为了保护罗马天主教区，第一执政努力维护教皇的权益，作为回报，教皇也帮助政府稳定教众。所以，意大利还是和法国联系紧密。拿破仑最初的想法是把天主教教义回归福音教，然后慢慢转化，从而和平推行新教。
这件事引起了巨大的反响，在欧洲也引起了很大的关注。第一执政是一个非常有远见的人。在未来的某一天，世人一定会意识到这件事的伟大。但对于宗教这件事，改革必须缓慢而且平稳，它不可能随着政策的出台而立马改变，而会在社会上慢慢演变，不能催促。在改革的开始，必须要用宗教来团结人民，这样就可以满足大部分法国人的需求。
这些政策都是第一执政和罗马教廷共同协商解决的。他有决心解决所有的阻碍、对抗自己的大臣。斯皮纳主教、柯林斯主教都被派去巴黎参加协商。法国政府提出的方案在经过枢机主教会微调之后通过。孔萨尔维枢机主教在六月初到了巴黎，他和第一执政会面了好几次，最后才促成了这次协商。促成这次协商的还有当时被任命为国家顾问的约瑟夫·拿破仑、克里特和贝尔尼尔神父。
孔萨维尔枢机主教到达巴黎后第8天，在巴黎召开了一场国家会议。45位主教和80位教会代表在巴黎圣母院会面。之前在高卢教堂发表的一份声明中提出，他们同意承认教皇作为法国所有教堂的领袖，但不得参与世俗事务。这一事件也为接下来的协商铺垫了基础。在协商中可能会出现的意外，就是第一执政可能会因为一些官员的劝说而动摇，而高卢教堂的声明让第一执政更加有信心。
斯皮纳主教和柯林斯主教对最初的草案表示认同，所以这份草案就被修改成最终的协约，在7月15日，双方签订了这份条约。
宗教协议一经公开，许多公众团体就开始谴责罗马教廷，说法国政府与教廷做出这种交易是十分可耻的，因为这等于承认罗马天主教的特权，并罔顾其他宗教团体的利益。而另一些不那么激进的人则说，同意这些协议会带来一定的好处，而且他们希望神职人员的婚姻可以被法律承认。但是条约中出现了一个重要的纰漏——没有规定教皇在何时设立好主教。虽然这个问题已经在宗教协议中讨论过了，但有些人认为不必规定这个时间，因为教皇已经做出了重大让步了。这就被教堂的负责人抓住了把柄，他们责怪法国政府没有保障神职人员的婚姻权，而且也忘了设立一个法国天主教堂，他们忘了，一个有关宗教的协议，是容不下半点模糊的。
但是，这项协议带来的影响，总体来说还是积极的。因为它调和了大部分法国人之间的矛盾，消除了那些结婚和没结婚的神职人员之间的差异，同时也打消了那些持有国家财产人的顾虑，道德背后还有了法律的支持。另一方面，这项协议也是人们向更加文明的社会迈出的一步。神职人员变成了在国家领导下的一种职业，从事这种职业的人可以拿到薪资，但同时他们也必须听从国家的安排，遵守国家的原则和法律。由于他们受到了国家的限制，他们不可能再做出危害国家利益的事情，这样，国家的局面也变得更加稳定。不可否认，罗马教廷的介入挑战了皇帝的耐心，而且也经常影响到他对国家所做的计划。毫无疑问，法国政府做出了许多让步，才让有关教堂的争端平息下来，这也是我们仁慈的上帝希望看到的和平景象。但是，如果欧洲大陆能稍稍支持法国，拿破仑就不至于经历那么多尴尬的事件。
罗马方面给法国的主教们发出了一封信件，要求各位主教辞职，并给了他们3个月的期限来述职。几乎所有的神职人员都马上给教皇写了信，并阐明了自己的情况，而极少一部分人依然顽固不化，他们拒绝辞职，并且成立了一个叫“小教堂”的组织。然而，他们的抵抗很快就被镇压下去，他们都被处以刑罚。后任的23个大主教和134个主教中，只有10个大主教和50个主教是新上任的。
宗教协议的正文没有马上公开。在协议达成之后，双方没有与任何人或官员、机构谈论过此事，甚至立法机构和政府官员都不了解个中情况。一个明显的原因就是，一些人事的更替会出现问题，有些人肯定不愿意辞职。但是，处理这件事最主要的原则就是稳定为主。宗教协议一直等到立法会议开到第二阶段之后才被公布。这也是出于稳定的考虑。
有一件事，我必须在此说明，这件事在很大程度上决定了立法委员和官员代表是如何讨论这项宗教协议的。其实，在这项协议的商讨过程当中，是出现了一些暴力反对的。在协议被呈现给他们的时候，其实他们是不愿意接受的。在护民官中，很多人颇有微词。这也让第一执政确定，他不可能在这些人方面得到任何真正的支持，所以，一旦让这些口舌如簧者在公众面前发表演说，对第一执政已经取得的成就会是致命的打击。立法委员和护民官每年都要进行换届选举，这对他来说是一个很好的机会，因为他可以影响到那些反对政府的人。至于如何换届选举，从来没有一个明白的说法，议会可以进行选举或者民主投票，而第一种方法被废止了。尽管如此，政府对议会的动作依然有决定性的作用。所以政府会对议会进行“净化”，他们把那些受人尊敬而且独立的人都剔除出去，这些人有一个共性，就是他们都比较懂理论而缺乏实践。他们留下一些无所事事的人，他们都奉行这样一条格言：“让国家自我毁灭，而不是依靠原则救治它。”所以，国家要么立法，要么就让一个强大的人来管理。第一执政要选择哪个，不言而喻。
宗教协议是4月5日以来发布的第一个法律。大部分人都是很支持的。4月18日，复活节，人们在巴黎圣母院里举行集会，并唱诵歌，以庆祝宗教的革新和全面的和平。第一执政，在这个场合下，穿了一件绿色的礼服，上面镶着金边，配了一把宝剑，上面镶着钻石。这个钻石被称作“摄政王”，这颗钻石是奥尔良公爵在路易十五时代献给国王用来镶嵌在皇冠上的，它在大革命时期被人偷走，之后又被找到了，然后，政府就把这颗钻石拿出来拍卖，第一执政以非常低的价格买下了它。
卡普拉拉枢机主教主持了弥撒，法国的宗教界人士出席了这次集会。被提名选举的新主教们纷纷上台宣誓。到了晚上，整座城市灯火辉煌，人们在欢庆这一刻。而那些反对者们则对这些活动嗤之以鼻。他们的第一反应就能体现出他们对第一执政的恶意。其实，第一执政早就注意到这些人了，只是他有更好的方法来处理他们。许多带头反对的人都聚集起来商量这件事。有一些胆大妄为的人，想让第一执政重蹈罗穆卢斯的覆辙，让他走向灭亡。贝尔纳多特就是其中的代表。拿破仑总是置自己的安全于不顾，所以他拒绝回复这些人。他对任何事情都淡然处之。他最多只是斥责了那些主要的领导人，但还是有一些人被他驱逐了。贝尔纳多特也被送回了西线的军队，之前他也就是从那来的巴黎。他对领导人的态度从那时候开始就变得很奇怪，甚至他的首席参谋，陆军准将西蒙都被从军队中开除。我见到过那时候的拿破仑，他对贝尔纳多特是很愤怒的，甚至想把他送上军事法庭。多亏了贝尔纳多特的妹夫约瑟夫·拿破仑介入，他才逃脱了。
罗马方面来商讨协议的三个人当中，孔萨维尔主教和斯皮纳主教都是很友善的人。为他们做参谋的卡塞利神父也是一个非常单纯和忠诚的人，他一生都在研究神学问题。孔萨维尔主教虽然没有公开反对过特伦特神学会禁人欲的理念，但他一直都没有反对过神职人员结婚。他也没有禁止过戏剧，而且，正如他自己所说的，在舞台上表演戏剧没什么值得大惊小怪的。他的这些观点是在为巴黎的自由运动做出小小让步。但代表教堂在公众面前发表演讲时，他也只能迎合教堂的思想。他只能为神职人员的婚姻发声，因为这件事是已经经过讨论了，而且被解决了，而且这件事也是遵从了第一执政的心思。
这份宗教协议可能是拿破仑政府做出的最重大的动作。考虑到这份协议对政治表现出的尊重和它造成的后果，我们最该感谢的，还是在它背后的那位国家领导人。有些人认为，在拿破仑眼里，宗教信仰只不过是一种被时间赋予了神圣意味的迷信，而且重新组建天主教也不过是为他的野心服务，他根本没考虑过宗教对社会造成的影响。实际上，这些人根本没看到拿破仑本人对宗教有多虔诚——要我说，正相反，他才是一个真正的天主教徒，他觉得宗教才是社会道德和高尚情操的根本。他痛恨那些所谓的自由派犬儒主义者以宗教的名义胡说八道，正如他憎恨那些欺骗民众的人一样。在和别人进行日常谈话的时候，拿破仑总是表现出对宗教的极大热忱，甚至他对那些宗教迫害也总是能做出很明确的评价，如果还有人要说他看不到宗教对文明的影响，或说他是一个典型的无神论者，那就是天大的笑话。他对宗教信条的遵从来源于他幼时接受的教育和他的信仰，他在圣海伦娜采取的那些最后行动也就是为了平息宗教的影响。为了在法国改变罗马天主教，他确实做出了很多改革，然而他也遵从了自己的宗教直觉。
第一个措施就是建立宗教信仰管理部。这个部门的领导是波塔利斯，他本来就是管理宗教信仰的官员，而不久之后，他就变成了部长。波塔利斯是一个博学的律师，也是一位雄辩的演说家，他性格非常温和有礼。他曾经被人说过太善辩。但是在他被指派的这个职位上，善辩其实是一个优点而不是缺点。他就是古希腊演讲家西塞罗说过的那种，铁齿铜牙，而他也是一个德才兼备的人。
斯皮纳大主教在签订协约之后就被升为枢机主教，他作为临时代表留在巴黎。他的位置则被卡普拉拉主教取代，卡普拉拉则作为使节被派到拉特雷。枢机主教在9月到达巴黎，但他直到4月9日之前都没有见过第一执政。
里昂的大主教卡普拉拉作为大使被派往罗马，他是第一执政的表舅。拿破仑的外祖母再婚的时候嫁给了费什先生，这位费什先生是瑞士兵团的一名队长，那时候热那亚共和国还控制着科西嘉。卡普拉拉就是拿破仑外祖母和费什先生的孩子。费什神父在革命开始后就离开了神坛，转而在意大利做一般信徒。他在雾月政变后又继续做神职人员。由于他外甥的关系，他很快就升到了教堂的最高职位。在1801年，他被指派为里昂大主教，两年之后被升为枢机主教。协约签订之后，他到罗马去代替卡科先生，成了法国的临时代表。夏多布里昂先生，《基督教天才》一书的作者，在大赦之前就回到法国，他由自己的好朋友丰塔纳介绍给了巴乔基夫人，以及吕西安·拿破仑。这两位都宣称夏多布里昂在自己的保护之下。《基督教天才》发表的时候，天主教已经在法国重组了，在被压抑了如此久之后，宗教的传播速度变得异常迅速。所以，那时候绝对是出版这本书的最好时机，何况背后还有第一执政撑腰。虽然保护夏多布里昂的人是巴乔基夫人，但大家都知道，帮他就相当于跟第一执政扯上了关系，也是给宗教协约推波助澜，所以大家都推举他成为教廷的参赞。
第一执政敏锐地注意到了埃及的撤退。克莱贝尔的惨死是一个灾难，如果他还活着，法国可能还占领着这块地方。但伦敦草案的签订对埃及的失败是一个补偿。第一执政为了壮大自己的力量而做出的努力终于达到了目的。他的第一步就是和英国国王签订一个互惠的和平协议。那时候，他还在尝试第二次和谈，然而英国部长觉得新政府还没有完全稳定下来，所以最后第二次和谈就流产了。
虽然欧洲大陆的稳定已经在吕内维尔会议上解决了。而且皮特、邓达斯和格伦维尔这些支持战争的狂烈分子已经退休了，所以我们相信法国的和平是非常稳定的。更何况，英国的贵族阶级和商人都觉得和平比战争更有益。
而一些来自阿丁顿和霍克斯伯里的官员则认为应该下令追捕法国渔船，并像对待军舰一样逮捕它们。为了回应这些话，奥托先生提出，如果要这么做，那么应当释放所有法国的俘虏，否则法国政府在英国的一切组织都将解散，并且法国将马上对英国发起战争。奥托先生说，他收到了指令，要求他离开英国，因为他在那里已经毫无作用，而且法国政府不会对英国做任何报复，法国的舰队也不会干涉任何与渔船有关的事件，直接开始战争。为了回应法国方面的来信，英国新任大臣把命令改成关注法国渔夫。这项政令的改变使得一触即发的战争得到缓和，但这完全不符合一个文明大国的气度，这让我们看到了一个野蛮的国度。事实上，一个月之后，奥托先生收到了一封信，信里让他通知英国选出一个代表到巴黎进行和谈。第一执政是和谈的发起人，英方也很快同意了和谈，并开始和奥托先生商讨个中事宜。奥托先生被告知，这不是一个表面上的和谈，法方希望能取得实际的进展。霍克斯伯里勋爵马上起草了一个大纲，并把它给了奥托先生，表示英方是有和谈诚意的。这个大纲提出，法国必须把自己最重要的殖民地埃及和马耳他割让给英国。第一执政拒绝了这些荒唐的要求，霍克斯伯里勋爵问要在何种基础上双方才能和谈，奥托先生提出如下一系列建议：
埃及归土耳其政府。
马耳他恢复自治。
锡兰岛割让给英国。
好望角和其他设施都归法国及其盟国所有。
葡萄牙保持自治。