在国民党统治确立的最初几年里，蔡元培以其与国民党的历史渊源之深，加上与“分共案”的关联，他虽与蒋介石等人保持一定的距离，但终究是身处当局之中。他任过监察院长、大学院长等职。胡适被聘为大学院委员，不久就坚决辞掉。在他就任中国公学校长时，为公学立案事又遭当局的刁难。1929年，他连发几篇文章激烈抨击国民党当局，甚至直批评到蒋介石、孙中山的头上。为此，国民党人对他大张挞伐，指其“诋毁总理，狂评主义，诬蔑中央，凡煽惑人心之言，危害党国之论，无所不用其极”。可见，这时胡适仍保持一种比较激进的自由主义立场。但1931年九一八事变后，胡适的态度转趋温和。而蔡元培这时却同蒋介石核心集团大不谐，他同宋庆龄组织的民权保障同盟，明显地带有反蒋的性质。胡适虽亦参加该组织，却只是从其维护人权和实行法制的考虑出发。所以，当同盟总部为着达到释放一切政治犯的目的，而越过胡适领导的北平分会，直接发表一种胡适认为伪造的控诉北平监狱酷刑虐待的材料，胡大为不满。他不经同盟同意，在报刊上发表文章和谈话，批评同盟总部的做法。蔡元培尽管与胡适私交甚好，但在这一重大原则问题上，他坚持同盟总部的立场，与宋庆龄一道，请胡适“自由出会”。这件事是胡适与蔡元培发生正面分歧的唯一的一次，也成了胡适同国民党当局关系发生转变的一个契机。从此以后，胡适与蒋介石核心集团越来越接近，而蔡元培与蒋介石等人却越来越疏远。蔡积极参加营救一些重要共产党员和革命分子（如许德珩、侯外庐、廖承志、陈赓以及共产国际的牛兰夫妇等）。他同鲁迅的关系，亦由私人的友谊而进至紧密的政治结合，这也是他反蒋的政治立场的一种合乎逻辑的发展。这时他同胡适的政治分歧还表现在对抗日问题的态度。蔡氏是明确主张抗日的，因而支持青年的抗日救国运动。而胡适却拥护蒋介石的“攘外必先安内”的政策，对青年救国运动虽亦有某种程度的同情，但坚决反对学生罢课。
蔡、胡两人政治态度上的不同表现是有其深刻的历史与思想渊源的。蔡元培虽是学者教育家，但他始终是“政治中人”，是“政党中人”，而胡适纯粹是学者，他的议论基本上不超过“书生论政”的范围。他的反对北洋政府，批评国民党和后来的拥护蒋介石，都非出自党派的关系，而是知识分子凭其个人对国家民族命运的认识而决定的态度。胡适反对北洋政府，他认为这个政府太不像样了，是“强盗政府”。他抨击国民党，是因为他对他们期望太高，指望他们像西方的政府和政党那样，把国家尽快引上宪政的轨道。但国民党人不理解他的意思，误以为是敌对分子，矛盾弄得很尖锐。胡适即表示心迹，是“希望国民党反省”，促其“自身改善”，以免在人民中积怨太深，酿成燎原大火。（参见《〈人权论集〉序》，并参见拙著：《胡适研究论稿》，230页。）胡适是个完全的和平改革论者，是个补天派，不是拆台派，不是革命派。他希望国民党慢慢地最终走上宪政治国的道路，所以坚决反对共产党领导的暴力革命。但他终其一生不肯加入国民党，始终给自己保持一种可以自由批评政治的立场。可以说，拥蒋反共的胡适，仍不失为一个自由主义的知识分子的领袖。
蔡元培与胡适不同。从清末以来他一直投身政治运动。参加同盟会，参加光复会，民国以后则一直以国民党元老的资格从事政治活动，并屡次担任政府公职。所以他的政治活动都具有党派的背景，其反清，有同盟会的背景；与北洋政府不合作，有其国民党的背景；其反蒋，则有国民党左派的背景，所以更易遭忌。他与宋庆龄领导民权保障同盟，同情共产党，蒋介石不惜暗杀一位资深望重的国民党员杨杏佛，以达到扼杀民权保障同盟的目的。这也是中国政治上的一个特色。对于稍有眼光的政治家来说，书生论政或可优容，党派活动却最为大忌。胡适颇谙此中道理，故一生只做无党派的人。
对自由、民主的追求，可以把蔡、胡两人联在一起，但各人经历与地位的不同，又把他们区别开来。
当我们的比较观察转入学术范围的时候，蔡、胡两人的差异就显得更为醒目了。两人虽然都长期服务于教育学术界，但蔡先生作为领导人，主要从事组织方面的工作。胡适虽也做过系主任、院长、校长，但却始终未停顿专门的学术研究工作。所以，两人的差别首先就在于蔡先生是博览中西，泛滥百家，胡适则是中西融汇，学有所归。蔡先生亦曾多年留学海外，但他是在中国学问已成、根基已固的情况下去做老童生。他只是去求更多的了解，而不在乎完成什么。所以，没有哪一个学派、哪一种学说、哪一种方法，真正变成他自己的。蔡先生曾自述其西学零散而无系统。说他留学时“拾取零星知识，如于满屋散钱中，暗摸一二，而无从联贯”。自认是“受中国读书人之恶习太深”（蔡元培致吴稚晖书，载《民立报》，1911-02-25。）。所谓中国读书人之恶习就是博览而无系统，散漫而无中心。我认为蔡先生这段自我批评是很诚恳的、符合他的实际的。正因有此不足，所以尽管他本人也知道做学问最主要的是方法，但他自己却远未能锤炼出自己的一套方法。他的《中国伦理学史》、《哲学概论》等，都只是讲义式的概述，谈不上有精密的方法。至于他的《红楼梦》研究，则更是因为方法不当而脱离了科学研究的轨道，陷入牵强附会之中。他断定《红楼梦》是影射康熙朝政治斗争的小说，给书中大部分人物找到历史上的模特儿。但他既未弄清确实的作者也没有证明作者影射的确实动机，只从字面、字背种种可能的含义上去附会历史人物，这是极靠不住的。胡适批评这种方法是“猜笨谜”，蔡先生却说：“这正是中国文人的习惯。”仿佛说，研究中国文人作品，正宜如此。难怪蔡先生的朋友和同乡汤尔和说胡适《四十自述》中写其母亲的长辫是暗用古代美人长发垂地的典故。这种从字缝中猜谜的把戏，同细心搜求材料进行研究的方法，其差别真不可以道里计了。现在，恐怕没有哪一个稍为严肃点的文学史家会相信蔡先生的方法和结论了。
胡适与蔡元培不同，他十几岁就进入上海的新式学堂，接着到美国留学，受到系统的西方教育，得到比较充分的治学方法的训练。他一生的思想事业都是在留学时期结胎的，他的思想方法和治学方法是充分自觉地形成起来的。他的观察政治问题，或治哲学、治史学、治文学都自觉地运用他的实验主义的方法。他自述方法问题主宰了他的一生。我们看他的哲学史、文学史、思想史、古小说考证等等，非常清晰地表明了这一点。人们对胡适的学术著作可以提出各种批评，但谁也不能否认，他有非常自觉的一贯的思想方法和治学方法。这个方法实质就是把西方实验主义哲学同中国传统的考证学相结合。胡适利用这个方法，在许多领域里取得了开创性的成就。蔡元培对胡适的方法和成就是衷心悦服的。他为胡适的《中国哲学史大纲》作序，说它有四大长处，并强调只有像胡适这样“旧学邃密”、“新知深沉”、中西兼长的学者才能作出这部中国哲学史。蔡的奖掖，对于胡适确定其学术地位是颇有关系的。胡适对蔡先生自然是敬重和感激，但对他《石头记索隐》还是禁不住说了很不客气的话。在学术上，他们属于两代人，其间的差别是可以理解的。在中国近代，西学传入以后，一直存在吸收与排斥两种倾向，吸收的过程经历了不同的阶段。蔡元培与梁启超一辈人，是属于泛滥百家的时代，新文化运动以后，才是建立和发展新的专门学术的时代。胡适恰好是这个时代的开路人物。
最后，我们再看看蔡元培与胡适在做人风范上有何异同。
人创造了文化，文化造就了人。蔡、胡两人都是中西文化互相冲突又互相融汇的过程中的人物，都比较自觉地企图解决中西文化结合的问题。结合有两个方面：客观的方面和主观的方面。客观的方面，就是在政治、经济、教育、学术等各项领域，荟萃中西之长，创造中国的新政治、新经济、新教育与新学术。主观的方面，就是在中西文化结合的过程中，变化自己的心态，产生新的做人风范。
应该说，蔡元培与胡适在做人的方面很有相似的地方，他们都有持身谨严、待人平和的风度。但仔细考究一番，还是会发现两人的风范颇有微妙的差别。