蕺山学派的消亡是内忧外患共同作用的结果。内忧者，如前所言，一方面是刘宗周思想本身的问题，另一方面是蕺山学派诸弟子在其去世后的分裂与争执；外患者，如心学的衰落与攻击宋明理学的风气日起，代表事件便是令黄宗羲不得不亲出马自予以回应的潘平格的挑战。潘平格是当时浙东地区反对宋明理学的先驱，他吸引了甬上证人书院里蕺山学派的众多弟子，其中甚至包括黄宗羲最得意的门生万斯同。潘平格认为，朱、陆两派都非“真儒”，“朱子道、陆子禅”，并讽刺他们是孔庙两庑中的一群僧道。潘平格的学风就是提倡“力行”，这对厌倦了玄妙的心性之学的甬上弟子很具有吸引力。这种吸引力也标志着一代学风的转化。其实，在蕺山学派分裂的同时，也有一股力量在努力维护学派的生机。这在刘汋去世之后更为明显，比如前面提到的绍兴、甬上两个证人书院的成立，以及后来恽日初的《刘子节要》、黄宗羲的《蕺山学案》、董玚重订的《刘子全书》等的陆续出版。书院的成立，在组织上和人员上进一步加强了蕺山学派的势力，各种著作的出版使得蕺山学派的宗旨复明，并且学派有了新的领袖———黄宗羲。在黄宗羲的甬上证人书院聚集了大批后来很有名望的学者，比如万氏三兄弟、郑梁、邵廷采、毛奇龄等人，鼎鼎大名的全祖望也是私淑黄宗羲的。从这些看，蕺山学派不但不应该衰落，反而应该更加兴旺。然而，由于以黄宗羲为首的甬上证人书院的学风发生了转变，以心性之学为主的蕺山学派也就日渐没落，为黄宗羲的梨洲学派所取代，转向了经学和史学。为刘宗周重新编订《年谱》的姚名达认为“传其道者，惟黄宗羲最正，邵廷采则其再传嫡派也”。如前所说，在黄宗羲那里已经出现了将“诚意”等同于“致良知”的倾向，到了邵廷采，这种合蕺山于姚江的倾向就更加明显了。姚名达在《姚谱遗响》中说：
（康熙二十八年）元夕，黄宗羲会讲于姚江书院。
邵廷采请董玚作《姚江书院志略》。此两事为黄、邵对于姚江一派加以修正，渐入证人一派混合为一之表征。
（康熙三十三年）廷采是年主讲姚江书院，条次《训约》十则，第一为“立义宜诚。”立教一本先生。自此姚江之旨于证人无二。（康熙三十六年，廷采）又尝论先生曰：“明儒虽众，必推王、刘为一代程、朱。王近明道，刘近晦庵，而功勋节义过之。
朱、王之学，得刘而流弊始清，精微乃见。”“蕺山之所谓独，盖即良知本体，道心之微，与朱子殊，不与文成殊，特变易旗帜，改换名目，以新号令，作士气耳。”“蕺山虽不言良知，然补偏救弊，阳明之学实得蕺山益彰。”“蕺山先生专主诚意，以慎独为致知归宿，择执并至，而不补格致于诚意之前。合一贯之微言，审执中之极则。孔、孟以后，集诸儒大成，无粹于此。”
在邵廷采看来，蕺山学派对阳明学起到了“补偏救弊”的作用，虽然“刘近晦庵”，但其精微处“与朱子殊，不与文成殊”。他的这种见解虽不无道理，却不可不谓之俗论。蕺山思想的出发点是要汇合程、朱、陆、王、张诸家之精要于一身不假，补救“良知”之说的流弊也不假，但他的补救并不成功，救“良知”之失，亦灭“良知”之得。他得了阳明学之体系，而骨子里却仍是程朱，所以邵廷采才会有“刘近晦庵”的印象；说其精微处“与朱子殊，不与文成殊”更是以显为隐，以隐为显，沿袭了梨洲旧说，不知蕺山之学只是将朱子学“反客为主”救其“支离”而已，其门下倾向朱子一系抛弃其宗旨也是未会此意。至于说蕺山“慎独”之说便是阳明“良知”之教，“特变易旗帜，改换名目，以新号令，作士气耳”，则不可避免使得蕺山学派混入阳明学之中，如所谓“导江入海，反填其淤”。
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（单篇论文已随文注出）
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