这个高第向来没有斗志，他认为关外一定会守不住，他接任没多久，就命令自己的军队全部撤出锦州及右屯等地。当时，督屯通判金启倧看到这一切，立即上书袁崇焕：“锦州、右屯、大凌三城都是前锋要地，如果撤兵，已经安居的百姓将再次被迁徙，收回的疆土再次沦陷，关内外经得住几次退守？”袁崇焕听闻后，也立即向高第争辩：“兵法上说，有进无退，收回的疆土怎么能轻易放弃？锦州、右屯动摇，宁远便会难保，进而使关门失去了保障。这些地方只需要派遣良将守卫，就不需要太多的顾虑。”但高第油盐不进，执意要撤掉宁远的军队。袁崇焕见劝说无效，表示宁愿死在宁远，也不愿撤离。同年十二月，袁崇焕又被擢升为按察使。
天启六年（1626年）正月，努尔哈赤得知孙承宗被罢免的消息，立即率领大军西渡辽河。经略高第和总兵杨麟拥重兵于山海关，眼见着宁远被攻击，也不肯去救援。袁崇焕得知后，立即写下血书，与大将满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿、守备何可纲等将士盟誓，以死守城。努尔哈赤将战争中抓到的明朝百姓放回宁远，并让其劝袁崇焕投降。然而，袁崇焕却一口拒绝。努尔哈赤见劝说不成，于是又率领大军进攻宁远城，并让士兵举着盾牌攻凿城墙。而袁崇焕也不甘示弱，立即命人指挥西洋巨炮，想要炮轰后金军。后金军在巨炮的攻击下溃不成军，战争连续了两日，后金军损失惨重，努尔哈赤只得下令退军。宁远保卫战胜利后，明廷上下欢喜，又升袁崇焕为右佥都御史。可以说，当时的袁崇焕真可谓是步步高升，得意至极。
同年三月，明廷又让袁崇焕担任辽东巡抚，当时的大奸臣魏忠贤派其党羽刘应坤、纪用一同前来镇守。袁崇焕上疏请求将其调离，但却遭到了拒绝。又过了不久，袁崇焕因为与大将满桂发生了矛盾，上疏请求将满桂调往别处，明廷于是召满桂回朝。经略王之臣奏书请求留住满桂，袁崇焕又因此与王之臣闹不和。明廷担心这两个人闹矛盾会影响大事，于是将两人分开，王之臣督关内，袁崇焕守关外。八月，后金军首领努尔哈赤因病去世，袁崇焕派遣使者前往吊唁，以刺探虚实。此后，袁崇焕想要和后金议和，于是自写书一封再次派遣使者前往。
天启七年（1627年）正月，皇太极同意了袁崇焕的请和，并举兵渡鸭绿江征讨朝鲜。明廷觉得袁崇焕与王之臣不能相互协作，于是将王之臣召回，不再设立经略一职，关内外尽由袁崇焕管理。趁皇太极举兵朝鲜之际，袁崇焕又派人修缮锦州、中左、大凌三城。而朝鲜和毛文龙同时向明廷告急，明廷便命袁崇焕前往救援。袁崇焕派遣水军增援毛文龙，又派左辅、赵率教、朱梅等人率领9000兵力逼近三岔河，以牵制后金军。而朝鲜倒向后金进攻毛文龙，却被毛文龙击败，后金军也被毛文龙击退，史称“丁卯之役”。
同年五月，皇太极从朝鲜退兵后，率兵直抵锦州，并包围了锦州。袁崇焕以宁远的兵力不能轻易调动为由，命令尤世禄、祖大寿率领精锐骑兵4000绕到大军后面进行决战。他又派遣水军从东面进行牵制，并请求蓟镇等地发兵东护关门。尤世禄刚要整备出发，后金军又分兵来攻宁远，袁崇焕与刘应坤、毕自肃率将士登上城楼防守，在濠沟内排列阵营，用炮远距离轰击。后金军从宁远撤退后增加锦州的攻势，但仍旧无法攻克，而且伤亡惨重，后金军只好撤兵。宁锦之战后，满桂、赵率教等人都得到了应有的赏赐，但袁崇焕却屡屡受到魏忠贤的打压，其党羽弹劾袁崇焕不救援锦州，论功行赏时，只给袁崇焕增加一级官阶。七月，袁崇焕辞官回乡。
天启七年（1627年），朱由校驾崩，明思宗朱由检即位，设计将魏忠贤除去，并把之前冒领军功的人削职。在朝中大臣的建议下，袁崇焕再次被启用，并被任命为兵部尚书兼任右副都御史。同年七月，袁崇焕返回京城，上疏陈述兵事，朱由检于平台召见袁崇焕，袁崇焕声称自己可以五年复辽，朱由检对此大加赞赏。此后，袁崇焕觉得自己好像失言了，于是主动上奏说：“五年复辽的计划不容易完成，陛下既然委托给臣，臣怎么敢推辞这艰难的任务。但是五年内，户部转运军饷，工部供应器械，吏部用人，兵部调兵选将，必须朝廷内外事事配合，才能有所成功。”朱由检听完袁崇焕的这番话，于是让四部的大臣按照袁崇焕所说的话去办。
崇祯二年（1629年），袁崇焕以东江毛文龙虽然能牵制后金军，但耗费的钱粮实在太大为由，上书请求让朝廷派人来管理毛文龙部的军饷。毛文龙当然很不乐意，于是上书争辩。而后，毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待毛文龙，毛文龙也不谦让。袁崇焕见毛文龙软硬不吃，于是动了杀机，他厉声斥责毛文龙，并下令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀。
袁崇焕杀了毛文龙之后，害怕他的部下叛变，于是增加他们的饷银。但是，即便袁崇焕这样做了，还是出现了人心背离的现象。于是，袁崇焕又上书给明廷：“东江镇是牵制敌人所必须依托的。现确定两协的编制，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”朱由检对兵员减少军饷却增加的事情感到疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也没再有过多疑问，痛快地答应了他。
崇祯二年（1629年）十一月，后金主皇太极举兵数十万，分别进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后，率领祖大寿、何可刚入关守卫。朱由检得知后大喜，下令要嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领指挥各地援军。不久之后，后金军越过蓟州往西，直逼京城，袁崇焕率兵护卫京师。朱由检召见袁崇焕，想要赏赐御用酒菜及貂裘慰劳他。而袁崇焕以兵马长途奔波，疲惫不已为由，请求入城休整，却遭到了朱由检的拒绝。于是，袁崇焕驻军城外，与后金军进行了一场鏖战。袁崇焕立即命令祖大寿于南面列阵，他在西面列阵以备战。后金军力战祖大寿不下，于是撤退，明将刘应国、罗景荣等人又率兵进行追击，杀伤后金军千余人，明军死伤也不少。在如此混乱的局面下，袁崇焕又派遣任守忠率领500人，命他们用火炮轰打金营，后金军这才撤退，京都之危才有所缓解。
然而，后金军退兵后，袁崇焕的苦日子却来了，他被朝廷治罪。当初，后金军进入的关口属于蓟辽总理刘策所管辖，而袁崇焕得知后金军入关，千里迢迢赶来救援，自认为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放后金兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与后金军有勾结，朱由检对此也产生了怀疑。再加上此时后金军的不断离间，说袁崇焕与后金军曾有过秘密约定。十二月，朱由检便将袁崇焕下狱。这时候，魏忠贤的遗党王永光、高捷、袁弘勋等人终于有机可乘，想趁机给魏忠贤报仇，朱由检对他们的弹劾居然信以为真，以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名，定袁崇焕死罪。崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产。
洪承畴无奈降清
洪承畴，出身望族，是武荣翁山洪氏的第十二代孙，属东轩五房，书香门第。他的父亲洪启熙也是秀才，性格庄重沉稳，以至孝名闻乡里。他的母亲是傅氏，是当时的名门闺秀，洪承畴有两个弟弟，分别是洪承畹和洪承畯，他的二弟洪承畹早逝，另一个弟弟洪承畯是书法家。
洪承畴童年入溪益馆读书。因家境贫寒，11岁辍学，在家帮母亲做豆干，每日清晨还要到英圩埔走街串巷叫卖豆干。当时西轩长房的才子洪启胤在水沟馆办村学，洪承畴叫卖豆干之余，常在学馆外听课，偶尔也帮学生做对子。洪启胤发现洪承畴极有天分且抱负不凡，于是，免费收洪承畴为徒，重返校门。洪承畴学习用功，博览群书。