尼奥的身份是救世主，所以他才可以快速的进步，可以在母体之中，无视其中的程序运行规则，飞天遁地，无所不能。
至于说教会尼奥这一切的墨菲斯和崔妮媞等人，为何无法在明知这一切的情况下，做到同尼奥相同的事…
刘超只能说，因为他们不是救世主。
母体必然存在运行规则。就因为你的意识进入的只是一个系统空间，里面不存在真正的空气，也不存在真正的重力，或者说不存在真实世界的生态系统和物理规则，所以你就能为所欲为？别天真了好吗！程序运行也是需要系统权限的，没有那个权限，你还想运行？你还想飞天遁地，无所不能？
呵呵。你玩游戏的时候开挂试试看，看系统能不能检测出来，会不会封你号。
刘超能自由出入母体，并能在其中为所欲为，可不是因为他知道那是虚拟的世界，而是因为零儿全面入侵了系统，赋予了刘超为所欲为的能力，甚至所谓的为所欲为也只是看上去的罢了，真正行使权限的依然是零儿。否则，不说刘超进不进得去，进去之后也会瞬间被发现，并且被系统杀毒程序清除。
这是很简单的道理。然而，就是这么简单的道理，墨菲斯等人却并没有认真思考过。他们以为自己入侵母体系统是成功的，他们也一直在受到特工，也就是杀毒程序的追杀，可相斗多少年了，母体系统没长进，他们自己的入侵手段也不想着长进吗？
还真没有，他们能想到的，只有通过救世主来终结战争。而这个方法，还是母体中的程序告诉他们的。然后，他们就一次次的进入母体寻找所谓的救世主了。
反倒是锡安这个人类最后聚居地中的大部分人，对救世主的说法很不感冒。不过他们不感冒的更多原因是基于现实的考量，而不是因为讨厌尼奥。说到底，他们更愿意通过自己的努力拼搏去战胜机械大帝，去改写人类的命运，而不是指望什么救世主。或者说，他们每一个人都是自己的救世主。
其实他们是对的，因为先知口中的救世主，不过是母体用来给自己的系统进行升级的工具罢了。历代的救世主，都被系统安排的明明白白。到了墨菲斯这一代的尼奥，其实已经是第六代救世主了。他的命运，依然没有逃脱系统的安排，尽管他的命运更加曲折，但结局也并没有脱离系统的剧本。
也正是由于尼奥的身份是被母体系统安排好的，所以他才能在母体中做到别人做不到的事，比如死而复活，比如救活崔妮媞。若一定要为他的命运找出什么值得称道的地方，那就是他为系统带来的并不是同历代救世主那般简单的升级，而是一次革命性的突破，是一次伟大的进化。所以机械大帝答应了他，可以放一些人自由。
可在那之前，他们依然在不停的入侵母体系统。然而，一个游戏公司的游戏服务器里都没法随意开挂，发现外挂之后应当会为漏洞打补丁，为系统进行升级，就算不打补丁不升级，至少也要把外挂给封了吧。可是，一个可以让全球数十亿人类分不出真假的虚拟世界还就那么被手下败将随意入侵了，而且，系统明知道有人在入侵，还不赶紧打补丁，更不封外挂。
为什么会这样？因为系统真不知道该怎么打补丁，或者说它根本不愿意打补丁，更不会封外挂。它就等着救世主给它提供数据支持，然后进行自我升级呢，救世主才是它的补丁，更是外挂。要是封了，它还怎么升级呢。
至于人类的一些活动，作为胜利者一方，机械大帝可以利用就利用，利用不了就消灭。人类如何想，机械大帝并不如何在意。
毕竟那些手下败将的文明已经断绝了数百年，所有的知识传承本就是由母体提供的，所有的活动空间，也都是母体默许的。否则，已经完全掌握了地球的机械生命体，怎么可能不知道自己唯一对手的情况，怎么可能让他们在自己眼皮子底下搞事？
真相就是这么残酷，只是人类自己不知道罢了。
第六代尼奥的训练已经完成，进入母体接受了所谓先知的忽悠。先知作为母体的创造程序专门编写出来研究人类思维模式的程序，忽悠尼奥为了母体系统的升级甚至进化做贡献，就是她的工作。
先知研究了人类思维多年，也具有了一些人类的思维方式。她唯一的真话，只是告诉尼奥，他的身份并不是墨菲斯想象的那样。也相当于先知其实告诉了尼奥，他并不是什么人类救世主。可她并不是在赌，正因为她有了人类的思维方式，所以她早就给崔妮媞做了心里暗示，让对先知的话深信不疑的崔妮媞，对尼奥进行贴身的引导。这要比她这个先知偶尔进行忽悠的效果要好多了。毕竟，先知要做的，更应该是在关键处的指引。
事实也确实如此，母体最终得到了一次革命性的进化，而不是前几次那样的升级。
可现在刘超来了，他虽然是为了得到一些技术而来，但是既然来了也实现了目标，当然是要做些什么进行回报的，而回报的对象，肯定是人类了。要不然，难道还去帮助机械大帝吗？虽然需要的技术这些天已经由零儿从它那里复制得到了，可连它都是人类制造出来的，所以究其根本，当然是帮助人类啦。
于是，一直暗中观察的刘超，在墨菲斯等人从先知那里离开，却因为受到叛徒赛弗的出卖而被追杀的时候站了出来，帮助他们有惊无险的成功逃离了母体。而出来后，叛徒并没有得到谅解，反而直接就被干掉了。毕竟在墨菲斯心里，他自己可以死，甚至任何人都可以死，但是尼奥决不能出意外。而叛徒为了自己的私欲，竟然罔顾对人类命运很关键的救世主的安危，所以墨菲斯是绝不会放过他的。
其实叛徒不想再过这种颠沛流离，时不时的就要被机械乌贼以及特工追杀的生活，因而想要重新回到母体中过上即便虚假，但是安稳的生活也不算什么罪过。说起来，赛弗和尼奥的经历也没什么不同，当初也是他自己发现的问题，然后才被墨菲斯等人找到的，能够从母体中出来，也是他自己的选择，要不然，墨菲斯难道还会强行喂他吃红色药丸吗？
他出来之后，必然也受到过崔妮媞的关注，因为先知暗示过，她的男人会是救世主，她自然会对被救出母体的每一个人多加关注，这就让赛弗以为自己是很重要的人物，可以迎娶白富美，走上人生巅峰。可实际的经历告诉他，他想多了，他并不是什么重要的人物。
这也就罢了，他失去了以前的安稳生活，过上了东奔西走，对抗机械大帝的生活本也算是在做有意义的事。然而，尼奥的出现，差别的对待，还是让他生出了怨恨之心。于是，在现实世界的长久压抑，终于让他开始怀念虚拟的美好，也开始怨恨告诉了他真相的墨菲斯等人。当他有了那种心态时，什么有意义的事情都不如他自己过的好更重要了。
这就是他出卖整个尼布甲尼撒号上所有人的根本原因，他想用他们的死，洗去自己这些年遭受的罪。
而他同样错就错在，不应该利用墨菲斯等人作为他回到母体，还要成为人上人的筹码。因为，知道真相是他自己的选择，出来是他自己的选择，为了人类的命运对抗机械大帝也是他自己的选择。
没有什么选择，是不需要付出代价的。事物具有两面性，选择中必然同时蕴含好的和不好的，那只不过是两位一体，同时也不可分割的整体。得到了好的用来发展或者享受，也必然要承受不好的一面，这才是一次完整的选择。自己吃下了好的，却承受不了，甚至根本不想承受不好的代价了，就出卖别人换取自己的利益，这种人不死，谁该死？
所以，选择之前，请深思熟虑，选择之后，就不要再后悔了，后悔改变不了任何事。
叛徒受到惩罚，大快人心。可对于在母体中帮助过他们的刘超，墨菲斯等人却没有任何头绪。只是在他们一些人看来，强大的刘超反而比尼奥看上去更像救世主。
就在墨菲斯等人在船上思索刘超身份目的的时候，刘超也没有让他们久等，带着零儿就瞬移到了他们面前。
刘超既然已经出现在特工面前，那么必然被母体系统发现了。而刘超的存在型式，也必然会被母体进行研究。所以，他也不准备再进母体让它研究了，需要的技术也已经到手也没必要躲着了。因此，直接找到人类反抗军这里提供帮助就好了。
而他的帮助，对墨菲斯等人来说，还真不知道该怎么算。因为刘超口中的真相，差点就让一船人直接崩溃了。可正如墨菲斯当初对尼奥说的那样，刘超也只不过是在讲述真相，可这真相，直接就让墨菲斯等人的信仰崩塌了。要不是他们都是经历过大风大浪的战士，说不定真就直接自我毁灭了。
然而，刘超从机械大帝的诞生开始，讲了机械与人类的战争，讲了机械大帝最终的胜利，讲了母体诞生的原因，讲了人类被孵化圈养在母体中的原因，讲了每一代救世主的命运，也讲了他们的一些经历甚至还有对未来的‘预判’。
这番逻辑清晰，条理通顺，事实俱在的真相演讲，让墨菲斯等人也不得不信了。至少，他们相信了刘超真是来帮忙的，只是这忙帮的有些容易让人崩溃。
为了安抚墨菲斯等人的情绪，刘超只得从储物戒中拿出了许多美食来表达自己的歉意。然后，墨菲斯等人也终于接受了刘超的好意，只不过他们表示，今后的饭就交给刘超了。