胡适于1958年4月2日离开纽约，取道旧金山，与在此为台湾清华大学购买原子反应炉的梅贻琦相会后联袂返台；8日飞抵台北。当天，在松山机场受到台湾国民党当局及学术界代表隆重的欢迎，到机场迎接者有陈诚、张群、张厉生、俞鸿钧、蒋经国、莫德惠、张其昀、罗家伦、李济、王世杰、朱家骅、李石曾、蒋梦麟、陈雪屏、董作宾、毛子水及长子胡祖望夫妇、长孙胡复等及中国公学校友会等团体，共500余人。此外，国民党元老于右任坐在轮椅上，由秘书陪同迎候于机场检查室门口。这一热闹场面，说明国民党人对胡适之到来是寄予很大希望的。胡适在机场休息室答记者询问时说：我个人虽不是研究自然科学的，但我认为自然科学的发展，在现代国家中实在占一个极重要的地位。“中央研究院”是国家最高的学术机关，必须迅速负起推广学术研究的任务。当记者问及目前台湾是不是需要一个强大的反对党时，他很风趣地说道：“请你不要审问我与政治有关的问题好不好？”接着便解释说：我去国至今三年零三天，国内的事全部茫然，你这个问题又是如此之大，今天我无法给你圆满的答复。最后又补充说：我向来对于政治没有兴趣，如今老了，更加没有兴趣了。次日蒋介石在官邸接见他，晤谈了一个多小时。事后，他对报界透露说，他们就如何重建台湾学术基础一事进行了广泛的谈论。他认为如何重建学术基础，发展科学研究，实为当前刻不容缓的事，并称：兹事体大，必须多与国内学者们谈谈，为国家着想，在何种方式之下，来建立高等学术基础，“七年之病，求三年之艾”不预为筹划，是不可能得到的。
4月10日上午，胡适在南港正式就职，但未举行任何仪式，仅由胡适作了简短讲话。后来会议便转入举行第三次院士的议程。此会有蒋介石、陈诚等人及学术界人士约200人参加，蒋在致词中要求中研院发展科学，为其“反共”政策服务，宣称：“中央研究院为全国学术之最高研究机构，且应担负起复兴民族文化之艰巨任务。目前大家共同努力的唯一工作目标，为早日完成反共抗俄使命，如果此一工作不能完成，则吾人一切努力均将落空，因此希望今后学术，亦能配合此一工作来求发展。”蒋介石讲完后，由梅贻琦代表来宾致词。之后，胡适作答谢词，他说：“谈到我们的任务，我个人认为，我们学术界和中央研究院挑起反共复国的任务，我们做的工作，还是在学术上，我们要提倡学术。”接着他举了两个例子来说明他的观点：第一个例子是欧洲普法战争后，法国割地赔款。当时法国有位化学科学家巴斯德努力作研究，发现一切传染病都是由微生物来的。这个研究成果为国家带来巨大利益，因此弥补了法国的赔款和损失。第二个例子是美国约翰·霍普金斯大学。这个大学董事会聘请了吉尔曼为第一任校长。他提出办大学不要像哈佛学院、耶鲁学院那样，而要学习德国那种以研究院为中心的新式大学。当时美国大学还没有科学研究。由于他提倡研究，学校培养了很多人才。后来哈佛、耶鲁等校也跟着变，改为以研究院为中心的大学。一个人、一个学校竟转变了整个美国的学术风气。因此，胡适强调说：“我向来是乐观的。现在困难危急的时候，我的话并不是驳总统。总统对我个人颇有点偏私，说的话我实在不敢当。我觉得我们的任务还是应该走学术的路，从学术上反共、救国、建国。至少我个人有这样的乐观。尽管我们的物质设备损失了很多、人才缺乏，但我们可以造就人才。”由此可见，蒋、胡之间在如何发展科学上有一些认识上的分歧，但在政治上“反共”这一点是同呼吸、共命运的。
同日下午，胡适继续主持院士会议，为选举1957年度新院士，对34名院士候选人的资历及其著作进行审查。次日，选出新院士林家翘、杨振宁、李政道、吴健雄、李卓皓、潘贯、林致平、朱兰成、王世浚、蒋廷黻、姚从吾、劳干、蒋硕杰等14人。对于此次院士选举结果胡适甚感满意。他说：“杨振宁、李政道、吴健雄三位物理学家获选院士，系在意料中。”并指出：“吴健雄女士系用实验方法，证实杨、李之‘奇偶性不变’定律者。”胡适在此着重介绍了吴健雄，说她的成绩是用实验方法取得的。他说这个话，是言之有据的：在此之前，即1957年2月4日，那时他在美国出席了纽约华美协进会为欢迎杨振宁、李政道、吴健雄、胡健中及他本人的欢迎会。在会上吴健雄发言时，甚赞胡适对她的帮助，她说：“适之先生是她的老师，她之能有今天，是根据老师‘大胆假设，小心求证’来的。”胡适那时在场，看到晚辈们在国际学坛上取得非凡的成就（杨、李夺得诺贝尔物理学奖，吴也有襄助劳），为国争了光很是激动。因有这段往事，所以他今天在大庭广众之中，大胆地说这个话，表现他对此感到自豪。
这次院士会议结束后，胡适拟定了一个“国家发展科学培植人才的五年计划的纲领草案”，针对台湾地区科学落后、人才外流的情况提出增加科研经费，改善教授、科学家的生活待遇，聘请外国学者到台讲学，进行学术交流等办法，企图以此来挽救台湾地区的学术危机。并于5月3日向台湾国民党政府“副总统”陈诚作了汇报，希望政府给予支持。之后，他因要处理一些私人事务并作身体检查故于6月16日离台赴美。到纽约后，他一方面准备搬家的事宜，另方面与有关朋友联系，计划今后如何开展学术研究等工作。为此，他曾约请好友赵元任回台讲学，要他写信给台大校长钱思亮，落实明年一、二、三月在台大讲学的事，并告诉他说，自己已装了四箱书了，但书架看上去好像还没有动似的！声称搬家真是苦事！与此同时，他又在纽约以“中央”研究院院长的名义，召开了一次院士谈话会，研讨如何建立制度、发展科学等问题，当时在美国的院士共有21人，到会者有萧公权、陈省身、陈克恢、汪敬熙、吴宪、朱兰成、吴大猷、杨振宁、蒋硕杰、蒋廷黻、吴健雄、李政道、袁贻瑾、李书华、胡适、林致平16人。为了召开这次会议，胡适一直忙于发通知、拟纲要、联系地点、安排食住等工作，到开完会后，才感觉身上如释重负。他在日记里写道：“连日太辛苦，昨晚上床较早，取小说消遣，读到终篇，天已大亮。”虽然很劳累，但愉快的心情，感到高兴。在此之前，胡适请吴大猷帮忙拟了一个“发展科学及培植人才的计划”，大家围绕这个计划，进行了广泛的讨论。这次会议为胡适日后返台开展工作起了促进作用。同年10月30日他带着喜悦的心情离美返台。
这次回台湾后，他住进南港“中央”研究院为他建造的新居。因胡适有心脏病，院方特为他选块平地盖了一所小平房：里面有书房一间，客厅连餐厅一间，客房一间，卧室两间。据说室内潮湿，设备简陋，但胡适不在乎这些，每天仍专心致志地在此工作。他的生活方式仍跟过去一样，白天忙于办公或是会客，到了晚上才是他搞学术研究的时光，因此他写文章有时竟写到天亮，才去安眠。这是他身体不好原因之一。一次，有记者访问他，请谈其感想，他说：南港寓所很幽静，是过隐居的生活。并称：“近来写中国唐代佛教历史上的一个问题，关于禅宗的，这问题我注意好多年了，现在根据敦煌石室中发现的史料把它写定。这里历史语言研究所图书馆中的书搜集很精，对我研究中国思想史、中国文化史的工作很有裨益。拿这个图书馆作中心，再加上中央图书馆，台湾大学图书馆，及若干私人的藏书，对我非常方便，我应该安定下来，把没有完成的工作及时完成，不能再拖下去了。”之后，胡适写了《新校订的敦煌写本神会和尚遗著两种》及《史语所藏杨希闵过录的何灼沈大成两家的“水经注”校本》等论文，实想安下心来做学问，以了却一生所欠下的“文债”。然而，在客观上各方面的干扰依然很大，访客虽有所限制，但仍然不少，其中有些是慕名来求其写字的。胡适接应不暇，后来拟了一封谢绝给人家写字的通知，略谓：“××先生：我从来没有好好的学写字，十几岁时，我曾临写颜鲁公，也曾临写褚河南，也曾临写苏东坡。无论临写谁，我总写不像……我19岁出国留学，更没有学写字的工夫了。民国六年（1917年）回国教书，到现在40多年了。这40多年里，我写了三四百万字的稿子，或是讲义，或是文稿，我只有一条自律的规则，就是：不写一个潦草的字，不要叫排字工人排错。但是过去四五十年里，我没有费一天工夫去学写字，所以我自己知道我不会写字，更不配给别人写字。承先生的好意，要我写字。我写这封信，请先生原谅，请先生恕我不写了。原纸奉还，敬祝先生健康。”据笔者所见“胡适存件”中之原稿，确如上所述，没潦草不清的字。过去有人评论说：“适之先生的思想与写作的特点，一言以蔽之，就是‘清楚’。把问题搞清楚，把事实弄清楚，把话说清楚，这就是他的思想与写作的态度和精神。”现在看来，似乎还须加上一句“把字写清楚”，这样意思才够完整。