致知工夫，不是另一项，仍只就诚意中看出。如离却意根一步，亦更无致知可言。予尝谓好善恶恶是良知，舍好善恶恶，别无所谓知善知恶者。好即是知好，恶即是知恶，非谓既知了善，方去好善，既知了恶，方去恶恶。审如此，亦安见其所谓良者？乃知知之与意，只是一合相，分不得精粗动静……今云“有善有恶意之动”，善恶杂揉，向何处讨归宿？抑岂《大学》知本之谓乎？如谓诚意即诚其有善有恶之意，诚其有善，固可断然为君子；诚其有恶，岂不断然为小人？吾不意良知既致之后，只落得做半个小人。这一段文字讨论的是致知和诚意。在刘宗周看来，好恶本身就是意根的呈露，只说好恶，知便已在其中了；如没有意的好恶，则知便无落脚处。如果知在好恶之先，那么就体现不出其先天之“良”。知善知恶属于动念，而“为善而取辨于动念之间，则已入于伪，何善之果为？”所以，刘宗周认为在“有善有恶意之动”之后再去“知善知恶是良知”便已是不究竟的做法了。而阳明的错误在于：“将意字认坏，故不得不进而求良于知。仍将知字认粗，又不得不退而求精于心，种种矛盾，固不待龙溪驳正，而知其非《大学》之本旨矣。”所谓“将意字认坏”，就是以意为念，并且以意为有善有恶。如此诚意，则导致行为善恶各半，不能保证“止于至善”，因此不合于《大学》本旨。
刘宗周似乎认为这正是阳明学未能规范住人的行为、使之不流于恶的原因。其实这倒是刘宗周把王阳明的良知说认粗了。比如他有一副对联：“道证形而下，心求良以前。”所谓“良以前”自然说的是意，意比良知更根本，良知不免于后天起用。阳明的良知固然有后天照察的一面，如所谓“知善知恶”，但既谓之“良”，则说明此知不是后天习得的，乃是先天之智。不仅如此，阳明的良知之教强调“真诚恻怛”，乃是一种内在的深层情感，从心理层次上看，它比意志更为深入和自发。刘宗周的目的自然是使得人的意念初始便正，但这何尝不是王阳明良知说的目的？如果说王阳明的良知在人的身心上表现为一定的情感，那么刘宗周感受到的便是一种要求至善的意志，这种意志很难说没有一种潜在的强制性，那么它自然也不会有“真诚恻怛”来得活泼自然。
牟宗三对刘宗周前面的一段议论也提出了批评：
汝能确定《大学》之“意”必是汝所说“意根最微”之意，而决不是意念之意乎？说意是“心之所存”固好，说“知藏于意”亦不错，这只是另一套。在汝说诚意，在阳明即说致良知，两者地位及层次皆相等，而“知之与意”既“只是一合相”，又云“即知即意”，则说诚意岂不与致知等乎？在阳明，致知以诚意（转化意念），即等于蕺山之“诚意”以化念还心也。如此消融岂不两得？何苦穿凿周纳以横破之？（破不如理为横破）阳明致知以诚意是将良知关联着感性层之意念而期有以转化之，此开综和领域。蕺山亦说念，复说治念，又说化念还心，但不说诚意以化念，此则诚意格致以及正心等等都只成分析的，开不出综和领域，反横破阳明何耶？此示其窒塞不通，本可含有善消融，而反成不消融！在牟宗三看来，刘宗周的诚意说其实并未跳出阳明良知之教，所谓对阳明学的“辨难不遗余力”也颇不入理，是没有必要的。如牟宗三所言，诚意说和致良知之间的确有不少相似之处，但若以此认为二者之间没有本质的区别则不尽然。二者在心理结构中的位置是不同的，并且从表现形式上看，良知比意志更活泼、更宽容、更感性。
牟宗三尝用“归显于密”四字评价刘宗周的学术思想，并视之为“重开一新学路”的思想家。所谓的“密”、“新”都是相对于阳明心学而言的。按照牟宗三的说法，此“归显于密”分为两个步骤：
“第一步先将心体之显教归于‘意根最微’之密教”；第二步是将“心体之显教复摄归于性体之密教”。其最终目的是达到心性的归一。其中第一个步骤的说法隐藏了一个前提，那就是阳明良知说为一种外在描述，工夫指点偏于感性层面；而蕺山诚意说为一种内在描述，工夫指点偏于隐秘。由此可见，虽然按牟宗三的话说良知之教是“圆而神”的，但是在刘宗周看来却并非如此，良知之教仍是半截工夫，未及根本，乃刘宗周所谓“已落第二义矣。”刘宗周所谓的“第二义”的判定是针对王阳明四句教中那句“知善知恶是良知”而来的。在蕺山看来，因有善有恶才有知善知恶，如此则知就在善恶之外，是一种“分别见”，故此落于第二义，不可谓之“良”。而刘宗周要做的就是往里推，不是要对自身行为去知善知恶，而是一开始就去挖掘善的端倪，并加以护持，使之根正苗壮。而这个端倪就是所谓的“意根”。我认为，刘宗周通过这样的挖掘是要达到两个目的：第一，可以为人的初念是善念制造理论根据，如说：“意本是善的，但不诚，则流失之病有无所不至者，然初意原不如是。”第二，可以为善行的自然无为制造理论根据，如所谓：“无知之知，不虑而知。无能之能，不学而能。是之谓无善之善。”这种理论看来更根本、更简捷、更有主动性并且不与经典矛盾，确实比阳明更为高明。
如果单从理论建构上看蕺山的诚意说，它应该遵循的是《中庸》“诚明”之道。《中庸》虽不说“诚意”但很强调“诚”。《中庸》说：
“诚者，天之道也；诚之者，人之道也。诚者不勉而中，不思而得，从容中道，圣人也。诚之者，择善而固执之者也。”又说“自诚明，谓之性。自明诚，谓之教。诚则明矣，明则诚矣。”可见对于“诚”，《中庸》开出两条路：至诚的诚明之道（心学倾向）和致曲的明诚之道（理学倾向）。这里的“明”就是“知”。很显然，《大学》之所以谓之“学”，就说明它是“自明诚”的致曲之道，所以“格物”、“致知”在“诚意”之先。从刘宗周对“意”的解说来看，他当然走的是“诚明”之路，但他偏要将这个“诚明”之路和“明诚”之路的《大学》联系在一起，可见他对《中庸》和《大学》的这种差别不是很清楚。其实，作为心学代表的王阳明和刘宗周一样，走的也是这条诚明之路，只是刘宗周并不这么认为，他认为阳明是“既知了善，方去好善，既知了恶，方去恶恶”，但他忽视了阳明心学中良知发用的基础“真诚恻怛”。如果结合后文的心理结构分析就可以看出，阳明的良知的发动处较蕺山的意更为深沉，而正是蕺山有些“既知了善，方去好善，既知了恶，方去恶恶”，只不过他自己对个人后天无意识中早已埋下的先入之“知”不知道罢了。
蕺山的理论看上去牛毛茧丝无所不辨，并且处处归根至一，常常让人觉得细腻圆满，但是理论上的圆满并不一定能够得到事实的回应，因为这种圆满常常是一种解释上的圆满，即所谓“自圆其说”，但是一落到事实上，就会产生一些问题。产生这种现象的一个原因就是理论常常是在给定的条件下进行的，而现实却比给定的条件复杂，这些条件限制了对相关材料的搜集和理解。并且，议论也是在给定的条件下进行的，如果给定的条件出了问题，即便后面的议论逻辑不出问题，也只不过是在搭一座无基之塔。蕺山是一个注重体验的学者，他的理论多半是从体验而来，而不只是逻辑的推导。
但实际上刘宗周注重体验重在“印证”，而这种印证又有一个“认同”的潜在目的。这个潜在目的会使他产生片面的体验。通过自我暗示，刘宗周可以体验到意根的至善指向，这样他可以认同性善之说，并且能够使自己对此深信不疑。所以这种体验本身就有防御怀疑的性质。
刘宗周的思想有时似乎是不主张压抑的，比如他说：“总为多此一起（指起知善知恶之念），才有起处，虽善亦恶；转为多此一念，才属念缘，无灭非起。今人言致良知者如是”他不主张灭念，因为他认为念本不该生。所以刘宗周的压抑其实是更彻底且不留痕迹的。所以他又说：“盖人心亦有兆焉，方一念未起之先，而时操之以戒惧，即与之一立立定，不至有歧路相疑之地，则此心有善而无恶。”这里的“戒惧”和“一立立定”等都是在压抑。刘宗周的自号“克念子”也反映了他一直与念做斗争的事实。
当然，刘宗周自有他的良苦用心。正是因为良知的感性成分太多，错识良知者会认假为真，肆行无忌，刘宗周才想到用一种指向至善的强有力的意志本体取代良知，由于这种意志有具体的内容，并且不容置疑，用顺从于这种意志的方法就可以消解良知中的非理性，但是这样却扼杀了自性良知对人思维定式产生的冲击，扼杀了其中革命性的力量。其实，错认良知者之所以肆行无忌，失去了方向，就是因为他们并未认得良知，只将良知作为冲动看，而忽视了良知中自我抑制的一面。这种自我抑制来源于“真诚恻怛”，也来源于良知中的理性，即“知”。这种自我抑制是自性中的，它完全不同于因对外在环境的恐惧而产生的自我抑制，也不同于这种环境被内化而产生的自我抑制，也正因为是“知”，所以它产生的内驱力也并非无意识的冲动（也正因如此，“致良知”绝非易事）。良知产生的自我抑制如母爱子，是自然而平和的，甚至是喜悦的，不刚猛，不过分，也不会因产生心理投射而对外在环境抱有强烈敌意。阳明的部分后学多于此一关未能通透，刘宗周自然也不例外。如果刘宗周体会到的是一种内在的意志而不是一种内在灵魂的生长和明澈，那么就说明他没有真正体认到良知本体，因为这种意志不是源自自性而是一种“应该”。所以，我们认为牟宗三“归显于密”的说法虽然比较符合刘宗周的本意，但却未必符合事实。阳明的良知说似显实密，而刘宗周的诚意说似密实显。需要说明的是，这里显和密的判定并不是根据思想者本人的论述，而是根据良知和意根（独体）在心理结构中的位置做出的。因此，刘宗周的诚意说和王阳明的良知之教相比，似进实退，即阳明的良知之教比蕺山的慎独诚意更具有先天的自发性。
刘宗周所体验到的强烈意志存在于独体之中，如前文对“慎独”的讨论中所说的那样，此独体是他内心的主导者、裁判者，甚至可以说是内心的独裁者。刘宗周对自身过错的苛察不免使人想起斯坦因所说的“日性良知”。日性良知不同于月性良知那种母性式的天启之音，它是父亲的化身，“日性良知戴着、通过和为了荣格称之为人格面具（ｐｅｒｓｏｎａ）的东西说话。一个人通过此结构融汇和体现父命、老师、宗教人士和同辈的生活理想和期望。因此日性良知由文化生成，它在心理母体中占据着强化起支配作用的文化模式的主干地位…… （它的）工作是维系整体，保证和平，挫败攻击、性欲和其他冲动或本能行为……虽则日性良知在使一个人适应社会成为可能中无疑起了重要作用…… （但）它仍有强烈的消极特色。日性良知常取未开化的暴君的姿态，甚至取对自我的凶恶攻击者的姿态……以其斥责的灼热毒光，他有让自我意识干枯的作用”。相比之下，阳明所说的“良知”和蕺山的“独体之意”都是日性良知和月性良知的混杂（就像它们都是先、后天良知的混杂一样），但阳明的似以月性为主故活泼，蕺山的似以日性为主故严毅。
斯坦因的这段话着重于对日性良知的批评。其实，这种日性良知对人来说也是不可或缺的，它引导人们以符合社会规范的方式生活，并且，它也是一个被内化了的老师，这个老师如果训导方法得当，不是一味的严厉，对人的发展会产生更为积极的影响。它应该和月性良知共同起作用。意志既然是日性良知（超我）的声音，那么它和超我一样在人的初始阶段对人具有保护和引导作用，也是穿透本我的限隔对自性的呼唤者。但当自性被唤醒，它就要渐渐隐退，给自性一个发展的空间，而不能取替自性不断地吸取心理能量，维持主导地位。这种心理结构投射到社会生活中就是封建家长制。
所以，意志对人来说一定是需要的，但人必须对意志有一个清醒的认识，正如要认清装扮成自性的本我一样，也要认清装扮成自性的意志。刘宗周的日性良知无疑是过于强大了，他的许多工夫都是在强化日性良知。这种日性良知在刘宗周这里怎样起作用、给刘宗周带来了怎样的影响，在后面的展开论述中会逐渐显现出来。
刘宗周用了毕生的精力在寻找真我，这是十分令人钦佩的。这种努力其实便是真我自我认识的努力，这种努力也体现了刘宗周所说的“意”。他的问题在于他赋予了意的呈现以形式（其实也是文化赋予了真我以形式），这种形式形成了心理结构中的超我，而真我也因此并未获得自我认识，它企图在文化这面镜子中看到自己的镜像，但它看到的其实只是文化（超我），遂可能以文化为真我。文化中必定有些东西和真我比较相像：或者是真我在文化中的投射，或者是真我在文化中的变相表达，或者是沉淀于文化中的觉者，它们都可能在一定的机缘下使真我被唤醒并获得突破，但如果被文化所限隔，甚至认同了文化中的非我因素，那么真我就很难彻底实现自我认识。