此外，穆勒所采用的逻辑方法论也跟洛克自然权利论不同，是一种基于知识真理论的功利论。因为英国经验主义不承认绝对真理，因此就主张没有谁能够垄断真理，即便是具有正当合法性基础的政府乃至社会本身，也都不例外。这就要求在追求真理的过程中，为思想言论自由提供广阔的社会空间，进而在生活方式的选择上也是如此，要为个性自由发展保留出可供伸展的领地。《论自由》的前三章主要是正面论述思想言论自由、个性自由的原理，在第四、第五两章，穆勒进入了对于自由原理的应用的分析，在我看来，这两章才是全书的真正落脚点——为捍卫个人自由而划定“群己权界”，其实也就是新版的“政府论”，要旨也就是限制政府以及社会权力，限制权力行使的方式、范围以及强度，给那些可能是谬误也可能是真理的思想言论和个性拓展留下自由的空间，为人性的内涵向更丰富化的发展创造条件，为英国社会保持其活的生命力。穆勒的这个自由论显然是一种典型的否定性自由的论证：免于……强制的自由。由此，我们可以说，穆勒从思想史上拓展了自由的内涵，liberty在他那里，不再仅仅等同于right，甚至也不仅仅是复数的rights，他的自由概念要比权利概念包含更多的内容。在群己权界的范围内，每个人都有自由活动的空间，自由是否定性的，消极意义上的自由，这与洛克自然权利论意义上的积极自由是不同的，是洛克之后更深入的自由概念的发展。基于这样一种新的自由观，对于政府以及社会权力的性质与功能，就需要一种新的认识与界定，这也是与洛克的《政府论》所不同的，而这也正是穆勒新版政府论的理论价值之所在。
穆勒的思想表现方式之所以与洛克不同，主要是因为任何思想理论的发展都是与其时代相关联的，穆勒所处的时代与洛克的时代相比已经发生了重大变化。在洛克时代，由于政治动荡，建立一个良性政府并为其寻找正当性基础，是当时的普遍诉求，虽然权利思想在英国传统中源远流长，但如何将权利思想用于支持政府构建并完成其理论表述，在当时并不明朗。所以，洛克担当起这一历史的重任，《政府论》的中心思想虽然是强调个人权利，但论述却偏重于政府构建。而在穆勒时代，政府的构建已不需要论证，具有正当性基础的政府已经成为事实，这样一来，在人们习以为常的政府状态下，英国传统思想中甚至洛克思想中的那些权利内涵，在沿着自由的方向向着更有生命力的、更具朝气的前景拓展时（尤其是个人的思想言论自由）反而受到了轻视、压制乃至惩罚。从洛克时代到穆勒时代，英国社会在经过一百多年的演变后，生命权、财产权、自由权等基本权利，毋庸置疑地被视为政府权力的正当性来源，然而，在这样的一种情势下，个人思想言论的自由权、个性多样性发展的自由权，乃至在本书中未得展开但在穆勒后来著作中有所阐述的个人经济的自由权，等等，它们虽都凸显出来了，但却受到政府、社会以及公共舆论等方面的压制甚至打击。而在穆勒看来，这些自由（liberty）恰恰是让一个民族富有朝气、永远保持青春的最核心的东西，他为日渐僵硬的英国政治法律制度感到忧虑，认为它们有碍民族的健康发展，尤其是扼杀了民族的内在生命力。正是在这里，穆勒更深一步地拓展了关于人的社会本性的学说，大大丰富了个人自由的内涵，穆勒笔下的自由已经与洛克笔下的财产权有了相当大的不同，他更为强调思想言论乃至个性上的自由权。
穆勒在这本小册子里通篇大谈思想言论自由，以及与思想言论自由有着密切关系的个性自由，强调社会权力之于个人自由的限度。但是，我们不能因此就把穆勒关于个人自由的学说跟洛克关于个人权利的论述对立起来，实际上它是洛克思想在经过百余年社会演变之后的深化和拓展，是与新的社会形势直接相关的新版“政府论”，洛克的“权利”（right）是穆勒“自由”（liberty）的前提，这一点毋庸置疑。在承认洛克理论的前提下，穆勒的问题是：建立在个人权利正当性基础上的政府就可以限制个人的自由发展？这是洛克之后的新问题。跟洛克一样，穆勒的论证也有两层逻辑，一层是自由论，另外一层是政府论，他的主旨要通过论证个人自由指向限制政府权力。他针对现代政府，哪怕是基于洛克权利论的现代政府，提出了新的政府论，即划清政府（以及作为政府后盾的社会）权力的边界，这是他与洛克最大的不同。洛克的《政府论》是十七世纪英国早期现代的政府论，穆勒的《论自由》是十九世纪英国成熟现代时期的政府论。从约翰·洛克到约翰·穆勒，英国的自由主义思想大致经历了一个从早期现代到成熟现代的转折，穆勒结束了古典自由主义，开启了现代自由主义的先河。
前面我只是从西方社会转型尤其是英国社会及英国政治思想发展演变的脉络，谈了从洛克《政府论》到穆勒《论自由》因问题转换导致思想传承发展的一些相关问题，大体上围绕着个人权利、个人自由、政府及社会权力边界（规则）这些内容展开。上述所言对中国问题的昭示意义又在哪里呢？
中国一百多年来的社会演变历程，仿佛恰相对应着由洛克和穆勒为两端的西方现代叙事：以两个共和国成立为大致时间端点的半个世纪，可以说正是我所谓的“洛克政府论阶段”，不论表象如何纷乱，其终极诉求都是为政府构建寻找正当性基础，建立起宪政框架；历经六十年尤其是以大陆改革开放为重心的晚近三十年的社会变迁，我们又确实来到了我所谓的“穆勒新政府论阶段”。并且在我看来，由于中国一百多年来社会政治发展演变的曲折甚至可说灾难深重，又使得自由与权力问题更为复杂，用我的话说就是，在二十一世纪的中国，面临着双重扭结的问题。一方面，我们依然还需要洛克的《政府论》，因为基于个人权利的现代国家政府构建并未经由一系列革命彻底奠定下来，权利论与契约论的宪政民主框架即现代国家政制构建还有待完成，这也正是我一再强调洛克理论仍然是我们这个时代所需要的原因所在。而与此同时，中国社会自身的发展却不会停留在早期现代阶段，而是迅速向成熟现代迈进，所以另一方面，我们就又在还没有走完“洛克政府论阶段”的时候进入了“穆勒新政府论阶段”，因而穆勒的《论自由》同样成为我们所必需。
这次通读了凡礼君新译的《论自由》后，我的有关早期现代之于中国的想法得到了进一步深化：在一个基本权利问题未得根本解决的社会情况下，如何捍卫已经凸显出来的个人自由，尤其是思想言论的自由，从而保持这个民族的生命力，为个人自由留出向纵深拓展的足够的社会空间（这些东西正是穆勒所揭示出来的不同于洛克right的liberty的核心意涵所在）？在穆勒看来，最关键的就是限制政府权力，划定它的界限，他反对政府乃至社会的舆论一律，要求尊重个性自由，反对政府垄断工业、垄断人才（即使是通过全面公平的公务员考试遴选制度）。反观中国，穆勒所指陈的那些问题正可说是触目惊心，权力边界问题、政府垄断问题、言论空间问题……诉诸我们亲身的所见所感，比之十九世纪的英国，情况何其严重乃尔！请看：
如果公路、铁路、银行、保险、大型股份公司、大学以及公共慈善事业等等，所有这些都成了政府的分支；又如果城市自治会和地方议事会，连同目前所有交付它们管理的事务，都成了中央行政系统的附属；如果所有这些不同事业的雇员都要由政府任命和支付薪酬，乃至终其一生每一升迁都需仰赖政府；那么，纵有再多的出版自由和民主的立法机关，都不足以使英国和其他国家变得真正自由，除了徒具自由之名而已。并且行政机器的构建越是科学有效，即其网罗最优秀人才来操纵这架机器的办法越是巧妙娴熟，其为患也就越大。
……一切自由民族都应如是；而能够如是的民族也必是无往而不自由的；这样的人民，永远不会因任何人或任何团体能够控驭其中央政府，就甘心让自己受他们的奴役。也没有任何一个官僚机构能够指望，可以让这样的人民去做或遭受任何他们所不愿意的事。然而，在各种事务都要由官府包揽的地方，任何为官府所决意反对的事情都根本不可能做成。此类国家的体制，不过就是将通国的能人才士，都组织进一个纪律森严的团体，以此来统御其余人众；其组织本身愈是完善，其从社会各界吸纳和规训最优秀人才的做法愈是成功，其对包括官府成员在内的所有人众的束缚就愈是彻底。因为统治者自己也成为其自身组织和纪律的奴隶，就像被统治者是统治者的奴隶一样。
从长远来看，国家的价值，归根结底还是组成这个国家的个人的价值；一个国家为了在各项具体事务中使管理更加得心应手，或为了从这种具体实践中获取更多类似技能，而把国民智力拓展和精神提升的利益放在一旁；一个国家为了要使它的人民成为它手中更为驯服的工具，哪怕是为了有益的目的，而使人民渺小，终将会发现，弱小的国民毕竟不能成就任何伟业；它为了达到机器的完善而不惜牺牲一切，到头来却将一无所获，因为它缺少活力，那活力已然为了机器更加顺利地运转而宁可扼杀掉了。
……
在这些文字中，我们仿佛看不到十九世纪的英国，而完全是我们当前的问题。穆勒所指陈的公共权力对言论自由和个性发展的限制，尤其是权力漫无边界的问题，何以在跨越了一百五十年之后，仍然让我们身受而感同？由此可见，一部真正伟大的著作，所谓的经典，固然是源于作者生存时代与地域的问题激发，但其思想价值完全可以超越它的时代和它的地域，而具有某种程度的普遍性或普世性意义。就穆勒这部《论自由》来说，它所确立的有关自由的论述，它对于政府职权的界定，已经远远超出了十九世纪的英国，而为任何一个走向现代社会的文明国家和公民个体所认同，并由此激发他们追求自由的心声。所以我认为，在当今的中国，我们不仅需要洛克，同时也需要穆勒，我们需要两个版本加起来的政府论与自由论，因为这两个政府论与自由论所分别讨论的问题在中国都没有得到解决，甚至日益严重而迫切。
作为读者，我们依然有必要读洛克，读穆勒，因为他们的著作不仅仅是学问之作，而是思想之作，不仅仅是历史之作，而是现实之作。他们提出的问题与当今中国人的自由生活密切相关，他们就是写给我们读的，说给我们听的。一个能够思考自由与政府的民族才可能成为一个真正成熟的政治民族。所以，朋友们，读书吧。
本书所展开的每一个论证，都直接指向一个总体的首要原则：人类最为丰富的多样性发展，有着绝对而根本的重要性。
——威廉·冯·洪堡：《政府的界限与责任》（Wilhelm von Humboldt， The Sphere and Duties of Government， Joseph Coulthard， Jun.英译本，伦敦：Chapman出版，1854年，第65页。）