蕺山学术颇重工夫，以践履使学问落到实处。这是对当时阳明后学以良知现成之故而轻视工夫之倾向的一种回应。慎独诚意说既为刘宗周学术的宗旨，则其工夫论无非着眼于慎独诚意，千变万化无非护持此独中之意，而贯串其工夫论的乃是一个“敬”字（但他有时也有打破敬字之说），一种对独中之意的常惺惺。虽然蕺山在学术思想上倾向于一贯，喜不分彼此，不容阶级———这在他的工夫论上也有体现，但这种喜好并不见得符合事实。他的各种修养方法虽相互关联，一有都有，但仍各有不同的偏重，并非绝对无彼此和次第可言。我们仍可对其修养方法作如下划分：立志、涵养、省克、应事等。这种划分对应下种、培育、修剪和历练等次第，自内而贯通于外。如果说慎独诚意是纲领，那么这些具体的修养方法就是细则。
(第一节 立志
刘宗周心性哲学工夫论中的立志说常常被人们忽视。其实刘宗周非常重视立志，他甚至说：“学者以立志为第一义，不立志，不可以言学。”在他看来，“学人种种病痛，只坐志不立”，立志是做工夫的基础。当他的一个朋友向他诉说做工夫甚难时，刘宗周说：
“工夫无甚难，只是不肯做，即肯做，未必能知要耳……为学莫先立志，毕竟已有志在才好做工夫。如种子下地才加得培壅之功，所以学者须先办这个志。”再比如，他的一个学生在修养过程中出现了“克己而克之不力；舍己，而己私愈甚”的问题。他便告诫这个学生说：“学者须立志，志立后便所向无前，志立后则见道愈亲切”，仍以立志为对治此病的起手处。这种“志”首先是一种愿望，即一种指向；其次是一种力量，即一种内驱力，其实便是一种意志。所谓慎独诚意呈现的就是这个意志。因此，志和意的关系十分密切。
刘宗周所说的立志是成为圣贤，止于至善。这是一种与生俱来的自我进步、自我实现的愿望。它体现着宇宙的“生生之机”，是一种天赋的生存本能，也是精神慧命的生长需要。志的存在有其先天的依据（这也正是刘宗周为什么说越是志于道越能见道亲切的原因），并不都是立的，也不能说完全是下种，只不过它的初始阶段是一种冲动，还比较模糊，而人通过后天的“立”赋予了它以一定的表现“形式”。与此同时，这种形式也使得志的先天驱力打上了后天印记，也被限定住了，先天转化为后天。所谓“下种”很有可能就是赋予志以“形式”，而“形式”却不是根植于先天的种。这样看来，志和刘宗周所说的意有一定的重合性。刘宗周在《立志说》中说：“人有生以来，有知觉便有意向，意向渐尝而渐熟，则习与性成而志立焉。”志的初始阶段便是一种意向，而志之成则与先天之性和后天之习有关。也因习的原因，志是必须辨的，否则人的意向便会发生偏转。立志正便是性，是意在后天的一种呈现。但如何保证“立志”不是“立意”、不是赋予意以形式呢？文化为人提供（从另一角度看是限定）了满足自身内驱力的方式，这个方式就可能成为“志”和“意”的指向。从《立志说》中我们可以看出，刘宗周并不完全否认志有后天性，但意在刘宗周这里却是先天的。其实，在我们看来，志和意并没有质的区别，只是同一个东西的不同说法罢了。
正因为志和意的密切相关性，我们有时可以把立志理解为诚意，如刘宗周所谓“凡诚处方是志”。
刘宗周在承认志和意的内在相关性的同时，又不同意将志与意相混，因为他看到了这样有将诚意等同于立志的危险，使得自己的学术主旨变得肤浅而一目了然。他的解释别具一格，非常有趣。
他说：
朱子曰：“知止则志有定向。”故曰：“知止而后有定。”凡言向者，皆指定向而言，离定字，便无向字可下，可知意为心之主宰矣。意，志也。心所之曰志，如云志道、志学，皆言必为圣贤的心，仍以主宰言也。故曰：“志，气之帅也。”……按五脏，心藏神，脾藏意，肾藏志，肝藏魂，肺藏魄，合之皆心之神也。而惟脾肾一直，上中下通心为一体，故意、志字，皆不离心字。意者，心之中气；志者，心之根气。故宅中而有主曰意，静而深有本曰志。今曰“意，志也”，“志，意也”，岂诚意之说，即是立志与持志之说乎？夫志与意且不可相混，况心与意又可相混乎？心自心，意自意，原不可以意为心，但不可离意求心耳。可见刘宗周也并不总是同意《说文》中志和意的互训，他对志和意的区分主要是为了配合反对心意相混而产生的。在这里，我们更感兴趣的是刘宗周为精神现象和自己的心性哲学寻找生理学依据的努力。这也可以用来论证何以“气质之性”即“义理之性”。从生理结构上看，与志所配的肾、与意所配的脾和心构成五脏自下而上的中轴线。志为肾，肾属水，而天一生水，为一气之根，故谓志为“心之根气”；意为脾，脾属土，土居五行之中，故谓意为“心之中气”。
这样，生理上的肾、脾、心一条线就成了刘宗周心性哲学的志、意、心一条线了。这样看来生动又有说服力，只可惜其中有一个概念的偷换导致了逻辑上出现了问题。五脏中的心本指肉团心，而心、意、志的心应指人的慧心或者精神等，是无形的。刘宗周取生理上肾、脾、心一条线时的心是肉团心，但当其带入志、意、心时这个心就既不是肉团心，也不是心之所藏的神了。也就是说，心的概念在这里被偷换了。由此可见，刘宗周对于自己的发现并没有细致的审查，但这种错误的“发现”却能加强刘宗周对自己理论的信心。可见他的一些理论发现也并不完全根植于自己的体会，有些也是逻辑的推断。他的逻辑出了问题，他的解释也就很难服人。但是不管怎样，在刘宗周的理论里，志和意还是密切相关的，甚至还隐藏着志比意更根本的意思（志为根气，意为中气），这又不同于《立志说》中的说法了。意和志的关系到底怎样，刘宗周自己也没有弄得很清楚。
我们认为它们是一个东西，只是意从隐处说，志从显处说。
立志作为刘宗周心性哲学的起手处，对于其整个学术的影响是非常大的，如前所述，它其实已经隐含了立意。从更深一个层次上说，使立志者便是独体。那么这个独体是怎么来的呢？独体一部分是天命之性，它产生自我实现的愿望；另一部分由文化构成，是习得的，它规定了善的具体形式。由此，独体具有了两种基本能量：
一种来自生命体自身，另一种从文化和环境中获得。志的形成也因此有两种方式，即对先天的启发和随顺后天的要求。这两种方式之间的比例关系决定了这个独体是先天的成分多些还是后天的成分多些。和阳明的良知说相比，蕺山的慎独诚意说指令性的要求更多些，更严格、更强调规范，而阳明的学说对人的感发性较多，给人更多的放松和愉悦，灵活婉转。因此不难看出，虽然刘宗周时常拿独体和阳明的良知相比较，并且两者确乎都是先后天之杂，但刘宗周的独体无疑是以后天的形式为主，而阳明的则以先天性为主。这一点必须要在对刘宗周整个心性哲学的特点有所把握，加上对其童年经历及人格特性和人格结构有一定认识的基础上才能呈现出来。在立志阶段，本体的后天性并不十分明显，仍表现为先天后天之杂，这从《立志说》中就可以看出来。所以，似乎可以这么说，本体的后天性是随着工夫的深入而逐渐增加的，这同时又可以证明刘宗周有时是在用工夫制造本体。这在刘宗周的心性哲学里表现为本体与工夫打合一处，所谓的“工夫愈精密，则本体愈昭荧”即是。这样分析并非要反对立志，因为志可以唤醒自性，也可以是自性的唤醒，而无志又将使人冒失去目标的风险，并且志还可以聚集能量，即所谓的“志帅气”。这里所要强调的是人一定要对志有一个清楚的认识：它是来自哪里？是自性的成长和表达还是本我表达的一个面具？
抑或是文化的一种塑造？志的背后，可能有着复杂的合力。只有对这些问题有了清楚的认识，我们才能对自己有一个诚恳的态度，真正知道志的激励作用会将自己引向何处，真正实现后天向先天的回归。
刘宗周的《立志说》是专门帮人立志的。从中我们可以看到刘宗周启发和训导并用的方法：
子曰：“三军可夺帅也，匹夫不可夺志也。”人有生以来，有知觉便有意向，意向渐尝而渐熟，则习与性成而志立焉。人虽匹夫，必有志也。志于货利者，惟知有货利而已，举天下之物，无以易吾之货利也；志于声色者，惟知有声色而已，举天下之物，无以易吾之声色也。若志于道，亦复如是。故曰：“好仁者，无以尚之。”今之学道者，虽十分亲切，觉得此中隐隐一物有以出乎其上，或潜或露，时有时无，此处毫厘走作，彼处十分都是虚假，只为其志在此而不在彼也。世人志货利声色，往往捐生以殉，更不见有志道者捐生以殉，如所谓死而后已者，故学问勘到生死关头始真。子曰：“士志于道，而耻恶衣恶食者，未足与议也。”一衣食间便动得来，成甚志？圣人直鄙其为无志耳。须知男儿负七尺之躯，读圣贤书，被服衣冠，所学何事？不思顶天立地做个人，直欲与蝇头争得，蜗角争能，溷厕之中争臭味，岂不辜负了一副衣冠！反顾面目，亦自可怜。孟子曰：“舜何人也？予何人也？有为者亦若是。”又曰：“彼丈夫也，我丈夫也，吾何畏彼哉？”又曰：“文王我师也，周公岂欺我哉？”又曰：“自暴者，不足与有言；自弃者，不足与有为。”
最是催人上路语。若是于此信不及，更无法可治。然立志亦不得浮慕。有根器人，虽沉迷歧路，久久一觉，便一日千里，所谓“败子回头金不换”是也。白沙年二十七而发愤从聘君。阳明出入仙、佛，四十而始志于道。若董萝石，垂暮之年而始从学于阳明之学，更为晚秀。吾将老矣，而所学如是，恐日后不免有日暮途穷之悲。子曰：“吾十有五而志于学。”繄何人哉！
繄何人哉！
这篇《立志说》主要阐述如下几个问题： （１）志之所向； （２）勘验志之真假；（３）人须自信，不可自暴自弃。
“志之所向”是强调学者应志于道，而不是志于声色货利，其中隐藏了对人欲的克制。人为什么要志于道？因为志于道是最为高远的志向，所谓“好仁者，无以尚之”即是此意。这里要人志存高远是一种启发，启发人内在自我实现的本能，而以“好仁”为此目标则除了启发之外还有训导的成分。它启发了人本性中“好仁”的内驱力，也使学者产生一种间接经验，即告诉学者什么是最好的志，而不是使学者产生直接经验，对“仁”产生本能之“好”，所以有训导的成分。
对志道之心真假的勘定要用生命来考验，因为道的价值是超越生命的。在刘宗周看来，连贪图声色货利的人都可以为了声色货利牺牲个人生命，而志道者却不能为道而死，那就说明他志道之心不如那些人志声色货利之心切，那就不是真的志道。真正志道的人，是可以为道舍弃生命的，生死是道心坚固与否的试金石。这就是刘宗周以死证道的一个原因。如果要在以死殉道和背道求生之间作出选择的话，真正志道者无疑是会选择前者。生死是刘宗周经常思考和谈论的话题。在血雨腥风的晚明官场上，这是一个士人无法回避的问题。这种对生死问题的经常讨论既是对自己的激励，也是对死亡恐惧的防御。应该看到，在刘宗周内心深处存在一对矛盾，即死亡恐惧和死亡崇拜。他因为恐惧死亡而崇拜死亡（崇拜去死即崇拜不怕死），通过否认恐惧来对抗恐惧。刘宗周用生死来勘定立志的真假，就使得殉道成为证明志道之真的手段。同样，这部分也包含启发和训导两种手段。由于这部分的潜台词是“真心志道者是会勇于殉道的”，这无疑是对志道者提出了明确的要求，其训导的成分自然比较容易理解。那么这段文字启发了什么？它启发了弗洛伊德所谓的死亡本能，同时也启发了人良知中自我献身的精神，这种精神和死亡本能一起对抗死亡带来的恐惧，使人在殉道明志时产生动力。
真心志道的人能经得起生死的考验，能经得起声色货利的诱惑，自然不会为外在的“恶衣恶食”所动，因为志于道的人会在道中得到更大的满足与安乐。这是因为道能够给人的精神慧命带来滋养，并通过心理和生理的相互影响，使人身心皆得受用的缘故。故此，真正志道者必是乐道之人，是在道中获得满足的人。刘宗周所说的不“耻恶衣恶食”，其实就有孔颜之乐的意思。我们从刘宗周对王心斋《学乐歌》的肯定中看到，他对学之乐是有体会的。但是刘宗周似乎对乐道的评价并不是很高，他说：“乐道不足以尽颜子，而况仲尼乎？毕竟道亦无可乐故也。”这自然是接着程子“使颜子而乐道，则亦不得为颜子矣”的话说的。在刘宗周看来，乐本于良知，这固然不错，但他认为良知的乐不乐全在义不义，义则安，不义则不安，所以他所说的乐与不乐更像是（良知的）安与不安。这里就潜藏着一种不安全感，是一种信号焦虑，所以这种乐的程度也并不很高。
乐从本质上是身心之“和”的外发，是和气周流的副产品，也是身心是否致和的标志，其根源处是“中”。刘宗周本人对“乐”还是有一定的警惕的，因为乐可以引发出一种散漫，并且，如果人追求乐，则是舍本逐末，所以他主张“学者合下从坚苦刻厉中做起”，“只是发愤向前，不遽讨滋味”。这和他一贯的作风相一致。因此“恶衣恶食”便是一种砺志工夫。人在一衣一食间不为利益所动，良心才会安稳，生死关头才有可能立定脚跟。看来在刘宗周这里，既然立志于道，就不能贪求安逸。
为什么要立志于道？刘宗周说：“男儿负七尺之躯，读圣贤书，被服衣冠，所学何事？不思顶天立地做个人，直欲与蝇头争得，蜗角争能，溷厕之中争臭味，岂不辜负了一副衣冠！”刘宗周的这段话也是“催人上路语”，欲以启发人心中自我肯定的内驱力，并且他在这段话里灌注了能量，读来有劈头棒喝之效，这种棒喝不但是针对其他学者的，也是针对他自己。不论对自己还是对别人它都有唤醒和加持的功效，可以坚定学人的志道之心。另一方面，这种棒喝并非禅宗式的棒喝，禅宗是要在棒喝之下使学人自悟，并不直接告诉学人应该怎样，而刘宗周这种棒喝除了启发之外也有训导，“训”体现在语气里，“导”则体现在它给学人指明了“应该”怎样。
刘宗周强调信在立志和修为中的重要作用，信仰的目标和志的方向必须是一致的。刘宗周这里的信有两类，一种是信往圣先贤，如所谓“文王我师也，周公岂欺我哉”，它源自于信仰源的吸引力；另一种是自信，如所谓“舜何人也？ 予何人也？ 有为者亦若是”、“彼丈夫也，我丈夫也，吾何畏彼哉”，这是对“人人皆可以为尧舜”
的信念。其中前一类信仰是以后天的方式对人产生影响，这种信其实是一种高度的认同，有时亦有移情的成分，它促使人将信仰对象的一些内容内化为自己的一部分。两类信仰同时为人立志以及后面进一步的修行提供能量。