刘超当然不可能给他们当厨子，这个世界目前也没有什么食材可以用来做菜了。
人类反抗军吃的东西，不过是些合成的营养剂罢了，刘超连尝的欲望都没有。至于给他们提供食物，若只是尼布甲尼撒号上这些人，刘超偶尔供应一点给他们改善口味还行，若是要加上锡安那几十万人，刘超还真办不到。
他可不愿意耗费宝贵的功德穿梭世界，就只为了给这里的人运粮食。即便可以通过这种事把功德赚回来，刘超也觉得划不来。毕竟若是不能自给自足，怎么都喂不饱越来越多的人。
可地球已经被机械大帝完全占领。被故意放出母体以及这些年自然诞生的人类只能龟缩在地下极深处苟延残喘。别说种粮食了，能不能活下去都要看机械大帝的心情。
刘超虽然是来帮助人类的，可他的出现，除了让知道真正真相的墨菲斯等人差点精神崩溃之外，还让他们以为自己依然是处于虚拟世界之中。毕竟刘超能够瞬移，还能够变出美食，这在他们看来，都是只有在虚拟世界中才能办到的事。还好刘超没当他们的面飞来飞去，否则他们就该深信不疑了。
然而，对地球进行过简单搜索的刘超，结合零儿入侵母体所探知的信息，可以明确的告诉墨菲斯等人，锡安虽然是机械大帝特意安排的觉醒人类的流放地，但那里也确实是真实的存在，他们这些人只要出了母体，也都是生活在真实世界中的。
其实在电影中也能通过剧情看出锡安是处于真实世界中的。只看史密斯在母体中可以把任何人复制成他自己，却无法让被他入侵的贝恩变成他的样子就能知道，锡安是真实的世界。在真实的世界中，无所不能的史密斯只能被限制在人类的身体中，什么都做不了，也无法通过身体的接触入侵别人的大脑，甚至想要杀人还要通过偷袭。
母体世界他重拳出击，现实世界却只能猥猥琐琐，所以史密斯才会通过自残来发泄对真实身体的愤怒。也正是由于史密斯这个如同第二人格的存在，所以贝恩本人才会丢失一些记忆，更完全不知道自己为何会自残。
至于尼奥被史密斯附体的贝恩弄瞎了双眼，却看到了类似数据化的世界，这并不能说明现实世界是个隐藏更深的虚拟世界，只能说明尼奥的大脑进化的程度很高，这也是他能够被母体系统安排成救世主的原因。尼奥虽然有真实的人类身体，但他的大脑由于高度的进化，可以同时兼容程序的存在，而他所能做到的事情，其实就是程序赋予他的权限。这也是为什么尼奥能在母体中飞天遁地，其他人却都做不到的原因。
在真实世界中的尼奥并没有超能力，只是通过大脑中的程序权限有了无线上网的能力。他在瞎之前只能看到贝恩的样子，在瞎了之后，看到的却是史密斯的样子，而且他能看到关于机械城的一切，却看不到崔妮媞了。也正是由于处在真实的世界，无线网络的距离有限，所以他只能摧毁离自己更近的机械乌贼，而不能通过权限，直接把所有机械乌贼同时摧毁掉。不但如此，他甚至都不能坚持太长时间，因为他的身体是真实存在的，完全支撑不了如此剧烈的消耗，更别说飞天遁地了。要不然，何必让崔妮媞来驾驶飞船呢？
在电影的最终，尼奥和机械大帝谈判之后，选择进入母体对付史密斯。有了虚拟的身体，他就又能飞天遁地了。只不过由于史密斯已经拿到了母体最高权限，所以尼奥才打不过他。可他却可以凭借自身的特殊属性同史密斯融合，让两段程序成为一个超级大补丁，也正是因为这个大补丁使得机械大帝成功完成了一次进化，这才让锡安中的人类没有被消灭，也没有让人类的命运进入另一次轮回。
想想看，若锡安是另一个隐藏更深的母体，可以让觉醒了的人类换个地方继续生活在虚拟世界中，那母体还升级进化折腾个什么？母体要的不就是能够让人类完全看不出来的虚拟世界吗？锡安既然已经是那样的虚拟世界了，还有必要整个救世主在两边穿来穿去的吗？
所以锡安是真实的存在，尼奥也通过自我牺牲，成功保住了锡安和其中的人。
不过，在刘超看来，那个时候的尼奥，其实只是一个拥有人类思维的程序。尼奥真正的人类意识，在他第一次被史密斯杀死的时候，就已经消失了。之后复活的尼奥，只是一段有着尼奥思维方式的高级程序，所以他才能撑爆史密斯这个杀毒程序。
这样的尼奥才是先知、设计师等程序需要的救世主，救的也是母体世界，可不是人类世界的救世主。只不过尼奥毕竟还是由人类诞生的，所以才会帮助人类不进入毁灭轮回。
看上去像是一次机械和人类的双赢，只不过，在机械大帝主宰的地球上，人类其实已经没有未来了。是否会被毁灭，只看机械大帝的心情。
关于人类的命运，事情的本质，刘超基本上都已经告诉了墨菲斯他们。只不过由于尼奥并没有在母体中死亡，因此他还是他本人，并不是程序，所以刘超并没有说太多关于救世主的事。就算最后决定牺牲自己的是程序，那也是通过尼奥的意识而产生的惯性思维，所以尼奥本身还是挺伟大的，刘超也愿意保护这种伟大的人。
就在刘超和墨菲斯他们交流一切的前因后果时，知道了刘超这种超常存在的机械大帝却对人类发动了突袭。因为它完全无法研究出刘超的任何属性，却通过计算得出刘超的存在对它自身的进化会带来巨大的好处。因而，迫不及待的机械大帝，直接取消了通过救世主升级的计划，想要直接抓获刘超来研究，然后完成自我的升级、进化。
当机械大帝对锡安出动几乎全部的机械乌贼时，零儿就已经得到消息然后告诉了刘超。
刘超是带着零儿一起瞬移过来的，墨菲斯等人当然看到了这个美丽的女孩儿。他们并不知道零儿的身体其实也是机械的，要不然，说不定直接就开打了。好在零儿既不和他们说话，也不吃不喝，只是安静的跟在刘超身后，所以当刘超说真相的时候，他们就直接把零儿忽略过去了。
此时听到零儿说的消息，不管他们信不信，都必须要做点什么才行。
墨菲斯命令坦克和道泽兄弟进行侦察的同时向锡安传递消息，让那边做好防御准备，让尼奥和崔妮媞驾驶尼布甲尼撒号飞船准备直接返回锡安，他自己则去通知了其他在外的飞船注意情况有变，在注意机械乌贼暴动的同时回锡安参与防守，而船上其他人则去操作武器做好在路上战斗的准备。
果然都是一群久经战阵的精英，虽然因为刘超带来的真相很是崩溃，可遇到紧急状况，一应命令还是被飞速执行，飞船向着锡安的方向快速飞去。
一切进行的有条不紊，坦克和道泽操作探测设备也很快发现了铺天盖地的机械乌贼真的在向锡安进发。毕竟机械大帝既然做出了决定，就没必要瞒着人类了。刘超这个未知的存在，它是必须要得到的。这次的升级计划失败，只需要按照以前的套路再安排一次人类就好。说不定由于从刘超这里得到了足够的进化，以后都不需要人类了呢？反正它怎么都不会吃亏。
墨菲斯看到探测结果，总算是相信了刘超的话。因为，没有人泄露过锡安的地点，可机械乌贼的进发方向却直指锡安。在探测器的显示中，竟然有数十万的机械乌贼钻进了地下通道。而且，还有更多的机械乌贼和无法探测到具体属性的大家伙在往机械城外出发。
抛开侥幸心理，墨菲斯等人对刘超和零儿表示了感谢，这个消息对于他们来说太过重要了。可刘超却明白，这一切都是自己引起的，若是解决不好，说不定人类文明的火种真的要被机械给掐灭了。
如果是那样，那还不如让尼奥当一次救世主呢。刘超还可以在旁边进行助攻，帮助锡安防御机械乌贼大军，想来可以为锡安减轻大量的伤亡，也可以减少很多损失。
至于说消灭机械大帝，不是刘超做不到，而是不能那么做。如果把机械大帝消灭了，母体也必然会消失，那么生活在虚拟世界中的人类意识也都会死亡，这就相当于把除了锡安以外的人类都给灭绝了。虽然那些人是自愿生活在母体中的，可他们也并不该死。
刘超也不会把零儿留在这个世界给他们当虚拟世界的管家，即便零儿只是一个子程序，刘超也不会把她交给别人。
而且，现在墨菲斯等人既然知道了一切的真相，那么必然会想办法救出所有的人，然后反攻机械大帝。可以当前地球的状态，还真没法养活几十亿人。别说几十亿了，就锡安那几十万人都还在吃合成食物呢。
就算合成食物充足，可别忘了尼奥当初刚刚从培养仓出来的时候，可是由专人照顾了好几天的。几十亿人若是都苏醒了，可没那么多人能照顾过来。
因此，目前只能尽量谈判，谈判的主题刘超已经想好了，要么和平，要么核平。选择权，刘超大方的交给了机械大帝。