胡适自到中研院后，对发展科学的计划抓得很紧：常向朋友们征求意见，在许多场合讲他的看法，并将他11年前所写的《学术独立的十年计划》与吴大猷拟定的原案，以及他新综合的“五年计划”汇集起来，分送台湾当局有关部门，请审议批准实施。这个计划的要点，共有六项：（一）充实各研究机构的研究设备，（二）设立“国家客座教授”，（三）设立“国家研究讲座教授”，（四）设立“研究补助费”，（五）添造“学人住宅”，（六）凡专习基本科学的研究生暂时免其兵役。总的精神是重视科学、改善教师与研究人员的生活待遇。这个思想是他一贯的主张。据说在台湾“行政院”讨论这个方案时，大家肯定这方案意义十分重大，但对其可行性表示怀疑，因为没有钱，方案再好也是等于零。尤其是对第四项“设立研究补助费”这一点困难更大。当时陈雪屏代表官方提出意见，认为公教人员待遇菲薄是一事实，但一时尚难作合理的调整，所谓“研究补助费”等于变相增加待遇，而且相当于原有薪金的半数，恐引起其他各类人员的不满；其次，经费有限，申请者必多，标准难订，分配不公，易引起纠纷，因此提议删除这条。胡适对此却大不赞成。他认为大学教授因薪金太低无法维持生活，所以不得不在校外兼课、兼事，这样长此下去，势必影响教学与研究，国家的损失实无法计算，因此他坚持这一条。他说：“补助办法正是本案的一个重点。任何新的措施执行时必会发生很多困难，只要政策正确，便不怕反对、不怕指责。如果坐待待遇全盘调整，而不及早设法勉于补救，将使高等教育的水准日趋低落，人才更无从培养，权衡利弊得失，万不宜畏首畏尾，因循耽误。”谈到后来，他正颜厉色地责备陈雪屏，说：“你也是出身于教育界，更不应不明椖其中的利害。”陈无言答对。结果这一条在胡适的坚持下得以保留。后来台湾教育部长梅贻琦综合各方面的意见，又拟订了一个“纲要”，送行政院审定。
1959年1月17日，台湾省行政院终于发表了《国家长期发展科学计划纲领》，全文共7条，略记如下：
（一）设置国家发展科学专款。
（二）上项长期发展科学专款，分五年筹齐，第一年额定为新台币2000万元，美金20万元。
（三）由教育部与中央研究院评议会共同组织一主持此项发展科学研究工作之机构。
（四）发展科学专款之用途，定为下列六项：（同上，故略之）。
（五）长期发展科学专款范围，以自然科学、基础医学、工科及人文与社会科学为主。
（六）关心中等学校普遍加强科学教育，充实仪器设备。
（七）凡专习自然科学、基础医学或工程之研究生，毕业后仍继续专治其所学者，准缓服兵役。根据上述第三条的精神，2月1日，台湾“中央”研究院评议会与教育部举行联席会议，通过“国家长期发展科学委员会组织章程”，并宣布国家长期发展科学委员会正式成立，胡适被任命为主席、梅贻琦为之副。次日台湾当局正式公布了“国家长期发展科学计划纲领”。这个“纲领”发布后，台湾科学界及教育界人士感到极大兴奋。胡适本人除对公布的经费有一些意见外，基本上还是满意的，多年来的愿望实现了，这使他感到无比的愉快。他说：这个纲领是在他与吴大猷拟制的基础上，由教育部拟定的，由于经费问题一直没有定下来，今天正式发表，已将原订计划的经费打了折扣。原来决定第一年为4000万元，现在改为2000万元。还不知将来如何兑现呢？之后，他满怀热情地为实现这个计划而努力工作，并积极动员在海外的华人学者回台讲学。当时在美国的科学家，如吴大猷、杨振宁、李政道、吴健雄等都是他争取的对象。赵元任时已在台讲学，胡适希望他退休回来，在四季常春的环境中，在祖国无数青年的热望下，来完成所未完成的工作和训练自己国家的青年。此外，他还鼓励老友李书华回台讲学或是定居。关于这件事，李有回忆文章说，“民国四十八年（1959年）2月间，适之提议的‘国家长期发展科学计划’付诸实施后，他很高兴，他写长信来报告该计划的详细办法。他约我‘回台走一遭’，‘作短期讲学’。我因身体欠佳，不能远行，未能回去。同年11月9日他又写信劝我‘回到南港来住，晚年还可以收几个徒弟。’信中有一段很动人的话，他说：“李恕谷（塨）的话：‘交友以自大其身，造士以求此身之不死？’这是你老乡的名言，我写寄老兄，也盼老兄与大嫂能回到南港来住。纽约天气冬天太长，又太冷，于老年人实不相宜……所以我劝你们俩考虑我的建议。”后来，李书华因身体关系，未能返台一游，双方都甚表遗憾！至于改善教师、研究人员的待遇问题，后来有500多学人得到科学补助费，这在一定程度上安定了人心，使教学与研究有所发展。但另方面也带来一些困扰，因为甄审方面缺乏一致的标准，多数的申请人落选后不免产生一些怨言，也造成一些误会，甚至激发起恶意的攻击，结果都集中到胡适身上，但他还是那句话：只要正确的，问心无愧，不怕骂！甘心忍受。由于胡适、梅贻琦等人的努力，“长科会”在台湾取得了一些成绩。后来虽然组织、名称、人事、经费等都有过许多变动，但它的基本精神仍保持着，这对台湾地区学术的提高和发展是起很大作用的。
同年7月1日胡适又主持了“中央”研究院第四次院士会议，选出近两年度的院士周炜良、袁家骝、顾毓琇、范绪筠、王世中、汪明、凌纯声、杨联升、刘大中9人。对选举院士，他主张不应有地域的限制，更不应有国内外的分别，要以学术上的成就为主。其次，认为“中央”研究院不是政府机关，故所发之文稿应尽量避免用公文，而改用私函，并由自己签名。有一次，他看了中研院拟发给各院士的文稿，很感慨地说：“这班院士都是我的老朋友。我想在这稿子上添上‘吾兄’两字都无法添入。他们都是学术界的人士，也不惯看公文。这样的公文，连一点人情味也没有。”所以他主张应改掉这种官僚习气。
7月3日，胡适离台赴檀香山，出席夏威夷大学主办的第三次“东西方哲学会议”。在这个会上讲《中国哲学的科学精神与方法》。他首先阐述了中国哲学史的发展概况，接着对比了中西方学术发展的道路，并批评了一些外国学者认为“中国文化只能容纳由直觉得来的概念”的说法。主张对这个问题应该有历史的看法，他以中国历代著名的思想家为例说明，中国儒家传统中也包含着“苏格拉底传统”，即“自由问答，独立思想，怀疑，热心而冷静的求知”的传统。并称孔子确有许多地方使人想到苏格拉底。像苏氏一样，孔子也常自认不是一个“智者”，只是一个爱知识的人。他说：“知之者不如好之者，好之者不如乐之者。”什么是历史的看法呢？胡适解释道：“历史的看法，只是认为东方人和西方人的知识、哲学、宗教活动上一切过去的差别，都只是历史造成的差别。”因此西方式“科学”绝不是什么优等民族，独占的创造，而是许多历史因素凑合的自然结果。明瞭这个道理，就不会“天然阻止”一个民族或一种文化“去学习、吸收、发展，甚至于超过另一个民族在种种历史条件之下开创发扬起来的那些知识活动”。胡适这篇文章主旨在驳斥西方学者对东方文明之蔑视，并从历史角度阐明中国文化自有其特点，其中也包含着一个伟大的科学精神与方法。在这次会议上，他接受了夏威夷大学赠予的人文学博士学位。这是胡适一生所接受的35个荣誉学位的最后一个。31日离檀香山转纽约，并在华盛顿主持中基会第三次年会。10月回到台湾。
1960年3月19日，胡适因心脏病复发进台大医院，半个月后出院。有一天他对他的秘书胡颂平说：“假定我还有10年的工作时间，我要刻苦把必要的东西写出来，至少要计划计划。”这期间他曾提到要编五集、六集的文集，另外还要出一本诗存。出院后，6月5日在台湾师范大学14周年纪念会上讲《教师的模范》。先从国内外大学的历史讲起，接着对比中西大学发展的概况，最后总结说：师范就是教师的模范。一个教师至少要有两方面的理想：一是人格方面，要做到“不降其志，不辱其身”，另方面是知识问题，要有资格为人师表。如是“才能担任教育下一代的神圣使命”。18日在台南成功大学毕业典礼上讲《一个防身药方的三味药》。他对即将步入社会的毕业学生们说，今天要送一个小礼物给你们作为防身之宝。这礼物是三味药：第一味叫“问题丹”，他希望同学们离开学校，总得带上一两个麻烦而有趣味的问题在身边做伴，让他时时向你挑战，时时笑你不能对付他，时时引诱你去想他。只要你有问题跟着你走，你就不会懒惰了，你就会继续有知识上的长进了。有了问题，没有书，你自会省吃少穿去买书，没有好先生你自会去找好师友，没有资料你自会上天下地去找。第二味叫“兴趣散”，每个人进入社会，总得多发展一点专门职业以外的兴趣，即业余爱好。他说：“这种非职业的玩意儿，可以使他的生活更有趣更快乐更有意思。有时候，一个人的业余活动也许比他的职业还更重要。”说到这里，他举西洋哲学家斯宾塞为例说，他是一个测量工程师，他的业余工作使他成为一个很有势力的思想家。第三味药叫“信心汤”，他劝台湾青年不要悲观、失望，总得有点信心。他说，“我们的信心，只有一句话：‘努力不会白费’，没有一点努力，是没有结果的。”接着他举了美国莱特两兄弟，没有受过大学教育的修理自行车的工人，发明制造飞机的故事，来证明他所说的这个道理。会前，胡适还参加了该校毕业生的谢师宴。他对记者说，“我很苦，每到一个地方，要出买路钱。买路钱是什么？就是要你说话。留下买路钱，才能放你过去。”胡适原想回台湾做点学问，然而现实却不能使他如愿以偿。许多意想不到的事都会找到他的头上来。在此之前，台北大专院校校长集会决定成立孔孟学会，当时台湾省的教育部部长梅贻琦曾写信给胡适，拟请他担任该会发起人。他回信表示谢绝说：“我在40多年前，就提倡思想自由、思想平等，就希望打破任何一个学派独尊的传统。我现在老了，不能改变40多年的思想习惯。所以不能担任‘孔孟学会’发起人之一。千万请老兄原谅。”诸如这类事情，不胜枚举。但有些事情，他又是勇于助人为乐的。比如，那时中研院有位数学研究助理员名叫刘登胜，因为父亲被台湾当局治罪受到株连，警方不准其出国留学。他去向胡适求援，胡认为他是个人才，于是欣然允其所请，向陈诚写了一封保荐信，信云：刘登胜两次考得美国第一流大学的奖学金，是个很有前途的数学家。只因其父亲关系，警备司令部不准放行，师友、同人均为惋惜。我因此特写此信，请您考虑这个问题。“不可因为一个父亲犯了罪而剥夺他的儿子出国进修的难得机会。”并称“如果安全机构需要保人，我愿意为刘君作保。”可见他对有真才实学的人才是非常爱惜的。
是年7月9日，胡适率台湾学者19人赴美国西雅图，次日在华盛顿大学举行“中美学术合作会议”。在会上，胡适讲《中国的传统与将来》。这次会议开了6天，双方共有86位学者出席，会议采取所谓“保密政策”。台湾方面宣称，此会在会外有两个任务：一是与美国各大基金会洽谈资助问题，二是劝留学生返台做事。会后胡适在飞往纽约途中写信给中研院总干事全汉升说：“得钱不太难，得人最难”。从他的话里，可窥测会议的一个大概情形了。因健康关系胡适未按原计划返台。9月2日到华盛顿出席中基会1960年度会议，当天返回纽约。4日台湾“雷震案”发生。雷震等4人以涉嫌叛乱条例被捕，《自由中国》杂志停刊。胡适与这事件有关连，听到消息后感到极大震惊，并因此而陷入困境之中。据唐德刚先生回忆说：“那时他老人家那一副愁眉苦脸，似乎老了20年的样子，我前所未见，看来也着实可怜见的。”