对马克思主义中国化进行研究，首先遇到的就有方法论问题。就像我们在做一件实际工作或进行一项实践活动，必须要有称手的工具一样，在进行研究工作或展开精神活动的时候，也必得采用种种适宜的方法。方法就是进行研究工作或进行精神活动的工具。因此问题不在于要不要方法，问题仅在于如何选择方法和选择什么样的方法。
如何选择方法，这首先需要根据研究的对象来决定。按照海德格尔所言，研究一个对象就是向这个对象提出一个问题，问题包括对象的内容或存在，同时也包括研究者的主观意图。他说：“发问不仅包含有问题之所问，而且也包含有被问及的东西。在探索性的问题亦即在理论问题中，问题之所问应该得到规定而成为概念。此外，在问题之所问中还有问之何所以问，这是真正的意图所在，发问在这里达到了目标。”[1]在通过提出一个问题而凸显出我们的意图和明确了所要进行探索的内容之后，方法的选择还要根据问题所处的情境和研究所要达到的目标来决定。所谓问题的情境，就是这个问题的研究已经达到了一个什么样的水平和程度；所谓目标，就是要为问题寻找到一个答案或结论。从某种意义上说，研究的目标是包含在研究的情境之中的，因为如果我们知道关于一个对象的问题的研究已经达到了什么样的水平和程度或尚未达到什么样的水平和程度，我们自己的研究目标就清楚了。知道了所要研究问题的情境，我们就能够根据情境选择正确的方法。
就马克思主义中国化而言，我们提出的问题是：“马克思主义中国化何以可能和如何实现？”这看起来是两个问题，但实则就是一个，前者是基础或前提，后者是前者的展开和深化，两者共同构成马克思主义中国化的最基础的问题或“源”问题。所谓源问题就是其他问题都是由这一问题所决定和生发出来的，这个问题不解决，其他问题就不能提出，更不能解决。这一问题的性质决定我们只能选择哲学的方法或思考方式。因为这既是一个穷根究底的问题，又是一个具有“反思”性质的问题，我们希望从对过程的反思中总结、概括出马克思主义中国化的一般规律。
就马克思主义中国化何以可能和如何实现这一问题的研究情境来说，不仅远未真正给出能够达成共识的结论，而且还存在着许多根本性的意见分歧。何况我们提出的是一个将伴随马克思主义中国化全过程的一个“哲学的”问题，因而要达成共识也诚非易事。在对马克思主义中国化何以可能和如何实现这一问题的讨论上，中外学者的观点是不同的。西方学者普遍认为，马克思主义在中国早已经“中国化”了。他们所谓的“中国化”，一是指马克思主义“被儒家思想方法的同化”；二是认为马克思主义与中国传统思想有着内在的一致性，如有的强调马克思主义哲学的概念范畴与中国传统哲学的类似，有的强调中国传统思想与马克思主义在“唯科学主义”立场上的相似，等等。国内学者的见解与西方学者有区别，主流是呼吁马克思主义中国化。尤其是从20世纪90年代初中期开始，国内学术界对马克思主义中国化问题给予了特别的关注，主要表现为以下几种观点：有些学者认为，发源于西方文化传统的马克思主义不适合中国国情，因此需要“中国化”或进一步“中国化”；有的学者认为，马克思主义中国化就是要利用“中国的传统文化资源”来丰富和发展马克思主义；有的学者则否认马克思主义中国化的可能，认为马克思主义中国化必然涉及两种不同文化之间的融合，由于马克思主义与中国文化之间所具有的质的区别，因而要使两者融合是不可能的。如有学者直截了当地认为：马克思主义哲学不可能与中国传统哲学有机地融为一体，因为前者是科学，后者不是科学，等等。这样一种意见分歧，其中包含着的种种错误认识都在召唤我们对这个问题进行更加深入和细致的研究。
之所以中外学者对马克思主义中国化这一课题有不同看法，原因在于他们是从不同角度来探索这个问题的，所运用的方法也是大相迥异的。要真正从学理上弄清楚马克思主义中国化的问题，就必须探讨其中所特有的各种方法论问题，而不是偏于某一种方法上。也就是说，马克思主义中国化的这一课题涉及的方法绝非某一种，我们需要采取各种方法，从不同的角度对马克思主义中国化这一课题所涉及的方方面面的问题进行梳理，并将人们思想中的种种困惑、疑问全部消解掉，这是我们的选题的意义和价值之所在。我们的目的是，通过我们的研究，作出马克思主义的中国化既是可能的又是必然的的回答，从而澄清种种思想混乱，认识和把握马克思主义中国化过程中的各种规律，把马克思主义中国化推向更高的发展阶段。
在问题与方法的关联中，我们一方面希望通过恰当方法的选择达到对问题的澄明和一定程度的合理解决；另一方面希望因方法的运用使得我们对这些方法的性质、作用和功能达到深切的理解和把握。这是一举两得的事情。每当想到这一点，我们对自己所进行的研究就陡增几分信心。
根据上述思路（本课题申报当初的设计也基本如此），本课题研究分五章采用不同的方法从不同的角度围绕同一个问题展开了研究，简要说明如下：
第一章，马克思主义中国化的历史与逻辑前提。这一章要解决的就是马克思主义中国化何以可能这样一个前提性或根据问题。为了澄明马克思主义中国化的历史与逻辑前提，我们的研究分别采用了从马克思主义中国化发生发展的内部寻找根据的方法，从世界历史范围来探索马克思主义中国化的发生发展背景或基础的方法，起点与终点和逻辑与历史统一的方法，通过这些方法的运用，我们得出如下结论：中国工人阶级的形成和登上历史舞台是马克思主义中国化的历史前提，中国工人阶级意识的觉醒是马克思主义中国化的逻辑前提。
第二章，解释学视域中的马克思主义中国化。选择解释学方法的理由是：其一，马克思主义中国化何以可能完全可以转换成中国人理解、解释和运用马克思主义何以可能。这一转换使我们用解释学方法对马克思主义中国化进行研究具有了正当性或合法性。其二，马克思主义中国化存在着大量的理解、解释和运用的问题如“理解间距”“理解循环”“视域融合”和“解释学运用”等，这些问题的存在也构成了运用解释学方法对其进行研究的基础或条件。通过对这些问题的研究，我们获得如下结论：任何“理解间距”，无论是“时间间距”还是“语言间距”，都不是我们达到理解的客观性的鸿沟或障碍，相反，它是达到理解之客观性的前提，从而也是马克思主义中国化不可或缺的条件之一；人类理解活动的有限性或历史性决定了人类理解活动的无限循环的特点，我们也正是在对马克思主义的理解循环过程中，一方面丰富和发展马克思主义，另一方面也丰富和发展着自己，并实现着马克思主义中国化；由于理解包含着我们对自身境遇的理解，因此理解必然具有多样性，然而，理解的目的就是要达到共同的或统一的理解，这一矛盾的解决是通过视域的融合逐渐地实现的，在实现马克思主义中国化的过程中，一方面我们必须承认人们对马克思主义作出不同理解所具有的合理性，另一方面又必须善于从各种不同理解中吸取合理成分，以凝炼成对马克思主义的真理性理解和解释；所谓解释学的应用，是带着自身的境遇或视域，带着自己在生活实践中遇到的各种问题去理解的，它表明，对任何事物的理解，当然包括对马克思主义的理解，都是有着最为实际的目的的，是和我们的生活实践有着最为直接关系的，也正因如此，马克思主义中国化就根本离不开解释学的应用，我们实现马克思主义中国化，可以说就是为了设计、筹划一种更好的生活方式，从这一角度来看马克思主义中国化，它就具有了更加坚实的基础。
第三章，现象学视域中的马克思主义中国化。现象学方法之所以纳入我们的视野，原因在于：其一，马克思主义中国化不是完全发生在观念和文化领域的事件，而是发生在世界范围内的存在领域的事件或现象。马克思主义只有引起了某一个国家或民族范围内现实生活的深刻变革和社会的进步发展，它才有可能真正被该国家的人民所接受和理解，并转化为该民族的思维和行为方式，才能实现“化”或“被化”。其二，现象学的意向性原理、面对实事本身和注重观察的原则、本质直观与权能分析的思想、关于对象性与主观际间构建的理论、关于价值评价与对象感知的理论、关于经验共享与文化认同的思想等对于研究马克思主义中国化都具有相当的洽适性，都可以用来作为我们研究马克思主义中国化的有力的工具。通过研究，我们获得如下结论：根据意识的意向性和“面向实事本身”的原理，我们对马克思主义的理解和解释不能从单纯的观念形态出发，必须从观念所指向的事物出发；根据本质直观与权能思想的原理，实现马克思主义中国化必须从本质上全面理解、把握和运用马克思主义；根据对象性与主观际间构建理论，马克思主义中国化必须被认为是一个中国化的马克思主义在中国这一特殊环境中被一步步建构起来的过程，是马克思主义被丰富和发展的过程；根据价值评价与对象感知的原理，马克思主义中国化不仅是指我们通过感知而把马克思主义作为真理加以把握的过程，而且也是把马克思主义作为价值感受而建构起来的价值体系；根据经验共享和文化认同的原理，我们将马克思主义中国化视为中国人民获得共同经验和文化认同的过程。
第四章，世界历史视域中的马克思主义中国化。从世界历史视角或以世界历史为方法研究马克思主义中国化，意在说明以下问题：马克思主义中国化是在国别史向世界历史转变之际发生的，而马克思主义本身乃是世界历史时代的时代精神，它走向世界具有内在的逻辑必然性；但马克思主义的世界化必以民族化为前提，没有民族化就没有世界化；中国化是民族化的典范，中国化是马克思主义世界化的一个不可或缺的重要环节；在马克思主义中国化中形成的中国化马克思主义的国际化对马克思主义的世界化具有十分重要的意义。
第五章，传播学视域中的马克思主义中国化。从现代传播理论或以传播学方法研究马克思主义中国化，意在说明：马克思主义中国化是可以归结为具有世界历史意义的传播事件的；通过将马克思主义中国化作为传播事件加以观察和思考，可以更加清晰地回答马克思主义中国化是如何展开，如何变为现实的；可以把握其中的传播规律，有利于推动马克思主义中国化的健康发展。
以上五章，我们选择不同的方法，按照事件本身的展开逻辑对马克思主义中国化进行了一次近似于“全景式”的扫描。这种扫描只能是宏观的和“粗”线条的。事实上，就这里每一个问题来说都可以独立著书来进行深入细致的研究，但这却是一个课题所不能包容的。尚未细化的内容只好留给自己以后进行更深入的研究了。